View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16091_low_48 (Length: 427)

Name: NF16091_low_48
Description: NF16091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16091_low_48
NF16091_low_48
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (15-420)||(9336244-9336649)
chr4 (22-247)||(30774835-30775060)
chr4 (36-315)||(35131974-35132250)
chr4 (34-184)||(23596957-23597107)
chr4 (129-186)||(23588200-23588257)
chr4 (127-184)||(54396069-54396126)
[»] chr7 (43 HSPs)
chr7 (15-419)||(8666830-8667234)
chr7 (15-312)||(10494727-10495024)
chr7 (15-327)||(8653947-8654265)
chr7 (127-316)||(13333833-13334019)
chr7 (26-251)||(8658942-8659167)
chr7 (26-251)||(1301040-1301264)
chr7 (172-356)||(8671608-8671792)
chr7 (36-248)||(8545215-8545427)
chr7 (37-246)||(6789096-6789305)
chr7 (23-317)||(29582202-29582493)
chr7 (33-176)||(17259895-17260038)
chr7 (34-176)||(17267593-17267735)
chr7 (36-238)||(8575918-8576120)
chr7 (36-246)||(8590222-8590432)
chr7 (36-245)||(8581285-8581494)
chr7 (15-248)||(8616260-8616496)
chr7 (48-249)||(3146845-3147046)
chr7 (36-310)||(8569834-8570105)
chr7 (36-247)||(8609500-8609711)
chr7 (22-187)||(27831235-27831400)
chr7 (365-419)||(8653858-8653912)
chr7 (37-247)||(29578047-29578257)
chr7 (37-186)||(8102311-8102460)
chr7 (37-238)||(8646469-8646670)
chr7 (39-248)||(8586083-8586292)
chr7 (36-176)||(7878107-7878247)
chr7 (127-186)||(8017878-8017937)
chr7 (129-228)||(8537638-8537737)
chr7 (365-419)||(13334068-13334122)
chr7 (366-415)||(3146682-3146731)
chr7 (366-412)||(8586407-8586453)
chr7 (365-415)||(8646295-8646345)
chr7 (369-419)||(10495078-10495128)
chr7 (369-415)||(17259654-17259700)
chr7 (367-412)||(8616136-8616181)
chr7 (129-201)||(27846573-27846645)
chr7 (138-186)||(39985290-39985338)
chr7 (369-415)||(17267357-17267403)
chr7 (369-415)||(17275011-17275057)
chr7 (366-419)||(6788926-6788979)
chr7 (63-176)||(8601628-8601741)
chr7 (268-312)||(17259757-17259801)
chr7 (268-312)||(17267460-17267504)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (31-414)||(16657886-16658269)
chr2 (37-319)||(16662367-16662649)
chr2 (99-318)||(43624927-43625143)
chr2 (22-185)||(12245766-12245929)
chr2 (22-246)||(11998992-11999215)
chr2 (138-244)||(7541812-7541918)
chr2 (265-317)||(12259181-12259233)
chr2 (266-319)||(14702922-14702975)
chr2 (36-189)||(14703049-14703202)
chr2 (63-169)||(12234351-12234456)
chr2 (367-421)||(14702820-14702874)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (26-248)||(4678921-4679143)
chr1 (37-245)||(15594619-15594827)
chr1 (48-241)||(34467174-34467367)
chr1 (369-419)||(29465263-29465313)
chr1 (366-413)||(15594455-15594502)
chr1 (366-415)||(4679255-4679304)
chr1 (138-243)||(52549422-52549527)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (22-191)||(12528143-12528312)
chr8 (37-196)||(43744450-43744609)
chr8 (366-415)||(43744234-43744283)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (43-248)||(28219500-28219705)
chr5 (365-415)||(28219336-28219386)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (367-415)||(53416761-53416809)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 420
Target Start/End: Original strand, 9336244 - 9336649
Alignment:
Q  15 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336244 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 9336343  T
Q  115 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9336344 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcgcccaacttggt 9336443  T
Q  215 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336444 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgagtgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaag 9336543  T
Q  315 acaaatggatatttcaccctttatgataaccagtgcattgtcgattttcctgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggtt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336544 acaaatggatatttcaccctttatgataaccagtgcattgtcgattttcctgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggtt 9336643  T
Q  415 catttc 420  Q
    ||||||    
T  9336644 catttc 9336649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30775060 - 30774835
Alignment:
Q  22 acaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattatt 121  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||   | || ||||| |||||||| || |     
T  30775060 acaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggttcttctaggattcccaaagtgcaggaactattgcgtaatttcttcaatgggaaggatttgtg 30774961  T
Q  122 catgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacga 221  Q
    || | | ||||| || |||||||| |||||| | || |||||||| || |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||    
T  30774960 caagagcatcaatcctgatgaggcagttgctcacggggcagctgtccaggctgctctattgagtgaaggcattaagaatgccccaaagttggtgctgcga 30774861  T
Q  222 gatgttaccccattgtcacttggtat 247  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  30774860 gatgtcacccctttgtcacttggtat 30774835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 35132250 - 35131974
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||  | ||||||| | | |||||||| |||||||| || | || | | || ||||    
T  35132250 gatgatgttgttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaacc 35132151  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| | |||||| ||||| | || ||||  || || |||||| |||  |||||||| || ||    
T  35132150 ccgatgaggctgtagcttatggggcagcagttcaggctgctttgttgagtaaaggcataaaaaatgttccaaagttggtgttacaggatgttacaccttt 35132051  T
Q  236 gtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaaga 315  Q
    ||| |||||||   ||  |||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  35132050 gtctcttggtaggtca--atagtagg-agatatcatgaatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaaga 35131974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 184
Target Start/End: Original strand, 23596957 - 23597107
Alignment:
Q  34 ttgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaa 133  Q
    |||||||| |||||||||| || || ||| |||||||||| || || ||| |||| |||| ||| || ||||| ||||||||| | |  | | | |||||    
T  23596957 ttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaa 23597056  T
Q  134 cccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgag 184  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  23597057 ccctgatgaggctgttgcttatggcgctgcagtccaagctgctattttgag 23597107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 186
Target Start/End: Original strand, 23588200 - 23588257
Alignment:
Q  129 atcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 186  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  23588200 atcaaccccgatgaagctgttgcatatggggcagccgtccaagctgctattttgagtg 23588257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 54396126 - 54396069
Alignment:
Q  127 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgag 184  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  54396126 gtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 54396069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 43)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8667234 - 8666830
Alignment:
Q  15 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 114  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  8667234 aagatatacaagaatgatattgatgatgttgtacttgtcggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaggaacaattgctagaatatttcaaggggaagg 8667135  T
Q  115 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8667134 aattattcatgggtatcaacccagacgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctgtaagaatgtccccaacttggt 8667035  T
Q  215 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaag 314  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |   |  ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8667034 gctacgagatgtgacccctttgtcacttggtatttctgtaagtattgaacatatcatgagtgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaag 8666935  T
Q  315 acaaatggatatttcaccctttatgataaccagtgcattgtcgattttcctgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggtt 414  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8666934 acaagtcgatattccaccctttatgataaccagtgccttgtcaattttcttgtttatgagggtgagagaccaagagctgctgacaataatctgcttggtt 8666835  T
Q  415 cattt 419  Q
    |||||    
T  8666834 cattt 8666830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 15 - 312
Target Start/End: Original strand, 10494727 - 10495024
Alignment:
Q  15 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 114  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10494727 aagatatacaagaatgatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaggatctattgctagaatttttcaaggggaagg 10494826  T
Q  115 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggt 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10494827 aattattcatgcgtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccgaacttggt 10494926  T
Q  215 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |   || ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10494927 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtattgaagtaacaaatgaagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttccatccctgtcaaga 10495024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 8654265 - 8653947
Alignment:
Q  15 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 114  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8654265 aagatatacaagaatgatattgatgatgttgtactcgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaggatctattgctagagtttttcaaggggaagg 8654166  T
Q  115 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggt 214  Q
      || || |||  ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  8654165 ctttgtttatgaatatcaacccagatgaggctattgcatatggcgctgctgttcaggctgctattttgagtgaagactttaagaatgtccccaacttggt 8654066  T
Q  215 gctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgc------aacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtc 308  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||      |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8654065 gctacgtgatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacagcaacatattgggaaaatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttccatccctgtc 8653966  T
Q  309 aagaagacaaatggatatt 327  Q
    || || || || |||||||    
T  8653965 aaaaatactaaaggatatt 8653947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 127 - 316
Target Start/End: Original strand, 13333833 - 13334019
Alignment:
Q  127 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  13333833 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagactgtcccgaacttggtgctacgagatgt 13333932  T
Q  227 taccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagac 316  Q
    || |||||| |||||||||||  ||  ||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13333933 tatcccattatcacttggtatttcagtatat---gaacatatcatgaatgttgtgattcctaggaacacttccatccctgtcaagaagac 13334019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 26 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 8659167 - 8658942
Alignment:
Q  26 gagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatg 125  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||  |||||     |||||  |||| || |    
T  8659167 gagtgatattgacgatattgttcttgtgggtggttcgtctaggattcccaaagtgcaagatctattgcaagaccttttcccaaagaaggttttatacaag 8659068  T
Q  126 ggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatg 225  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||    
T  8659067 agtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctcttcaagctgctgttttaagcaaaggctttaagaatgtcccaaacttggtgctgcaagatg 8658968  T
Q  226 ttaccccattgtcacttggtatcgca 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  8658967 ttaccccattgtcacttggtatcgca 8658942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1301264 - 1301040
Alignment:
Q  26 gagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatg 125  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||  |||||  || ||| |  |||| || |    
T  1301264 gagtgatatcgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaagatatattgcaagacattttcccggagaaagttttatacaag 1301165  T
Q  126 ggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatg 225  Q
     |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||| || ||||||| ||| ||||||||||| | |||||    
T  1301164 agtatcaaccc-gacgaggctgttgcttatggtgcagctattcaagctgctattttaagcaaaggattcaagaatgtcccaaacttggtgctgcaagatg 1301066  T
Q  226 ttaccccattgtcacttggtatcgca 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  1301065 ttaccccattgtcacttggtatcgca 1301040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 172 - 356
Target Start/End: Original strand, 8671608 - 8671792
Alignment:
Q  172 ctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcat 271  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||   |  ||| |||||||    
T  8671608 ctgctattttgagcaaaggctttaagaatgtccccaacttggtgctacgagatgttacgccattgtcacttggtattgctgcaaggattgaacatatcat 8671707  T
Q  272 gaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagacaaatggatatttcaccctttatgataaccagtgcattgtc 356  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  |||| | |||||||||||| ||||||||    
T  8671708 gagtgtggtgattccaagaaacacttccatacctgtcacaaagacaaatcgatataccaccttatatgataaccagcgcattgtc 8671792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8545427 - 8545215
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||  | | ||||| |  || ||||| |||||||||||||||| || | | || ||||    
T  8545427 gatgatgttgtccttgttggcggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagttttttaaggggaaggaattatgcaagagcattaacc 8545328  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  ||||||||| |  |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  8545327 ctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgctgagtgaagacaataagaatgtcccaaacatggtgctacgagatgttaccccttt 8545228  T
Q  236 gtcacttggtatc 248  Q
    |||||||||||||    
T  8545227 gtcacttggtatc 8545215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 6789305 - 6789096
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || | |||| | ||||||||    
T  6789305 atgatgttgtccttgttggtgggtcttctagaattcccaaagtgcaacaactattgcaagaagttttcatgggaaaggatttgtgcatgagcatcaaccc 6789206  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattg 236  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||  || ||||||||||| | ||||||||| || |||    
T  6789205 tgatgaggctgttgcttacggtgcagctgtccaggctgctttgttgagcgaaggctctaagagtgttccaaacttggtgctgcaagatgttacaccgttg 6789106  T
Q  237 tcacttggta 246  Q
    || |||||||    
T  6789105 tctcttggta 6789096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 317
Target Start/End: Original strand, 29582202 - 29582493
Alignment:
Q  23 caagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattc 122  Q
    |||||||| | | |||||||| || ||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| || | |    
T  29582202 caagagtagtgtagatgatatcgtccttattggtggctcttctagaattcccaaagtgcatcagctattgcaagaatttttcaaggggaaggatttgtgc 29582301  T
Q  123 atgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgag 222  Q
    ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||||||| || ||||||  ||  | ||  |  | | ||    
T  29582302 atgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgctgattgaaggcattgagaatgttccagattttatcttgcaag 29582401  T
Q  223 atgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagaca 317  Q
    || |||| || ||||||||||||||  |||||   || | | ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| ||||    
T  29582402 atattacacccttgtcacttggtatatcaaca---aaaggagatatcatgagtgtggtgattcctaggaacactcccattcctgccaagatgaca 29582493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 33 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 17260038 - 17259895
Alignment:
Q  33 attgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatca 132  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||  || || |||||||| |||||||||| || | | ||||    
T  17260038 attgatgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatca 17259939  T
Q  133 acccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgct 176  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17259938 accctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgct 17259895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 17267735 - 17267593
Alignment:
Q  34 ttgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaattt-ttcaaggggaaggaattattcatgggtatca 132  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  17267735 ttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgc-agaacttcttcaaggggaaggaattatgcaaaagtatca 17267637  T
Q  133 acccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgct 176  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17267636 accctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgct 17267593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8576120 - 8575918
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||  | | ||||| |  ||  |||||||||||||||||||||  | | | |||||||    
T  8576120 gatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaacc 8576021  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||||  ||||||||  || ||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  8576020 ctgatgaggctgttgcttatggtgctgttgtccaagctgctttgttgagtgaaggcagtaagaatgttccaaacttggtgttacgagatgttacaccgtt 8575921  T
Q  236 gtc 238  Q
    |||    
T  8575920 gtc 8575918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 8590432 - 8590222
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||  | ||||||| ||| ||||| | |||||||||  | | ||   | ||||| |    
T  8590432 gatgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaagacttttttatggggaaggatctttacaatagcatcaatc 8590333  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  |||| ||  |||||||||  || || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  8590332 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctttgctttgtgatgggattaagaatgttcctaatttggtgctacaagatgttactccatt 8590233  T
Q  236 gtcacttggta 246  Q
    ||| |||||||    
T  8590232 gtctcttggta 8590222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 8581494 - 8581285
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||  | | ||||| |  || |||||| ||||||||||||||| || | | |||||||    
T  8581494 gatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaacc 8581395  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |  | ||||||||| |||||| ||  || |||||| |  | ||||||||||| |||||    
T  8581394 ctgatgaggctgttgcttatggtgctgctattcaggctgctttggttagtgaaggcattaagagtgttccaaacttgattttgcgagatgttacaccatt 8581295  T
Q  236 gtcacttggt 245  Q
    ||||||||||    
T  8581294 gtcacttggt 8581285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8616496 - 8616260
Alignment:
Q  15 aagatatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaagg 114  Q
    |||||| | ||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   || |||||| | |||||||    
T  8616496 aagatagagaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggctcgtctaggattcctaaagtgcaggaactattgagtgactttttcgatgggaagg 8616397  T
Q  115 aattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttg---agtgaaggctttaagaatgcccccaactt 211  Q
    | || | || |   ||||| || |||||||||||||||  ||| ||||| ||||| |||||| | |||   | |  || |||||||||||  || |||||    
T  8616396 atttgtgcaagaacatcaatcctgatgaggctgttgctagtggggcagcagttcaggctgctttgttgggtactacagactttaagaatgttccaaactt 8616297  T
Q  212 ggtgctacgagatgttaccccattgtcacttggtatc 248  Q
    || ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  8616296 ggcgctgcgagatgttacccctctgtcacttggtatc 8616260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3147046 - 3146845
Alignment:
Q  48 cttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatgaggctg 147  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||    |||||| |  | |  |   | |||||||| |||||||| |    
T  3147046 cttgtcggtggctcgtctagaattccaaaagtgcaacaactattgcaggaattttttgcagggaagcatctgtgtaacagcatcaaccctgatgaggccg 3146947  T
Q  148 ttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcacttggtat 247  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||| ||||  || ||||||||| | | ||||||| | || ||||| ||||||||    
T  3146946 ttgcttatggtgcagctgtgcaagctgctttgttgagtgaagactttaaaaatgttccaaacttggtggtgcaagatgttgctcctttgtctcttggtat 3146847  T
Q  248 cg 249  Q
    ||    
T  3146846 cg 3146845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 8570105 - 8569834
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    | ||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||   | || ||||    
T  8570105 gatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgaggcagctattacaagagtttttccaggggaaggaattatgcaacagcattaacc 8570006  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | |    |||||| || |||||| ||  || ||||||||  | ||||||||||| |||||    
T  8570005 ctgatgaggctgttgcttacggtgcagctattcaggctgttttgcatagtgaaagcgttaagagtgttccaaacttggttttgcgagatgttacaccatt 8569906  T
Q  236 gtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaa 310  Q
    |||||||||| || |||    || || | |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  8569905 gtcacttggtgtctcaa---ttaggggagatattatgagtgtggtgattccaaggaacacttccattcctgtcaa 8569834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8609711 - 8609500
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||||||||| || || || |||||||||||||||||| |  | ||| ||| ||| |||||||| || ||||| || |  ||| | |||||||    
T  8609711 gatgatgttgttcttgttggaggttcttctaggattccgaaagtgaagcagctactgcaagactttttcaatggaaaggatttgtgtatgagcatcaacc 8609612  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccatt 235  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | ||| |||||||| | ||    |  || ||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  8609611 ctgatgaggcggttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgttgggtgaaggcatcaaatcagttccaaacttggtgctgcgagatgttacaccttt 8609512  T
Q  236 gtcacttggtat 247  Q
    ||||||||||||    
T  8609511 gtcacttggtat 8609500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 187
Target Start/End: Original strand, 27831235 - 27831400
Alignment:
Q  22 acaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattatt 121  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||||||   || ||||||||||| ||||| || |     
T  27831235 acaagagtagtatagatgatgttgtccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattggcggactttttcaagggaaaggatttgtg 27831334  T
Q  122 catgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtga 187  Q
    || | | ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| | ||||||||    
T  27831335 caagagcatcaatcctgatgaggctgttgcttttggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtga 27831400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 365 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8653912 - 8653858
Alignment:
Q  365 tgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcattt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  8653912 tgtttatgagggtgagagaccaagagctagtgacaataatctgcttggtttattt 8653858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 247
Target Start/End: Original strand, 29578047 - 29578257
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    |||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||   ||||||||| ||| ||||||||||| | ||| || | |||| | || |||||    
T  29578047 atgaaattgtccttgttggaggttcatctagaattcccaaagtgcggaaactattgcaagactttttcaagggtagggatttgtgcatgagcataaaccc 29578146  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattg 236  Q
     || |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | |||| ||| ||| |||||||||  || || |||||  | |||||| |||| || |||    
T  29578147 tgacgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgattgatggcattaagaatgttccaaatttggtcttgcgagatattacacccttg 29578246  T
Q  237 tcacttggtat 247  Q
    || ||||||||    
T  29578247 tcgcttggtat 29578257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 8102460 - 8102311
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||  |||| |||| ||| || ||||| || |||||  ||| ||   | ||||||||    
T  8102460 atgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgcaaaagcatcaaccc 8102361  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 186  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8102360 cgacgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaagctgctatcttgagtg 8102311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8646670 - 8646469
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |  |  ||   || |||||||| | ||||||||||| |  | | ||||||||    
T  8646670 atgatgttgttcttgttggtggctcctctagaattccaaaagtacaacagatgctgaaggagtttttcaatgagaaggaattatgcgagagcatcaaccc 8646571  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattg 236  Q
     |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||  |||| |||||||||||||| || ||||||||| | | |||||| |||||||||    
T  8646570 tgatgtggccgttgcttatggcgcagccgttcaggctgctttattatgtgatggctttaagaatgctccaaacttggtgtttcaagatgtcaccccattg 8646471  T
Q  237 tc 238  Q
    ||    
T  8646470 tc 8646469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 248
Target Start/End: Original strand, 8586083 - 8586292
Alignment:
Q  39 gatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccag 138  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||   || || ||||| ||||| || |||| || |   ||||| || |    
T  8586083 gatattgtccttgtcggtggctcgtccagaattcccaaagtacaggaactattgagtgacttcttcaatgggaaagatttatgcaagaacatcaatcctg 8586182  T
Q  139 atgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtc 238  Q
    ||||||||||||||  ||| || || ||||| ||| || |  || || ||| ||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  8586183 atgaggctgttgctagtggggctgcagttcaggcttctttgctgtgtaaagactttaagaaagttccaaacttggtgctgcgagatgttacccctctgtc 8586282  T
Q  239 acttggtatc 248  Q
    ||||||||||    
T  8586283 acttggtatc 8586292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 176
Target Start/End: Original strand, 7878107 - 7878247
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||  | |||||||  || ||||| |||||||||||  | | ||   | |||||||    
T  7878107 gatgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattctcaaagtgcagcagctattgcaggacttttttaaggggaaggatatttgcagtagcatcaacc 7878206  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgct 176  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7878207 cggatgaagctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgct 7878247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 8017878 - 8017937
Alignment:
Q  127 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 186  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||    
T  8017878 gtatcaacccagacgaggctgttgcttatggtgccgctgtacaagcagcaattttgagtg 8017937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8537737 - 8537638
Alignment:
Q  129 atcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgtta 228  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||| | ||||| | |||| |||||| ||  || ||||||||||| ||||||||||    
T  8537737 atcaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgttgagcggaggcattaagactgttccgaacttggtgctgcgagatgtta 8537638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 365 - 419
Target Start/End: Original strand, 13334068 - 13334122
Alignment:
Q  365 tgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcattt 419  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13334068 tgtatatgagggtgagagagcaagagctagtgacaataatctacttggttcattt 13334122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 366 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 3146731 - 3146682
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  3146731 gtttatgagggtgagagagcaagagctagtgacaacaatctgcttggttc 3146682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 412
Target Start/End: Original strand, 8586407 - 8586453
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttgg 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  8586407 gtttatgagggtgagagagcaagagctagtgacaacaatctgcttgg 8586453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8646345 - 8646295
Alignment:
Q  365 tgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  8646345 tgtttatgagggtgagagagcaagagcaagtgacaacaatctgcttggttc 8646295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 419
Target Start/End: Original strand, 10495078 - 10495128
Alignment:
Q  369 tatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcattt 419  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  10495078 tatgagggtgagagagcaagagctagtgagaataatctacttggttcattt 10495128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 17259700 - 17259654
Alignment:
Q  369 tatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  17259700 tatgagggtgagagaccaagagcaactgacaatcatcttcttggttc 17259654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 8616181 - 8616136
Alignment:
Q  367 tttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttgg 412  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  8616181 tttatgagggtgagagatcaagagctagtgacaacaatctgcttgg 8616136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 201
Target Start/End: Original strand, 27846573 - 27846645
Alignment:
Q  129 atcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatg 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||| | |||||||| | | |||||||||    
T  27846573 atcaaccctgatgaggctgttgcttttggagcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattaagaatg 27846645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 39985338 - 39985290
Alignment:
Q  138 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 186  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  39985338 gatgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgctatcttgagtg 39985290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 17267403 - 17267357
Alignment:
Q  369 tatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||    
T  17267403 tatgagggtgagagaccaagagcaagtgacaatcatcttcttggttc 17267357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 17275057 - 17275011
Alignment:
Q  369 tatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||    
T  17275057 tatgagggtgagagaccaagagcaagtgacaatcatcttcttggttc 17275011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 6788979 - 6788926
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcattt 419  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| || |||||||| |||||||||    
T  6788979 gtttatgagggtgaaagaccaagagccagtgataacaatctgctcggttcattt 6788926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8601741 - 8601628
Alignment:
Q  63 tctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcag 162  Q
    ||||||||||| ||||||||| || || ||  ||||||||||||  |||||||  | | | || | ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8601741 tctaggattcccaaagtgcaacaattactgaaagaatttttcaattggaaggacatttgcgtgagcatcaatcctgatgaggcagttgcctatggcgcag 8601642  T
Q  163 ctgttcaagctgct 176  Q
    | ||||||||||||    
T  8601641 cagttcaagctgct 8601628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 268 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 17259801 - 17259757
Alignment:
Q  268 tcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaaga 312  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  17259801 tcatgagtgtggtgattcctaggaacacttcaattcctgtcaaga 17259757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 268 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 17267504 - 17267460
Alignment:
Q  268 tcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaaga 312  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  17267504 tcatgagtgtggtgattcctaggaacacttcaattcctgtcaaga 17267460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 31 - 414
Target Start/End: Original strand, 16657886 - 16658269
Alignment:
Q  31 atattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtat 130  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| ||   ||||    
T  16657886 atattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggcaaggatttatgcaaaagtat 16657985  T
Q  131 caacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttacc 230  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| |  |||||||||||    
T  16657986 caacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagatttggtgttgagagatgttacc 16658085  T
Q  231 ccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagacaaatggatatttca 330  Q
    |||||||| |||||||||  | |  ||   ||  || |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    |||| |||  ||| ||| |    
T  16658086 ccattgtcgcttggtatcttagccgatgttgatcatgtcatgagtgttgtgattcctaggaacacttccatacctgtggcaaagataaaacgatttttta 16658185  T
Q  331 ccctttatgataaccagtgcattgtcgattttcctgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggtt 414  Q
    ||  | | |||||||| ||||  |||    ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  16658186 ccgctaaagataaccaatgcaaagtctcaattaatgtttatgagggtgagagagcaagagctgctgacaataatctgctcggtt 16658269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 37 - 319
Target Start/End: Original strand, 16662367 - 16662649
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||   | || ||||| |||||||| || | || | | ||||||||    
T  16662367 atgatattgttcttgtcgggggctcgtctaggattccaaaagtgcaggaattattgcgtaacttcttcaatgggaaggagttgtgcaagagcatcaaccc 16662466  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattg 236  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  16662467 tgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagctgctgtgttgagtgaaggcattaaggatgttccaaacttggtgctgcgagacgttaccccattg 16662566  T
Q  237 tcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagacaaa 319  Q
    |||||||||||| |   | || | ||   ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| |||||| ||||||    
T  16662567 tcacttggtatctcggtacatgatgatcgtattatgaatgtggtggttcctaggaacacttctgtacctttcaagatgacaaa 16662649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 99 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 43625143 - 43624927
Alignment:
Q  99 tttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaaga 198  Q
    ||||||||||||||||||| || |    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43625143 tttttcaaggggaaggaatcatgcgaaagcataaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctattttgagtaaaggcattaaga 43625044  T
Q  199 atgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcacttggtatcgcaacatataaggaaaatatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttc 298  Q
    |||  || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||   | |||| |  | |||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  43625043 atgttccaaaattggtgctgcgagatgttacccctttgtcacttggtatcttaa---acaagggaggtgtcatgagtgtggtgattcctaggaatacttc 43624947  T
Q  299 catacctgtcaagaagacaa 318  Q
      ||||||||||||||||||    
T  43624946 tgtacctgtcaagaagacaa 43624927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 185
Target Start/End: Original strand, 12245766 - 12245929
Alignment:
Q  22 acaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattatt 121  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| |  || |||||||| ||||||||||| |     
T  12245766 acaagagtactatagatgattttgtacttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaaggaattgtg 12245865  T
Q  122 catgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagt 185  Q
    || | | || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  12245866 caagagcattaaccctgacgaggctgttgcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagt 12245929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 11999215 - 11998992
Alignment:
Q  22 acaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattatt 121  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||| | ||||| |  || |||||||| |||||||| || |     
T  11999215 acaagagtactatagatgatgttgtacttgttggtggatcttctaggatccc-aaagtccaacagctattacatgactttttcaacgggaaggagttgtg 11999117  T
Q  122 catgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacga 221  Q
    || | | || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||  || || |||||| | |      
T  11999116 caagagcattaaccctgatgaggctgtagcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtgaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcag 11999017  T
Q  222 gatgttaccccattgtcacttggta 246  Q
    |||||||| || ||||| |||||||    
T  11999016 gatgttactcctttgtctcttggta 11998992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 138 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 7541918 - 7541812
Alignment:
Q  138 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgt 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| |||| ||||||| || || || |||||||| |  |||||||| || ||||    
T  7541918 gatgaggctgttgcttatggggcagctgttcaggctgcattgttgagtggaggcgttaagaacgctccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 7541819  T
Q  238 cacttgg 244  Q
    | |||||    
T  7541818 ctcttgg 7541812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 317
Target Start/End: Original strand, 12259181 - 12259233
Alignment:
Q  265 atatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagaca 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  12259181 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagaca 12259233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 14702975 - 14702922
Alignment:
Q  266 tatcatgaatgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagacaaa 319  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  14702975 tatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaaaaagacaaa 14702922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 14703202 - 14703049
Alignment:
Q  36 gatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacc 135  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||| ||  || |||| |  || |||||| |||||||||| || | ||   | || ||||    
T  14703202 gatgatgttgttcttgtcggtgggtcttctcggattcccaaagtacagcaattattacaggactttttccaggggaaggagttgtgcaacagcattaacc 14703103  T
Q  136 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaag 189  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  14703102 ctgatgaagctgtagcttatggggcagctgttcaggctgctttgttgagtgaag 14703049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 63 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 12234456 - 12234351
Alignment:
Q  63 tctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcag 162  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||  || |||||||||||||||||  | | || | |||| ||||| || ||||| ||||||||||  ||||    
T  12234456 tctaggattcccaaagtgcagcaactattgcaggattttttcaaggggaaggagctgtgcaagagtattaaccctga-gaggcggttgcttatgaggcag 12234358  T
Q  163 ctgttca 169  Q
    |||||||    
T  12234357 ctgttca 12234351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14702874 - 14702820
Alignment:
Q  367 tttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcatttca 421  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||| |||||    
T  14702874 tttatgagggtgagagaacaagagccagtgacaataatttgattggttcttttca 14702820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 248
Target Start/End: Original strand, 4678921 - 4679143
Alignment:
Q  26 gagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatg 125  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||| ||| ||||||| || | || |    
T  4678921 gagtaatattgatgatgttgttcttgtgggtggttcatcgaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagacttttttaagcggaaggatttgtgcaag 4679020  T
Q  126 ggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatg 225  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| || || ||||| |||||||    
T  4679021 agtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctatccaagctgctattttgagcgaaggttttaagaatgtcccgaattttgtgctgcgagatg 4679120  T
Q  226 ttaccccattgtcacttggtatc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4679121 ttaccccattgtcacttggtatc 4679143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 15594827 - 15594619
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    ||||||||||  |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||   || |||||| |||| |||||||| | |||| | ||||||||    
T  15594827 atgatattgtcattgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccc 15594728  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattg 236  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||| ||||| ||||  || ||||||||| ||| ||||||| | || |||    
T  15594727 tgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtgaaggttttaaaaatgttccaaacttggtgatacaagatgttgcacctttg 15594628  T
Q  237 tcacttggt 245  Q
    || ||||||    
T  15594627 tctcttggt 15594619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 241
Target Start/End: Original strand, 34467174 - 34467367
Alignment:
Q  48 cttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatgaggctg 147  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||  || |||||||| || |||||  ||| ||   | |||||||| ||||||||||    
T  34467174 cttgtcgggggctcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcgggactttttcaatggtaaggatctatgcaatagcatcaaccctgatgaggctg 34467273  T
Q  148 ttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcact 241  Q
    | |||||||  |||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||  || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34467274 tcgcttatgtcgcagctgtgcaagctgctttgttgagtaaaggctttaacaatgttccaaacttggtgctgcgagatgttacaccattgtcact 34467367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 369 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29465313 - 29465263
Alignment:
Q  369 tatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttcattt 419  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  29465313 tatgagggtgagagagcaagagctagtgacaattatctgcttggttcattt 29465263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 15594502 - 15594455
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggt 413  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15594502 gtttatgagggtgagagagcaagagctagtgacaataatttgcttggt 15594455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 366 - 415
Target Start/End: Original strand, 4679255 - 4679304
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  4679255 gtttatgagggtgagagagcaagagcaacagacaacaatctgcttggttc 4679304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 243
Target Start/End: Original strand, 52549422 - 52549527
Alignment:
Q  138 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgt 237  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||||| || ||||||  || || |||||||| |  |||||||| || ||||    
T  52549422 gatgaggttgtagcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 52549521  T
Q  238 cacttg 243  Q
    | ||||    
T  52549522 ctcttg 52549527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 12528312 - 12528143
Alignment:
Q  22 acaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattatt 121  Q
    ||||||||| | | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||  || ||||||||||| ||||| ||||     
T  12528312 acaagagtagtgtagatgatattgtacttgttggtggctcgtctaggattcccaaagtgaagcagctattgcaggagtttttcaagggcaaggagttata 12528213  T
Q  122 catgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggc 191  Q
    || | | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  12528212 caagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaggctgctttgttgagtgaaggc 12528143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 43744609 - 43744450
Alignment:
Q  37 atgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaaccc 136  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||||||    |||||||| || |  | |   || |||||    
T  43744609 atgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaactattgcaggaattttttgcagggaaggatttgtgtaagaacattaaccc 43744510  T
Q  137 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaa 196  Q
     |||||||| ||||||  |||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||    
T  43744509 tgatgaggcagttgctattggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaa 43744450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 366 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 43744283 - 43744234
Alignment:
Q  366 gtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  43744283 gtttatgagggtgagagagcaagagcaagtgacaacaatctgcttggttc 43744234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28219705 - 28219500
Alignment:
Q  43 ttgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagatga 142  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||| |||  ||||||||    ||||||||||| |  | | | || ||||| |||||    
T  28219705 ttgttcttgttggaggctcctctagaattccaaaagtacaacaactactgcaggaattttttggagggaaggaattgtgtaagagcattaaccctgatga 28219606  T
Q  143 ggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcccccaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcactt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| || |  || || |||||||| | ||||||||| || ||||| |||    
T  28219605 ggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccgaagttggtgctgcaagatgttacacctttgtctctt 28219506  T
Q  243 ggtatc 248  Q
    ||||||    
T  28219505 ggtatc 28219500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 28219386 - 28219336
Alignment:
Q  365 tgtttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  28219386 tgtttatgagggtgagagagcaaaagcaagtgacaacaatctgcttggttc 28219336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 367 - 415
Target Start/End: Original strand, 53416761 - 53416809
Alignment:
Q  367 tttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53416761 tttatgagggtgagagaccaagagctactgacaataatctgcttggttc 53416809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University