View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1606_high_1 (Length: 1312)
Name: NF1606_high_1
Description: NF1606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1606_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 766 - 1296
Target Start/End: Complemental strand, 28928081 - 28927551
Alignment:
| Q |
766 |
attgccactatcacggtagtggtgatgtttgaatgaacatgtcaaatattataactctattaactaaaccgaaaggcaaaacaaatagatttatagttaa |
865 |
Q |
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| T |
28928081 |
attgccactatcacgctagtgatgatgtttgaatgaacatgtcaaatattataactctattaactaaactgaaaagcaaaacaaatagatttatagttaa |
28927982 |
T |
|
| Q |
866 |
ttatcatcatactaaaattcctagaaaaactatttttcttacttataatccagcatgtcacgcatacaaacaaccagccaaaacacaaattaaaaacttg |
965 |
Q |
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| T |
28927981 |
ttatcatcatactaaaattccaagaaaaactatttttcttacttataatccagcatgtcacacatacaaacagccagccaaaacatgaattaaaaacttg |
28927882 |
T |
|
| Q |
966 |
tattcagaaccaaagcacttgccgaccaaagcattgctatgttgtcgctagagtattgtactaccaggaaactcttttctcaaccatagaaagatatgac |
1065 |
Q |
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| T |
28927881 |
tatttagaacaaaagcacttgccgaccaaagcattgctatgttgttgctggagtattgtactaccaggaaactcttctctcaaccatagaaagatatgac |
28927782 |
T |
|
| Q |
1066 |
ttcaatctcaataaatctcagaaaaacttgtagatgctccagtcttttttgttgctgataaatctgcaattactgatagagactgattgtatggaagaaa |
1165 |
Q |
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|
|
| T |
28927781 |
ttcaatctcaataaatctcaaacaaacttgtagatgctccagtcttttttgttgatgataaatctgcaattactgatagagactgattgcagggaagaaa |
28927682 |
T |
|
| Q |
1166 |
gagttttccataatatagcatgatgattgatgaagttgtagggcagtaagatcagtttcttttaaggcataaatggagcaagaaaattgtacatgataga |
1265 |
Q |
| |
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|
| T |
28927681 |
gagttttccataatatagcatgatgattgatgaagttgtagggtagtaagatcagtttcttttaaggcataaatggagcaagaaaattgtacatgataga |
28927582 |
T |
|
| Q |
1266 |
aaaacacattgaaatgattgaaagcaaaaca |
1296 |
Q |
| |
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| T |
28927581 |
aaaacacattgaaatgattgaaagcaaaaca |
28927551 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 28928818 - 28928081
Alignment:
| Q |
9 |
gtgagatgaacatgtgagttttataatctttcgaattattttaaaccacataataataagtacaccagttccacaccaacaacttgaaggtgcattagta |
108 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28928818 |
gtgagatgaacaggtgagttatataatctttcaaattattttaaaccacataataataagtacaccagttccacaccaacaacttgaaggtgcattagta |
28928719 |
T |
|
| Q |
109 |
atggtgagaaaacatcaaatcaattttattgtgtagaattcttcgagttgcttatagtaaatgaaatgatat------aggtgccactgtcaacatgttg |
202 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28928718 |
atggtgagaaaacatcaaagcaattttattgtgtagaattcttcgagttgcttatagtaaataaaatgatatatgtggaggtgccacagtcaacatgttg |
28928619 |
T |
|
| Q |
203 |
cacaatgtagcggccttaaacttgtgatatac-nnnnnnnatgaaccaacttatgatatacacataaggtgtttgtgaaagttacacgttgttgttaact |
301 |
Q |
| |
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||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
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|
| T |
28928618 |
caccatgtaggggccttaaacttgtggtatacttttttttatgaacaaacttgtgatatacacataaggtgtttgtgaaagttacatgtttttgttaact |
28928519 |
T |
|
| Q |
302 |
tgaatatttt-caaagagataagctatagtgtattaagatgatgattgtatatgattcnnnnnnnnnnnnncaaacaaattgtatacgattcttaaataa |
400 |
Q |
| |
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||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |
|
|
| T |
28928518 |
tgaatcttttataaagagataagctatagtctattaagatgatgattgtatatgatt--atttttttttttcaaacaaattatatacgattct----taa |
28928425 |
T |
|
| Q |
401 |
ataaataaaccatgtttgtatatatgagttcatttatgtactaccttttcacttctaccatttcttatgctata----tatgagt-ctgggaccttgaca |
495 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
28928424 |
ataaataaaccatgtttgtatatatgagttcatttatgtactatcttttcacttctaccatttcttatgctatatatgtatgagtagtgggaccttgata |
28928325 |
T |
|
| Q |
496 |
ttcttcaattaaaaactacacatttaacaactgtcaaaagtttatgcattgtagtacatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccaagtaacatattg |
595 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |
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|
| T |
28928324 |
ttcttcaattaaaaact--acatttaacaactgtcaaaagtttatgcattgtagtacacttaaaaataaacaaaaattaaaggtaccaagtaacatattg |
28928227 |
T |
|
| Q |
596 |
atccatatgactctgcacatatttttggagatcaaccatggcattttattgagaccaattaacaataaacaaaaatgaaaggtaaatgttgtatgtagag |
695 |
Q |
| |
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|
| T |
28928226 |
atccatatgactctgcacatatttttggagatcaaccatgacattttattgagaccaattaatagtaaacaaaaatgaaaggtaaatgttgtatgtagag |
28928127 |
T |
|
| Q |
696 |
gtgtttttagtttaggtttcaattcaaagaagcgaaaatgtattaa |
741 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28928126 |
gtgtttttagtttaggtttcaattcaaaaaagcgaaaatgtattaa |
28928081 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1100 - 1296
Target Start/End: Original strand, 30112546 - 30112735
Alignment:
| Q |
1100 |
tgctccagtcttttttgttgctgataaatctgcaattactgatagagactgattgtatggaagaaagagttttccataatatagcatgatgattgatgaa |
1199 |
Q |
| |
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| T |
30112546 |
tgctccagtcatttttgttgctgatacatctgcaattactgatagagtttgattgtaggggagaatgagttttccataatataacatgat-------gaa |
30112638 |
T |
|
| Q |
1200 |
gttgtagggcagtaagatcagtttcttttaaggcataaatggagcaagaaaattgtacatgatagaaaaacacattgaaatgattgaaagcaaaaca |
1296 |
Q |
| |
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|||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
30112639 |
gttgtaagggaggaagatcaatttcttttaaggcataaatagtgcaagaaaattgtaaatgatagaaaaacaaattaaaatgattgaaagcaaaaca |
30112735 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 1192 - 1269
Target Start/End: Original strand, 43604906 - 43604983
Alignment:
| Q |
1192 |
ttgatgaagttgtagggcagtaagatcagtttcttttaaggcataaatggagcaagaaaattgtacatgatagaaaaa |
1269 |
Q |
| |
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| T |
43604906 |
ttgatgaagatgtagaagagtaaaatcaatttcttatatggcataaatggatcaagaaaattgtaaatgatagaaaaa |
43604983 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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