View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16091_high_38 (Length: 442)

Name: NF16091_high_38
Description: NF16091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16091_high_38
NF16091_high_38
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (25-432)||(14024652-14025059)
chr6 (40-432)||(13875602-13875994)
chr6 (45-432)||(14014521-14014908)
chr6 (41-432)||(14109847-14110238)
chr6 (40-432)||(13473290-13473682)
chr6 (37-432)||(13863129-13863524)
chr6 (45-432)||(13893311-13893698)
chr6 (43-432)||(14022090-14022478)
chr6 (40-432)||(14084041-14084433)
chr6 (37-432)||(14046775-14047170)
chr6 (40-432)||(13931734-13932126)
chr6 (208-432)||(13911233-13911457)
chr6 (45-165)||(13911460-13911579)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (181-267)||(37164850-37164936)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14025059 - 14024652
Alignment:
Q  25 gggttatgtaaatgaatatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagat 124  Q
    |||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14025059 gggttatggagaagaatatgaactgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctctcctgaaaagcatagat 14024960  T
Q  125 ttatctagcaatcacttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaa 224  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  14024959 ttatccagcaatcacttttcagacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaacttcacagggaaaa 14024860  T
Q  225 ttccttcaagaatcggaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcg 324  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14024859 ttccttcaagaattggaaagttaatatcacttgactttcttgatttgtcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcg 14024760  T
Q  325 acttgctgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatctt 424  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14024759 acttgctgtgctagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatctt 14024660  T
Q  425 gacctttg 432  Q
    ||||||||    
T  14024659 gacctttg 14024652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 40 - 432
Target Start/End: Original strand, 13875602 - 13875994
Alignment:
Q  40 atatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcac 139  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||  ||||| | || |||||||||    
T  13875602 atatgaattgaatgcactcttaacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatcaattgtttcttctaaaaagtgtagatctctcgagcaatcac 13875701  T
Q  140 ttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcg 239  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  13875702 ttttcacaagagattccacctgaaatagctaatttgattcaattggtctcattgaacttatcaagaaataacttcacagggaaaattccttcaagaattg 13875801  T
Q  240 gaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttaga 339  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||| || |||| |||||||||    
T  13875802 gaaagctaacatcacttgactttcttgatttgtctagaaataagttgattggttcaattccttctagtctttctcaaatagaccggcttggtgtgttaga 13875901  T
Q  340 tttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||  ||| |||||||||||||| |||||    
T  13875902 tttgtcacataaccaattatctggagagattccaaagagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaaattacgaagataatcttgatctttg 13875994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14014908 - 14014521
Alignment:
Q  45 aattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcacttttc 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  14014908 aattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagagttcaacaacaatggcttgtctcttctgaaaagcatagatctatccagcaatcacttctc 14014809  T
Q  145 atacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcggaaag 244  Q
    | | ||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  || ||||||    
T  14014808 agaagagattccaccagaaatagcaaatttgattcaattggtctcgttgaacttatcaagaaacaacttgacggggaaaattccttcaaatattggaaag 14014709  T
Q  245 ttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttagatttgt 344  Q
     ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| | |||| | || |||| ||||||||||||||    
T  14014708 ctaacatcacttgactttcttgatttctcaagaaataatttgctttgttcaattccatctagtctttcacaaatacaccggcttggtgtgttagatttgt 14014609  T
Q  345 cacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  14014608 cacataatcaattatcgggagaaattccaaggagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaagttacgaagataatcttgatctttg 14014521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 41 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14110238 - 14109847
Alignment:
Q  41 tatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcact 140  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||| ||||||||||    
T  14110238 tatgaattgagtgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagagtttaacaacaatggcttgtatcttctaaaaagcatagacctatccagcaatcact 14110139  T
Q  141 tttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcgg 240  Q
    | ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||    
T  14110138 tctcagaagagattccacctgaaattgcagatttgattcaattggtctcgttgaacttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaatattgg 14110039  T
Q  241 aaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttagat 340  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  | ||||| || |  ||||| || ||   ||||||||||    
T  14110038 aaatctaacatcacttgactttcttgatttgtcacgaaataacttgtttggttcaattcctcccagtctctctcacatagaccggctaagtgtgttagat 14109939  T
Q  341 ttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  14109938 ttgtcacataatcaattatctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacgaagataatcttgatctttg 14109847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 40 - 432
Target Start/End: Original strand, 13473290 - 13473682
Alignment:
Q  40 atatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcac 139  Q
    |||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| |||| |||||||||    
T  13473290 atatgatttgagtgcattctttacctggaaaggtgtagaagaactgttcaacaacaatggattgtttcttttaaaaagcatagatctatcaagcaatcac 13473389  T
Q  140 ttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcg 239  Q
    |||||| | |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  || |    
T  13473390 ttttcagaggagattccacttgaaatagcagatttgattcaattggtctctttgaacttatcaagaaacaattttacagggaaaattccttcaaatattg 13473489  T
Q  240 gaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttaga 339  Q
    ||||  ||| | |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  13473490 gaaaactaagatcacttgactttcttgacttggcacgaaataagttgctaggttcaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgtgttaga 13473589  T
Q  340 tttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||  || | ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  13473590 tttgtcacataatcaattatctggagagattccattgagcacacaactacaaagtttcaatccgtcaagttacgaagataatcttgatctttg 13473682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 37 - 432
Target Start/End: Original strand, 13863129 - 13863524
Alignment:
Q  37 tgaatatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaat-gaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaa 135  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  13863129 tgaatatcaattgaatgcattgttgacatggaaaggtgtagaacaactgttcatcaacaatcgatttgt-tcttctaaaaagcatagatctatcaagcaa 13863227  T
Q  136 tcacttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaaga 235  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||      
T  13863228 tcacttttcggaagagattccacctgaaatagcaaatttgattcaattggtctcactaaatttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaat 13863327  T
Q  236 atcggaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgt 335  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| || ||    
T  13863328 atcggaaggttaacatcacttgaatttcttgatttgtcacaaaacaagttgtttggttcaattccttctagtctttcccaaatagatcggcttggtgggt 13863427  T
Q  336 tagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||  || |||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  13863428 tagatgtgtcacataatcaattatctggtgaaattccaaagagtacacaactacaaggtttcaatgcctcattttacgaagataatcttgatctttg 13863524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Original strand, 13893311 - 13893698
Alignment:
Q  45 aattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcacttttc 144  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||  |||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  13893311 aattgaatgcattcttgatgtggaaaggtgtagaacaatttttcaacaacaatggattgcttcttctaaaaagtatagatctctcaagcaatcacttttc 13893410  T
Q  145 atacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcggaaag 244  Q
    | ||||||||||||||||||| ||   |||| | ||||| |||||| | || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||     
T  13893411 acacgagattccacctgaaatagcaactttggttcaattagtctcactaaatttatcaagaaacaacttgacagggaaaattccttcaaatatcggaaaa 13893510  T
Q  245 ttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttagatttgt 344  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  13893511 ttaacatcacttgactttcttgatttgtcacaaaataagttgcttggttcaattccttctagtctttccaaaatagatcggattggtgtgttagatctgt 13893610  T
Q  345 cacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  13893611 cacataatcaattgtctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaagttacgaagataatcttgatctttg 13893698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 43 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14022478 - 14022090
Alignment:
Q  43 tgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcacttt 142  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | || ||||||||||||    
T  14022478 tgaattaaatccattcttaacatggaaaggtgtagaccaagtattcaacaacaatgaattgttgcttctaaaaagcatagatctctcaagcaatcacttt 14022379  T
Q  143 tcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcggaa 242  Q
    |||   ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||  || ||||    
T  14022378 tcaggagagattccacctgaaatagcgaatttgattcaattggtctcattgaacttatcaagaaacaacttcacaggaaaaattccttcaaatattggaa 14022279  T
Q  243 agttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttagattt 342  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||| | ||| |||||||||  |||||||||| |    
T  14022278 agctaacatcacttgactttcttgatttatcacaaaacaagttgcgtggtt-aattccttctagtctttctcaaattgatcgacttagtgtgttagatgt 14022180  T
Q  343 gtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  14022179 gtcacataatcaattatatggagagattccaacgtgtacacagctacaaagtttcgatccctcatgttacgaagataatcttgatctttg 14022090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 40 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14084433 - 14084041
Alignment:
Q  40 atatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcac 139  Q
    ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| | |||||| |||||||||||  | || |||||||||    
T  14084433 atatgaattgaatgcaaatttgacttggaaaggtgtagaacaaatgttcaaaaacaatggattatttcttctaaaaagcatagacctctcaagcaatcac 14084334  T
Q  140 ttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcg 239  Q
    ||||||   |||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || |    
T  14084333 ttttcaggagagattccacatgaaatagcaaatttgattcaattggtctctttgaatttatcaagaaacaacttcacagggaaaattccttcaaatattg 14084234  T
Q  240 gaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttaga 339  Q
    ||||  || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| || | |||||| || |||  |||||||||    
T  14084233 gaaatctagcatcacttgactttcttgatttttcacgaaataagttgcttggttcaattcctcatagtctctctcaaatagaccggcttagtgtgttaga 14084134  T
Q  340 tttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| |||||    
T  14084133 tttgtcgcataatcaattatcgggagaaattccaaagagtacacaacttcaaagttttgatgcctcacgttacaaagataatcttgatctttg 14084041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 37 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14047170 - 14046775
Alignment:
Q  37 tgaatatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaat 136  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||| |||  | ||||| | || ||||||    
T  14047170 tgaatatgacttggatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacatgtgttcaacaacaatggattggttcttctaaaagtcgtagatctttcaagcaat 14047071  T
Q  137 cacttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaa 236  Q
    || |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||| ||||  |    
T  14047070 catttttcagaagaaattccacctgaaattgcagatttgattcaattggtctcattgaatttatcaagaaacaacttcgcagggaaaattccatcaaata 14046971  T
Q  237 tcggaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgtt 336  Q
    | |||||  ||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || | |||||| || |||  ||||||    
T  14046970 ttggaaatctaacctcacttgactcccttgatttgtcacgaaataagttgcttggttcaattcctcctagtctatctcaaatagaccggcttagtgtgtt 14046871  T
Q  337 agatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  14046870 agatctgtcacataatcaattatctggcaagattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacgaagataatcttgatctttg 14046775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 13932126 - 13931734
Alignment:
Q  40 atatgaattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcac 139  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  |||| | |||  ||||||| | || || |||||     
T  13932126 atatgaattgaatgcattgttgacatggaaaggtgtagaacatgtcttcaacaacaatggattggttcttttaaaagtcatagatctctcaagtaatcat 13932027  T
Q  140 ttttcatacgagattccacctgaaattgctgatttgatccaattggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcg 239  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||  || |    
T  13932026 ttttcagaagagattccacctgaaatagcagatttgattcaattggtctcattgaatttatcaagaaacaacttcacagggaaaattccatcaaatattg 13931927  T
Q  240 gaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagtctttcccgaatagatcgacttgctgtgttaga 339  Q
    ||||  ||||  ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || | ||||||  | |||  |||||||||    
T  13931926 gaaatctaacttcacttgactctcttgatttgtctcgaaataagttgcttggttcaattcctcctagtctctctcaaatagactggcttagtgtgttaga 13931827  T
Q  340 tttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcatgttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |  || || |||| |||||||||||||| |||||    
T  13931826 tctgtcacataatcaattatctggagagattccaacgagtacacaactacaaagtttcaacgccacaagttacgaagataatcttgatctttg 13931734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 208 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 13911457 - 13911233
Alignment:
Q  208 caactttatagggaaaattccttcaagaatcggaaagttaacagcacttgactttcttgatttatcacgaaataagttgcttggttcaattccgtctagt 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||    
T  13911457 caactttacagggaaaattccttcaaatttcggaaagttaacatcacttgactttcttgatttgtcacgaaataacttgcttggttcaattcctcctagt 13911358  T
Q  308 ctttcccgaatagatcgacttgctgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaaggagtacacaactacaaagttttgattcctcat 407  Q
    || || |  ||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||  |  || ||     
T  13911357 ctctctcacatagaccgtcttagtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagagattccaacaagtacacaactacaaagtttcaacgccacaa 13911258  T
Q  408 gttatgaagataatcttgacctttg 432  Q
    |||| |||||||||||||| |||||    
T  13911257 gttacgaagataatcttgatctttg 13911233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 13911579 - 13911460
Alignment:
Q  45 aattgaatgcattcttgacatggaaaggtgtagaacaagtgttcaacaacaatgaattgtctcttctgaaaagcatagatttatctagcaatcacttttc 144  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  13911579 aattgagtgcattcttgatgtggaaaggtgtagaacaattgttcaacaacaa-ggattgcttcttctaaaaagtatagatctctcaagcaatcacttttc 13911481  T
Q  145 atacgagattccacctgaaat 165  Q
    | | |||||||||||||||||    
T  13911480 acaagagattccacctgaaat 13911460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 267
Target Start/End: Original strand, 37164850 - 37164936
Alignment:
Q  181 attggtctcattgaacttatcaagaaacaactttatagggaaaattccttcaagaatcggaaagttaacagcacttgactttcttga 267  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| || | |||| ||||| ||||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  37164850 attggtgtcattgaatttatcaagcaacaatttgacaggggaaattacttcaatgattggaaagttaacatcacttgaatttcttga 37164936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University