View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16075_low_4 (Length: 505)

Name: NF16075_low_4
Description: NF16075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16075_low_4
NF16075_low_4
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (23-499)||(7192209-7192685)
chr5 (23-448)||(10652779-10653204)
chr5 (23-448)||(10660665-10661090)
chr5 (23-478)||(10763683-10764138)
chr5 (23-393)||(10747650-10748020)
chr5 (70-394)||(19606499-19606823)
chr5 (23-394)||(10610914-10611285)
chr5 (23-347)||(10741380-10741704)
chr5 (24-395)||(10217384-10217750)
chr5 (70-498)||(10564278-10564706)
chr5 (23-395)||(10603956-10604328)
chr5 (39-395)||(10558140-10558496)
chr5 (121-395)||(11049290-11049564)
chr5 (102-345)||(10717623-10717866)
chr5 (70-447)||(10589008-10589385)
chr5 (24-289)||(10601060-10601325)
chr5 (275-395)||(10580447-10580567)
chr5 (39-393)||(9836963-9837317)
chr5 (93-345)||(10550067-10550319)
chr5 (300-345)||(10601324-10601369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (31-480)||(17923951-17924400)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (23-468)||(12931483-12931928)
chr6 (23-480)||(12947848-12948305)
chr6 (31-345)||(12898782-12899096)
chr6 (31-484)||(12957290-12957743)
chr6 (31-344)||(12906402-12906715)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (89-396)||(31467794-31468101)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 499
Target Start/End: Original strand, 7192209 - 7192685
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192209 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 7192308  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7192309 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcagttaaaagtcttcaatatttagacctgt 7192408  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192409 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 7192508  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192509 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 7192608  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctcac 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7192609 aaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggattatagcagggattgttagtgcggtatctattcttctcac 7192685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 23 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10653204 - 10652779
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||  || ||||| |||| || |||  |||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  10653204 tggtagcttaccgagagaagtgggtatgctaagaaatatcaatgagttagatatctccgataattatctatcaggtgagattcctagaaccattggtgaa 10653105  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    ||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  10653104 tgcatagtcttagaatacctttctttgcaagggaactcgttcaacggaaccattccatccacattggcttcacttaaaggtcttcaatatttagacttgt 10653005  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  10653004 caagaaatcggttgtatggaccaattccaaatgttctacaaagtatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggagaagtacc 10652905  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
     | ||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||| || |    
T  10652904 gaaagaaggtgtctttggaaatataagtaggttagttgtgactggaaacgataaactttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgccttgcc 10652805  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacacca 448  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||    
T  10652804 aaagatatgaaatctgcaaaacacca 10652779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 23 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10661090 - 10660665
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||   | ||||||| |||    
T  10661090 tggtagcctaccaatagaagtgggtaaactaataagtatcaacaagctagatgtctcagataattatctatctggtgaaattccagtaaccattggtgaa 10660991  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    ||||||  ||||||   ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  10660990 tgcatagtcttagatagcctttatttgcaagggaactctttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaggtcttcaatatctagacttgt 10660891  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    || ||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10660890 caggaaatcgattgtctggaccgattccaaatgttctacagaatatatcagttttaaaacacttgaatgtatctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 10660791  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||  |||||||||| |    
T  10660790 aatggaaggtgtctttggaaatgtaagcaggttagttgtgactggaaacaataagctttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgccctgcc 10660691  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacacca 448  Q
    |||  ||||||   ||||||||||||    
T  10660690 aaatatattaattttgcaaaacacca 10660665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 10764138 - 10763683
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||| | | ||||| |||    
T  10764138 tggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgacatgctggatctatctgagaatcatctatctggtgatattcctaaaacaattggtgaa 10764039  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    |||| |  ||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| |    
T  10764038 tgcacaaccttagaataccttcaattgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagaccttt 10763939  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| | || |||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10763938 caagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatatctgtttaagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggcgaagtacc 10763839  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
    |||| | || || ||||||||||||  | |  |||  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||   |||||||||||    
T  10763838 aacaaatggcgtatttggaaatgtatcccaaatagaagtgactggaaacaagaagctttgtggaggtatttcccggctacatctaccatcatgccctgtc 10763739  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttag 478  Q
    || |||||||||| ||||||||  || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  10763738 aagggtattaaacatgcaaaacgacacaagttcaggttgatagcagtgatagttag 10763683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 10748020 - 10747650
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||  |   |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | | ||||| ||     
T  10748020 tggtagcttaccaagagaagtgggtttactaaaaaatattgattggctagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctacaacaattggtgat 10747921  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    |||| |  ||||||||||||     ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  || |||||||| |||||||||| |    
T  10747920 tgcacagccttagaataccttcacctgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcgaaggtcttcaacatttagaccttt 10747821  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||| |||| |||  |||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10747820 caagaaatcgattgtctgggtcaattcctgatgttatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtacc 10747721  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 393  Q
    || | | ||||| ||||||||||||| |||  |||   |||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10747720 aaaaaatggtgtatttggaaatgtaaccaaagtagaattgattggaaacaataagctttgtggaggtattt 10747650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 70 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19606823 - 19606499
Alignment:
Q  70 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 169  Q
    |||||||||| || ||||  || |||||| ||||| ||  | ||||||| ||||||||| |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||  ||||    
T  19606823 tagatgtctctgacaatcaactttctggtaacatttctgaaaccattggtgaatgcataagcttagaatatctttattttcaagggaactcctttcacgg 19606724  T
Q  170 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatata 269  Q
    || |||||||||||| || ||||| |||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||| || |||||     
T  19606723 aatcataccatcctctttagcttctcttagaggtcttcgatatttagacctatcaagaaatcggttgactggatcaattcctagtgttctgcaaaatatt 19606624  T
Q  270 tcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaa 369  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||  ||    ||||| |||||||| |    
T  19606623 tctgttttagaatacttgaatgtttcttttaacatgttggatggagaggttcctaaagaaggtgtctttggaaatgctagtgcattagcagtgaccggga 19606524  T
Q  370 acaataaactttgtggaggtatttc 394  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  19606523 acaataagctttgtggaggtatttc 19606499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 394
Target Start/End: Original strand, 10610914 - 10611285
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||| || |||||||  ||||||  | |  |||||||| |  |||| |||    
T  10610914 tggtagcttaccaagagaagtgggtatgctaaaaaatattaatatgctagatgtatctgagaatcaactatcttcttatcttcctagaacagttggtgaa 10611013  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    || ||| | |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |    
T  10611014 tgtataagtttagaataccttcttttgcaaggtaactccttcaatggaacaataccttcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagaccttt 10611113  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    ||| |||||  |||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||    
T  10611114 caacaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaggatatctcatgtttagaacacttgaatgtttcttttaacatgctggaaggtgaggtccc 10611213  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttc 394  Q
     ||| | ||||||||| |||||| |  |||  ||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10611214 gacaaatggtgtctttagaaatgcatccaaagtagcaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttc 10611285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 10741704 - 10741380
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  10741704 tggtagcataccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgacatgctagatctatctgagaatcgtctatctggtgatattcctagaacaattggtgaa 10741605  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    |||| |  ||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| |    
T  10741604 tgcacaaccttagaataccttcaattgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagaccttt 10741505  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| |  ||| ||| || | ||| ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  10741504 caagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgaagagtatctctggtttggaatacttgaatgtttcttttaacttattggaaggagaggtacc 10741405  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgta 347  Q
    |||| | ||||| ||||||||||||    
T  10741404 aacaaatggtgtatttggaaatgta 10741380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 10217750 - 10217384
Alignment:
Q  24 ggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaat 123  Q
    |||||| | ||||||||||| || |||||||||| |||    ||||||||||| || || |||  ||| | |||||| |||||||    |||||| ||||    
T  10217750 ggtagcttgccaagagaagttggcatgctaaaaaatattggtaagctagatgtttctgaaaataatctgtttggtgatattcctat---cattggtgaat 10217654  T
Q  124 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 223  Q
    || || |||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||||||| ||    
T  10217653 gcgtaagcttggaataccttcatttgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacctttc 10217554  T
Q  224 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacca 323  Q
     |||||||  || |||||| ||||||| |||||  |||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  10217553 cagaaatcaattttatggatcaattccaaatgtcatacagaatatctctggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacatgttggaaggggaggtacca 10217454  T
Q  324 acagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 395  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| || | || |  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10217453 acaaacggtgtctttggaaatgtaa-catg-taacaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttca 10217384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 70 - 498
Target Start/End: Original strand, 10564278 - 10564706
Alignment:
Q  70 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 169  Q
    ||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||| |    
T  10564278 tagatgtctctaagaatcatttatctggtgatattcctacagaaattggcgaatgtataagcttagaatatcttatgttgcaagggaacgccttcaacag 10564377  T
Q  170 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatata 269  Q
    ||| ||||| |||||  ||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| | || |||||     
T  10564378 aacaataccgtcctctatggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatc 10564477  T
Q  270 tcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaa 369  Q
    || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  | | ||||| ||||||||||||| | |  |||  ||||  ||||    
T  10564478 tctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagatgtaccattaaatggtgtatttggaaatgtaacccaaatagaagtgattggaa 10564577  T
Q  370 acaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagg 469  Q
    |||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||  |||| |||||| |||| ||||     
T  10564578 acaaaaagctttgtggaggtatttcccagctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaaacagaaaaagatcaggttgatggcagt 10564677  T
Q  470 gattgttagtgcggtatctattcatctca 498  Q
    |||  |||||| ||| ||| ||| |||||    
T  10564678 gataattagtgtggtttcttttcttctca 10564706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 395
Target Start/End: Original strand, 10603956 - 10604328
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |   | |||||||||| || |||| | | | ||| || |||||| || | ||||| |||    
T  10603956 tggtagcttaccaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggttagatgtctctgaaaatcatttgtgtggggagattcctggaactattggtgaa 10604055  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    |||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||||  | |    
T  10604056 tgcataagcttagaataccttcgtttgcaagggaactcattcaacggaacaataccatcctcttttgcttctctcaaaggtctacaatatttagatattt 10604155  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||    
T  10604156 caagaaatcaattgtatggaccaattcctgatgttttgcagaatatctctagcttagaacacttgaatgtttcctttaacatgttggaaggtgaggtgcc 10604255  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 395  Q
    |||| | ||||||||| |||||| || | |  ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  10604256 aacaaacggtgtctttcgaaatgcaacccaagtagcaatgatcggaaattataagctttgtggaggaatttca 10604328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 39 - 395
Target Start/End: Original strand, 10558140 - 10558496
Alignment:
Q  39 gaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaat 138  Q
    |||||||||| |||||||| ||| || ||||||||| |||| ||||||  | | |||||||| ||||||| | ||||||   |||||| | |||||||||    
T  10558140 gaagtgggtaggctaaaaaatattaataagctagatttctctgagaataatttgtctggtgaaattcctataaccattgatcaatgcaaaagcttagaat 10558239  T
Q  139 acctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgta 238  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |   || |||||| ||||| |||||||   | | | |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||     
T  10558240 acctttttttgcaaggaaattccttccatcaaatcataccttcctctttggcttatataagaggtcttcgatatttagacatgtcaagaaatcaattgtc 10558339  T
Q  239 tggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtcttt 338  Q
    |||| ||||||||||  |||| || ||||| ||   ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||    
T  10558340 tggatcaattcctaacattctgcaaaatatttctcgtttagaacacttgaacgtttcatttaacatgttggatggagaggttccaaaagaaggtgtcttt 10558439  T
Q  339 ggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 395  Q
     ||||||  |||| |||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10558440 agaaatgctagcaggttagcggtgttcgggaacaataagctttgtggaggtatttca 10558496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 121 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 11049564 - 11049290
Alignment:
Q  121 aatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacct 220  Q
    ||||| || |||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||  ||||||||||||    
T  11049564 aatgcgtaagcttcgaataccttctcttgcaagggaactccttcaatggaacaataccgtcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacct 11049465  T
Q  221 gtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggta 320  Q
     || |||||||  || |||||| ||||||| |||||| |||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11049464 ttctagaaatcaattttatggatcaattccaaatgttatacagaatatctttggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacctgttggaaggcgaggta 11049365  T
Q  321 ccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 395  Q
    |||||| | |||||||||||||||| || | |  ||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11049364 ccaacaaacggtgtctttggaaatgcaacccatgtagcaatgataggaaacaataagctttgtggaggtatttca 11049290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 102 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 10717866 - 10717623
Alignment:
Q  102 attcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaa 201  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||   |||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||      
T  10717866 attcctggaaccattggtgaatgcatgagcttggaatatcttcatttggaagggaactccatcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcaagg 10717767  T
Q  202 gtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaa 301  Q
     | |   |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| || |  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  10717766 ctttaagatatttagacctttcaagaaatcaattgtacggaccaattcctgatgttatgcagaaaatctatggtttagaacacttgaatgtttcttttaa 10717667  T
Q  302 catgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 345  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  10717666 catgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtttttgcaaatg 10717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10589385 - 10589008
Alignment:
Q  70 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 169  Q
    |||||||||| || |||| ||| || |||| ||||||  || ||||||| || ||||||  ||||||||||||   |||||||||||||   |||  |||    
T  10589385 tagatgtctctgaaaatcatctctcaggtggcattccaggaaccattggggattgcataaacttagaataccttcatttgcaaggaaaccttttcctcgg 10589286  T
Q  170 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccta-atgttctacagaatat 268  Q
    ||| ||||| | | | ||||| || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||||    
T  10589285 aacaatacctttcactttggcatctctcaaaggtcttcaatatttagacatgtcaagaaatcagttgtctggatcaattcctacaagtt-tgcagaatat 10589187  T
Q  269 atcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccgga 368  Q
         |  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||  |||    
T  10589186 tgttttcctagaatacttcaatgtatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatgaaaggtgtctttcaaaatgcaagcaggttagcaatgattgga 10589087  T
Q  369 aacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacc 447  Q
    |||||||| |||||||||||  ||| |  ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||    
T  10589086 aacaataagctttgtggaggagttttagagctgcatctaccgccatgccctatcaaagttataaaacctacaaaacacc 10589008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 289
Target Start/End: Original strand, 10601060 - 10601325
Alignment:
Q  24 ggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaat 123  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||  |   |||||||||||| ||||||| | | | ||| || ||| || || ||||||| ||||    
T  10601060 ggtagcttaacaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggctagatgtctctgagaatcatttgtgtggggagattactggaaccattggtgaat 10601159  T
Q  124 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 223  Q
       || |||||||||||||   ||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | || ||| |||| |||||||||||  | ||    
T  10601160 atgtaagcttagaataccttcatttgcaagagaattctttcaacggaacaataccatcctctttggctgctctcaaaggtctacaatatttagatatttc 10601259  T
Q  224 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaa 289  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| | ||||||| |||||||    
T  10601260 aagaaatcaattgtatggaccaattcctggtgttatggagaatatatctggtttagaatacttgaa 10601325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 275 - 395
Target Start/End: Original strand, 10580447 - 10580567
Alignment:
Q  275 tttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaat 374  Q
    ||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||   ||||  | |  |||||||||    
T  10580447 tttagaatacttagatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtctttggaaatgcaaccagagtagcaataattggaaacaat 10580546  T
Q  375 aaactttgtggaggtatttca 395  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  10580547 aaactttgtggtggtatttca 10580567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 9837317 - 9836963
Alignment:
Q  39 gaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaat 138  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||||| | | | ||||| ||||||||| | |||||||    
T  9837317 gaagtgggtttgctaaaaaatattcataagctagatgtctctgaaaatcatctgtcgggtgacattccaataacaattggtgaatgcataagtttagaat 9837218  T
Q  139 acctctttttgcaaggaaactc-cttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgt 237  Q
    ||||    || || || ||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||| || || |||  |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  9837217 accttcacttacaggggaactctcttc-acggaaccataccttccactttggcatctctcaaagttcttcaatatttagacatgtctagaaatcagttgt 9837119  T
Q  238 atggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctt 337  Q
     |||| |||||||| | | ||| || |||||     |  ||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||    
T  9837118 ctggatcaattcctgaaggtctccaaaatattgttttcctagaatacttcaatgcatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatcaatggtgtctt 9837019  T
Q  338 tggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 393  Q
    |  ||||| ||||   ||| | ||||| |||||||| || || |||||||| ||||    
T  9837018 taaaaatgcaagcggtttatcagtgactggaaacaacaagctctgtggaggaattt 9836963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 345
Target Start/End: Original strand, 10550067 - 10550319
Alignment:
Q  93 tctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggctt 192  Q
    |||||||| ||||||||| || | || |||||| || |||||||||||||  |||||  ||| || || ||||| |||| |||||||||||| ||||  |    
T  10550067 tctggtgagattcctagaaccttgggagaatgcttaagcttagaataccttattttgacagggaattcattcaatggaagcataccatcctctttggaat 10550166  T
Q  193 cacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgt 292  Q
    | || ||| |||||| |   |||||||| |||||||| |  || |  ||| ||||||| || ||| | || ||||| ||     ||||| |||| ||||     
T  10550167 ctctcaaaggtcttcgagtgttagacctctcaagaaaccaattatccggatcaattccaaaagttttgcaaaatatttcttcgatagaatacttcaatgc 10550266  T
Q  293 ttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 345  Q
     || ||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  10550267 atcattcaacatgctggaaggagaggtaccaactaaaggtgtctttcgaaatg 10550319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 300 - 345
Target Start/End: Original strand, 10601324 - 10601369
Alignment:
Q  300 aacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 345  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  10601324 aacatgttggaaggagaggtgccaacaaacggtgtctttggaaatg 10601369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 31 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 17924400 - 17923951
Alignment:
Q  31 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 130  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| ||| |    
T  17924400 taccaagagaagtgagtatgttaaaaaatattgaagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtataag 17924301  T
Q  131 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 230  Q
    |||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  17924300 cttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaat 17924201  T
Q  231 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 330  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |    
T  17924200 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatg 17924101  T
Q  331 gtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtat 430  Q
    |||| |||||||||| || | |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||     
T  17924100 gtgtatttggaaatgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaagggtag 17924001  T
Q  431 taaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 480  Q
     |||| ||||||||| || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  17924000 gaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtg 17923951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 468
Target Start/End: Original strand, 12931483 - 12931928
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  12931483 tggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattggtgaa 12931582  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    || | | ||||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| |    
T  12931583 tgtacaagcttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagaccttt 12931682  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  12931683 caagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtacc 12931782  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
     ||| | ||||| |||||||||| || | |  |||   |||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| ||    
T  12931783 gacaaatggtgtatttggaaatgcaacccaaatagacttgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatc 12931882  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcag 468  Q
    || ||||  |||| ||||||||| || ||  ||||| |||||||||    
T  12931883 aagggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcag 12931928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 480
Target Start/End: Original strand, 12947848 - 12948305
Alignment:
Q  23 tggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaa 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  12947848 tggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattggtgaa 12947947  T
Q  123 tgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgt 222  Q
    || | | ||||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| |    
T  12947948 tgtacaagcttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagaccttt 12948047  T
Q  223 caagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacc 322  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||    
T  12948048 caagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagagtatttgaatgtttcttttaacatgttggtaggagagatacc 12948147  T
Q  323 aacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtc 422  Q
     ||| | ||||| |||||||||| || | |  |||  ||||  |||||||| || || ||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| ||    
T  12948148 gacaaatggtgtatttggaaatgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctatgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatc 12948247  T
Q  423 aaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 480  Q
    || ||||  |||| |||||| || |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12948248 aatggtaggaaacatgcaaagcaacaaaagttcaggttgatagcagggatagttagtg 12948305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 12898782 - 12899096
Alignment:
Q  31 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||     |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| | ||  ||||| ||||| | | |    
T  12898782 taccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattaaaggattagatgtctctgggaatcatctatctggtgatattccgatagaaattggtgaatgtacaag 12898881  T
Q  131 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 230  Q
    | |||||||  |  |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  12898882 catagaatatattcttttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctcttaaaggtcttcaatatttagacttttcaagaaat 12898981  T
Q  231 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 330  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |    
T  12898982 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatg 12899081  T
Q  331 gtgtctttggaaatg 345  Q
    |||| ||||||||||    
T  12899082 gtgtatttggaaatg 12899096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 484
Target Start/End: Original strand, 12957290 - 12957743
Alignment:
Q  31 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 130  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| | |      
T  12957290 taccaacagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagatttagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtacaat 12957389  T
Q  131 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 230  Q
    |||||||||  |   ||||||| | |||  |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  12957390 cttagaatatattcgtttgcaaaggaacatcttcaatggaacaataccgtcctctttagcttctctcaaaggtcttcaatatttagacgtttcaagaaat 12957489  T
Q  231 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 330  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| | |    
T  12957490 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatattggaaggagaggtaccgacaaatg 12957589  T
Q  331 gtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtat 430  Q
    |||| |||||||||| |||| |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||     
T  12957590 gtgtatttggaaatgcaagccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccatctgcatctaccaccatgccctatcaagggtag 12957689  T
Q  431 taaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggt 484  Q
     |||| |||||| || || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  12957690 gaaacatgcaaagcaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgcggt 12957743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 344
Target Start/End: Original strand, 12906402 - 12906715
Alignment:
Q  31 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||     |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| | | |    
T  12906402 taccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgcagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtacaag 12906501  T
Q  131 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 230  Q
    |||||||||  |   ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  12906502 cttagaatatattcatttgcaaaggaactcctttaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaat 12906601  T
Q  231 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 330  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  12906602 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaaag 12906701  T
Q  331 gtgtctttggaaat 344  Q
    || | |||||||||    
T  12906702 gtttatttggaaat 12906715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 89 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 31468101 - 31467794
Alignment:
Q  89 tctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattg 188  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| || |||| || ||||| | |||||||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||  |     
T  31468101 tctatctggtgatattcctagaacgattggggaatgcgtaagcttggagtacctttatttgcaaggaaattccttccatggagtcataccaacctctcta 31468002  T
Q  189 gcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttga 288  Q
    |||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| |||| |  |||| |||| |||||||||| | |||||| ||||| ||  |  || || |||| |    
T  31468001 gcttcactgaaaggccttcaacatttagacctatcacgaaaccacttgtctggatcaattcctaaaggtctacaaaatatttctttcctacaatacttca 31467902  T
Q  289 atgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggagg 388  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  |||  || | || || || || |||||||| |||||||||||    
T  31467901 atgtatcttttaacatgttggaaggcgaggtaccaacggaaggtgtctttcaaaattcaagtgaggtggcggtaacaggcaacaataacctttgtggagg 31467802  T
Q  389 tatttcaa 396  Q
    | ||||||    
T  31467801 tgtttcaa 31467794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University