View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16078_high_1 (Length: 921)

Name: NF16078_high_1
Description: NF16078
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16078_high_1
NF16078_high_1
[»] chr8 (30 HSPs)
chr8 (18-908)||(15936667-15937554)
chr8 (310-722)||(15965370-15965779)
chr8 (310-903)||(16004082-16004666)
chr8 (310-725)||(19185031-19185441)
chr8 (310-725)||(15984098-15984510)
chr8 (685-900)||(19188520-19188732)
chr8 (310-725)||(15952735-15953147)
chr8 (310-903)||(19150898-19151494)
chr8 (444-574)||(15977460-15977590)
chr8 (423-654)||(19146779-19147010)
chr8 (423-574)||(19126553-19126704)
chr8 (484-628)||(19188744-19188887)
chr8 (18-129)||(19188886-19188993)
chr8 (320-518)||(15939155-15939347)
chr8 (816-903)||(19184850-19184940)
chr8 (310-389)||(15977342-15977421)
chr8 (805-875)||(19344606-19344676)
chr8 (814-875)||(19470125-19470186)
chr8 (814-875)||(19541049-19541110)
chr8 (814-875)||(19591588-19591649)
chr8 (799-888)||(15952566-15952661)
chr8 (814-873)||(19410246-19410305)
chr8 (814-873)||(19457265-19457324)
chr8 (814-873)||(19523754-19523813)
chr8 (801-888)||(15984586-15984679)
chr8 (805-875)||(19404185-19404255)
chr8 (620-725)||(15977608-15977713)
chr8 (795-884)||(15965852-15965947)
chr8 (556-701)||(15938957-15939103)
chr8 (310-380)||(15984001-15984071)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 841; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 841; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 15937554 - 15936667
Alignment:
Q  18 acctattttgcttgtaaatacatcgccaaaattcctgcaagcaggcttgtcctcatacttttggcaccctttattggtgttgtagccataacacacatca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15937554 acctattttgcttgtaaatacatcgccaaaattcctgcaagcaggcttgtcctcatacttttggcaccctttataggtgttgtagccataacacacatca 15937455  T
Q  118 gcccttgctaaagtatctcctttcctattcctgtttatcaactgcccatttcccaatagagcccatattgtaaagtcttcatcatttgacagtgtaaatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15937454 gcccttgctaaagtatctcctttcctattcctgtttatcaactgcccatttcccaatagagcccatattgtaaagtcttcatcagttgacagtgtaaatg 15937355  T
Q  218 agatggaatcttcactctcattcgacacagatgtgtactgaacttctttatcttcagctatatgctcaaatttattttgtctgatcaacttaccactttt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15937354 agatggaatcttcactctcattcgacacagatgtgtactgaacttctttatcttcagctatatgctcaaatttattatgtctgatcaacttaccactttt 15937255  T
Q  318 ccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttgaattagca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15937254 ccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttgaattagca 15937155  T
Q  418 atccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccaca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15937154 atccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccaca 15937055  T
Q  518 acacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtgaagcgtaaag 617  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15937054 acacagtgttcttctgagtatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtgaagcgtaaag 15936955  T
Q  618 ggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggtctcggttagcg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15936954 ggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggtctcggttagcg 15936855  T
Q  718 atccacacatgccagtcatttcctccgggagatatgctgagataagcgaggtaattatcaaaatcagttaatatttcaaatttcatgcaatatttacctt 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  15936854 atccacacatgccagtcatttcctccgggagatatgctgagataagcgagg---ttatcaaaatcatttaattgttcaaaattcatgcaatatttacctt 15936758  T
Q  818 gtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttggcattgatagaagtattatc 908  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15936757 gtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttggcattgagagaagtattatc 15936667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 310 - 722
Target Start/End: Original strand, 15965370 - 15965779
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttg 409  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||        |||    
T  15965370 ccacttgtccaatatactttttctctatgcttgatgaccaattcttttcttgtgggttcccactcaagcctgaatgtaccagaagctgggc------ttg 15965463  T
Q  410 aattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 509  Q
    |||    ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15965464 aatcgctaatgcttgaaaccagtgaccatttttcaccagttttacgattcacacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 15965563  T
Q  510 ttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttcta---ttcaaaggttgatgt 606  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||| |||   ||  || ||||| ||    
T  15965564 ttgccacaaaacaatgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgtatccaacaaggtggcaacaatattactactattgttagaatgttgacgt 15965663  T
Q  607 gaagcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggt 706  Q
    ||||| || ||| |||||||||  || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15965664 gaagcatacaggattattggttcaccgattttggattctattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggt 15965763  T
Q  707 ctcggttagcgatcca 722  Q
    |||  |||||||||||    
T  15965764 ctctattagcgatcca 15965779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 310 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 16004666 - 16004082
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttg 409  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      |||    
T  16004666 ccacttgtccaatatactttttctctatgcttgatgaccaattcttttattgtgggttcccactcaagcctgaatggaccagaagctggga------ttg 16004573  T
Q  410 aattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 509  Q
    ||  |  |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  16004572 aaccactaatgtatgaaaccagtgaccagttttcaccagttttacgattcacacctagtttcatctcaggaagccaactatcagttggatgatcaaaact 16004473  T
Q  510 ttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtgaa 609  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| ||| |||||||  | || ||||||||| |||||    
T  16004472 ttgccacaaaacaatgttcttctcaatatctttcaacacaaagtcacctttatctaacaaggtggcaacaatagtactattgtttaaaggttgaggtgaa 16004373  T
Q  610 gcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggtctc 709  Q
    |  || ||| |||||||||  || | ||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||||  || || ||||   |||||||| |||||| ||    
T  16004372 gaatacaggattattggttcaccgattttggattctattttgagcacaccagagtagtctagtgatagaacagctgaatttttgtcaacaagttggtttc 16004273  T
Q  710 ggttagcgatccacacatgccagtcatttcctccgggagatatgctgagataagcgaggtaattatcaaaatcagttaatatttcaaatttcatgcaata 809  Q
     |||||| ||||||||   |||   | | |||  || |  |||||||||||||| |||   ||| ||| | |  ||   |   | ||| |||||||||||    
T  16004272 tgttagcaatccacaccacccaagtagtacctttggcaactatgctgagataagtgag---attttcagattgcgtagtttggttaaaattcatgcaata 16004176  T
Q  810 tttaccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttggcattgatagaagta 903  Q
    | |||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  16004175 tctaccttgtttagaacacaaatcggatgtggcattcagtttatctcctggcttcatactatcaatattttctgctttgacatagatagaagta 16004082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 310 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 19185441 - 19185031
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaat-caagcctgaatggaccagaagctggtaatagtttt 408  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||  | |      ||    
T  19185441 ccacttctccaataaactttttctctatgcttgatgaccaattcttttatgttgggttcccaattcaagcctgaatggaccaggagcatgga------tt 19185348  T
Q  409 gaattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaac 508  Q
    | || |   || | ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19185347 gtatcactgattcttgataacagtgaccaattttgaccagttttgtgatttacacctaatttcatcctagggagcaaactatcggttggatgatcaaaac 19185248  T
Q  509 tttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtga 608  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||  | || ||||||||| ||||    
T  19185247 tttgccacaacacaatgttcttctgaatatctttcaaaacaaagttacctgtatccaacaaggttgcaacaatagtactgttgttaaaaggttgaggtga 19185148  T
Q  609 agcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggtct 708  Q
    ||  || ||| |||||||||  |||| ||||||||| ||||||||  ||||||| | ||  |||||||  ||||| ||||   ||||| ||||||||| |    
T  19185147 agaatacaggattattggttcaccaattttggattctattttgagcacaccagagtagtctagtgatagaactgctgaatttttgtcagcaggttggttt 19185048  T
Q  709 cggttagcgatccacac 725  Q
    | |||||| ||||||||    
T  19185047 ctgttagcaatccacac 19185031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 310 - 725
Target Start/End: Original strand, 15984098 - 15984510
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttg 409  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||      | ||  |||    
T  15984098 ccacttgtccaataaactttttctctacgcttgataaccaattcttttcttgtggcttcccactcaagcctgaatggaccaggag------acagaattg 15984191  T
Q  410 aattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 509  Q
     || |  ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15984192 tatcactaatacttgaaaccagagaccagttttcaccagttttaagattcacacctaatttcataccagggagtaaactatcggttggatgatcaaaact 15984291  T
Q  510 ttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccac---attagtacttctattcaaaggttgatgt 606  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||   || | ||||  | || |||||| |  ||    
T  15984292 ttgccacaaaacaaagttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgtatccaacaacgtggcaacgatataactactattgttaaaaggtggtggt 15984391  T
Q  607 gaagcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggt 706  Q
    ||||| || ||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||  | ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  15984392 gaagcatacaggattattggtttgccaattttggattctatttttagcacaccagagtagtttagtgatagaattgctgaattaatgtcaacaggttggt 15984491  T
Q  707 ctcggttagcgatccacac 725  Q
     || |||||  ||||||||    
T  15984492 ttctgttagaaatccacac 15984510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 685 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 19188732 - 19188520
Alignment:
Q  685 gaatccatgtcaacaggttggtctcggttagcgatccacacatgccagtcatttcctccgggagatatgctgagataagcgaggtaattatcaaaatcag 784  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||  ||| |||| |||||||| |||||||   ||||||||| ||    
T  19188732 gaatccatgtgaacaggttggtctcggttagctacccacacataccagtcatttcctctaggaaatatactgagataggcgaggt---tatcaaaattag 19188636  T
Q  785 ttaatatttcaaatttcatgcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgc 884  Q
    |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  19188635 ttaattgttcaaatttcattcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatatggcattcagtttatctccttgcttcaaactatcattattttcagc 19188536  T
Q  885 tttggcattgatagaa 900  Q
    |||| |||||| ||||    
T  19188535 tttgacattgagagaa 19188520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 310 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 15953147 - 15952735
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttg 409  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| |||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||   | |      |||    
T  15953147 ccacttgtccaataaactttttctctacgcttgataaccaattcttttcttgtggcttcccattcaagtctgaatggaccaggagtcagaa------ttg 15953054  T
Q  410 aattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 509  Q
     || |  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15953053 tatcactaattcttgaaaccagtgaccagttttcaccagttttatgattcacacctaatttcattccagggagtaaactttcggttggatgatcaaaact 15952954  T
Q  510 ttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttcta---ttcaaaggttgatgt 606  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  ||  | |||||   || |||||| |  ||    
T  15952953 ttgccacaatacaatgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgtatccaacaacgtggcaacgatataatttctattgttaaaaggtggtggt 15952854  T
Q  607 gaagcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggt 706  Q
    ||||| || | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||    ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  15952853 gaagcatacatgattattggttttccaattttggattctatttttagcacaccagagtagtttagtgatagatttgctgaattaatgtcaacaggttggt 15952754  T
Q  707 ctcggttagcgatccacac 725  Q
     || |||||  ||||||||    
T  15952753 ttctgttagaaatccacac 15952735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 310 - 903
Target Start/End: Original strand, 19150898 - 19151494
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttg 409  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||   |||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||  | |      |||    
T  19150898 ccacttgtccaataaactttttctctacgcttgataaccaattcttttctcgtggcctcccattcaagactgaatggaccaggagccagaa------ttg 19150991  T
Q  410 aattagcaatccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaact 509  Q
    ||| |  ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  19150992 aatcactaatgcttgaaaccagcgaccagttttcaccagttttacgattcacacctaatttcataccagggagtaaactgtcggttggatgatcaaaact 19151091  T
Q  510 ttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattc---aaaggttgatgt 606  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  ||  | |||||||    |||||| || ||    
T  19151092 ttgccacaacacaatgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgtatccaacaacgtggcaacgatataatttctattgttaaaaggtggaggt 19151191  T
Q  607 gaagcgtaaagggttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggt 706  Q
    ||||| || | | |||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||    ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  19151192 gaagcatacaagattattggtttaccaattttggattctatttttagcacaccagagtagtttagtgatagacttgctgaattaatgtcaacaggttggt 19151291  T
Q  707 ctcggttagcgatccacacatgccagtcattt---cctccgggagatatgctgagataagcgaggtaattatcaaaatcagttaatatttcaaatttcat 803  Q
     || |||||  ||||||||   ||| |||| |   |||  |  | ||||||||||||||| |||||   | |||  ||| ||   |   | |||  ||||    
T  19151292 ttctgttagaaatccacactaaccaatcatctttccctttgccaaatatgctgagataagtgaggt---tttcaggatccgtattttggttaaaactcat 19151388  T
Q  804 gcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggca------ttcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttggcattgata 897  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||      |||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  19151389 gcaatatttaccttgtttagaacacaacgtagatgtggcactgacattcagtatatctcctggcttcatactatcagtattttctgctttgacatagata 19151488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 444 - 574
Target Start/End: Original strand, 15977460 - 15977590
Alignment:
Q  444 accagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttc 543  Q
    |||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  15977460 accagttttacgattcacgcgtaatttcatcccagggagcaaactatcggttgaatgattaaaactttgccacaacacaatgttcttcagaatatctttc 15977559  T
Q  544 aacacaaagttacctgaatccaacaaggtgg 574  Q
    |  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  15977560 acaacaaagttaccagtatccaacaaggtgg 15977590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 423 - 654
Target Start/End: Original strand, 19146779 - 19147010
Alignment:
Q  423 tgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccacaacaca 522  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||    
T  19146779 tgaaaccagtgaccagttttcacaagttttatgattcacacctaatttcatcccggggaggaaacaatcggttggatgatcaaaactttgccgctaaaca 19146878  T
Q  523 gtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtgaagcgtaaagggtta 622  Q
    || ||| ||||||||||||  |||||||  |||||   |||||||| |||||   || |||||||  | || |||  |  | ||||||| || | | |||    
T  19146879 gtcttcatctgaatatcttgtaacacaacattaccattatccaacatggtggaagcaatagtactattgttaaaatatgtaggtgaagcatacaagatta 19146978  T
Q  623 ttggttttccaaatttggattcaattttgagt 654  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  19146979 ttggttttccaaattcagattcaattttgagt 19147010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 423 - 574
Target Start/End: Original strand, 19126553 - 19126704
Alignment:
Q  423 tgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccacaacaca 522  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||| | | |||    
T  19126553 tgaaaccagtgaccagttttcacaagttttatgattcacacctaatttcatcccagggaggaaacaatcgcttggatgatcataactttgcctctaaaca 19126652  T
Q  523 gtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtgg 574  Q
    || ||| ||||||||||||  |||||||  |||||   ||||||||||||||    
T  19126653 gtcttcatctgaatatcttgtaacacaacattaccattatccaacaaggtgg 19126704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 484 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 19188887 - 19188744
Alignment:
Q  484 aaactatcggttggatgatcaaaactttgccacaacacagtgttcttctgaatatctttcaacacaaagttacctgaatccaacaaggtggccacattag 583  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||  |  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||    
T  19188887 aaactatcagtaggatgatcaaaacttttccacaataccttcgtcgtctgaatat-tttcaacacaaagttacctgtatccagcaaggtggctacaatag 19188789  T
Q  584 tacttctattcaaaggttgatgtgaagcgtaaagggttattggtt 628  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| |||||||||    
T  19188788 tacttctattcaaaagttgaggtgaagcatataggattattggtt 19188744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 19188993 - 19188886
Alignment:
Q  18 acctattttgcttgtaaatacatcgccaaaattcctgcaagcaggcttgtcctcatacttttggcaccctttattggtgttgtagccataacacacatca 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||    |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19188993 acctattttgcttgcaaatatatcacca----tcctgcaagtcggcttgtcgtcatacttttggcaccctttatcggtgttgtagccataacacacatca 19188898  T
Q  118 gcccttgctaaa 129  Q
    ||| ||||||||    
T  19188897 gcctttgctaaa 19188886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 15939347 - 15939155
Alignment:
Q  320 agtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggaccagaagctggtaatagttttgaattagcaat 419  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||  | | ||| |||||||||||| | |||||| |||||||||| || |      |||||  || ||     
T  15939347 agtaaacttgttctctgtgcttaatgactaattctctacttatcggttcccaatcatgtctgaatagaccagaagcaggga------ttgaacgagtaaa 15939254  T
Q  420 ccatgaaaccagtgaccaattttcaccagttttgtgattcaaacctaatttcatcccagggagcaaactatcggttggatgatcaaaactttgccacaa 518  Q
    |||||| || || |||||||| | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||| ||||    
T  15939253 ccatgacacaagggaccaattatgaccggttttgtgattcacgcctaatttcatcccagggagcaaactatctgtaggataatcaacactttgcgacaa 15939155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 816 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 19184940 - 19184850
Alignment:
Q  816 ttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcattatttt---ctgctttggcattgatagaagta 903  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||| || ||||||||||||||    
T  19184940 ttgttttgaacatagcttggatatggcattcagtttatctcctggcttcatactatcagtattttcagctgctctgacattgatagaagta 19184850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 389
Target Start/End: Original strand, 15977342 - 15977421
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcctgaatggacc 389  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| | ||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  15977342 ccacttgtccagtaaactttttctctatgcttgatgtccaattcttttcttgtggcttcccactcaagtctgaatggacc 15977421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 805 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 19344676 - 19344606
Alignment:
Q  805 caatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcatt 875  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  19344676 caatacttgccttgtttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatt 19344606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 814 - 875
Target Start/End: Original strand, 19470125 - 19470186
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcatt 875  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  19470125 ccttgtttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatt 19470186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 814 - 875
Target Start/End: Original strand, 19541049 - 19541110
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcatt 875  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  19541049 ccttgtttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatt 19541110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 814 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 19591649 - 19591588
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcatt 875  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  19591649 ccttgtttagaacatagcttggatttggaattcaatgtatcacctggcttcaaactatcatt 19591588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 799 - 888
Target Start/End: Complemental strand, 15952661 - 15952566
Alignment:
Q  799 ttcatgcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggca------ttcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttg 888  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | | | |||||||||      |||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15952661 ttcatgcaatatctaccttgtttagaacacaacgtagatgtggcactggcattcagtatatctcctggcttcatactatcagtattttctgctttg 15952566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 814 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 19410305 - 19410246
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatca 873  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  19410305 ccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatca 19410246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 814 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 19457324 - 19457265
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatca 873  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  19457324 ccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatca 19457265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 814 - 873
Target Start/End: Original strand, 19523754 - 19523813
Alignment:
Q  814 ccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatca 873  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  19523754 ccttgtttagaacatagcttggatttgtaattcaatttatcacctggcttcaaactatca 19523813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 801 - 888
Target Start/End: Original strand, 15984586 - 15984679
Alignment:
Q  801 catgcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggca------ttcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgctttg 888  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||      |||||  |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15984586 catgcaatatctaccttgtttagaacacaacttagatgtggcactggcattcagtatatctcctagcttcatactatcagtattttctgctttg 15984679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 805 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 19404255 - 19404185
Alignment:
Q  805 caatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggcattcagcttatctcctggcttcaaactatcatt 875  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||  | |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  19404255 caatacttaccttgtttagaacataggttggaatttgcatccaatttatcacctggcttcaaactatcatt 19404185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 620 - 725
Target Start/End: Original strand, 15977608 - 15977713
Alignment:
Q  620 ttattggttttccaaatttggattcaattttgagtgcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacaggttggtctcggttagcgat 719  Q
    |||||||||  |||| ||||||||| ||||| ||   |||||| | ||| |||||||  ||||| ||||  |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  15977608 ttattggttcaccaattttggattctatttttagcataccagagttgtttagtgatagaactgctgaattgatgtgaacaggttggtctctgttagcgat 15977707  T
Q  720 ccacac 725  Q
    ||||||    
T  15977708 ccacac 15977713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 795 - 884
Target Start/End: Original strand, 15965852 - 15965947
Alignment:
Q  795 aaatttcatgcaatatttaccttgtttagaacatagcttggatgtggca------ttcagcttatctcctggcttcaaactatcattattttctgc 884  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||| | | | |||||||||      |||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15965852 aaaattcatgcaatatctaccttgtttagaacacaacgtagatgtggcactggcattcagtatatctcctggcttcatactatcagtattttctgc 15965947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 556 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 15939103 - 15938957
Alignment:
Q  556 cctgaatccaacaaggtggccacattagtacttctattcaaaggttgatgtgaagcgtaaagggttattggttt-tccaaatttggattcaattttgagt 654  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| ||| |   || ||| ||||||||||  ||||  |||||| | |||| ||||    
T  15939103 cctgcatccaacaaggtggctacaatagaacttctgttcaaaggttgaggtggatgatataggattattggtttcaccaatattggatcctatttggagt 15939004  T
Q  655 gcaccagattggttcagtgataacactgcagaatccatgtcaacagg 701  Q
    |||||||| ||||  |||  |||  ||||||| ||||||| ||||||    
T  15939003 gcaccagaatggtctagtagtaatgctgcagagtccatgtgaacagg 15938957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 310 - 380
Target Start/End: Original strand, 15984001 - 15984071
Alignment:
Q  310 ccacttttccagtaaactttttctctatgcttaatgaccaattcctttcctatgggttcccaatcaagcct 380  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||    
T  15984001 ccacttgtccaataaactttttctctacgcttgataaccaattcttttcttgtggcttcccactcaagcct 15984071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University