View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1606_high_3 (Length: 868)

Name: NF1606_high_3
Description: NF1606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1606_high_3
NF1606_high_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (11-851)||(39289345-39290185)
chr2 (12-849)||(39296229-39297063)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 851
Target Start/End: Original strand, 39289345 - 39290185
Alignment:
Q  11 ttattctctcgtactcacgatcaaaagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattacactctct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289345 ttattctctcgtactcacgatcaaaagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattacactctct 39289444  T
Q  111 tcgctcgcagcttttccagttattcgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctatggttat 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289445 tcgcttgcagcttttccagttattcgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctatggttat 39289544  T
Q  211 tcattcttcttactataagttacgagcctcgttcaaaaacctatcacataaccatttcaaagatgattaagaaacaagaatgttggttcactttagctat 310  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289545 tcattcttcttactataagttatgaacctagttcaaaaacctatcacttaaccattttaaagatggttaagaaacaagaatgttggttcactttagctat 39289644  T
Q  311 cacaattctcattatgattccttggttaagtattaaaaaagttcaagttagtgtcacagcaccatcaaatcatgcttcaattattaaatttgaaggtggt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289645 cacaattctcattatgattccttggttaagtattaaaaaagtacaagttagtgtcacagcaccatcaaatcatgcttcaattattaaatttgaaggtggt 39289744  T
Q  411 gttaaagcaggtttattaggtagaattagtccatcaccattatcagaatggcatgcatctggaatcatatcagatgacaaaaaggatcacatgatgctag 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  39289745 gttaaagcaggtttattaggtagaataagtccatcaccattatcagaatggcatgcatttggaatcatatcagatggaaaaaaggatcacatgatgctag 39289844  T
Q  511 ctggtgcagttggtgattttacaaaatcattagtttcttcacctcctaaacatctttggattcgctcagttcattttgctggattaccttatctagtgaa 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39289845 ctggtgcagttggtgattttacaaaatcattagtttcttcacctcctaaacatctttggattcgttcagttcattttgctggattaccttatctagtgaa 39289944  T
Q  611 tttgtatcaaaaagtgcttttagtagcaacaggttctggaatttgtgtgttcctatcatatctcttgcagaaaagtaaggctgatgtgtatttgatttgg 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  39289945 tttgtatcaaaaagtgcttttagtagcaacaggttctgggatttgtgtgttcttatcatttctgttgcagaaaaataaggctgatgtgtgcttgatttgg 39290044  T
Q  711 gtggctaaagatattgaactgaactttggaaatgagataaaggaaatggtagagaaatatcccaaggacaaaattattgttcatgatactgttgtttctg 810  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  39290045 gtggctaaagatattgaaatgaactttggaaaagagataaaggaattggtggagaaatattccgaggacaaaatcattgttcatgatactgctgtttctg 39290144  T
Q  811 gtcgtcctaatgtggctgagatgagtgtgaatgctgctatt 851  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39290145 gtcgtcctaatgtggctgagatgagtgtgaatgctgctatt 39290185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 849
Target Start/End: Original strand, 39296229 - 39297063
Alignment:
Q  12 tattctctcgtactcacgatcaaaagcaacgacaaaaccaattcttctccggagatactcggtgttgcattcgccatcctctcactcattacactctctt 111  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||  ||| ||   ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||    
T  39296229 tattctctcgttctcacgatcacaaacaacgatgaaaaca---cttctccagagattctcggcgttgcattcgccattctctcgctccttacactcactt 39296325  T
Q  112 cgctcgcagcttttccagttattcgacatctccaccacaatgttttcgagcgaatccaccgtttttccggttggttagctcttatccttctatggttatt 211  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39296326 cgctctcagcttttccttttattcgtcatcttcaccacaacgtttttgagcgaatccaccgttttgccggttggttagctcttatccttctatggttttt 39296425  T
Q  212 cattcttcttactataagttacgagcctcgttcaaaaacctatcacataaccatttcaaagatgattaagaaacaagaatgttggttcactttagctatc 311  Q
    ||||||| | ||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39296426 cattcttttaacagtaagttgtgagcctagttcaaaaacctatcacataaccatttcaaagatgattaagaaacaagagtgttggttcactttagctatc 39296525  T
Q  312 acaattctcattatgattccttggttaagtattaaaaaagttcaagttagtgtcacagcaccatcaaatcatgcttcaattattaaatttgaaggtggtg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39296526 acaattctcattatgattccttggttaagtattaaaaaagtacaagttagtgtcacagcaccatcaaatcatgcttcaattattaaatttgaaggtggtg 39296625  T
Q  412 ttaaagcaggtttattaggtagaattagtccatcaccattatcagaatggcatgcatctggaatcatatcagatgacaaaaaggatcacatgatgctagc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  39296626 ttaaagcaggtttattaggtagaataagtccatcaccattatcagaatggcatgcatttggaatcatatcagatggaaaaaaggatcacatgatgctagc 39296725  T
Q  512 tggtgcagttggtgattttacaaaatcattagtttcttcacctcctaaacatctttggattcgctcagttcattttgctggattaccttatctagtgaat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39296726 tggtgcagttggtgattttacaaaatcattagtttcttcacctcctaaacatctttggattcgttcagttcattttgctggattaccttatctagtgaat 39296825  T
Q  612 ttgtatcaaaaagtgcttttagtagcaacaggttctggaatttgtgtgttcctatcatatctcttgcagaaaagtaaggctgatgtgtatttgatttggg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39296826 ttgtatcaaaaagtgcttttagtagcaacaggttctggaatttgtgtgttcctatcatatctcttgcagaaaagtaaggctgatgtgtatttgatttggg 39296925  T
Q  712 tggctaaagatattgaactgaactttggaaatgagataaaggaaatggtagagaaatatcccaaggacaaaattattgttcatgatactgttgtttctgg 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39296926 tggctaaagatattgaactgaactttggaaatgagataaaggaaatggtagagaaatatcccaaggacaaaattattgttcatgatactgttgtttctgg 39297025  T
Q  812 tcgtcctaatgtggctgagatgagtgtgaatgctgcta 849  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39297026 tcgtcctaatgtggctgagatgagtgtgaatgctgcta 39297063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University