View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16077_high_15 (Length: 536)

Name: NF16077_high_15
Description: NF16077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16077_high_15
NF16077_high_15
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (12-521)||(44119083-44119594)
chr3 (54-254)||(7566448-7566643)
chr3 (38-103)||(25034974-25035039)
chr3 (13-103)||(798715-798808)
chr3 (77-196)||(27173702-27173813)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (34-456)||(10583607-10584032)
chr4 (110-297)||(8717963-8718147)
chr4 (154-250)||(17433449-17433545)
chr4 (216-299)||(25641954-25642037)
chr4 (216-293)||(18997365-18997442)
chr4 (334-468)||(25642104-25642238)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (34-409)||(7395012-7395384)
chr7 (164-341)||(27128657-27128833)
chr7 (181-296)||(19416313-19416428)
chr7 (168-292)||(4810456-4810579)
chr7 (110-250)||(31611813-31611950)
chr7 (42-175)||(19417689-19417819)
chr7 (375-496)||(27128500-27128621)
chr7 (189-231)||(29020652-29020694)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (151-392)||(20617902-20618143)
chr1 (181-469)||(25373087-25373376)
chr1 (115-392)||(14526595-14526866)
chr1 (110-396)||(15304535-15304812)
chr1 (151-337)||(12830525-12830710)
chr1 (110-291)||(15308421-15308599)
chr1 (181-296)||(19623656-19623771)
chr1 (193-245)||(32044631-32044683)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (34-346)||(15582904-15583214)
chr2 (151-261)||(22569600-22569710)
chr2 (211-296)||(15077355-15077440)
chr2 (110-291)||(32067373-32067550)
chr2 (151-250)||(27728339-27728438)
chr2 (412-523)||(27905453-27905564)
chr2 (130-250)||(22116512-22116629)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (154-453)||(15549221-15549527)
chr6 (169-253)||(28609182-28609266)
chr6 (372-526)||(24967578-24967734)
chr6 (223-341)||(24967737-24967855)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (144-260)||(18220856-18220972)
chr5 (75-340)||(18476171-18476433)
chr5 (155-249)||(16551097-16551191)
chr5 (115-250)||(13002551-13002683)
chr5 (115-250)||(13077209-13077341)
chr5 (375-453)||(39534905-39534983)
chr5 (382-507)||(22181951-22182076)
chr5 (41-143)||(18222020-18222122)
chr5 (110-177)||(2136455-2136519)
chr5 (375-496)||(39419972-39420092)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (110-467)||(11222701-11223056)
chr8 (151-250)||(26280048-26280147)
chr8 (181-225)||(40743457-40743501)
[»] scaffold0072 (1 HSPs)
scaffold0072 (53-251)||(36070-36264)
[»] scaffold0098 (1 HSPs)
scaffold0098 (40-207)||(3208-3372)
[»] scaffold0498 (1 HSPs)
scaffold0498 (168-251)||(2859-2942)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (169-233)||(18519-18583)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (376-485)||(23457-23566)
[»] scaffold0149 (1 HSPs)
scaffold0149 (154-250)||(32030-32126)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 521
Target Start/End: Original strand, 44119083 - 44119594
Alignment:
Q  12 gcagagagaagaagtcaccattgg---gctaggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaata 108  Q
    ||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44119083 gcagatagcagaagtcaccattggagggctaggaagcttgaaatcaagcttgttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattcata 44119182  T
Q  109 gcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttata 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44119183 gcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgcagtactactaa-ctggttggttgtatatgatttata 44119281  T
Q  209 cattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtct 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44119282 cattcaatataatatttagtttaaacttgtttttaatgctttgtcgatgatgtggtattccacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtct 44119381  T
Q  309 gactatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44119382 gactatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgggtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcat 44119481  T
Q  409 ttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcattaaccttagcaagagacgtacgttgaggaatatg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44119482 ttgaacaatcagttattttgtcacatatgcatcagaagtcagttggtttgatggatctcgtttcgttaaccttagtaagagacgtacgttgaggaatatg 44119581  T
Q  509 aggggttatatct 521  Q
    ||| |||||||||    
T  44119582 aggagttatatct 44119594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 7566643 - 7566448
Alignment:
Q  54 aagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagta 153  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||  | |||||||| | ||||||| ||  | | |||| |||||||||||||||  ||||||||||||   ||| |||    
T  7566643 aagcttgttgatgcttcaccaacattcaacaactctcctttgttagtcatgtacaccatg-gtaactaaactctctcctgtgttgggatt---ggatgta 7566548  T
Q  154 aatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtc 253  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |   ||||||  ||||||||||||||||||   ||||| || || ||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  7566547 aatagctaggaacctatgtagtagtctaaatctgactggttgtatatgatttatgttttcaacatgat-tttagtcaaaatttgttcttaatgctttgtc 7566449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 103
Target Start/End: Original strand, 25034974 - 25035039
Alignment:
Q  38 taggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttat 103  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25034974 taggaagattggaatcaagcttgttgatgcttctccaacatctatcaactctcctatgttagttat 25035039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 798808 - 798715
Alignment:
Q  13 cagagagaagaagtcaccattgg---gctaggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttat 103  Q
    ||||||| || ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||| || |||| ||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  798808 cagagagcaggagtcaccattggagggctaggaagcttggaatcaagtttgttgatgcttcgccaacatctatgatgtctcttatgttagttat 798715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 27173813 - 27173702
Alignment:
Q  77 atctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagta 176  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||     ||||| | |||||| ||||   |||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  27173813 atctattaactctcttatgctagttatgcatatcatgagtaact-----ctcttatatgttggaatta---gaagtatatagttatgaatctacgtagta 27173722  T
Q  177 ctactaatctggttggttgt 196  Q
    ||  ||||||||||| ||||    
T  27173721 ctcttaatctggttgattgt 27173702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 456
Target Start/End: Original strand, 10583607 - 10584032
Alignment:
Q  34 gggctaggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttg 133  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||| |||| ||    
T  10583607 gggctaggaagcttggaatcaagcttggtgatgcttctccaatatctatcaactatcttatgttagttatgcatatcatgggtatctaaactatcttgtg 10583706  T
Q  134 tgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaa 233  Q
    ||||||   | |  ||  ||||||   ||||| | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  10583707 tgttgg---tgtctgatttaaatatccaggaacc-atgtagtactcttaatctggctggttgtatatgatttttgcattcaatgtaatctttagtttaaa 10583802  T
Q  234 cttgttcttaatgctttgtcgatga--------tgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgt 325  Q
     | |||||||||| |||||||||||        |||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |    
T  10583803 ttcgttcttaatgttttgtcgatgaatcgatgatgtactattttgcaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagcctgactatctaaaggacat 10583902  T
Q  326 ggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttatt 425  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||  |||||| |||| ||    
T  10583903 ggtttaaattatgtataggtgttatc-gcatagagataacgggtaggtctatattcatatataactatttgcacttatgtcattaaaacaattagttgtt 10584001  T
Q  426 ttgtcacagatgcatcagaagtcagttggtt 456  Q
    ||| |||     |||||||||||||||||||    
T  10584002 ttgccaccacctcatcagaagtcagttggtt 10584032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 8718147 - 8717963
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatac 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| | |||| ||||||  |||| ||| |||||||||  ||||||| |    
T  8718147 catgggtaactaaactctcttttgtgttgggatt---ggatgtaaatagttaggattttatgcagtactcttaatatggctggttgtattcgatttatgc 8718051  T
Q  210 attcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagc 297  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| ||||| || || || ||||  |||||| |||||||||||||    
T  8718050 atttaatataatctttagtttaaatatgttcttaattctttgacgacgatgtagtgttacataatttatcttttaatttagtttgagc 8717963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17433545 - 17433449
Alignment:
Q  154 aatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |||  || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||    
T  17433545 aatagctaggattctatgtagcactcttagtctggctgattgtatatgatttatgcattcaatataatctttggtttaaatgtgttcttactgcttt 17433449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 216 - 299
Target Start/End: Original strand, 25641954 - 25642037
Alignment:
Q  216 tataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcct 299  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| || ||   |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  25641954 tataatctttagtttaaatttattcttaatgttttgtcgatgatgtagtgttctgcaattaatcttttgatttagtttgagcct 25642037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 216 - 293
Target Start/End: Original strand, 18997365 - 18997442
Alignment:
Q  216 tataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagttt 293  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||   ||  ||||||| |||||| |||||||||    
T  18997365 tatattctttagtttaaatatgttcttaatgttttgtcgatgatgtgaagttctacaattgatcttttaatttagttt 18997442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 334 - 468
Target Start/End: Original strand, 25642104 - 25642238
Alignment:
Q  334 ttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcaca 433  Q
    ||||| || ||||| |||| | ||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||  | || |||| || |  ||||||| | || |||| |||     
T  25642104 ttatgcataggtgttatcacgttagagatagcgagtaagtctatattcatgtataactatccgcgcgtatgccactgaaacaatcggctagtttgccacc 25642203  T
Q  434 gatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcg 468  Q
    |||||||   ||||||||||||| |||||||||||    
T  25642204 gatgcatggaaagtcagttggttcaatggatctcg 25642238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 7395384 - 7395012
Alignment:
Q  34 gggctaggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttg 133  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||| |  ||| |||| ||||||||||||||||  |    
T  7395384 gggctaggaatcttggaatcaagcttgttgatgcttctccaacagctatcaactctcttatgttcgttctatatatcatgggtaactaaactctcttcgg 7395285  T
Q  134 tgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaa 233  Q
    |||| || ||   |||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7395284 tgttagggtt---ggatataaatagttaggaatctatgtagtaatattaatcttgcttgttatataagatttatgcattcaatataacctttagtttaaa 7395188  T
Q  234 cttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaag 333  Q
      ||||||||||||||||| ||  |||| || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  || ||||||||     
T  7395187 tgtgttcttaatgctttgttgacaatgtagtgttccataattgatcttttgatttagtttgagcctagtcagcctgactatcaaaattatatggtttaaa 7395088  T
Q  334 ttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcatt 409  Q
     ||||  | | ||  ||||   |||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||    
T  7395087 ctatgattagatgctatcacattagagatattgggtaggtttatattcatgtatacctatatgagtttatgccatt 7395012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 164 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27128833 - 27128657
Alignment:
Q  164 aatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtgg 263  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||| || |  |||| |    
T  27128833 aatctatgtagtactattaatcttgttggttgtatatgatttatacattcaatataat-tttagtttaaatatgttcttaatactttatcaacaatgtag 27128735  T
Q  264 tatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttatgtat 341  Q
    | || | |||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27128734 tcttccgcaattgatcttttgatttagtcaaagcctagtaagtcttgatatctaaaggatatggtttaaattatgtat 27128657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 181 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 19416428 - 19416313
Alignment:
Q  181 taatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtct 280  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||| || ||   |||||| |||    
T  19416428 taatctgaatggttgtatatgatttatgtattcaatataatctttagtttaaattcgttcttattgctttgtcgaggatgtagtgttatgcaattgatct 19416329  T
Q  281 tttgatttagtttgag 296  Q
    ||||||||||||||||    
T  19416328 tttgatttagtttgag 19416313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 168 - 292
Target Start/End: Original strand, 4810456 - 4810579
Alignment:
Q  168 tatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatt 267  Q
    |||||||||||  || | ||| ||||||||||||||||||   ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  4810456 tatgtagtactcttagtttgggtggttgtatatgatttatgttttcaagattat-tttagtttaaatttgttcttaatgctttgccgatgatgtagtgtt 4810554  T
Q  268 tcacaattggtcttttgatttagtt 292  Q
      ||||||| ||| |||||||||||    
T  4810555 caacaattgatctattgatttagtt 4810579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31611950 - 31611813
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatac 209  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||   || |||||||| | ||| |||||| |||| |  |||  ||| | ||| ||||||||| || |    
T  31611950 catgggtaactaaactatattttgtgttgggatta---gatgtaaatagcttggattctatgcagtaatcttaacatggctagttatatatgattcatcc 31611854  T
Q  210 attcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  31611853 attcaatataatctttagtttaactttgttcttaaagcttt 31611813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 19417819 - 19417689
Alignment:
Q  42 aagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttggga 141  Q
    ||||||| | |||||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||   ||| ||||||||| ||| |||||||| | |     
T  19417819 aagcttggattcaagcttgttgatgcatctccaacatctatcaactctcttatattagttatacatcttatgggtaactaaattcttttttgtgtcgag- 19417721  T
Q  142 ttattggaagtaaatagttaggaatctatgtagt 175  Q
      |||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  19417720 --attggatgtaaatagctaggaacctatgtagt 19417689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 375 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 27128621 - 27128500
Alignment:
Q  375 tatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcat 474  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||  ||   |||||||   ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||  ||| ||||||  || |    
T  27128621 tatattcatgtataacttttcgagcttatgctataaaaacaatcgactattttgtcacggatgcatcgaaagtcagttgtttctatgcatctcgcgtcgt 27128522  T
Q  475 taaccttagcaagagacgtacg 496  Q
    ||||||||||  ||||||||||    
T  27128521 taaccttagccggagacgtacg 27128500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29020694 - 29020652
Alignment:
Q  189 ttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagttta 231  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  29020694 ttggttgtatatgatttatgtatttaatataatctttagttta 29020652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 151 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 20618143 - 20617902
Alignment:
Q  151 gtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  20618143 gtaaatagataggaatctatgtagtactcttaatctggttggttgtatatgatttatggattcaatataatctttaatttaaattcatttttaatgcttt 20618044  T
Q  251 gtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcat 350  Q
    ||||  ||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||  ||| |||| |||| |||||||| |  | |||||| ||||||||  |||| ||    
T  20618043 gtcggcgatgtagtgttccacaattgatcttttgattttgtttgaggttagccagtttgacaatctaaaggacatagtttaaattatgtatatgtgttat 20617944  T
Q  351 catgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataacta 392  Q
       | ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  20617943 agcgttagagataacgtgtatgtctatattcatgtataacta 20617902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 181 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 25373376 - 25373087
Alignment:
Q  181 taatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtct 280  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||   | |||||||| |||||||| ||||| || || | |||||| |||    
T  25373376 taatctggtttgttgtatacgatttatgcattaaatttaatcttcagtttaaatccgctcttaatgttttgtcgacgatgtagtgttccgcaattgatct 25373277  T
Q  281 tttgatttagtttgagcc-tagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatat 379  Q
    |||||||||||||||||| |||||   || ||||||||| | |  |||||||| |||  ||| ||||  ||| || ||| | ||| | ||| || |||||    
T  25373276 tttgatttagtttgagccatagtcgaccttactatctaagggacatggtttaaattaattataggtgctatcgtgttagtgttaacgggtaggtctatat 25373177  T
Q  380 tcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgt 469  Q
    ||||||||||||||  |  |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25373176 tcatgtataactatccgcacttatgccatttaaacaatcagatattttgccactgacgtatcagaagtcagttggttcaattgatctcgt 25373087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 115 - 392
Target Start/End: Original strand, 14526595 - 14526866
Alignment:
Q  115 gtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattca 214  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |  |||| ||||||     ||||||||||||||||||    
T  14526595 gtaactaaaccctcttttgtgttgggatt---ggatgtaaatagataggattctatgtagtattcttaatatggttga----atatgatttatacattca 14526687  T
Q  215 atataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcc-tagtcagtctgacta 313  Q
    ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| | |  |||| || ||  ||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| | || ||||    
T  14526688 atatactttttagtttaaatttcttcttaatgctttgcctactatgtagtgttctacaattgatatttttatttagtttgagccttagtcggccttacta 14526787  T
Q  314 tctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataacta 392  Q
    || || | |  |||||||  |||||||||||||| |||  | ||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||    
T  14526788 tccaagggacatggtttatattatgtattggtgttatcgcgttagagataataggtaggtctatattcatgtataacta 14526866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 15304812 - 15304535
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatac 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    || ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||      
T  15304812 catgggtaactaaactctcttttgtgttaggattt---gatgtaaaaagctacaaatctatgtagtactattaatctgattggttgtatacgatttatgt 15304716  T
Q  210 attcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctg 309  Q
     ||||||||||| ||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  |||| || || | |||||| ||||||||||||| | || |||||| ||| ||    
T  15304715 tttcaatataat-tttagttaaaattcatttttaatgttttgtcgacaatgtagtgttccgcaattgatcttttgatttagctagaccctagtaagtatg 15304617  T
Q  310 actatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatca-tgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttg 396  Q
     ||||||||      |||||||| |||||||| ||||| |||| | || |||||  |||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  15304616 gctatctaa-----ttggtttaaattatgtataggtgttatcactcat-gagatcgtgagtaggtctatattcatgtataactttttg 15304535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 151 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 12830710 - 12830525
Alignment:
Q  151 gtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    |||||||  ||||||||||| || | ||  |||| || |||||||| |||||||||  |||||||||| || |||||||||||    |||||||||||||    
T  12830710 gtaaataactaggaatctatatacttctcttaatttgattggttgtgtatgatttacgcattcaatatgat-tttagtttaaatccattcttaatgcttt 12830612  T
Q  251 gtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttat 337  Q
    ||||| ||||| || || | |||||| |||||| ||| |||  ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  12830611 gtcgacgatgtagtgttccgcaattgatcttttaattcagtcagagcctagtaagcctgactatctaaaggatatggtttaaattat 12830525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 15308599 - 15308421
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttat-a 208  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||   || ||| |||| || |||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||      
T  15308599 catgggtaactaaactctcttttatgttggaatta---gatgtatatagctatgaatttatgtagtactcttaatctggtttgttgtatatgatttatct 15308503  T
Q  209 cattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagt 291  Q
      ||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||  || ||| | || || |||||||| ||||||||||||||    
T  15308502 ttttcaatataat-tttagttaaaattcgttcttaatgttttgaagacgatatagtgttccacaattgatcttttgatttagt 15308421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 296
Target Start/End: Original strand, 19623656 - 19623771
Alignment:
Q  181 taatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtct 280  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||| |||| |   ||||| || ||   |||||| |||    
T  19623656 taatatggttggttgtatatgatttatccattcaatgtaatctttagtttaaatatgtttttaatgatttgcccgcgatgtagtgttctgcaattgatct 19623755  T
Q  281 tttgatttagtttgag 296  Q
    ||||||||||||||||    
T  19623756 tttgatttagtttgag 19623771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 245
Target Start/End: Original strand, 32044631 - 32044683
Alignment:
Q  193 ttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaat 245  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  32044631 ttgtatatgatttatgcattcaatataacctttggtttagatttgttcttaat 32044683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15583214 - 15582904
Alignment:
Q  34 gggctaggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttg 133  Q
    ||||||||||||||| | || | ||| |||| ||||  | |||||||||||||  |||| ||||||||||  ||  |||  |||||||||||||||||||    
T  15583214 gggctaggaagcttggattccaacttgttgatgcttatccaacatctatcaaccttcttttgttagttatacatttcattggtaactaaactctcttttg 15583115  T
Q  134 tgttgggattattggaagtaa-atagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaa 232  Q
    ||||| |||||   || |||| |||| ||| | ||| |||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  15583114 tgttgagatta---gatgtaagatagctagaattctttgtagtgctcttaatatgggtggttgtatatgatttatgtattaaatataatctttagtttaa 15583018  T
Q  233 acttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcc-tagtcagtctgactatctaaagaatgtggttta 331  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||| | |  |||||||    
T  15583017 ttctgttcttaatgctttgtcgatgatgtgatgttccacaa-tgatcttttgatttagtttgagccttagtcggccttactatctaagggacatggttta 15582919  T
Q  332 agttatgtattggtg 346  Q
    | |||||||| ||||    
T  15582918 aattatgtataggtg 15582904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 261
Target Start/End: Original strand, 22569600 - 22569710
Alignment:
Q  151 gtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |  | |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| || | |||||||||||  ||||||||||  |||    
T  22569600 gtaaatagttaggattctatgtagtattcttcatcttgttagttgtatatgatttatctattcaatgtagtatttagtttaaatctgttcttaattgttt 22569699  T
Q  251 gtcgatgatgt 261  Q
    | |||||||||    
T  22569700 gccgatgatgt 22569710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 15077440 - 15077355
Alignment:
Q  211 ttcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgag 296  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||| |||||| ||||| ||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15077440 ttcaatgtaatctttagtttaaatatgttattaatgttttgtagataatgtattgtttcacaattgatcttttgatttagtttgag 15077355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 32067550 - 32067373
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatac 209  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    ||  ||||||  ||||||| |||||| |||   |||| ||| |||||||||||||||||||     
T  32067550 catgagtaactaaactctctcttgtgttgtgattt---gatataaataactaggaatatatgtaatacgcttaatttggatggttgtatatgatttatat 32067454  T
Q  210 attcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagt 291  Q
     ||||| ||||| |||||| ||||  | ||||||||| |||||||   |||| || |  |||||||| ||||||||||||||    
T  32067453 tttcaacataat-tttagtctaaatcttttcttaatgttttgtcgccaatgtagtgtgccacaattgatcttttgatttagt 32067373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27728438 - 27728339
Alignment:
Q  151 gtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||   || ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||    
T  27728438 gtaaatagttaagattctatatagtacttttaatcttcctgattgcatatgatttatgcattcaatataaactttgatttaaatatgttcttaatgcttt 27728339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 412 - 523
Target Start/End: Original strand, 27905453 - 27905564
Alignment:
Q  412 aacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcattaaccttagcaagagacgtacgttgaggaatatgagg 511  Q
    |||||| |||||||||  ||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||  | |  || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||    
T  27905453 aacaatgagttatttttccactgatgcattagaagtcagttgtttctatggacttggcgtcgttaaccttagcaggagacgtacgttgagggataggtgg 27905552  T
Q  512 ggttatatctga 523  Q
     |||||||||||    
T  27905553 agttatatctga 27905564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 250
Target Start/End: Original strand, 22116512 - 22116629
Alignment:
Q  130 tttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtt 229  Q
    |||||||||||||||   || |||||||| ||||  ||| || |||| |  |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  22116512 tttgtgttgggatta---gatgtaaatagctaggcctctctgcagtatttttaatctggctagttgtatatgatttatgcattcaatataatccttggtt 22116608  T
Q  230 taaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||    |||||||||||||    
T  22116609 taaatcatttcttaatgcttt 22116629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 154 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 15549527 - 15549221
Alignment:
Q  154 aatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtc 253  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |  |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||      
T  15549527 aatagctaggaatctatgtagtacttttaatctgactttttgtgtatgatttatgcattcaatataatttttagtttaaattccttctcaatgctttgct 15549428  T
Q  254 gatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttatgta-------ttggtg 346  Q
    |   |||| || || | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |  |||||||| |||||||       | ||||    
T  15549427 ggcaatgtagtgttccgcaattaatcttttgatttagtctgagcctagtcagcttgactatctaaaggacatggtttaaattatgtataggtattaggtg 15549328  T
Q  347 tcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaag 446  Q
      |||||  || ||||| || ||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||   ||||||||  ||||||||||| |||| |||||| |    
T  15549327 ctatcatcctaaagatagtgggtaggtctatattcatgtataactatccgagcttatgtcatagaaacaatcaactattttgtcactgatgtatcagagg 15549228  T
Q  447 tcagttg 453  Q
    |||||||    
T  15549227 tcagttg 15549221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 169 - 253
Target Start/End: Original strand, 28609182 - 28609266
Alignment:
Q  169 atgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtc 253  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  28609182 atgtagtactattaatctgattggttgtatatgatttatgcattcaatataatcttttgtttaaatttgttcttgatgttttgtc 28609266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 372 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 24967734 - 24967578
Alignment:
Q  372 gtttatattcatgtataactatttgagc--ttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgt 469  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||  |||||||   ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |    
T  24967734 gtttatattcaagtataactatatgagcgcttatgtcattgaaacaatcgactattttgccatagatgcatcaaaagtcagttggttcaatgcatctcat 24967635  T
Q  470 ttcattaaccttagcaagagacgtacgttgaggaatatgaggggttatatctgatga 526  Q
     || |||||||||||| ||||| |||  ||||| ||||| |  ||||||||||||||    
T  24967634 gtcgttaaccttagcatgagacatacactgagggatatgtgaagttatatctgatga 24967578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 223 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 24967855 - 24967737
Alignment:
Q  223 tttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaa 322  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||| || || |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  24967855 tttagtttaaatttgttcttaatgctttgtcatttatgtagtgttccacaatcgatcttttgatttagtttaagcctagtcagcctgattatctaaagga 24967756  T
Q  323 tgtggtttaagttatgtat 341  Q
      ||||||||  |||||||    
T  24967755 catggtttaaactatgtat 24967737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 144 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 18220972 - 18220856
Alignment:
Q  144 attggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttctta 243  Q
    ||||||||||||| | ||| | ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  18220972 attggaagtaaatggctagaattctatgtggtactcttaatttggttggttgtatatgatttatgcattcaatataatttttagtttaaatttattctta 18220873  T
Q  244 atgctttgtcgatgatg 260  Q
    |||||||||||| ||||    
T  18220872 atgctttgtcgacgatg 18220856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 18476433 - 18476171
Alignment:
Q  75 acatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtag 174  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||  ||   ||| |||||||||| |||||||||| ||   ||||| || |||||||| ||||||||||||||     
T  18476433 acatctatcaactctcttgtgatatttatgcatcttatgggtaactaaacactcttttgtgctg---ttattcgatgtaaatagctaggaatctatgtat 18476337  T
Q  175 tactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaat 274  Q
    | ||  |||| | | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||| || ||  |||||    
T  18476336 tgctcttaatattgatggttgtatatgatttacgcattcaatataatctttagtttaaatatgttcttaatgtttttccgacaatgtagtgttcaacaat 18476237  T
Q  275 tggtcttttgatttagtttgagcctagtcagtctgactatctaaagaatgtggtttaagttatgta 340  Q
    ||||   || ||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  18476236 tggttactttatttagtatgagccttgtcaacctggctatctaaaggacatggtttaaattatgta 18476171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 16551191 - 16551097
Alignment:
Q  155 atagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctt 249  Q
    |||||||||  ||||||||| |||  |||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||    
T  16551191 atagttagggttctatgtagaacttgtaatctggcttgttgtatatgatttttgcattcaatataatatttagtttaaatctattcttaatgctt 16551097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13002683 - 13002551
Alignment:
Q  115 gtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattca 214  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||   || |||||||  || || |||||||| ||||  |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  13002683 gtaactaaaatttctttcgtgttgggatta---gatgtaaatatctaagattctatgtattactcttaatttggctagttgtatatgatttatgcattca 13002587  T
Q  215 atataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||  | |||||||| ||||    
T  13002586 atataatctttggtttaaatatattcttaatacttt 13002551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13077341 - 13077209
Alignment:
Q  115 gtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattca 214  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||   || |||||||  || || |||||||| ||||  |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  13077341 gtaactaaaatttctttcgtgttgggatta---gatgtaaatatctaagattctatgtattactcttaatttggctagttgtatatgatttatgcattca 13077245  T
Q  215 atataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||  | |||||||| ||||    
T  13077244 atataatctttggtttaaatatattcttaatacttt 13077209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 375 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 39534983 - 39534905
Alignment:
Q  375 tatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttg 453  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||   ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  39534983 tatattcatgtataacttttcgagcttatgtcatataaataatcgactattttgccactgatgcatcagaagtcagttg 39534905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 382 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 22182076 - 22181951
Alignment:
Q  382 atgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcattaacctt 481  Q
    ||||||| || ||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||| |||| || |||  ||||| ||||| ||  |||||||| || || ||||||||    
T  22182076 atgtataccttttttagcttatgtcatataaacaatcaactattttgccacacatacattggaagtaagttgtttctatggatcttgtgtcgttaacctt 22181977  T
Q  482 agcaagagacgtacgttgaggaatat 507  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||    
T  22181976 agcaagagacgtatgctgagggatat 22181951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 18222122 - 18222020
Alignment:
Q  41 gaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttggg 140  Q
    |||||||| | |||||| | |||| ||||| | ||||||||| ||   |||| |||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  18222122 gaagcttgtattcaagcatattgatgcttctccaacatctatgaatgttcttttgttagttatgaattccatgggtaactaaactctcttttgtgttgag 18222023  T
Q  141 att 143  Q
    |||    
T  18222022 att 18222020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 2136519 - 2136455
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtac 177  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||   || ||||||||||| | ||||| ||||||    
T  2136519 catgagtaattaaactctcttttgtgttaggattat---aaataaatagttagaattctatttagtac 2136455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 39420092 - 39419972
Alignment:
Q  375 tatattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcat 474  Q
    |||||| |||||||||| || |||||||||||||   || |||  | ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||||    |    
T  39420092 tatatttatgtataacttttcgagcttatgtcatagaaaaaattggctatttttccaccgatgcatcagaagtcagttgttttg-tggatctcgtgatgt 39419994  T
Q  475 taaccttagcaagagacgtacg 496  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  39419993 taaccttagcaagagatgtacg 39419972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 110 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 11223056 - 11222701
Alignment:
Q  110 catgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatac 209  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||   || |||||||||||| | |||||||||||||  |||| || ||||| |||||| ||||||      
T  11223056 catgggtaactaaactctattttgtgtcggaatta---gatgtaaatagttagtattctatgtagtacttttaatttgtttggtcgtatattatttatga 11222960  T
Q  210 attcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttgtcgatgatgtggtatttcacaattggtcttttgatttagtttgagcc-tagtcagtct 308  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||   |||||||||||||||| ||  |||| || || |||||||| ||||||||||||||  ||||| ||  | || |    
T  11222959 attcaatttaaacttttgtttaaatccgttcttaatgctttgttgacaatgtagtgttccacaattgatcttttgatttagtgagagccttaaccggtgt 11222860  T
Q  309 gactatctaaagaatgtggtttaagttatgtattggtgtcatcatgatagagataatgagtatgtttatattcatgtataactatttgagcttatgtcat 408  Q
     || |||||||     |||||||| | ||||||  |||| ||||   |||| | | |  ||| || ||||||||||||||||||| || || |||| |||    
T  11222859 taccatctaaattgcatggtttaaataatgtatatgtgttatcacattagaaaaagtaggtaggtatatattcatgtataactatctgcgcgtatgccat 11222760  T
Q  409 ttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctc 467  Q
    |  ||||||  ||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  11222759 tgaaacaattggttattttgccactgatgcatcaaaagtcggttggttcaatggatctc 11222701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26280147 - 26280048
Alignment:
Q  151 gtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||||  |||||||  |  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||    
T  26280147 gtaaatatctaggattctatgtattactcttaatctgactaattgcatatgatttatgcattcaatataatcttaggtttaaatctgttcttaatgcttt 26280048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 225
Target Start/End: Original strand, 40743457 - 40743501
Alignment:
Q  181 taatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatcttt 225  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  40743457 taatctgattggttgtatatgatctatgcattcaatataatcttt 40743501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0072 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0072
Description:

Target: scaffold0072; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 251
Target Start/End: Original strand, 36070 - 36264
Alignment:
Q  53 caagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttgggattattggaagt 152  Q
    ||||||| |||| ||||| | ||||| ||| |||||| || ||||||| ||  ||  |||| ||||||||||| | |||| || |||||||   ||| ||    
T  36070 caagcttgttgatgcttctctaacatttattaactcttttgtgttagtcatgcatttcatgtgtaactaaactatattttttgctgggatt---ggatgt 36166  T
Q  153 aaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttg 251  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||  ||||||||   ||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  36167 aaatatctagaaatctatgtagtacttttaatctggccagttgtatatgacttatgcatccaatataat-tttagtttaaacatgttcttaatactttg 36264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0098 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0098
Description:

Target: scaffold0098; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 207
Target Start/End: Original strand, 3208 - 3372
Alignment:
Q  40 ggaagcttgaaatcaagcttcttgacgcttcacaaacatctatcaactctcttatgttagttattaatagcatgagtaactaaactctcttttgtgttgg 139  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||| ||||| | |||||  |||||||||  | ||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  3208 ggaagcttggagacaagcttattgatgcttctccaacattcatcaactcttctttgttagttatgcatatcatgggtaactaaactttcttttatgttgg 3307  T
Q  140 gattattggaagtaaatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttat 207  Q
    |   |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||||  || ||| | ||||||||||||    
T  3308 g---attggatgtaaataggtagaaatctatgtagtactcttaattcggctggatatatatgatttat 3372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0498 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0498
Description:

Target: scaffold0498; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 251
Target Start/End: Original strand, 2859 - 2942
Alignment:
Q  168 tatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgctttg 251  Q
    ||||||||||   |||||||| | |||||||||||||||| || | ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  2859 tatgtagtacgcttaatctggattgttgtatatgatttatgcaattaatataatcttttatttaaatttgttcttaatgctttg 2942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 18583 - 18519
Alignment:
Q  169 atgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaa 233  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  18583 atgtagtactcttaatctggctggttatacatgatttatgcattcaatttaatatttagtttaaa 18519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 23566 - 23457
Alignment:
Q  376 atattcatgtataactatttgagcttatgtcatttgaacaatcagttattttgtcacagatgcatcagaagtcagttggttaaatggatctcgtttcatt 475  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||||||||   |||||||   |||||| ||||||||||||  ||||||| ||| ||  ||||||||| | || ||    
T  23566 atattcatgtataactttccgagcttatgtcatagaaacaatcgactattttttcacagatgcattcgaagtcacttgtttctatggatctcatgtcgtt 23467  T
Q  476 aaccttagca 485  Q
    || |||||||    
T  23466 aatcttagca 23457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 154 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 32126 - 32030
Alignment:
Q  154 aatagttaggaatctatgtagtactactaatctggttggttgtatatgatttatacattcaatataatctttagtttaaacttgttcttaatgcttt 250  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||| | || ||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||    
T  32126 aatagctaggattctatgtaccactattcatgtggatggttgtctatcatttatgaattcaatataatctttggtttaaatccgttcttaaggcttt 32030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University