View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16077_high_5 (Length: 623)

Name: NF16077_high_5
Description: NF16077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16077_high_5
NF16077_high_5
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-603)||(6774460-6775062)
chr5 (278-606)||(6725217-6725556)
chr5 (262-461)||(7095588-7095787)
chr5 (278-461)||(6740474-6740657)
chr5 (5-366)||(6762251-6762636)
chr5 (236-461)||(6717325-6717550)
chr5 (278-438)||(6749558-6749719)
chr5 (525-597)||(6740289-6740361)
chr5 (172-239)||(6717565-6717632)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (556-590)||(27021-27055)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (556-590)||(281864-281898)
chr6 (544-585)||(29957926-29957967)
chr6 (556-596)||(1408283-1408323)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (556-590)||(5781689-5781723)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 6775062 - 6774460
Alignment:
Q  1 caatgatttgtcggatcgacctaaagaagagatagagagactagagactctcttaagagaatgggaacagattgtaacaaaaagcaataagcttacttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6775062 caatgatttgtcggatcgacctaaagaagagatagagagactagagactctcttaagagaatgggaacagattgtaacaaaaagcaataagcttacttgg 6774963  T
Q  101 aagaactttttgtcttttccaagataccaatcaaagcttcagaagcaacgtcagaagcttgaaagatactcgtctgttaatgttcaacttgagaataaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6774962 aagaactttttgtcttttccaagataccaatcaaagcttcagaagcaacgtcagaagcttgagagatactcgtctgttaatgttcaacttgagaataaaa 6774863  T
Q  201 ctgatttgatgaagctgagggataaggtggatgaaattttgaagagaatggtgaattcgggtcagtttgatgggaaacaaataaggggtttgtctggtgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6774862 ctgatttgatgaagctgagggataaggtggatgaaattttgaagagaatggtgaattcgggtcagtttgatgggaaacaaataaggggtttgtttggtgc 6774763  T
Q  301 tcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgcttctgtacttgttttgactggtttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6774762 tcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgcttctgtacttgttttgactggtttg 6774663  T
Q  401 ggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagctctgctgggaaccacaaatcaaaggtactgcttctcnnnnnnncactaaattattgtcgattgact 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  6774662 ggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagctctgctgggaaccacaaatcaaaggtattgcttctctttttttcactaaattattgtcgattgact 6774563  T
Q  501 tatttgagcttatcaaccagcttcggagaacttgtagaaatagatgttcatgatgtgttttcagcttatttccatgagctctctatgataatttatagta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6774562 tatttgagcttatcaaccagcttgggagaacttatagaaatagatgttcatgatgtgttttcagcttatttccatgagctctctatgatagtttatagta 6774463  T
Q  601 ctt 603  Q
    |||    
T  6774462 ctt 6774460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 278 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 6725556 - 6725217
Alignment:
Q  278 caaataaggggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgctt 377  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  || ||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  6725556 caaattagaggtttgtatggtgctcctcaagagcctgaatttattggaatggttaagcaatttaatgagttgaaggttgaattgatgaaggatggtgctt 6725457  T
Q  378 ctgtacttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagctctgctgggaaccacaaatcaaaggtactgcttctcnnnnnnn 477  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||| ||||||||           
T  6725456 ctgtgcttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaaccactcttgctaagaagctctgttgtgatccactaatcaaacgtattgcttctcttttttt 6725357  T
Q  478 cactaaattattg-----------tcgattgacttatttgagcttatcaaccagcttcggagaacttgtagaaatagatgttcatgatgtgttttcagct 566  Q
    |||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6725356 cactaaattattgtgatgcatgtttcgattgacttatttcagcttatcaaccagcttgggagaacttatagaaatagatgttcatgatgtgttttcagct 6725257  T
Q  567 tatttccatgagctctctatgataatttatagtactttat 606  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6725256 tattaccatgagttctctatgataatttatagtactttat 6725217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 262 - 461
Target Start/End: Original strand, 7095588 - 7095787
Alignment:
Q  262 tcagtttgatgggaaacaaataaggggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattg 361  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  7095588 tcagtttgataggaatcaaataaggggtttgtgtggtgctcctgaagagcctgtatgcatgggaatggatgaacctttaaataagttgaagattgaattg 7095687  T
Q  362 atgaagaagggtgcttctgtacttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagctctgctgggaaccacaaatcaaaggta 461  Q
    |||||  | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7095688 atgaaagatggtgtttctgtgcttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaaccactcttgctaagaagctctgttgggaaccacaaatcaaaggta 7095787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 278 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 6740657 - 6740474
Alignment:
Q  278 caaataaggggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgctt 377  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||  || ||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  6740657 caaattaggggtctgtgtggtgctcctcaggagcctgaatttattggaatggttaagcaatttaatgagttgaaggttgaattgatgaaggatggtgctt 6740558  T
Q  378 ctgtacttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagctctgctgggaaccacaaatcaaaggta 461  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  6740557 ctgtgcttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaaccactcttgctaagaagctctgctgggaacaagaaatcaaaggta 6740474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 6762636 - 6762251
Alignment:
Q  5 gatttgtcggatcgacctaaagaagagatagagagactagagactctcttaagagaatgggaacagattgtaacaaaaagcaataagcttacttggaaga 104  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| ||||| |||||||| | ||| || ||||   ||||||||| ||||||||||||||||    
T  6762636 gatttgttggatcgaccaaaagaagagataggaagattagaggctctcgtaagagaaggtgaagagcttgttggaaaaagcaagaagcttacttggaaga 6762537  T
Q  105 actttttgtcttttccaagataccaatcaaagcttcagaagcaacgtcagaagcttgaaagatactcgtctgttaatgttcaacttgagaataaaactga 204  Q
    ||||||  | ||||||| | ||||||  ||||||| ||||||||     ||||||||| ||| ||| |  ||||||||| ||| | |||||||||| |||    
T  6762536 acttttatttttttccaggttaccaaggaaagcttaagaagcaagacgcgaagcttgagagacacttgaatgttaatgtgcaagtcgagaataaaaatga 6762437  T
Q  205 tttgatgaagctgagggataaggtggatgaa---------attttgaag---------agaatggtgaattcgggtcagtttgatgggaaacaaataagg 286  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||         |||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6762436 tttgatggagctgagggttaaggtggatgaaatgtacaagattttgaagattgtgaatagaatggtgagtttgggtcagtttgatgggaaacagataagg 6762337  T
Q  287 ggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatga------gcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaa 366  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  6762336 ggtttgtgtggtgctcctgaagagcctggatttattggaatggatgagccggcgcctttgaataatttgaaggttaaattgatgaa 6762251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 236 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 6717550 - 6717325
Alignment:
Q  236 attttgaagagaatggtgaattcgggtcagtttgatgggaaacaaataaggggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagc 335  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |  || || ||||| |||| ||||||||||||||||||| | | ||| ||| | |||||||    
T  6717550 attttgatgagaaaggagaatttgggtcagtttgatggaagtcagattaggggattgtgtggtgctcctgaagagcctcagtgtatgggagttgatgagc 6717451  T
Q  336 ctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgcttctgtacttgttttgactggtttgggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagct 435  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  ||||  | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6717450 ctttgaataagttgaagattcaattattgaaagatggtgtttctgtacttgttttgactggtttaggtggatctggtaaaagcactcttgctaagaagct 6717351  T
Q  436 ctgctgggaaccacaaatcaaaggta 461  Q
     || ||| | ||||||||||||||||    
T  6717350 ttgttggaatccacaaatcaaaggta 6717325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 278 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6749719 - 6749558
Alignment:
Q  278 caaataaggggtttgtctggtgctcctgaagagcctgaatttattggaatggatgagcctttgaataagttgaagtttgaattgatgaagaagggtgctt 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||| ||    
T  6749719 caaataaggggtttgtgtggtgctcctgaagagcctgtatgcatgggaatggatgaacctttgaataagttgaagattgagttgatgaaggatggtgttt 6749620  T
Q  378 ctgtacttgttttgactggtttgggtggatctggt-aaaagcactcttgctaagaagctctg 438  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  6749619 ctgtactttttttgactggtttgggtggatctggtaaaaaccactcttgccaagaagctctg 6749558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 525 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 6740361 - 6740289
Alignment:
Q  525 ggagaacttgtagaaatagatgttcatgatgtgttttcagcttatttccatgagctctctatgataatttata 597  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6740361 ggagaacttacagaaatagatgttcataaggtgttttcagcttatttcaatgagctctctatgatagtttata 6740289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 6717632 - 6717565
Alignment:
Q  172 gtctgttaatgttcaacttgagaataaaactgatttgatgaagctgagggataaggtggatgaaattt 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||  || |||||||||||||||||    
T  6717632 gtctgttaatgttcaacttgagaataaaaaagatttgatcaagctggtggctaaggtggatgaaattt 6717565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 556 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 27055 - 27021
Alignment:
Q  556 tgttttcagcttatttccatgagctctctatgata 590  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27055 tgttttcagcttatttccataagctctctatgata 27021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 556 - 590
Target Start/End: Original strand, 281864 - 281898
Alignment:
Q  556 tgttttcagcttatttccatgagctctctatgata 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  281864 tgttttcagcttatttccatgagctctctaggata 281898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 544 - 585
Target Start/End: Original strand, 29957926 - 29957967
Alignment:
Q  544 atgttcatgatgtgttttcagcttatttccatgagctctcta 585  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  29957926 atgttcatgatctattttcagcttatttccataagctctcta 29957967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 556 - 596
Target Start/End: Original strand, 1408283 - 1408323
Alignment:
Q  556 tgttttcagcttatttccatgagctctctatgataatttat 596  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  1408283 tgttttcagcttatttccataagctctatatgataacttat 1408323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 556 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 5781723 - 5781689
Alignment:
Q  556 tgttttcagcttatttccatgagctctctatgata 590  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5781723 tgttttcagcttatttccataagctctctatgata 5781689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University