View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16077_low_30 (Length: 438)

Name: NF16077_low_30
Description: NF16077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16077_low_30
NF16077_low_30
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (82-418)||(39726364-39726700)
chr5 (82-418)||(38987651-38987981)
chr5 (82-382)||(39879760-39880060)
chr5 (83-402)||(40418230-40418543)
chr5 (83-385)||(39168793-39169098)
chr5 (83-220)||(3299480-3299620)
chr5 (83-220)||(3392373-3392513)
chr5 (86-227)||(39399809-39399950)
chr5 (83-227)||(1163680-1163824)
chr5 (83-227)||(1849912-1850059)
chr5 (263-400)||(3299639-3299779)
chr5 (263-400)||(3392532-3392672)
chr5 (310-400)||(1163549-1163639)
chr5 (310-400)||(1850100-1850190)
chr5 (112-214)||(40102213-40102315)
chr5 (334-366)||(39400042-39400074)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (83-402)||(25912113-25912429)
chr4 (148-214)||(44444772-44444838)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 418
Target Start/End: Original strand, 39726364 - 39726700
Alignment:
Q  82 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  39726364 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatc 39726463  T
Q  182 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39726464 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 39726563  T
Q  282 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39726564 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 39726663  T
Q  382 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctac 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39726664 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctac 39726700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 82 - 418
Target Start/End: Original strand, 38987651 - 38987981
Alignment:
Q  82 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  38987651 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatc 38987750  T
Q  182 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38987751 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggagga------gaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 38987844  T
Q  282 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38987845 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 38987944  T
Q  382 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38987945 agaccctcaactactcttcaagataacagcagcctac 38987981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 82 - 382
Target Start/End: Original strand, 39879760 - 39880060
Alignment:
Q  82 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39879760 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 39879859  T
Q  182 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39879860 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 39879959  T
Q  282 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39879960 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 39880059  T
Q  382 a 382  Q
    |    
T  39880060 a 39880060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 83 - 402
Target Start/End: Original strand, 40418230 - 40418543
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 182  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40418230 gccaaaaaatattgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 40418329  T
Q  183 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  40418330 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctgg------aggagaaggaggagctgacaccaacatcaatatcaaccttcctgctgccatttt 40418423  T
Q  283 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 382  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40418424 gatcaccaagattagttatgccgaagagaatggtagagttgttgctcttcatgataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 40418523  T
Q  383 gaccctcaactactcttcaa 402  Q
    ||| || |||| ||||||||    
T  40418524 gacactaaactcctcttcaa 40418543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 83 - 385
Target Start/End: Original strand, 39168793 - 39169098
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 182  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  39168793 gccaaaaaatatcggttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaagattttggaaataatgacacaacttttcaaatcaaaactcatctaggtcatattt 39168892  T
Q  183 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 282  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |   || || |||||||||| ||||||| | ||||  | ||||||||||||| |||||    
T  39168893 taaaatccggtgactatgctcttggttatgacttgtctggacgtaaagaaggaggaggagctaacaccaatatcaatggcgaccttcctgctgcaatttt 39168992  T
Q  283 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtaga---gttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaa 379  Q
    ||| | ||||| ||||||||  ||||  |||||||||   ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  39168993 gattaccaagagtagttatgatgaagaaaatggtagaattgttgttgttgttgagggtaagtgggaatctgattatcaactctttttaaaagatctacaa 39169092  T
Q  380 caagac 385  Q
    ||||||    
T  39169093 caagac 39169098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 83 - 220
Target Start/End: Original strand, 3299480 - 3299620
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3299480 gccaaaaaatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgta 3299579  T
Q  180 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299580 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 3299620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 83 - 220
Target Start/End: Original strand, 3392373 - 3392513
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3392373 gccaaaaaatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgta 3392472  T
Q  180 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392473 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 3392513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 86 - 227
Target Start/End: Original strand, 39399809 - 39399950
Alignment:
Q  86 aaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaa 185  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39399809 aaaaaataccgtttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaaaattttggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcatattttaa 39399908  T
Q  186 aacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 227  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39399909 aatccggtgactatgctcttggttatgacttgtctggaggag 39399950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1163824 - 1163680
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga-cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 181  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163824 gccaaaaaatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtcaaagatattggaaataataatcaca-cttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 1163726  T
Q  182 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1163725 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgcctgaaggag 1163680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 227
Target Start/End: Original strand, 1849912 - 1850059
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 179  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1849912 gccaaaaaatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaggactcatcttagtcgta 1850011  T
Q  180 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1850012 ttttaaaacctggtgaccatgctcttggttatgacctgcctgaaggag 1850059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 263 - 400
Target Start/End: Original strand, 3299639 - 3299779
Alignment:
Q  263 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3299639 aaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 3299738  T
Q  360 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 400  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  3299739 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttc 3299779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 263 - 400
Target Start/End: Original strand, 3392532 - 3392672
Alignment:
Q  263 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3392532 aaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 3392631  T
Q  360 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 400  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  3392632 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttc 3392672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 310 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 1163639 - 1163549
Alignment:
Q  310 gaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1163639 gaatggtagagttgttcctgttcaggataagtgggaatctggttatcaactcttcttaaaagatctacaacaagaccctaaactcctcttc 1163549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 310 - 400
Target Start/End: Original strand, 1850100 - 1850190
Alignment:
Q  310 gaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 400  Q
    ||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  1850100 gaatggtagagttattcctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatttacaacaagaccctaaactcctcttc 1850190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 40102315 - 40102213
Alignment:
Q  112 ggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaaacccggtgaccatgctcttggttat 211  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |  ||| | |||| ||||||||| |||  | |||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  40102315 ggttgctcgtgtgaaagattttggaaagaatgacacgagatttaatatcaagactcatctgggttatcttttgaaatttggtgaccatgcttttggttat 40102216  T
Q  212 gac 214  Q
    |||    
T  40102215 gac 40102213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 334 - 366
Target Start/End: Original strand, 39400042 - 39400074
Alignment:
Q  334 ggataagtgggaatctgattatcaactcttctt 366  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39400042 ggataagtggcaatctgattatcaactcttctt 39400074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 83 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 25912429 - 25912113
Alignment:
Q  83 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25912429 gccaaaaaatatcgtttagctgatgatgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattc 25912330  T
Q  183 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 282  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25912329 taaaacccgatgaccatgctcttggttatgacctgtctagaggag---gagaaggaggagctaacaccaacaccaataacaaccttcatgctgccatttt 25912233  T
Q  283 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 382  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||    
T  25912232 gatcaccaagattagttatgccgaagagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaattatctacagcaa 25912133  T
Q  383 gaccctcaactactcttcaa 402  Q
    |||||| ||||  |||||||    
T  25912132 gaccctaaactgatcttcaa 25912113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 148 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 44444838 - 44444772
Alignment:
Q  148 aacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgac 214  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  44444838 aacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaaacctggtgactatgctcttggttatgac 44444772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University