View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16080_low_1 (Length: 779)

Name: NF16080_low_1
Description: NF16080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16080_low_1
NF16080_low_1
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (262-761)||(12257855-12258357)
chr2 (524-761)||(12235081-12235317)
chr2 (550-755)||(7542624-7542829)
chr2 (553-761)||(11999786-11999994)
chr2 (553-761)||(12244974-12245182)
chr2 (262-458)||(7543242-7543438)
chr2 (247-454)||(14705432-14705639)
chr2 (553-759)||(16657085-16657291)
chr2 (259-455)||(12244341-12244537)
chr2 (554-761)||(14703800-14704007)
chr2 (295-456)||(12000300-12000461)
chr2 (559-724)||(16661566-16661731)
chr2 (258-458)||(12235763-12235963)
chr2 (553-745)||(43625821-43626010)
chr2 (325-454)||(16656604-16656733)
chr2 (320-451)||(16661065-16661196)
chr2 (254-455)||(43626288-43626489)
chr2 (244-299)||(12000786-12000841)
chr2 (553-596)||(39373417-39373460)
[»] chr7 (49 HSPs)
chr7 (553-761)||(13333024-13333232)
chr7 (552-761)||(8667811-8668020)
chr7 (560-761)||(10493949-10494150)
chr7 (553-736)||(8585274-8585457)
chr7 (560-760)||(8654843-8655043)
chr7 (552-755)||(6789910-6790113)
chr7 (553-761)||(1301856-1302064)
chr7 (559-761)||(8659755-8659957)
chr7 (560-742)||(3147683-3147865)
chr7 (559-724)||(8628961-8629126)
chr7 (572-761)||(8671217-8671406)
chr7 (232-454)||(27829256-27829478)
chr7 (262-456)||(17261359-17261553)
chr7 (559-761)||(17268331-17268533)
chr7 (320-455)||(3148339-3148474)
chr7 (238-455)||(6790378-6790595)
chr7 (553-745)||(8647285-8647474)
chr7 (331-419)||(7876844-7876932)
chr7 (262-422)||(8582664-8582824)
chr7 (240-419)||(8660248-8660427)
chr7 (320-455)||(8668433-8668568)
chr7 (262-422)||(8572591-8572751)
chr7 (320-454)||(13332149-13332283)
chr7 (559-761)||(17260633-17260835)
chr7 (324-413)||(8635502-8635591)
chr7 (560-761)||(27830450-27830651)
chr7 (231-419)||(1302315-1302503)
chr7 (553-759)||(8546026-8546232)
chr7 (328-419)||(8546679-8546770)
chr7 (320-455)||(8647669-8647804)
chr7 (325-459)||(8591362-8591496)
chr7 (320-454)||(8630197-8630331)
chr7 (262-456)||(17269067-17269261)
chr7 (357-422)||(8568839-8568904)
chr7 (320-454)||(8584535-8584669)
chr7 (320-454)||(10493000-10493134)
chr7 (262-422)||(8538805-8538965)
chr7 (600-745)||(8640164-8640306)
chr7 (549-759)||(8582094-8582304)
chr7 (320-455)||(8655317-8655452)
chr7 (672-754)||(8591037-8591119)
chr7 (325-419)||(8602738-8602832)
chr7 (334-422)||(8577290-8577378)
chr7 (549-596)||(8570868-8570915)
chr7 (549-751)||(8559735-8559937)
chr7 (324-422)||(8610665-8610763)
chr7 (322-419)||(8104069-8104166)
chr7 (704-757)||(8576722-8576775)
chr7 (652-761)||(8636010-8636119)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (552-751)||(35132848-35133047)
chr4 (552-761)||(9335458-9335667)
chr4 (262-463)||(35133414-35133615)
chr4 (320-455)||(9323063-9323198)
chr4 (320-455)||(9377542-9377677)
chr4 (553-694)||(30775711-30775852)
chr4 (320-455)||(9335035-9335169)
chr4 (344-455)||(30776085-30776196)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (553-757)||(28220347-28220551)
chr5 (320-454)||(42554186-42554320)
chr5 (248-455)||(28220915-28221122)
chr5 (571-759)||(42555530-42555718)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (231-458)||(34465158-34465385)
chr1 (552-745)||(15595447-15595638)
chr1 (554-742)||(34466362-34466550)
chr1 (240-455)||(4677459-4677674)
chr1 (553-751)||(4678126-4678324)
chr1 (320-422)||(15596060-15596162)
chr1 (563-648)||(52549098-52549183)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (559-751)||(43745249-43745441)
chr8 (232-422)||(12529869-12530059)
chr8 (259-454)||(43745793-43745985)
chr8 (554-661)||(12528996-12529103)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (559-695)||(28911040-28911176)
chr6 (385-419)||(28911318-28911352)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 262 - 761
Target Start/End: Original strand, 12257855 - 12258357
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||| ||||| |||||||| || || || || || || |||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||||| |||| || ||| |    
T  12257855 ggaattgaccttggcacaacgtattcatgcgttgctgtttggcaggaacaatattgtcgagctgagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgc 12257954  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 461  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |     
T  12257955 cttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcaacacactgtctttggtatttctat 12258054  T
Q  462 t-ttttcacttccttttatatacttaatat---tgttttgatatgattaat---gctgaagtgctgaataattgaatgttgagaattacaaatgttaatt 554  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||  |||   ||||||  ||||||||||   |||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |    
T  12258055 tctttttacttccttt-atatacttgttataattgttttactatgattaataatgctgaagtactgaataatttaat--tgagaattacaaatgttaaat 12258151  T
Q  555 tttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatg 654  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  12258152 ttc-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtagttcaagatgatataatgttgtggccatttaaagtcactgctggtgtcaatg 12258250  T
Q  655 acaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctga 754  Q
     |||||| |||||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  12258251 gcaaacccatgattacggtaaagtacaagaatcaagagaagcagctttgtgccgaggaagtatcatctgtggtattgacaaagatgcgagaaattgctga 12258350  T
Q  755 ggcatat 761  Q
    |||||||    
T  12258351 ggcatat 12258357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 524 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 12235317 - 12235081
Alignment:
Q  524 aattgaatgttgagaattacaaatgttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttg 623  Q
    ||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12235317 aattgaatgatgaaagttactaatgttaattttt-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatgtgatgttg 12235219  T
Q  624 tggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatcta 723  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  12235218 tggccattcaaggtcgctgctggtgtcaatgacaaacccatgattattgtcaagtacaagggtcgagagaagcagctatgtcccgaagaagtatcatcta 12235119  T
Q  724 tgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatat 761  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12235118 tggtactcacaaagatgcgagaaatcgctgaggcatat 12235081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 550 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 7542829 - 7542624
Alignment:
Q  550 taatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgt 649  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||     
T  7542829 taatttttgtagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatactgttatggccattcaaggtgactgcgggtga 7542730  T
Q  650 caatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaatt 749  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7542729 caatgacagacccatgattaccgttaagtacaaggatcaggagaaacaactccatgctgaagaggtatcatctatggtactcacaaagatgcgagaaatt 7542630  T
Q  750 gctgag 755  Q
    ||||||    
T  7542629 gctgag 7542624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 553 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 11999994 - 11999786
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11999994 ttttttcagatgctaagaggttaattggttggaagtttagtgatcttgttgttcaagatgatggattgttatggccattcaaggtcactgctgatgtcaa 11999895  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  11999894 tgacaaaccaataattactgttaagtacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacgaagatgcgagaaattgct 11999795  T
Q  753 gaggcatat 761  Q
    |||||||||    
T  11999794 gaggcatat 11999786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 553 - 761
Target Start/End: Original strand, 12244974 - 12245182
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||  | | || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12244974 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgatcctattgttctggatgatgcattattatggccgttcaaggtcactgctggtgtcaa 12245073  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12245074 tgacaaaccaataattactgttaactacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacaaagatgcgagaaattgct 12245173  T
Q  753 gaggcatat 761  Q
    |||||||||    
T  12245174 gaggcatat 12245182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 262 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 7543438 - 7543242
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  7543438 ggaatagaccttggcacaacgtactcttgtgttgcagtatggcaggatcaacactatcgagttgaaatcattcacaacgaccaaggcaacagaacaacac 7543339  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 458  Q
    |||||| ||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7543338 cttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgcttccaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 7543242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 247 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 14705639 - 14705432
Alignment:
Q  247 gaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaag 346  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||    
T  14705639 gaaggatgtgctgtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaag 14705540  T
Q  347 gcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgt 446  Q
    |||| | || ||| ||||||| ||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  14705539 gcaatagaacaactccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcgaaacactgt 14705440  T
Q  447 ctttggta 454  Q
    ||||||||    
T  14705439 ctttggta 14705432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 553 - 759
Target Start/End: Original strand, 16657085 - 16657291
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || || ||    
T  16657085 ttttttcagatgctaaaaggttaatcggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaatgatatcatcttgtggccattcaaggtcattgccggagtgaa 16657184  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
    ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||| ||||  ||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  16657185 tgacaaaccaatgattactcttcagtataagggtcaagagagccaattttgtgctgaggaaatatcatctatgatccttacaaagatgcgagaagttgct 16657284  T
Q  753 gaggcat 759  Q
    |||||||    
T  16657285 gaggcat 16657291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 259 - 455
Target Start/End: Original strand, 12244341 - 12244537
Alignment:
Q  259 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 358  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||| || || ||||||| || ||    
T  12244341 gtgggaatagaccttggtacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaggaacaacactctcgtgttgaaatcattcacaacgatcagggcaacagaacaa 12244440  T
Q  359 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12244441 caccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaagctgctgctaactctcaaaacactgtctttggtaa 12244537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 554 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 14704007 - 14703800
Alignment:
Q  554 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 653  Q
    |||| ||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  14704007 tttttcagatgctaagaggttgttgggaaggaagtttagcgatcctattgttcaagatgatatacttttatggccatttaaggtcactgctggagtcgat 14703908  T
Q  654 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 753  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | || | ||| |||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||    
T  14703907 gacaaacccatgattacggttaagtacaaggatcaggagaagaagctctatgccgaagaagtatcatctatggtactggtgaagatgcgagaaattgctg 14703808  T
Q  754 aggcatat 761  Q
    || |||||    
T  14703807 agacatat 14703800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 295 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 12000461 - 12000300
Alignment:
Q  295 gcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggt 394  Q
    |||||||||| ||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  12000461 gcagtgtggctggaacaacactctcgagttgaaatcattcacaacgatcaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggt 12000362  T
Q  395 tgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 456  Q
    |  ||||||||||||| || || ||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  12000361 ttgttggtgatgctgctaaaaaccaagccgctgccaactctcaaaacactgtttttggtaat 12000300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 559 - 724
Target Start/End: Original strand, 16661566 - 16661731
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  16661566 cagatgctaagaggttaattggtaggaaatttagtgaccccgttgttcaaaaagatatactgttgtggccgttcaaggttattgctggtgttaatgacaa 16661665  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctat 724  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||    
T  16661666 acctacgattagtgttaagtacaagggtcaggagaagctcctttgtgccgaggaaatctcatctat 16661731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 258 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 12235963 - 12235763
Alignment:
Q  258 tgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaata 357  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || |  |||||||||||||||||||| || |||||||| | || |    
T  12235963 tgtggggatagaccttggtacaacatattcatgtgttgcagtatggcaggaacagcactctcgagttgagatcattcacaacgatcaaggcaatagaaca 12235864  T
Q  358 acaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatt 457  Q
    || ||||||| ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12235863 accccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgcttccaacccgcaaaacaccgtctttggtaatt 12235764  T
Q  458 t 458  Q
    |    
T  12235763 t 12235763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 553 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 43626010 - 43625821
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||    ||| ||  |    
T  43626010 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatcatgttgtggccattcagggtca---ttggggtgga 43625914  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 745  Q
    ||||||||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  43625913 tgacaaaccaatgattattgtaaaatacaagggtcaagagaagcgtttttgtcctgaggaaatatcgtctatgatcctcacaaagatgcgaga 43625821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 325 - 454
Target Start/End: Original strand, 16656604 - 16656733
Alignment:
Q  325 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 424  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |    
T  16656604 gagatcatacacaatgaccagggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagttg 16656703  T
Q  425 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    | |  ||||| ||||||||  |||||||||    
T  16656704 ccgctaacccacaaaacaccatctttggta 16656733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 451
Target Start/End: Original strand, 16661065 - 16661196
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| ||||    
T  16661065 gagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaattacaccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatca 16661164  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttg 451  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  16661165 agctgctatcaacccacaaaacaccgtctttg 16661196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 254 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 43626489 - 43626288
Alignment:
Q  254 gtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaa 353  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||| | || |||||||  ||  || |  |  |||| ||||| || |||||||||||||| ||||     
T  43626489 gtgttgtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacag 43626390  T
Q  354 aataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggt 453  Q
    ||  |||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |   | ||||  |||||||||||||||||    
T  43626389 aactacaccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaagggtcaagctacctccgaccccgaaaacactgtctttggt 43626290  T
Q  454 aa 455  Q
    ||    
T  43626289 aa 43626288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 12000841 - 12000786
Alignment:
Q  244 tatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagt 299  Q
    |||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12000841 tatgaaggacttgctgtgggagtagacctcggcacaacatactcttgtgttgcagt 12000786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 553 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 39373460 - 39373417
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 596  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39373460 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgat 39373417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 49)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 553 - 761
Target Start/End: Original strand, 13333024 - 13333232
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13333024 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttacttctggtgtcaa 13333123  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || ||||||||||||||  ||||     
T  13333124 cgacaagcctatgattaccgctaagtgcaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgca 13333223  T
Q  753 gaggcatat 761  Q
    |||||||||    
T  13333224 gaggcatat 13333232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 552 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 8668020 - 8667811
Alignment:
Q  552 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  8668020 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgaccccgttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 8667921  T
Q  652 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  ||||    
T  8667920 atgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgc 8667821  T
Q  752 tgaggcatat 761  Q
     |||||||||    
T  8667820 ggaggcatat 8667811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 560 - 761
Target Start/End: Original strand, 10493949 - 10494150
Alignment:
Q  560 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 659  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  10493949 agatgctaagaggttaattggcaggaagtttagtgatccggttgttcaaaacgatataatgttgtggccattcaaggttacttcaggtgtcaatgacaaa 10494048  T
Q  660 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 759  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || | ||||||||||||  |||| |||||||    
T  10494049 cctatgattaccgctaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcat 10494148  T
Q  760 at 761  Q
    ||    
T  10494149 at 10494150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 553 - 736
Target Start/End: Original strand, 8585274 - 8585457
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  8585274 ttttttcagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcccgttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttatctctggtgttaa 8585373  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaa 736  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||| ||| |||||||||| || ||||||||    
T  8585374 tgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagaaaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctatcatcctcacaaa 8585457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 560 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 8655043 - 8654843
Alignment:
Q  560 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||    
T  8655043 agatgctaagaggttaattggtaggaagtatagtgatcctattgttcaaaaggatatcatgttgtggccattcatggttacttctggtgttaatgacaaa 8654944  T
Q  660 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 759  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||  | | || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8654943 cccatgattactgttaagtacaaaggtcaagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcatctgcggttcttacaaagatgcgagagattgcagaggcat 8654844  T
Q  760 a 760  Q
    |    
T  8654843 a 8654843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 552 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 6790113 - 6789910
Alignment:
Q  552 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 651  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6790113 attttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttttggccattcaaggtcattgctggcgtca 6790014  T
Q  652 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    ||||||| || ||||||   ||| |||| |||||| |||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  6790013 atgacaagcccatgattgttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgc 6789914  T
Q  752 tgag 755  Q
    ||||    
T  6789913 tgag 6789910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 553 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 1302064 - 1301856
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  1302064 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggtcatcgccggtgtgaa 1301965  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
    |||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |  || ||| ||||||||||| | || || |||||||||||||||||     
T  1301964 tgacaaacccgtgattgttgttaagtacaagggtcaggagaagcacttttgcgtggaggaaatatcatctatggtccttacgaagatgcgagaaattgca 1301865  T
Q  753 gaggcatat 761  Q
    ||| |||||    
T  1301864 gagacatat 1301856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 559 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 8659957 - 8659755
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||    
T  8659957 cagatgcaaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggttatcgctggtgtgaacgacaa 8659858  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 758  Q
    ||  |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||    
T  8659857 actcatgattaatgttcagtacaagggtcaggagaagcacttttgtgcggaggaaatatcatctatggtacttacaaaaatgcgagaagttgcagagaca 8659758  T
Q  759 tat 761  Q
    |||    
T  8659757 tat 8659755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 560 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 3147865 - 3147683
Alignment:
Q  560 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 659  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |   || || |||||||||    
T  3147865 agatgcaaagaggttaattggtaggaagtttggtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttgtggccattcaaggtcatttgcggagtgaatgacaaa 3147766  T
Q  660 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcg 742  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||||    
T  3147765 cccatgatttcggttaagtgcaagggacaggagaagcacctatgtgctgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcg 3147683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 559 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 8629126 - 8628961
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||| | ||||||||    
T  8629126 cagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaaggatatcatgttctggccattcaaggttatttctggtcttaatgacaa 8629027  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctat 724  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||| ||||||||||    
T  8629026 gcctatgattgctgttaagtacaagggtcaagagaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctat 8628961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 572 - 761
Target Start/End: Original strand, 8671217 - 8671406
Alignment:
Q  572 gttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattacc 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8671217 gttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaatgacaaacctatgattact 8671316  T
Q  672 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatat 761  Q
    || |||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  8671317 gtcaagtacgaaggtctagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatat 8671406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 232 - 454
Target Start/End: Original strand, 27829256 - 27829478
Alignment:
Q  232 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 331  Q
    ||||| ||||||||||||||   |  ||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||| ||||||||| |||||   | |||| ||||| |    
T  27829256 atggcgaaaaagtatgaagggctttctgtgggaattgacctaggtacaacgtactcgtgcgttgcagcgtggcaggatcaacacaacagagtggagatta 27829355  T
Q  332 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaa 431  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |  | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  |||    
T  27829356 ttcacaatgaacaaggcaacaagacaacaccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaagaaccaagctgcttccaa 27829455  T
Q  432 ccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  27829456 ccctcaaaacactatctttggta 27829478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 262 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 17261553 - 17261359
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| ||  ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  17261553 ggaatagaccttgggacgacatactcttgtgttgccgtatggcatgaagaacatggtagagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactc 17261454  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 456  Q
    |||||| |||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17261453 cttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatcaagctgccataaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17261359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 559 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 17268533 - 17268331
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17268533 cagatgctaagagactaattggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17268434  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 758  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  17268433 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaa 17268334  T
Q  759 tat 761  Q
    |||    
T  17268333 tat 17268331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3148474 - 3148339
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  3148474 gagttgagattattcacaatgaccaaggcaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatca 3148375  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    |||  |    |||||| |||||||||| ||||||||    
T  3148374 agctcccacaaaccctgaaaacactgtttttggtaa 3148339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 6790595 - 6790378
Alignment:
Q  238 aaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcaca 337  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |  |||||||  ||  ||||     |||||||||| |||||||    
T  6790595 aaaaaatacgaaggatgtgctgtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcaca 6790496  T
Q  338 atgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctca 437  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||   |||||| ||    
T  6790495 atgaccaaggtaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaacccgca 6790396  T
Q  438 aaacactgtctttggtaa 455  Q
    ||||||| |||| |||||    
T  6790395 aaacactatcttcggtaa 6790378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 553 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 8647474 - 8647285
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||   | || ||    
T  8647474 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagttttttgattctgttgttcagaatgataagaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaa 8647378  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 745  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8647377 tgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgttattgtgctgaggaaatatcatcgatgatcctcacaaagatgcgaga 8647285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 331 - 419
Target Start/End: Original strand, 7876844 - 7876932
Alignment:
Q  331 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7876844 attcacaatgaacaaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatca 7876932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 262 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8582824 - 8582664
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || || ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  8582824 ggaattgaccttggtacaacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggaaatcatacacaatgatcaaggaaacaaaacaacac 8582725  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    |||||||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8582724 cttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8582664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 240 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8660427 - 8660248
Alignment:
Q  240 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 339  Q
    |||||| |||||| ||| | | ||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||| |||| | ||    ||||| ||||||||  ||||     
T  8660427 aaagtacgaaggacgtgctattggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaac 8660328  T
Q  340 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8660327 gaccaaggaaacaaaacaacaccttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 8660248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 8668568 - 8668433
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8668568 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaataacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatca 8668469  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  8668468 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 8668433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 262 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8572751 - 8572591
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||   || ||||| ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |    
T  8572751 ggaattgaccttggcacgacttactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaatgatcgtgttgaaatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaactc 8572652  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    | |||||||||||||| |||||   |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8572651 cctcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgatcggtgatgctgccaaaaatcaagc 8572591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 454
Target Start/End: Original strand, 13332149 - 13332283
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13332149 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatca 13332248  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    | | ||    |||||| |||||||| |||||||||    
T  13332249 atctgccactaaccctgaaaacactatctttggta 13332283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 559 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 17260835 - 17260633
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17260835 cagatgctaagagactagttggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17260736  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 758  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| ||||    |||||||| || |||||||||| |    
T  17260735 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatctcgtctatggtacttgtgaagatgcgggagattgctgaggta 17260636  T
Q  759 tat 761  Q
    |||    
T  17260635 tat 17260633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 324 - 413
Target Start/End: Original strand, 8635502 - 8635591
Alignment:
Q  324 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaa 413  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8635502 tgagatcatccacaatgagcaagggaacagaatcacaccttcttgtgttgctttcactgacgcacaaaggttgattggtgatgctgccaa 8635591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 560 - 761
Target Start/End: Original strand, 27830450 - 27830651
Alignment:
Q  560 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||||||  ||||||| |||||| |||| | ||| ||| ||  |||||    
T  27830450 agatgctaagaggttaattggtaggaagttcagcgatgatgttgttcaaaaagatataaacttgtggctattcaaagtcattactgatgtaaacaacaaa 27830549  T
Q  660 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 759  Q
    || ||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||  | ||||| || ||| | ||||| ||| | || |||||||||||||| || || |||||||    
T  27830550 cccatgtttgttgttaagtacaagagtcaggagaaacacttatgtgcggaggaaatttcatcaatggtccttacaaagatgcgagagatcgcggaggcat 27830649  T
Q  760 at 761  Q
    ||    
T  27830650 at 27830651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 231 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 1302503 - 1302315
Alignment:
Q  231 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 330  Q
    |||||| | |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||     |||| ||||||    
T  1302503 catggcgataaagtacgaaggacgtgctgttggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatagagtagagatc 1302404  T
Q  331 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    ||  |||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1302403 atctacaacgaccaaggcaacaaaacaacaccgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 1302315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 553 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 8546232 - 8546026
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||  ||||| || |||||||||| || ||||||| | | ||||| ||    
T  8546232 tttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattcctttgttcagaatgatctactgttgtggccctttaaggtcatttccggtgttaa 8546133  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttg-tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    ||||||||| |  |||   || || ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||    
T  8546132 tgacaaaccgacaattcttgtgaactacaagggtgaggaaaagca-ctttgttgctgaagaaatatcatctgtgatcctctcacagatgcgagagattgc 8546034  T
Q  752 tgaggcat 759  Q
     |||||||    
T  8546033 agaggcat 8546026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 328 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8546770 - 8546679
Alignment:
Q  328 atcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8546770 atcattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgctttcacaaattcccaaaggctgattggtgatgctgccaaaaatca 8546679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 8647804 - 8647669
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  8647804 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaacagaactacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgctaaaaatca 8647705  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
     || |||   ||||||   |||||||||||||||||    
T  8647704 ggctgcttctaaccctaccaacactgtctttggtaa 8647669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 325 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 8591496 - 8591362
Alignment:
Q  325 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 424  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || || |    
T  8591496 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgcaaaaaaccaggctg 8591397  T
Q  425 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattta 459  Q
    ||   |||||   |||||||||||| |||||||||    
T  8591396 cttctaacccagcaaacactgtcttcggtaattta 8591362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 8630331 - 8630197
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8630331 gagttgagattattcacaatgatgaaggcaataaaatcacaccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8630232  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
     || ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8630231 ggctgccatcaacccacaaaacactgtctttggta 8630197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 262 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269067
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||  |  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||  || |    
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaacacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactactc 17269162  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 456  Q
    | |||| |||||||||  |||||||| ||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17269161 cgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgccatgaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17269067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 357 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8568904 - 8568839
Alignment:
Q  357 aacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8568904 aacaccttcttgtgttgctttcactaaatctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8568839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 320 - 454
Target Start/End: Original strand, 8584535 - 8584669
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8584535 gagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaaatcacaccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8584634  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
     || ||| |||||||  | ||||||||||||||||    
T  8584635 ggctgctatcaacccagagaacactgtctttggta 8584669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 320 - 454
Target Start/End: Original strand, 10493000 - 10493134
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10493000 gagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 10493099  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    | | ||    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10493100 atctgccactaaccctgaaaacaccgtctttggta 10493134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8538965 - 8538805
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||  ||||    
T  8538965 ggaattgaccttggcacgacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggagatcatacacaacgatcaaggaaacaaaaccacac 8538866  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    |||||||||||| ||| | |||   |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8538865 cttcttgtgttggttttagtaattctcaacgattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8538805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 600 - 745
Target Start/End: Original strand, 8640164 - 8640306
Alignment:
Q  600 gttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatc 699  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||   | || ||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |     
T  8640164 gttgttcaaaatgatatgaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaatgacaaacccacgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgtt 8640260  T
Q  700 tttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 745  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  8640261 tttgtgccgaggaaatatcatctatgatcctttcgaagatgcgaga 8640306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 549 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 8582304 - 8582094
Alignment:
Q  549 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 648  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  8582304 ttaattttttcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattccattgttcaaaaggatatcaagttgtggcccttcaaggtcaccgcaggtg 8582205  T
Q  649 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 748  Q
      ||||||||||| |  ||    || || ||||||||| |||| || ||  ||  |||||||||| |||||||| | || || ||| |||||||||| ||    
T  8582204 ctaatgacaaaccgacaatcgttgtgaactacaagggtaaggaaaaacactttcttgctgaagaaatatcatctgttattctgacacagatgcgagagat 8582105  T
Q  749 tgctgaggcat 759  Q
    ||| |||||||    
T  8582104 tgcagaggcat 8582094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 8655452 - 8655317
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||  ||  |||||||    
T  8655452 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaatagaactacaccttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattggcaatggagctgagaatca 8655353  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    | | |||  ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  8655352 atctgctaccaaccccgaaaacactgtatttggtaa 8655317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 672 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 8591119 - 8591037
Alignment:
Q  672 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctga 754  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| || ||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8591119 gttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcatccatggttctcacaaagatgcgagagattgctga 8591037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8602832 - 8602738
Alignment:
Q  325 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  || ||||||| ||||||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8602832 gagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttcttttgttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatca 8602738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 334 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8577378 - 8577290
Alignment:
Q  334 cacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    |||||||| ||||| |||| ||  || ||||||||||||||||| || ||   |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8577378 cacaatgatcaaggaaacagaaccactccttcttgtgttgcttttaccaattctcaaagattgattggcgatgctgccaaaaatcaagc 8577290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 549 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 8570915 - 8570868
Alignment:
Q  549 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 596  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8570915 ttaatttttgcagatgtaaagaggttaattggaaggaagtatagtgat 8570868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 8559937 - 8559735
Alignment:
Q  549 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 648  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||    | || |||  |||| || |||||||||| || |||||||  ||||| |    
T  8559937 ttaatttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatacagtgattccatagtccaaagtgatgtactgttgtggccctttaaggtcatcgctggcg 8559838  T
Q  649 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 748  Q
      ||||||||||| | | |    || || |||| |||  |||| |||||||||  ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  8559837 ataatgacaaaccaacggtccttgtgaaatacaggggcaaggaaaagcatcttgttgccgaagaaatatcagctatgattctcacacagatgcgagagat 8559738  T
Q  749 tgc 751  Q
    |||    
T  8559737 tgc 8559735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 324 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8610763 - 8610665
Alignment:
Q  324 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    |||||| || || ||||| ||||| |||| ||  || ||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  8610763 tgagataatccataatgagcaaggaaacagaaccactccttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagc 8610665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 322 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8104166 - 8104069
Alignment:
Q  322 gttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||  ||||| |||| ||||||||||||| |   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8104166 gttgagatcattgctaatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 8104069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 704 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 8576775 - 8576722
Alignment:
Q  704 tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggc 757  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  8576775 tgctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaggc 8576722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 652 - 761
Target Start/End: Original strand, 8636010 - 8636119
Alignment:
Q  652 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    |||||||||| ||||||   || || ||||||||| |  | ||||| |||| | |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||| |||||    
T  8636010 atgacaaacccatgattgttgtgaaatacaagggtgaacaaaagcaactttttcctgaggaaatatcgtctatggtcctgacaaagatgcgagagattgc 8636109  T
Q  752 tgaggcatat 761  Q
    ||||||||||    
T  8636110 tgaggcatat 8636119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 552 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 35133047 - 35132848
Alignment:
Q  552 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 651  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35133047 attttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaagtttagtgatcctattgttcaagatgatatactgctatggccattcaaggtcactgccggtgtaa 35132948  T
Q  652 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35132947 atgacaaacccatgattacggttaagtacaaggatgaggaaaagcaactctatgcggaagaagtatcatccatggtactcacaaagatgcgagaaattgc 35132848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 552 - 761
Target Start/End: Original strand, 9335458 - 9335667
Alignment:
Q  552 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 651  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  9335458 atttttgcagatgctaagagattaactggtaggaagtttagtgatctggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 9335557  T
Q  652 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||| ||||  ||||    
T  9335558 atgacaaacctatgattactgttaactacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgc 9335657  T
Q  752 tgaggcatat 761  Q
     |||||||||    
T  9335658 ggaggcatat 9335667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 262 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 35133615 - 35133414
Alignment:
Q  262 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 361  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||    
T  35133615 ggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaacaaaacaacac 35133516  T
Q  362 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 461  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||   | |||||||||| ||||||||||| ||    
T  35133515 cttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaattttgaaaacactgtatttggtaatttcaa 35133416  T
Q  462 tt 463  Q
    ||    
T  35133415 tt 35133414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Original strand, 9323063 - 9323198
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9323063 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9323162  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9323163 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9323198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Original strand, 9377542 - 9377677
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9377542 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9377641  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9377642 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9377677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 553 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 30775852 - 30775711
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||    
T  30775852 ttttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaaatttagcgaccctgttgttcaaaaagatattttgttgtggccattcaaggttgtttctggtgttaa 30775753  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaa 694  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| |||||| ||||||||    
T  30775752 tgacaaacccatgatttcccttaagttcaagggccaggagaa 30775711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 455
Target Start/End: Original strand, 9335035 - 9335169
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9335035 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatca 9335133  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 455  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9335134 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9335169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 344 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 30776196 - 30776085
Alignment:
Q  344 aaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacac 443  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| | || || ||| ||||||||||||||||    
T  30776196 aaggcagcaaaatcacaccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaaggaccaggctgctatcaaccctcaaaacac 30776097  T
Q  444 tgtctttggtaa 455  Q
    ||||||||||||    
T  30776096 tgtctttggtaa 30776085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 553 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 28220551 - 28220347
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||    ||    
T  28220551 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgactctgttgttcaagatgatataaagttgtggccattcaaggtcatttccggaacgaa 28220452  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 752  Q
     |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||| | || ||||||||||| || |||||     
T  28220451 cgacaaacccatgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgtgagattgca 28220352  T
Q  753 gaggc 757  Q
    |||||    
T  28220351 gaggc 28220347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 320 - 454
Target Start/End: Original strand, 42554186 - 42554320
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  42554186 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatca 42554285  T
Q  420 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    | | ||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  42554286 aaccgccaccaacccccaaaacactgtctttggta 42554320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 248 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 28221122 - 28220915
Alignment:
Q  248 aaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaagg 347  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  28221122 aaggatgtgctgtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaagg 28221023  T
Q  348 caacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtc 447  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||| || |||||| | ||   |||||| ||||| || |||    
T  28221022 caacaaaacaactccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaaacggccaacaacccccaaaataccgtc 28220923  T
Q  448 tttggtaa 455  Q
    ||||||||    
T  28220922 tttggtaa 28220915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 571 - 759
Target Start/End: Original strand, 42555530 - 42555718
Alignment:
Q  571 ggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattac 670  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| | | ||  | |||| ||| || ||||||      
T  42555530 ggttaattggtaggaagtttaatgattatgttgttcaaaatgacatgaagttgtggccattcaaggtcatttccggaataaatggcaagcccatgattta 42555629  T
Q  671 cgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 759  Q
     || | |||| |||| |||||||| || || || || |||||| | ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||    
T  42555630 tgtaacgtacgagggacaggagaaacacctatgcgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgcaagattgcagaggcat 42555718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 231 - 458
Target Start/End: Original strand, 34465158 - 34465385
Alignment:
Q  231 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 330  Q
    |||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  |  |||| |||||     
T  34465158 catggcgaaaaaatgtgaaggacgtgctgtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtagagtagagatt 34465257  T
Q  331 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtca 430  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  34465258 attgacaatgaccaaggtaacacaaccacaccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatcaaactgctacca 34465357  T
Q  431 accctcaaaacactgtctttggtaattt 458  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||    
T  34465358 acccacagaacactgtttttggtaattt 34465385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 552 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 15595638 - 15595447
Alignment:
Q  552 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtt-gttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtc 650  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||     
T  15595638 attttttcagatgctaagagattaatcagtaggaagtttagtgattctgtttgttcaaaatgatataaagttgtggccattcaaggtcattg---gtgtg 15595542  T
Q  651 aatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 745  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| || ||||   |||||||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  15595541 aatgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtcaagaaaagcgcttttgtgctgaggaaatatcgtctatgattctcaaaaagatgcgaga 15595447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 554 - 742
Target Start/End: Original strand, 34466362 - 34466550
Alignment:
Q  554 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 653  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  | |||||||   ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| |||    
T  34466362 tttttcagatgctaagaggttaattggcagaaaatttagtgatcctgatgttcaaacagatatgatgttatggccattcaaagttattgctggtgttaat 34466461  T
Q  654 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcg 742  Q
    ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| ||  ||||||||||    
T  34466462 gacaagccaatgatttcccttaagtataagggtcaggagaagcacctatgtgctgaggaaatctcatctatgatcctttcaaagatgcg 34466550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 240 - 455
Target Start/End: Original strand, 4677459 - 4677674
Alignment:
Q  240 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 339  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| || || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||   | |||| ||||| ||| |||||    
T  4677459 aaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaat 4677558  T
Q  340 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaa 439  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||   |||| || |||    
T  4677559 gaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaa 4677658  T
Q  440 acactgtctttggtaa 455  Q
    ||||||||||||||||    
T  4677659 acactgtctttggtaa 4677674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 553 - 751
Target Start/End: Original strand, 4678126 - 4678324
Alignment:
Q  553 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||| | || || |||||||||||||| | |||||   ||||||  ||    
T  4678126 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaggtatagtgattctgttgttcaaaaagacatcatgttgtggccatttagggtcatcactggtgagaa 4678225  T
Q  653 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    ||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| ||||    
T  4678226 tgataaaccgatgattagtgttaagtacaagggtcaagagaagcaagttagtgttgaggaaatatcatcgatgatccttacaaagatgagagaagttgc 4678324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 320 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 15596162 - 15596060
Alignment:
Q  320 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  15596162 gagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacaccttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtca 15596063  T
Q  420 agc 422  Q
    |||    
T  15596062 agc 15596060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 563 - 648
Target Start/End: Original strand, 52549098 - 52549183
Alignment:
Q  563 tgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 648  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  52549098 tgctaagaggttaattggtaagaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatattgttatggtcattcaaggtcactgccggtg 52549183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 559 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 43745441 - 43745249
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| | | ||  | ||||||||    
T  43745441 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgattctgatgttcaaaatgatatgaagttgtggccgttcaaggtcatttccggattgaatgacaa 43745342  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 751  Q
    |||  ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  43745341 acccgtgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgtgagattgc 43745249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 232 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 12530059 - 12529869
Alignment:
Q  232 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 331  Q
    ||||| |||||||||||||||  || | | ||||| || || |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||  |   || || || || |    
T  12530059 atggcaaaaaagtatgaaggagttgctataggaattgatcttggcacaacttactcatgtgttggagtatggcaagagcaaactgatcgtgtggaaataa 12529960  T
Q  332 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 422  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  12529959 ttcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaagc 12529869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 43745985 - 43745793
Alignment:
Q  259 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 358  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||    
T  43745985 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaa---aa 43745889  T
Q  359 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 454  Q
    || |||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||   |||||||||||||||  |||||||||    
T  43745888 caacttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaacaccatctttggta 43745793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 554 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 12529103 - 12528996
Alignment:
Q  554 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtga-tcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 652  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| || | | |||||  | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  12529103 ttttgcagatgcaaagaggttaattggaagaaagtatagtgactcca-tagttcagaaggatcaactgttgtggccatttaaggtcactgctggtgctaa 12529005  T
Q  653 tgacaaacc 661  Q
    |||||||||    
T  12529004 tgacaaacc 12528996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 559 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 28911176 - 28911040
Alignment:
Q  559 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 658  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28911176 cagatgctaagaggataattgataggaagtttagtgatcccgttgttcaaaacgattcaatgttgtcgccgttcaaggtcattgccggtgtcaatgacaa 28911077  T
Q  659 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaag 695  Q
     || |||||  | || |||||||||| ||||||||||    
T  28911076 ccccatgatatctgtcaagtacaaggatcaggagaag 28911040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 385 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 28911352 - 28911318
Alignment:
Q  385 gatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28911352 gatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 28911318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University