View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16077_low_1 (Length: 814)

Name: NF16077_low_1
Description: NF16077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16077_low_1
NF16077_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-797)||(31835807-31836604)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 797
Target Start/End: Original strand, 31835807 - 31836604
Alignment:
Q  15 caaaggagaagaaaccacataaacaaaaaacaaaattagggacaacgtaataatcctaaaggattaacaaaccatacaaatacaaacaagagtcttttga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  31835807 caaaggagaagaaaccacataaacaaaaaacaaaattagggacaaagtaacaatcctaaaggattaacaaaccattcaaatacaaacgagagtcttttga 31835906  T
Q  115 tacatgctccaaaagctttctccaagatgttaaccaacaaactcaagaatagaaaataccttatagagttcaatttttcaagcattttacaagagtcatt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31835907 tacatgctccaaaagctttctccaagatgttaaccaacaaactcaagaatagaaaataccttatagagttcaatttttcaagcaatttacaagagtcatt 31836006  T
Q  215 ttagaaatacaaaccaaaaaccaagaaagaaattgaaaacatactaagtgattgaaaagaagatgaatgatcaccactgacacga--------------- 299  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  31836007 ctagaaacacaaaccaaaaaccaagaaagaaattgaaaacatactaagtgattgaaaagaagatgaatgatcaccactgacacgaggaagataagatcga 31836106  T
Q  300 aaaggtgatcatcataaggatctcttgcagcttgtcaagctgcctggttagattcactgatgcaggaattgaagattgaagtgaaaaggcctataaaagc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31836107 aaaggtgatcatcataaggatctcttgcagcttgtcaagctgcctggttagattcactgatgcaggaattgaagattgaagtgaaaaggcctataaaagc 31836206  T
Q  400 tcctatttgataacaagtcaacgataaatttagcgaagaatcctgtatctcatgataggagcaaacatattgaaactaggttccattttctgagagtgca 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31836207 tcctatttgataacaagtcaacgataaatttagcgaagaatcctgtatctcatgataggagcaaacatattgaaactaggttccattttctgagagtgca 31836306  T
Q  500 agtttagaagtaggaattgacagtagcttactgtcctgccaataagcaagttgctgatgttttgacaaaggctttgaagactgaccagtttgcaaggcta 599  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31836307 agttcagaagtaggaattgacagtagcttactgtcctgccaataagcaagttgcttatgttttgacaaaggctttgaagactgaccagtttgcaaggcta 31836406  T
Q  600 agaagagaacttggagttgtatcatttttgttgtgattttgtattaagggatggtgttgtaagtaatacgaaaccaattcagtttttacagttagtaatt 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31836407 agaagagaacttggagttgtatcatttttgttgtgattttgtattaagggatggtgttgtaagtaatacgaaaccaattcagtttttacagttagtaatt 31836506  T
Q  700 cagttagtgtaactgataatttgttacatagcagttcatataaataagtactagttgcactatgtagtatttgtgagaaattaataaaagttctcaag 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31836507 cagttagtgtaactgataatttgttacatagcagttcatataaataagtactagttgcactatgtagtgtgtgtgagaaattaataaaagttctcaag 31836604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University