View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16077_high_2 (Length: 773)

Name: NF16077_high_2
Description: NF16077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16077_high_2
NF16077_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-755)||(10518622-10519363)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 10519363 - 10518622
Alignment:
Q  14 cataggtgcaacccttggtagagtagggtaggttaaagtaccaagaatgaaccagttgaagcttaaaagagcaactgcatcagaagcaggtttattttta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519363 cataggtgcaacccttggtagagtagggtaggttaaagtaccaagaatgaaccagttgaagcttaaaagagcaactgcatcagaagcaggtttattttta 10519264  T
Q  114 atgctgaagaaaaactgcacaacactcttcaaagacatgcctactacagcaaagagagctacaataagaggcatgcaagggtcatcagcttcccaaacag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519263 atgctgaagaaaaactgcacaacactcttcaaagacatgcctactacagcaaagagagctacaataagaggcatgcaagggtcatcagcttcccaaacag 10519164  T
Q  214 ttactccaactataagtgacaaaaccgcgctgaaaattgattgcgaaatggcaacatatcggtgatgatcgagtacttcactcacttctatgtcttttga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519163 ttactccaactataagtgacaaaaccgcactgaaaattgattgcgaaatggcaacatatcggtgatgatcaagtacttcactcacttctatgtcttttga 10519064  T
Q  314 gattggttccggttcagtagcggaattagcatgtgctgatttttgtcctgttttcaagagtttaagcaactcaattcgagttttgtcttcgtcttcccac 413  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10519063 gattggttccggtttagcagcggaattagcaggtgctgatttttgtcctgttttcaagagtttaagcaactcaattcgagttttgtcctcgtcttcccac 10518964  T
Q  414 atatctttgtgcatcagaagatccttaagggaaacttcattttcgctgttaccggatttccatgacagggtaggaggaggaatgccattgtttgttttgt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10518963 atatctttgtgcatcagaagatccttaagggaaacttcattttcgctgttaccggatttccatggcaggttaggaggaggaatgccattgtttgtttttt 10518864  T
Q  514 caatctttcggtcattgtcaatgttttgatctttggagttccagtatccctttccttgaatttctttaagccggagattttcgtttatctgacccctcaa 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10518863 caatctttcggtcattgtcaatgttttgatctttggagttccagtatccctttccttgaatttctttaagccggagattttcgtttatctgacccctcaa 10518764  T
Q  614 ctgtcaacaagagatagtaacaaattattaacaaagtcaacaaaaatggtagtggttttaattttttaacattgctgatattgacatatcgctcgctata 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10518763 ctgtcaacaagagatagtaacaaattattaacaaagtcaacaaaaatggtagtggttttaattttttaacattgctgatattaacatatcgctcgctata 10518664  T
Q  714 ttaaatgtcgattggaagctaagtcttcgaacctgggcagat 755  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10518663 ttaaatgtcgattggaagctaagtcttcgaacctgggcagat 10518622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University