View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16095_low_1 (Length: 482)

Name: NF16095_low_1
Description: NF16095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16095_low_1
NF16095_low_1
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (75-471)||(2871654-2872049)
chr8 (74-470)||(16421292-16421687)
chr8 (206-473)||(412645-412911)
chr8 (120-470)||(7451860-7452210)
chr8 (74-332)||(35405205-35405464)
chr8 (366-471)||(35405459-35405564)
chr8 (193-313)||(28542584-28542704)
chr8 (197-413)||(19385049-19385265)
chr8 (195-283)||(12218486-12218574)
chr8 (75-140)||(412916-412981)
chr8 (120-177)||(12220708-12220765)
chr8 (195-305)||(8639330-8639441)
chr8 (194-311)||(24793334-24793450)
chr8 (330-386)||(30501686-30501742)
chr8 (350-410)||(34642101-34642161)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (74-471)||(43626960-43627358)
chr2 (75-469)||(33547335-33547729)
chr2 (74-471)||(9949545-9949944)
chr2 (74-469)||(13549585-13549981)
chr2 (74-401)||(26681342-26681670)
chr2 (193-469)||(22052208-22052484)
chr2 (193-470)||(31085919-31086196)
chr2 (74-392)||(31594014-31594334)
chr2 (75-371)||(35694095-35694392)
chr2 (120-471)||(45421025-45421377)
chr2 (262-456)||(31774334-31774528)
chr2 (268-455)||(26180222-26180409)
chr2 (74-159)||(16779773-16779858)
chr2 (75-176)||(31086213-31086314)
chr2 (193-260)||(32145484-32145550)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (75-471)||(7146505-7146900)
chr3 (75-470)||(23601237-23601631)
chr3 (78-471)||(2813781-2814175)
chr3 (74-471)||(6176759-6177157)
chr3 (75-461)||(29308870-29309257)
chr3 (74-471)||(25873392-25873792)
chr3 (193-471)||(30167626-30167904)
chr3 (195-470)||(9378679-9378955)
chr3 (247-469)||(28675212-28675434)
chr3 (197-415)||(49732270-49732488)
chr3 (117-233)||(6517892-6518009)
chr3 (226-415)||(13448093-13448281)
chr3 (21-65)||(30237796-30237840)
chr3 (197-292)||(32004565-32004660)
chr3 (205-385)||(24227408-24227588)
chr3 (194-311)||(14868226-14868343)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (74-471)||(32353578-32353974)
chr1 (74-471)||(38231148-38231546)
chr1 (74-471)||(48073712-48074110)
chr1 (90-470)||(3692106-3692485)
chr1 (193-471)||(37530145-37530425)
chr1 (193-471)||(14119345-14119624)
chr1 (120-470)||(36928675-36929025)
chr1 (120-470)||(36305292-36305642)
chr1 (197-455)||(4644598-4644856)
chr1 (193-436)||(47115869-47116112)
chr1 (197-415)||(21527746-21527964)
chr1 (197-415)||(14365962-14366179)
chr1 (202-415)||(48266055-48266268)
chr1 (193-307)||(25639908-25640022)
chr1 (78-176)||(8982339-8982437)
chr1 (262-456)||(30970904-30971098)
chr1 (75-141)||(47785889-47785955)
chr1 (197-292)||(52336247-52336342)
chr1 (75-165)||(14119073-14119163)
chr1 (120-176)||(28053876-28053932)
chr1 (120-166)||(17921596-17921642)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (74-445)||(28326818-28327189)
chr7 (74-471)||(13439515-13439912)
chr7 (74-469)||(30385661-30386056)
chr7 (124-470)||(45235461-45235808)
chr7 (78-372)||(3632268-3632561)
chr7 (193-455)||(12379022-12379284)
chr7 (120-470)||(15653987-15654338)
chr7 (276-469)||(45942515-45942708)
chr7 (196-453)||(3104487-3104744)
chr7 (193-455)||(46623285-46623547)
chr7 (193-455)||(43104892-43105154)
chr7 (120-292)||(21277511-21277683)
chr7 (197-292)||(9546322-9546417)
chr7 (193-283)||(38730084-38730175)
chr7 (194-311)||(19728069-19728186)
chr7 (349-413)||(39474359-39474423)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (74-471)||(15673286-15673684)
chr6 (74-471)||(13754927-13755324)
chr6 (74-471)||(23347747-23348145)
chr6 (74-471)||(8873107-8873505)
chr6 (193-471)||(25317435-25317713)
chr6 (193-471)||(26204929-26205207)
chr6 (193-470)||(19348855-19349125)
chr6 (197-415)||(33629683-33629900)
chr6 (197-422)||(1682625-1682856)
chr6 (195-416)||(19256628-19256849)
chr6 (336-445)||(4406736-4406845)
chr6 (193-254)||(4596467-4596528)
chr6 (83-165)||(14003427-14003509)
chr6 (348-394)||(14532835-14532881)
chr6 (195-242)||(20765913-20765960)
chr6 (348-394)||(14528109-14528155)
chr6 (336-416)||(33745819-33745899)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (74-471)||(23873757-23874154)
chr4 (74-471)||(8487262-8487660)
chr4 (74-471)||(55298085-55298479)
chr4 (74-462)||(20673170-20673561)
chr4 (76-470)||(2630861-2631256)
chr4 (74-361)||(12776599-12776887)
chr4 (78-337)||(33312864-33313124)
chr4 (193-471)||(7663519-7663797)
chr4 (110-470)||(23279104-23279465)
chr4 (197-415)||(3130316-3130534)
chr4 (197-415)||(47540510-47540728)
chr4 (197-410)||(8655415-8655628)
chr4 (193-313)||(25875129-25875248)
chr4 (200-383)||(1121013-1121196)
chr4 (197-307)||(5817626-5817736)
chr4 (194-367)||(42953878-42954051)
chr4 (195-319)||(4641107-4641230)
chr4 (336-392)||(13159132-13159188)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (74-458)||(6264492-6264879)
chr5 (117-471)||(32917821-32918176)
chr5 (194-471)||(34480538-34480815)
chr5 (74-386)||(34858059-34858371)
chr5 (193-469)||(15499929-15500205)
chr5 (197-415)||(10487243-10487461)
chr5 (193-416)||(587097-587320)
chr5 (256-446)||(6020382-6020572)
chr5 (194-311)||(4399459-4399576)
chr5 (75-176)||(34480417-34480519)
chr5 (194-311)||(8571512-8571629)
chr5 (194-311)||(19513906-19514023)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (78-372)||(13524-13817)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (193-471)||(7256-7534)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (197-413)||(134975-135191)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (197-413)||(312802-313018)
scaffold0002 (197-413)||(328256-328472)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (246-292)||(12330-12376)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 471
Target Start/End: Original strand, 2871654 - 2872049
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2871654 aacaagccaaaatggaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 2871753  T
Q  175 accaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttca 274  Q
    |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2871754 accaaaacaatagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttca 2871853  T
Q  275 accaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaaccca 374  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2871854 accaacctagagatagcagcttaatcttatctagtaaacaaggtatgggg-taacaacatgattaaacatctgattattacgttcattccaaacaaccca 2871952  T
Q  375 ggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2871953 ggcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtccagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 2872049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 74 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 16421687 - 16421292
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  16421687 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaaaaggatagtcccaaaagcacaagatgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttaca 16421588  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| ||||         ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421587 aacaaaacacaacagaaaat-attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 16421489  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  || || ||||| |||||||| ||||||    
T  16421488 caaccaacctagagatagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaatatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacc 16421389  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    ||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  16421388 caaacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactg-gaaaaatgatctgatatattatc 16421292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 206 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 412911 - 412645
Alignment:
Q  206 ccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatc 305  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  412911 ccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgaattccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagccaacctaaagacagcaacttaatcttatc 412812  T
Q  306 tagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaa 405  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  412811 tagtaaacaagggatgggg-taacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacaaagaagcaatattagttgcataaaa 412713  T
Q  406 gaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatctac 473  Q
    || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  412712 gaccgtttgacaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatctac 412645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 120 - 470
Target Start/End: Original strand, 7451860 - 7452210
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaaga 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||  |||||||||||  |||        | |||||||||||||||| ||||||||    
T  7451860 gcacaagctgtgccttagagactaccataggaaccaagagttacaacaattacaaaccaacccaaccggactacgttagccaatacccaaataaacaaga 7451959  T
Q  220 gggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggta 319  Q
    ||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||| ||||  ||||  || |    
T  7451960 gggcttgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggggga 7452059  T
Q  320 tgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaac 419  Q
    |||| || | ||||| ||||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7452060 tgggagttataacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccagtcacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaac 7452159  T
Q  420 accaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    | |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  7452160 agcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatctgaaatattatc 7452210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 74 - 332
Target Start/End: Original strand, 35405205 - 35405464
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  |  |||| ||| || |||  ||||| ||| |||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||    
T  35405205 gaacaagccaaaatggaattatatcccgaacagggcagtcccaaacatacaaggtgtaccttagagactacatcagaaaccaagagttacaacggttaca 35405304  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| | | |||          || ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35405305 aacaagacacagcagaaaaatatcagccaatactcaaacaaacaagagggtttgatcaccactgctgaattccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 35405404  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaac 332  Q
     | |||||||| ||||||   ||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  35405405 tagccaacctaaagacaatgtcttaatcttttctaataaacaagggatgggggcaacaac 35405464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 366 - 471
Target Start/End: Original strand, 35405459 - 35405564
Alignment:
Q  366 aacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagta 465  Q
    |||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||    
T  35405459 aacaacccagacacatagaaaccatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgaaaaaaatgatcggaaata 35405558  T
Q  466 ttatct 471  Q
    ||||||    
T  35405559 ttatct 35405564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 193 - 313
Target Start/End: Original strand, 28542584 - 28542704
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  28542584 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgaaagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagacaaca 28542683  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaac 313  Q
     | ||| ||| |||| |||||    
T  28542684 tcgtaaccttgtctaataaac 28542704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 197 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 19385265 - 19385049
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||    
T  19385265 agcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccgaacacaaaagtagcttttttagcttttaaccaagataaggacaacatctt 19385166  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | |||  | ||||||    
T  19385165 gaccttgtctaagaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacacaggcacagataagctaaataagt 19385066  T
Q  397 tgcataaaagaacgtct 413  Q
    |||||||||||||||||    
T  19385065 tgcataaaagaacgtct 19385049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 195 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 12218574 - 12218486
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 283  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||| |||||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12218574 ttagccaatacccagacaaagaaaagggcatgaccaccactgctgagtaccaaaaataaagatagcttttctagctttcaaccaaccta 12218486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 412981 - 412916
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagaga 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||||| ||| |||||||||||||    
T  412981 aacaagccaaaatagaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgcataaggtgtgccttagaga 412916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 12220765 - 12220708
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaacc 177  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||    
T  12220765 gcacaaggtgtgccttagagactaccacaggaatcaagagttacaacaattacaaacc 12220708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 195 - 305
Target Start/End: Original strand, 8639330 - 8639441
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggt-agcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||| | |||||||||   || || |||||||||||  | |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8639330 ttagccaatgcccaaacaaactaaagggctcgaccaccacctctgcgtatcaaaaacaaatttgattttttttagctttcaaccaacctaaagacaacaa 8639429  T
Q  294 cttaatcttatc 305  Q
     |||| ||||||    
T  8639430 tttaaccttatc 8639441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Original strand, 24793334 - 24793450
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| | |||  |||||||||||   ||||| || |||||||| || || |||||||| ||||||||  ||| ||| |||||    
T  24793334 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagt-tccaaaacaaaagtggcatttttagccttcaaccacgctaaagataacaa 24793432  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  24793433 cttaattttatcaagtaa 24793450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 386
Target Start/End: Original strand, 30501686 - 30501742
Alignment:
Q  330 aacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaag 386  Q
    ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  30501686 aacattattaaacagacggttattacgttcattccacaaaacccaagcacaaagaag 30501742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 350 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34642161 - 34642101
Alignment:
Q  350 tattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacg 410  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  34642161 tattacgttcattccacactacccagacacataggagccatataagttgtatgaaagaacg 34642101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 43626960 - 43627358
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43626960 gaacaagctaaaatagaattatatacgaata-gggtagttcccaacgcaaaaggtgtgccttagagactaccacaaaaaccaagagttacaacggttaca 43627058  T
Q  174 aaccaaaa-caatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagctttt-ttagctt 271  Q
    ||| |||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  43627059 aacaaaaaacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaatgtagctttttttagctt 43627158  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43627159 tcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaac 43627258  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  43627259 ccaggcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatatgaaatattatct 43627358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 75 - 469
Target Start/End: Original strand, 33547335 - 33547729
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||    
T  33547335 aacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgtacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattaca 33547432  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
     || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33547433 tacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 33547532  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33547533 caaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 33547632  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  33547633 caggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattat 33547729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 9949944 - 9949545
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctta-gagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||| || |||||||||| ||||||||  | ||||||| || ||  |||||||||||||||||||    
T  9949944 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgcacaaggtgtgccttttgcgactacctcagaagccaagagttacaacggttac 9949845  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    |||| | | |||         |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9949844 aaacaagacacagcaaaaagacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgtcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 9949745  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    | | |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9949744 ttagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaac 9949645  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  9949644 ccagacacatagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccaccagccaaaagagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatct 9949545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 74 - 469
Target Start/End: Original strand, 13549585 - 13549981
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||   | || || ||| || |||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||| ||||||||||||   |||||    
T  13549585 gaacaagccaaaatggaattatataaacaaaaaggcagtcccaaacgcacaaggtgtgccctagcgactacctccaaaaccaagagttacaagaattaca 13549684  T
Q  174 aaccaaa--acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | ||||   ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  13549685 a-ccaagccacaacagaaagacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactt 13549783  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    | |  ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||| |||||    
T  13549784 taagtcaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccacacaac 13549883  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13549884 ccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattat 13549981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 74 - 401
Target Start/End: Original strand, 26681342 - 26681670
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||  | |||||||||| |||| |||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  26681342 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggcagtctcaaacgcacaaggtgtgtcttagagattacctcagaaaccaagagttacaacggttaca 26681441  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| | | ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26681442 aacaagacacaactgaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 26681541  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
T  26681542 cagccaacctaaagacaacaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacc 26681641  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcat 401  Q
    ||| |||| ||||| ||||| ||||||||    
T  26681642 cagacacatagaagccatattagttgcat 26681670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 193 - 469
Target Start/End: Original strand, 22052208 - 22052484
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  22052208 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaaca 22052307  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||| | ||||||| |||| ||||| || ||    
T  22052308 acttaatcttatctaataaacaatggatgggggtaacaacatgattaaactgacggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaat 22052407  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||    
T  22052408 gagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattat 22052484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 193 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 31086196 - 31085919
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||     
T  31086196 cattagcctatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgtataccaaaaacaaatgtagcttttttagctttcaactaacctaaagacaacg 31086097  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  31086096 tcttaatcttgtctaataaacacgggatgggagtaacaacattattaaacatgcggttatttcgttaattccaaacaacccaggcacacaaaaggcatat 31085997  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  31085996 gagttgcataaaagaacgtctagcattaccaccacctgacaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatc 31085919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 74 - 392
Target Start/End: Original strand, 31594014 - 31594334
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctta-gagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||||| ||| ||||||||  | ||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  31594014 gaacaagtcaaaatagaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgcataaggtgtgccttttgcgactacctcagaaaccaagagttacaacggttac 31594113  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
     ||| | | ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  31594114 taacaagacacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 31594213  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||    
T  31594214 tcagccaacctaaagacatcaatttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaac 31594313  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    |||| |||| ||||| |||||    
T  31594314 ccagacacatagaagccatat 31594334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 75 - 371
Target Start/End: Original strand, 35694095 - 35694392
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||  |||  | |||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  35694095 aacaagccaaaatggaattatatactaattaggacagtctcaaacgcacaaagtgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttacaa 35694194  T
Q  175 accaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 273  Q
    || | | | |         |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35694195 acaagacatagcagaaaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttagctttc 35694294  T
Q  274 aaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    | | |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||    
T  35694295 agctaacctaaagacagcgtcttaatcttatctagtaaacaagggatggggataacaacatgattaaacacacggttatttcgttcattccaaacaac 35694392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 120 - 471
Target Start/End: Original strand, 45421025 - 45421377
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaa-ccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaag 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||   |||||| ||||  |||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  45421025 gcacaaggtgtgccttagagactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaag 45421124  T
Q  219 agggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggt 318  Q
    ||||  |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||  || ||||  ||||  ||     
T  45421125 agggcatgaccaccactgctgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgtgga 45421224  T
Q  319 atgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaa 418  Q
    ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45421225 atgtgagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaa 45421324  T
Q  419 caccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||  ||||||| |||||| ||| || || | |||||||||  || ||||||||    
T  45421325 cattaccacctgtcaaataagtaaattgaataaaatgatcgtaaatattatct 45421377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 262 - 456
Target Start/End: Original strand, 31774334 - 31774528
Alignment:
Q  262 tttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcat 361  Q
    ||||||||||||| | | |||| |||||||| ||||| |||||| || ||||| || ||||| |||| |||||  |||||||  ||| |||| |  ||||    
T  31774334 tttttagctttcagcaatcctaaagacaacatcttaaccttatcaagcaaacagggaatgggagtaataacatttttaaacaagcgactattgccctcat 31774433  T
Q  362 tccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatga 456  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||| | ||||   ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  31774434 tccacacaactcaagcacaaagaagtcagatgagttgcatgaaagaacatttagctttaccgccacctgtcatatgagtgaactgcaaaaaatga 31774528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 268 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26180409 - 26180222
Alignment:
Q  268 gctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaa 367  Q
    ||||||| | |||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||  || ||||| |||||||||| |||| | |  |||||||| |||| ||| || |    
T  26180409 gctttcagctaacctaaagacatcatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattataaaggcgattatttcgtttatttcata 26180310  T
Q  368 caacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatg 455  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||  ||||  ||| || |||||||||||    
T  26180309 caactcaggcacacagaagccatatgagttgcagaaaagaacgcctagcattaccaccacctgccaaaaaagtaaattgtaaaaaatg 26180222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 74 - 159
Target Start/End: Original strand, 16779773 - 16779858
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagag 159  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||  |||||||| |  |||||| ||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  16779773 gaacaaaccaaaatgaaattatatacgaaatagggtagtcctaaacgcataaggtgtgccttagagactacctcagaaaccaagag 16779858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 31086314 - 31086213
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    |||||||||||||  |||||||||| ||  || | ||| || || ||||||| ||| |||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||||||    
T  31086314 aacaagccaaaatgaaattatatactaaacagagcagtcccaaaagcacaaggtgtaccttagagactacttcagaaaccaagagttacaacgattacaa 31086215  T
Q  175 ac 176  Q
    ||    
T  31086214 ac 31086213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 260
Target Start/End: Original strand, 32145484 - 32145550
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagc 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||    
T  32145484 cattagcctatacccaaacaaacaagagggctagacca-cactgctgtgtaccaaaaacaaaggtagc 32145550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 75 - 471
Target Start/End: Original strand, 7146505 - 7146900
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  7146505 aacaagccaaaatggaattatatacgaata-gggtagttcccaacgcataaggtgtgccttagagactaccacagaaaccaagagttacaatggttacaa 7146603  T
Q  175 accaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttca 274  Q
    || ||||||         ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7146604 acaaaaacagcagaaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagggggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttca 7146703  T
Q  275 accaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaaccca 374  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7146704 accaacctagagacatcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaaccca 7146803  T
Q  375 ggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7146804 ggcacaaagaagccatataagttgcaaaaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 7146900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 75 - 470
Target Start/End: Original strand, 23601237 - 23601631
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  23601237 aacaagccaaaatgaaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttacaa 23601334  T
Q  175 accaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 273  Q
    || ||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23601335 acaaaacacaacataaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagtcccaaaaacaaagatagcttttttagctttc 23601434  T
Q  274 aaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaaccc 373  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  23601435 aaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaaccc 23601534  T
Q  374 aggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23601535 aggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatc 23601631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 78 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 2814175 - 2813781
Alignment:
Q  78 aagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaacc 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||     
T  2814175 aagccaaaatagaattatatacgaaataggatagtcccaaacgcacaaggtgtgtcttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttacaaaca 2814076  T
Q  178 aaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaac 276  Q
    ||| ||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2814075 aaacacactagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccattgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaac 2813976  T
Q  277 caacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccagg 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  2813975 caacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccagactacccagg 2813876  T
Q  377 cacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  2813875 cacatagaagtcatattagttgcataaacgaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatttgaaatattatct 2813781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 6177157 - 6176759
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||  |||||    
T  6177157 gaacaagctaaaatggaattatatacgaaatagggtagtctcaaatgcacaagatgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacaattaca 6177058  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| |||         |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6177057 aacaaaacacaccagaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 6176958  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  6176957 caaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaagagatgagggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 6176858  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6176857 caggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 6176759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 75 - 461
Target Start/End: Original strand, 29308870 - 29309257
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  29308870 aacaagccaaaatggaattatatacgaaatatggtagtcccaaacgcacaagatgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttacaa 29308969  T
Q  175 accaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 273  Q
    || ||| ||||        ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308970 acaaaacacaa-cagaaaacattacccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 29309068  T
Q  274 aaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggg-gtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||    
T  29309069 aaccaacctagagacagcagcttaatcttagctagtaaacaagagatggggggtaacaacatgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacc 29309168  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 461  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29309169 cagacacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 29309257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 25873792 - 25873392
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctta-gagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||| | ||| |||||||||| |||  |||| ||| || |||||||||| ||||||||  | ||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  25873792 gaacaagctagaatggaattatatatgaaatagggcagtcccaaacgcacaaggtgtgccttttgcgactacctcagaaaccaagagttacaacggttac 25873693  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    |||| | | |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  25873692 aaacaagacacagcataaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaagatagcttttttagctt 25873593  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  25873592 tcagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacacgggatgggggtaacaacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaac 25873493  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaa-aaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  25873492 ccagacacatagaagccatatgagttgcataaaagaacgcctagcagcaccaccacctgccaaatgagtgaactgtaaaaaaatgatcggaaatattatc 25873393  T
Q  471 t 471  Q
    |    
T  25873392 t 25873392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 30167904 - 30167626
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  | ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  30167904 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgccgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 30167805  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     |||||  || ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  30167804 tcttaactttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatat 30167705  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  30167704 aagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacccgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattatct 30167626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 195 - 470
Target Start/End: Original strand, 9378679 - 9378955
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtt-tgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||| || ||||||||||  |||||| | | ||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||     
T  9378679 ttagcctattcccaaacaaaagagagggctataaccaccattgttgtgtaccaataacaaaggtagcttttttaacttttagccaacctaaagacaacat 9378778  T
Q  294 cttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatata 393  Q
    ||||| ||| |||| |||||  || ||||| |||||||||| ||||||||  ||||  || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  9378779 cttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgatagtttcattcattccaaacaacccaggcacacagaagtcatatg 9378878  T
Q  394 agttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||| || ||| |||||||    
T  9378879 agttgcataaaagaacgactatcattaccaccacttgtcatatgagtaaactgtaacaaatggtcggaaatattatc 9378955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 247 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 28675434 - 28675212
Alignment:
Q  247 aaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatcc 346  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| ||||  || | ||| ||||| |||||||||| |||||| |  |    
T  28675434 aaaacaaaagtagcttttttaactttcaaccagcctaaagacaacatcttaaccttgtctaacaatcgaggaatgggagtaacaacattattaaataggc 28675335  T
Q  347 gattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 446  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||| |||||| || ||    
T  28675334 gattatttcgttaattccacacaacacagacacacagaagtcaaatgagttgcataaaagaacgtctagctttaccatcacctatcatatgagtaaattg 28675235  T
Q  447 taaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
     || ||||| || ||| ||||||    
T  28675234 caataaatggtccgaaatattat 28675212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 49732488 - 49732270
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||    
T  49732488 agcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 49732389  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| || || ||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||||    
T  49732388 gaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcgttccacacaacccgggcacagagaagccaaataagt 49732289  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  49732288 tgcataaaagaacgtctag 49732270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 117 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6518009 - 6517892
Alignment:
Q  117 aacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaac 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||        |||||||||||| ||||||||||    
T  6518009 aacgcacaaggtgtgccttagagactacctcaaaaatcaagaattacaacggttacacacaaaatacaacaagaaaacattagccaatatccaaacaaac 6517910  T
Q  216 aagagggtttgaccacca 233  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  6517909 aagagggcttgaccacca 6517892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 226 - 415
Target Start/End: Original strand, 13448093 - 13448281
Alignment:
Q  226 gaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatggggg 325  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||| || | |||  |||  || |  |  ||||| |    
T  13448093 gaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtag-ttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgcctaacaagcgggaaatgggag 13448191  T
Q  326 taacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctag 415  Q
    | |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  13448192 ttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 13448281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 65
Target Start/End: Original strand, 30237796 - 30237840
Alignment:
Q  21 agccaccttttcgacaattctaaaactataataacatattaaata 65  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30237796 agccaccttttcgacaattctaaaactatgataacatattaaata 30237840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 292
Target Start/End: Original strand, 32004565 - 32004660
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  |||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  32004565 agcctatacccaaacatacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagttcttttagctttcaaccaagctaaggacaaca 32004660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 385
Target Start/End: Original strand, 24227408 - 24227588
Alignment:
Q  205 cccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttat 304  Q
    |||||||| |||| ||||   |||||||| || |||||   ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  || |    
T  24227408 cccaaacagacaaaagggcacgaccaccattgctgagtactaaaaacaaaagtaatttttttagctttcaaccaacctaacgacaacatcttaactttgt 24227507  T
Q  305 ctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 385  Q
    ||| ||| |  || ||||| ||||||| ||   |||| |  ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  24227508 ctaataagctgggaatgggagtaacaatatttctaaagaggcgattattacgttcatttcatacaacccaagcacacagaa 24227588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 14868343 - 14868226
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| | |||  |||||||||||   |||||  |||||||||| || || ||||||||||||| |||| ||| ||| |||||    
T  14868343 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccaagctaaagataacaa 14868244  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    | |||| ||||| |||||    
T  14868243 cataattttatcaagtaa 14868226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 32353974 - 32353578
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  32353974 gaacaagctaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgccttagagactacctcaaaaaccaagagttacaacggttaca 32353877  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32353876 aacaaaacacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 32353777  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  32353776 caaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacataattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 32353677  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  32353676 caggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactataaaaaatgatctgaaatattatct 32353578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 38231148 - 38231546
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||||||||||    
T  38231148 gaacaagtcaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgcacaaggtgtgccttagagacaacatcagaaaccaagagttacaacggttaca 38231247  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| |||         ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38231248 aacaaaacacaccaggaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgatgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagcttt 38231347  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  38231348 caaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaact 38231447  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  38231448 caggcacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaaaaagtgaaatgtaaaaaatgatatgaaatattatct 38231546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 48074110 - 48073712
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||    
T  48074110 gaacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattac 48074013  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48074012 atacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 48073913  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  48073912 tcaaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaac 48073813  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaa-aaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  48073812 ccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaaatgagctgaaatattatc 48073713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 90 - 470
Target Start/End: Original strand, 3692106 - 3692485
Alignment:
Q  90 aattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaa-acaatnnn 188  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |  || ||| |||||||||||||||||||| | || |||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||        
T  3692106 aattatatacgaaaaaggatagtcctaaaagcataagatgtgccttagagactatctcagaaattaaga-ttacaacggttacaaacaaaacacaa-cat 3692203  T
Q  189 nnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 288  Q
        ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3692204 aaaacattagccaatactcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 3692303  T
Q  289 aacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtc 388  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  3692304 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgctacgctcattccacacaacccaggcacatagaagcc 3692403  T
Q  389 atataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||    
T  3692404 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatatgatatattatc 3692485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Original strand, 37530145 - 37530425
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  37530145 cattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatca 37530244  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  37530245 acttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacgattattaagttcattccaaacaacccagacacatagaagccatat 37530344  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagc--aacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
     |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  37530345 tagttgcataaaagaacgtctagcagaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 37530425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Original strand, 14119345 - 14119624
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga-gacaac 291  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  14119345 cattacccaatattcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtttcgaaaacaaaggtaacttttttagctttcagccaacctaaaagacaac 14119444  T
Q  292 aacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcata 391  Q
    | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||    
T  14119445 atcttaatcttatctagtaaacaagggacgggggtaacaacatgattaaacagacgattatttcgttcattccaaacaacccagacacataaaagccata 14119544  T
Q  392 taagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  14119545 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatct 14119624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 120 - 470
Target Start/End: Original strand, 36928675 - 36929025
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaaga 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||  |||||||||||  ||||       | |||||||||||||||||||||||||    
T  36928675 gcacaaggtgtgccttagagactaccataggaaccaagagttacaacaattacaaaccaacccaatcggactacgttagccaatacccaaacaaacaaga 36928774  T
Q  220 gggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggta 319  Q
    ||| || ||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||| ||||  |||| ||| |    
T  36928775 gggcttaaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgaggga 36928874  T
Q  320 tgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaac 419  Q
    |||| || | ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36928875 tgggagttataacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaagcacaaagtagccaaataagttgcataaaagaacgtctagaaac 36928974  T
Q  420 accaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    | |||||||| |||||| ||| || || | ||||||||||||| |||||||    
T  36928975 agcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctgaaatattatc 36929025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 120 - 470
Target Start/End: Original strand, 36305292 - 36305642
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaaga 219  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||   |||        |||||||||||| ||||||||||||||    
T  36305292 gcacaaggtgtgccttagagactaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaaccatcccaacaggactacattagccaatagccaaacaaacaaga 36305391  T
Q  220 gggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggta 319  Q
    |||  ||||||||||||||| ||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||| ||||  ||||   | |    
T  36305392 gggcatgaccaccactgttgggtactgaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggagaa 36305491  T
Q  320 tgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaac 419  Q
    |||| || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36305492 tgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccagacacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaac 36305591  T
Q  420 accaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    | |||||||| |||||| ||| || || | ||||||||||||| |||||||    
T  36305592 agcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctgaaatattatc 36305642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 197 - 455
Target Start/End: Original strand, 4644598 - 4644856
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  4644598 agcctatacccaaacacacaagagggcacgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagctttttttgctttcaaccaacctaaggacaacatctt 4644697  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  || ||||  || |  |||| ||||||||   ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || | ||||    
T  4644698 gaccttgtctaacaaactgggaatggaagttattacattattaaacagatgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaacaagt 4644797  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatg 455  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||| || |||||| ||| ||||||| ||||||    
T  4644798 tgcataaaagaacgtctagaattagcaccatctgtcaaataagtaaactgtagaaaatg 4644856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 436
Target Start/End: Original strand, 47115869 - 47116112
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| || ||  ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  |||  |||||||    
T  47115869 cattagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaagcaaaaatagcttttttagctttcaaccattctaaggacaaca 47115968  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||| | ||| |||   ||||| || ||| | || |  |||| ||||||||  ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  47115969 tctttaccttgtctgacaaacagggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaactcaggcacaaaaaagtcatat 47116068  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaat 436  Q
    || |||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||    
T  47116069 aaattgcataaaagaacgtctagaattaacaccacctgtcaaat 47116112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Original strand, 21527746 - 21527964
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  || |||| |||    
T  21527746 agcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggataacatctt 21527845  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  21527846 gaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagtcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagt 21527945  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21527946 tgcataaaagaacgtctag 21527964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 14366179 - 14365962
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  |||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||    
T  14366179 agcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa-tagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 14366081  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||  | ||||||    
T  14366080 gaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacagagaagctaaataagt 14365981  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14365980 tgcataaaagaacgtctag 14365962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 48266268 - 48266055
Alignment:
Q  202 atacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatct 301  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||| | ||    
T  48266268 atacccaaacacacaagagggtatgaccaccactgctaagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgacct 48266169  T
Q  302 tatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcat 401  Q
    |  |||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||||||    
T  48266168 tgcctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccagacacagagaagccaaataagttgcat 48266069  T
Q  402 aaaagaacgtctag 415  Q
    |||| ||| |||||    
T  48266068 aaaataacatctag 48266055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 193 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 25640022 - 25639908
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  25640022 cattagtcaatacccaaacaaacaagagggtatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaactaacttaaggacaaca 25639923  T
Q  293 acttaatcttatcta 307  Q
     ||||| ||||||||    
T  25639922 tcttaaccttatcta 25639908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 176
Target Start/End: Original strand, 8982339 - 8982437
Alignment:
Q  78 aagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaac 176  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| || |||||||    
T  8982339 aagccaaaattgaattatatactaaatagggcagccccaaacgcacaagatgtgccttagagactacctccaaaaccaagaattacaaggggtacaaac 8982437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 30971098 - 30970904
Alignment:
Q  262 tttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcat 361  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||  || | ||| || ||||| |||| |||||  |||||||  ||| |||| || ||||    
T  30971098 tttttagcttgcagccaacctaaagacaataacttaatcttataaagcagacagggaatgggagtaaaaacattgttaaacaatcgactattgcgctcat 30970999  T
Q  362 tccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatga 456  Q
     ||| |||||||| |||||||| || || || |||||||| ||||||| | ||||   ||| ||||||  || |||||||||||| || ||||||    
T  30970998 gccacacaacccaagcacaaaggagccagatgagttgcatgaaagaacatttagctttaccgccacctgccatatgagtgaactgaaacaaatga 30970904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 141
Target Start/End: Original strand, 47785889 - 47785955
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagac 141  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  47785889 aacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgcacaaggtgtgccttagagac 47785955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 292
Target Start/End: Original strand, 52336247 - 52336342
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  |||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||    
T  52336247 agcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaaatagcttttttatctttcaaccaagctaaggacaaca 52336342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 165
Target Start/End: Original strand, 14119073 - 14119163
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaa 165  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||  |||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  14119073 aacaagtcaaaataaaattatatactaaatagggcagttccaaacgtacaaggtgtgctttagagactacctctgaaaccaagagttacaa 14119163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28053932 - 28053876
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaac 176  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  28053932 gcacaaggtgtaccttagagactactgcagaaatcaagagttacaacgattacaaac 28053876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 17921642 - 17921596
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaac 166  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  17921642 gcacaaggtgtgccttagagactactacagaaaccaagagttacaac 17921596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 74 - 445
Target Start/End: Original strand, 28326818 - 28327189
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  28326818 gaacaagccaaaatggaattatatacgaata-gggtagttcccaacgcacaaggtgtgccttagagactaccacagaaaccaagagttacaacggttaca 28326916  T
Q  174 aaccaaaa-caatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| |||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28326917 aacaaaaaacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgccactgctgagtcccaaaaacaaatatagcttttttagcttt 28327016  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28327017 caaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacattcggttattacgttcattccaaacaacc 28327116  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaact 445  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28327117 caagcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaact 28327189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 13439515 - 13439912
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||    
T  13439515 gaacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattac 13439612  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13439613 atacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaacactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 13439712  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13439713 tcaaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaac 13439812  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13439813 ccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatct 13439912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 74 - 469
Target Start/End: Original strand, 30385661 - 30386056
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||    
T  30385661 gaacaagccaaaatggaattatatatgaaatagggtagtcccaaacgcacaaggtgtgccttagagactacatcagaaaccaagagttacaacggttaca 30385760  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| | | |||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| || |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  30385761 aacaagacacaccagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgcccctgctgaatcccaaaaacaaatgtagcatttttagcttt 30385860  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  30385861 caaccaacctagagacaacaacttaatcttgtctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 30385960  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
    ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30385961 cagacacatagaagccatataagttgcat-aaagaatgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaacatgatctgaaatattat 30386056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 124 - 470
Target Start/End: Original strand, 45235461 - 45235808
Alignment:
Q  124 aagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagaggg 222  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| | | |||         || |||||||||||||||||||||||||||    
T  45235461 aagatgtgtcttagagactacctcagaaattaagagttacaacggttacaaacaagacacagcagaaaaacaatagccaatacccaaacaaacaagaggg 45235560  T
Q  223 tttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgg 322  Q
     |||||||||||   |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |  ||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  45235561 cttgaccaccacgactgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcattcagccaacctaaagacatcgtcttaatcttttctaataaacaagggatgg 45235660  T
Q  323 gggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacacc 422  Q
    || ||||||||||||||||||  || ||||| | ||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||    
T  45235661 ggataacaacatgattaaacaaacggttatttcattcattccaaacaacccagacacatggaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaattcc 45235760  T
Q  423 accacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||| ||| |||||||    
T  45235761 accacctgtcaaatgagtaaactgtcaaaaattatcagaaatattatc 45235808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 78 - 372
Target Start/End: Original strand, 3632268 - 3632561
Alignment:
Q  78 aagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaacc 177  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  ||||||||     
T  3632268 aagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgtacaaggtgtgccttagagactacctcaaaaactaagagttacaacaattacaaaca 3632367  T
Q  178 aaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaac 276  Q
    ||| |||          ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3632368 aaacacaccagaaaaatattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaac 3632467  T
Q  277 caacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3632468 taacctaaagacaacagcttaatcttatctaat-aacaaagaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 3632561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 193 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 12379284 - 12379022
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  12379284 cattagcctatgcccaaacaaacaagcgggtttgaccaccattgctgtgttccaaaaacaaagttagcttttttagctttcagccaacctaaagacaaca 12379185  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    ||||||  || |||| |||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||  |  ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||     
T  12379184 acttaacattgtctaataaacaggggatgggagtaactacattattaaacaggcatttatttcgttcattccacacaacgcaggcacacagaagccatac 12379085  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatg 455  Q
     |||||||||||||||||||||||   |||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||    
T  12379084 gagttgcataaaagaacgtctagctttaccaccacctgtaaaataagtaaactgtaaaaaatg 12379022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 120 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 15654338 - 15653987
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaa-ccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaag 218  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||  || |||||||||||||  ||||||| ||||  |||        ||||||||||||||||| ||||||||    
T  15654338 gcacaaggtgtgtcttagagactactacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaacccaacatgactacattagccaatacccaagcaaacaag 15654239  T
Q  219 agggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggt 318  Q
    ||||  |||||| ||||| || ||  |||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||| | ||| ||||  ||||  ||     
T  15654238 agggcatgaccatcactgctgggtaccaaaaacaaaagtagttttattagctttcaaccatcctaaagacaacatctttaccttgtctaacaaacgggga 15654139  T
Q  319 atgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaa 418  Q
    ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15654138 atgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaa 15654039  T
Q  419 caccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||| |||||||    
T  15654038 cagcaccacctatcaaataagtaaactgaagaaaatggtcggaaatattatc 15653987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 276 - 469
Target Start/End: Original strand, 45942515 - 45942708
Alignment:
Q  276 ccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccag 375  Q
    |||||||| || |||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||   | ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45942515 ccaacctaaaggcaacattttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaatggttatttcgttcattccacacaacccag 45942614  T
Q  376 gcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
     |||||||||| || || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  45942615 acacaaagaagccaaattagttgcataaaagaatgtgtagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattat 45942708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 196 - 453
Target Start/End: Original strand, 3104487 - 3104744
Alignment:
Q  196 tagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaact 295  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  3104487 tagcctatatccaaacaaacaagagggttagaccaccattgttgtgtaccatgaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacatct 3104586  T
Q  296 taatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataag 395  Q
    ||| ||| ||||| ||||| || ||||| || | ||||| |||||| |  ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||  ||    
T  3104587 taaccttgtctagcaaacatggaatgggagttataacatcattaaataggcgattgtttcgttcattccaaacaacacaggcacacataagacataatag 3104686  T
Q  396 ttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 453  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||| | |||||||| | ||||||||||||    
T  3104687 ttgcataaaagaacgtctagcattagcaccacttgtcaaatgaataaactgtaaaaaa 3104744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 193 - 455
Target Start/End: Original strand, 46623285 - 46623547
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  || ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  46623285 cattaaccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactactgggtaccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccatcctaaggacaaca 46623384  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||    
T  46623385 tcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcatttcacacgacccatgcacaaagaagccatat 46623484  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||    
T  46623485 aagttgcataaaagaacgtctagaaacaacaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 46623547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 193 - 455
Target Start/End: Original strand, 43104892 - 43105154
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||   ||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  43104892 cattaaccaatacccaaacaaacaagagggtttgactaccactgctcagagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaaaaca 43104991  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||||| ||| |||| |||||  || ||||| ||||| |||| ||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||| ||| || || | ||| || ||    
T  43104992 tcttaaccttgtctaataaacggggaatgggagtaaccacattattaaacaggcgattgttttgttcattccaaacaagccaagcgcacaaaagccaaat 43105091  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatg 455  Q
     |||| ||||||||  |||| |||   |||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||    
T  43105092 gagttacataaaagcccgtcgagctctaccaccacctgtcaaatgagtaaactgcagaaaatg 43105154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 120 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 21277683 - 21277511
Alignment:
Q  120 gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaaacaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaaga 219  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||  |||||||||    |||        | |||||||||||||||||||||||||    
T  21277683 gcacaaggtgtgccttagacactaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaaccgtcccaaccggactacgttagccaatacccaaacaaacaaga 21277584  T
Q  220 gggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||  |||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  21277583 gggcatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaaca 21277511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 292
Target Start/End: Original strand, 9546322 - 9546417
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  9546322 agcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaaca 9546417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 283
Target Start/End: Original strand, 38730084 - 38730175
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagctttttt-agctttcaaccaaccta 283  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  38730084 cattagccgataaccaagcaaacaagagggttaaaccaccactattgtgtaccaaaaataaaagtagtttttttcagctttcaaccaaccta 38730175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Original strand, 19728069 - 19728186
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| | |||  |||||||||||   |||||  |||||||||| || || ||||||||||||| |||  ||| ||| |||||    
T  19728069 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccacgctaaagataacaa 19728168  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  19728169 cttaattttatcaagtaa 19728186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 349 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 39474423 - 39474359
Alignment:
Q  349 ttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtct 413  Q
    |||||||||||||||||||| | |||  | |||||||| |||| |||||| | ||||||||||||    
T  39474423 ttattacgttcattccaaactagccaaacgcaaagaagccataaaagttgaagaaaagaacgtct 39474359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 15673286 - 15673684
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  15673286 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgcacaaggtgtgcgttagagactacctcagaaatcaagagttacaacgtttaca 15673385  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| |||         |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15673386 aacaaaacacaccagaacaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 15673485  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  15673486 caaccaacctagagacagcagcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaaaatgattaaacaaacggttattacgttcattccaaacaacc 15673585  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15673586 caggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 15673684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 13754927 - 13755324
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  13754927 gaacaagccaaaatagaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgcacaagatatgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttaca 13755026  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13755027 aacaaaacacaa-cagaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 13755125  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||    
T  13755126 caaccaacctagagacagcagtttaatcttatctagtaaacaatggatgggggtaacaacctgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacc 13755225  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13755226 cagacacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatatattatct 13755324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 23348145 - 23347747
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||  |||||    
T  23348145 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgcacaaggtgtgccttagagactacctcagaaaacgagagttacaacaattaca 23348046  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    | | ||| ||| |       |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23348045 atcaaaatacactagaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 23347946  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  23347945 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctggtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 23347846  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23347845 caggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccgcctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 23347747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 8873505 - 8873107
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||    
T  8873505 gaacaagccaaaataaaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgcacaaggtgtgccttagagactacctcagaaactaagagttacaacggttaca 8873406  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| | | ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8873405 aacaagacacaactgaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 8873306  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
T  8873305 cagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacc 8873206  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  8873205 cagacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 8873107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Original strand, 25317435 - 25317713
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||    
T  25317435 cattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaaca 25317534  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||    
T  25317535 tcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaat 25317634  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||    
T  25317635 tagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 25317713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Original strand, 26204929 - 26205207
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||    
T  26204929 cattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaaca 26205028  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||    
T  26205029 tcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaat 26205128  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||    
T  26205129 tagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 26205207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 193 - 470
Target Start/End: Original strand, 19348855 - 19349125
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||          | |||||||| ||||||||    
T  19348855 cattagccaatacccatacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttta---------agccaacctaaagacaaca 19348945  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  19348946 tcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaccatgattaaacatacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacagagaagccatat 19349045  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaa--ctgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |||||||    
T  19349046 tagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaattgtgtaaaaaatgatcggaaatattatc 19349125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Original strand, 33629683 - 33629900
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||    
T  33629683 agcctatactcaaacacacaagagggcatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtag-ttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaattt 33629781  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  || ||||| || |  | || ||||||||  |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  33629782 gaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattatattattaaacaggcgattatttcgttaattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagt 33629881  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33629882 tgcataaaagaacgtctag 33629900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 197 - 422
Target Start/End: Original strand, 1682625 - 1682856
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggta-----gct-tttttagctttcaaccaacctagagacaa 290  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||  |||| ||||| |||     | | |||||||||||||||||| |||  |||||    
T  1682625 agcctatacccaaacacacaagaggacatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtaaagtagttatttttagctttcaaccaagctaaggacaa 1682724  T
Q  291 caacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcat 390  Q
    ||| || | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||     
T  1682725 caatttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaa 1682824  T
Q  391 ataagttgcataaaagaacgtctagcaacacc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1682825 ataagttgcataaaagaacgtctagcaccacc 1682856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 195 - 416
Target Start/End: Original strand, 19256628 - 19256849
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaac 294  Q
    |||||| ||| | |||||||||| | |||| ||||||||| |||||||  || | |||||  ||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||      
T  19256628 ttagccgatatcgaaacaaacaatatggttcgaccaccacggttgagtaccatacacaaaaataggttttatagctttcaaccatcctaaagacaacata 19256727  T
Q  295 ttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataa 394  Q
    |||| ||| |||| |||||  || || |  |||||||||| |||||| |  | |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||| || || |    
T  19256728 ttaaccttgtctaataaacggggaatagacgtaacaacattattaaagaggcaattatttcgttcattccaaacaacctagacacacagaagccaaatga 19256827  T
Q  395 gttgcataaaagaacgtctagc 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  19256828 gttgcataaaagagcgtctagc 19256849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 336 - 445
Target Start/End: Original strand, 4406736 - 4406845
Alignment:
Q  336 attaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaa 435  Q
    ||||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||   |||||||||||||| |    
T  4406736 attaaacagacgattgtttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaagtcatattagctgcagaaacgaacgtctagctttaccaccacctatcata 4406835  T
Q  436 tgagtgaact 445  Q
    ||||| ||||    
T  4406836 tgagtaaact 4406845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 193 - 254
Target Start/End: Original strand, 4596467 - 4596528
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||    
T  4596467 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccgctgttgagagccaaaaacaaa 4596528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14003509 - 14003427
Alignment:
Q  83 aaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaa 165  Q
    ||||| ||||||||||||||  | ||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14003509 aaaatggaattatatacgaaatatggtagtctcaaacgcacaaggtgtgccttagagactacctcagaaatcaagagttacaa 14003427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 348 - 394
Target Start/End: Original strand, 14532835 - 14532881
Alignment:
Q  348 attattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataa 394  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  14532835 attattacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagtcatataa 14532881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 195 - 242
Target Start/End: Original strand, 20765913 - 20765960
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagt 242  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20765913 ttagccgatacccaaacaaacaatagggttcgaccaccactgttgagt 20765960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 394
Target Start/End: Original strand, 14528109 - 14528155
Alignment:
Q  348 attattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataa 394  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14528109 attattacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagccatataa 14528155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 336 - 416
Target Start/End: Original strand, 33745819 - 33745899
Alignment:
Q  336 attaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagc 416  Q
    ||||||||  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||||||    
T  33745819 attaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacaaagaagccatatgagctgaagaaatgaacgtctagc 33745899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 23874154 - 23873757
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  23874154 gaacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagtttcaaacgcacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacggttac 23874057  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23874056 atacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 23873957  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  23873956 tcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacaggggatgggggtcacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaac 23873857  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23873856 ccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcacctccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 23873757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 8487660 - 8487262
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||  |||||    
T  8487660 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaataggttagtcccaaacgcacaagatgtgcctaagagactacctcagaaaccaagagttataacaattaca 8487561  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| |||         |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8487560 aacaaaacacaccagaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 8487461  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  8487460 caaccaacctagagacaacagcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcagtccaaacaacc 8487361  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  8487360 caggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaataagtgaactgtaagaaatgatctgaaatattatct 8487262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 74 - 471
Target Start/End: Original strand, 55298085 - 55298479
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||    
T  55298085 gaacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattac 55298182  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55298183 atacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 55298282  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  55298283 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaac 55298382  T
Q  372 ccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  55298383 ccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgt---gcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatct 55298479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 74 - 462
Target Start/End: Original strand, 20673170 - 20673561
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||| |||||    
T  20673170 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagttccaaacgcacaaggtgtgcctaagagactacctcaggaaccaagagttacaacgattaca 20673269  T
Q  174 aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagcttt 272  Q
    ||| ||| ||||        ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  20673270 aacaaaacacaacataaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagagagcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggaagcttttttagcttt 20673369  T
Q  273 caaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
      ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  20673370 ataccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattatgttcattccaaacaacc 20673469  T
Q  373 caggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatc-aaatgagtgaactgt-aaaaaatgatctgaa 462  Q
     ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20673470 taggcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccaactgtcaaaatgagtgaactgtaaaaaaatgatctgaa 20673561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 76 - 470
Target Start/End: Original strand, 2630861 - 2631256
Alignment:
Q  76 acaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaac-gcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaa 174  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| || ||  ||||||||||||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  2630861 acaagccaaaatggaattatatacgaaaaaggatagtcccaaaaagcacaagatgtgccgaagagactacctcataaaccaagagttacaacggttacaa 2630960  T
Q  175 accaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 273  Q
    || ||| ||||        |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630961 acaaaacacaa-cagaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcctaaaaacaaaggtagcttttttagctttc 2631059  T
Q  274 aaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaaccc 373  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| |||||||    
T  2631060 aaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaaccc 2631159  T
Q  374 aggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  2631160 atgcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatatattatc 2631256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 74 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 12776887 - 12776599
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||| |||||    
T  12776887 gaacaagctaaaatggaattatatacgaaatagggtagttccaaacgcacaaggtgtgcctaagagactacctcaggaaccaagagttacaacgattaca 12776788  T
Q  174 aaccaaaaca--atnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    ||  ||||||  |        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  12776787 aaaaaaaacacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagctcttttagctt 12776688  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcat 361  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  12776687 tcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcat 12776599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 78 - 337
Target Start/End: Original strand, 33312864 - 33313124
Alignment:
Q  78 aagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaacc 177  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | | |||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||| ||||||||     
T  33312864 aagccaaaatggaattatatacgaaatatgatagtcccaaacgtacaaggtgtgccttagagactacctcaggaatcaagagttataacgattacaaaca 33312963  T
Q  178 aaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaac 276  Q
    ||| ||||        ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  33312964 aaacacaacagaaaatcattagccaatgcccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaagtaacttttttaactttcaac 33313063  T
Q  277 caacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgat 337  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33313064 caacctaaagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggagtaacaacatgat 33313124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 7663797 - 7663519
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| || ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  7663797 cattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 7663698  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  7663697 tcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatat 7663598  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||| || || | ||||||||| ||| ||||||||    
T  7663597 aagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataagtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatct 7663519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 110 - 470
Target Start/End: Original strand, 23279104 - 23279465
Alignment:
Q  110 agttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaataccca 208  Q
    |||||| || ||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||  |||||||||| | |||         ||||| || |||||||    
T  23279104 agttccgaaagcataaggtgtgccttagagactgccacagaaaccaaaagttacaacaattacaaaccacacacagcagagcaacattaacctataccca 23279203  T
Q  209 aacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctag 308  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||| ||  |||| ||||| ||| ||||     
T  23279204 aacaaacaagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaagtagcttttttaccttttagccaccctaaaggaaacatcttaaccttgtctaa 23279303  T
Q  309 taaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaa 408  Q
    |||||  || ||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  23279304 taaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttcgttccacacaacccacacacaaagaagccatataagttgcataaaagag 23279403  T
Q  409 cgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatc 470  Q
    | |||||    | ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||| || ||| |||||||    
T  23279404 catctagagtgagcactacctgtcaaataagtaaactgtaaaaaatggtcagaaatattatc 23279465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 3130534 - 3130316
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||    
T  3130534 agcctatacccaaacacacaagagggcaagaccaccactgttgagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaattt 3130435  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  || |  || ||| | || |  |||| ||||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  3130434 gaccttgtctaacaagcggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagt 3130335  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  3130334 tgcataaaagaacgtctag 3130316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Original strand, 47540510 - 47540728
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||| |||    
T  47540510 agcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagttaaggacaacatctt 47540609  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||| ||||  ||||  |  ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  47540610 gaccttgtctaacaaacgggaaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagt 47540709  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  47540710 tgcataaaagaacgtctag 47540728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 197 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 8655628 - 8655415
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |  |||||||  ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||    
T  8655628 agcctatacccaaacacatgagagggtaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatctt 8655529  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  8655528 gaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagt 8655429  T
Q  397 tgcataaaagaacg 410  Q
    ||||||||||||||    
T  8655428 tgcataaaagaacg 8655415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 193 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 25875248 - 25875129
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25875248 cattagccaattcc-aaacaaacaaaagggtttgaccaccactgatgcgtgccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcaaccaacctaaagacaaca 25875150  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaac 313  Q
     ||||| ||| |||| |||||    
T  25875149 tcttaaccttgtctaataaac 25875129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 200 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 1121196 - 1121013
Alignment:
Q  200 caatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaat 299  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||| |     
T  1121196 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttaattttcaatcaacctaaggacaacatctttac 1121097  T
Q  300 cttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaag 383  Q
    ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  1121096 cttgtctaacaaacgggggatgtgagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaatccaggcacaaag 1121013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 5817736 - 5817626
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||    
T  5817736 agcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 5817637  T
Q  297 aatcttatcta 307  Q
     | ||||||||    
T  5817636 gaccttatcta 5817626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 42954051 - 42953878
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| | |||  |||||||||||  ||||||  |||||||||| || || |||||| |||||| |||  ||| ||| |||||    
T  42954051 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatttgagttccaaaaacaaaagtggcatttttatctttcagccacgctaaagataacaa 42953952  T
Q  294 cttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaa 367  Q
    |||||| ||||| ||||| | ||| |    |||||  ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42953951 cttaattttatcaagtaatctaggaacctcggtaatcacatttttaaacatacgattattacgctcattccaaa 42953878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 4641230 - 4641107
Alignment:
Q  195 ttagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaac 294  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||| |||||| ||||  | |||| || ||||||||  | |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  4641230 ttagccaatacccaaacaagctaaagggattgaccgccacc-tcgagtatcgaaaacaaacatggtatttttagctttcaaccaccctagagataacaat 4641132  T
Q  295 ttaatcttatctagtaaacaaggta 319  Q
    |||| ||||||||||| || |||||    
T  4641131 ttaaccttatctagtatacgaggta 4641107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 336 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 13159188 - 13159132
Alignment:
Q  336 attaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||    
T  13159188 attaaacattcgattatttcgctcattctacacaacccaggcaaaaagaagccatat 13159132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 74 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 6264879 - 6264492
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||    
T  6264879 gaacaagccaaaatggaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgtacaaggtgtgccttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattaca 6264780  T
Q  174 --aaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagct 270  Q
      ||| | | ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  6264779 caaacaagacacaactgaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagct 6264680  T
Q  271 ttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaa 370  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||    
T  6264679 ttcaaccaacctaaagacaacaacttaaccttataaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaa 6264580  T
Q  371 cccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 458  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6264579 cccagacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtttagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 6264492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 117 - 471
Target Start/End: Original strand, 32917821 - 32918176
Alignment:
Q  117 aacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaaccaaa--acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaa 214  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||||        ||||||||||||||||||||||    
T  32917821 aacgcacaaggtgtgccctagagactacctccaaaatcaagagttacaagggttacaa-ccaagccacaacagaaagacattagccaatacccaaacaaa 32917919  T
Q  215 caagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaaca 314  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  32917920 caagaggacttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagccaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaaca 32918019  T
Q  315 aggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtcta 414  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||    
T  32918020 agggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaccgtcta 32918119  T
Q  415 gcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  32918120 gcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatct 32918176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 194 - 471
Target Start/End: Original strand, 34480538 - 34480815
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  34480538 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaa 34480637  T
Q  294 cttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatata 393  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  34480638 cttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatata 34480737  T
Q  394 agttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  34480738 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgccaaaagagtgaactgtaaaaaatgattggaaatattatct 34480815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 74 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 34858371 - 34858059
Alignment:
Q  74 gaacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcctt-agagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttac 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||    
T  34858371 gaacaagccaaaatggaattatatacgaattag--tagttccaaacgcacaaggtgtgcctttagagactacctcagaaaccaagagttacaacgattac 34858274  T
Q  173 aaaccaaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctt 271  Q
    | || ||| ||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34858273 atacaaaacacaacagaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctt 34858174  T
Q  272 tcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaac 371  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  34858173 tcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatggttaaacatacggttattacgttcattccaaacaac 34858074  T
Q  372 ccaggcacaaagaag 386  Q
    |||||||||||||||    
T  34858073 ccaggcacaaagaag 34858059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 193 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 15500205 - 15499929
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |    
T  15500205 cattagccaatactcaaataaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaata 15500106  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
    ||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||   | ||||| ||||||||||| | ||||||| |||| ||||| || ||    
T  15500105 acttaatcttatctaataaacaattgatgggggtaacaacatgattaaacagatggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaat 15500006  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattat 469  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||    
T  15500005 gagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattat 15499929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 197 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 10487461 - 10487243
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||   |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||    
T  10487461 agcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 10487362  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||   | ||||  || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10487361 gaccttatctaacaaacggagaatggaagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagt 10487262  T
Q  397 tgcataaaagaacgtctag 415  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10487261 tgcataaaagaacgtctag 10487243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 193 - 416
Target Start/End: Original strand, 587097 - 587320
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| ||||   ||| |||| ||||| ||  |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  587097 cattagccgatgtccaaacaaacaaaagggcacgactaccattgttgtgtaccaaaaacaaaagtagtttttttaggtttcaaccaacctaatgacaaca 587196  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     |||||  || |||| |||   ||| ||||| ||||||||||   |||| |  |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| | ||| || ||    
T  587197 tcttaactttgtctaataagagaggaatgggagtaacaacatttctaaagaggcgattattacgttcgttccatacaactcaagcacacaaaagccaaat 587296  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagc 416  Q
     |||||||| ||||| ||||||||    
T  587297 gagttgcatgaaagagcgtctagc 587320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 256 - 446
Target Start/End: Original strand, 6020382 - 6020572
Alignment:
Q  256 gtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattac 355  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||  || |  || ||||  |||||| | || |  | || ||||||||  ||||||||||    
T  6020382 gtagattttttagctttcagccaacctaaagacaacatcttaactttgttgagcaaacggggtatgtgagtgattatattattaaacaagcgattattac 6020481  T
Q  356 gttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 446  Q
    | |||||||| ||||||||| || |||| || ||||||||||||  |||||||| ||||||   ||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  6020482 gctcattccacacaacccagacataaaggagccatataagttgctgaaaagaacatctagctttacctccacctgtcatatgagtgaactg 6020572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Original strand, 4399459 - 4399576
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||| ||| ||||||||||| | |||  |||||||||||   |||||  |||||||||| || |||||||||||||||| ||   ||| ||| |||||    
T  4399459 attagctaatgcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcttttttagctttcagccgcgctaaagataacaa 4399558  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  4399559 cttaattttatcaagtaa 4399576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 176
Target Start/End: Original strand, 34480417 - 34480519
Alignment:
Q  75 aacaagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgcc-ttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttaca 173  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||| || |||||||||  |||||| || | ||||||| || ||  ||||| ||||||||||||||    
T  34480417 aacaagccaaaatgaaattatatacgaaatagggcagtcccaaacgcacaacgtgtgccttttgcgactacctcagaagccaagaattacaacggttaca 34480516  T
Q  174 aac 176  Q
    |||    
T  34480517 aac 34480519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Original strand, 8571512 - 8571629
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| |  ||  |||||||||||   |||||  |||||||||| || || ||||||||||||| |||  ||| ||| |||||    
T  8571512 attagccaaagcccaaacaaaccatgggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccacgctaaagataacaa 8571611  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  8571612 cttaattttatcaagtaa 8571629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19514023 - 19513906
Alignment:
Q  194 attagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaa 293  Q
    |||||||||  ||||||||||| | |||  |||||||||||   |||||  |||||||||| || || |||||||| |||| |||  ||| ||| |||||    
T  19514023 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagccttcagccacgctaaagataacaa 19513924  T
Q  294 cttaatcttatctagtaa 311  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  19513923 cttaattttatcaagtaa 19513906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 78 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13817 - 13524
Alignment:
Q  78 aagccaaaatagaattatatacgaataagggtagttcccaacgcacaagatgtgccttagagactaccacaaaaatcaagagttacaacggttacaaacc 177  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  ||||||||     
T  13817 aagccaaaatggaattatatacgaaatagggtagtcccaaacgtacaaggtgtgccttagagactacctcaaaaactaagagttacaacaattacaaaca 13718  T
Q  178 aaa-acaatnnnnnnncattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaac 276  Q
    ||| |||          ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13717 aaacacaccagaaaaatattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaac 13618  T
Q  277 caacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacc 372  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13617 taacctaaagacaacagcttaatcttatctaat-aacaaagaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 13524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 193 - 471
Target Start/End: Original strand, 7256 - 7534
Alignment:
Q  193 cattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| || ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  7256 cattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 7355  T
Q  293 acttaatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatat 392  Q
     ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  7356 tcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatat 7455  T
Q  393 aagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaagtattatct 471  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||| || || | ||||||||| ||| ||||||||    
T  7456 aagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataagtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatct 7534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 197 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 135191 - 134975
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||    
T  135191 agcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatctt 135092  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  135091 gaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagt 134992  T
Q  397 tgcataaaagaacgtct 413  Q
    |||||||||||||||||    
T  134991 tgcataaaagaacgtct 134975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 197 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 313018 - 312802
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||    
T  313018 agcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatctt 312919  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  312918 gaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagt 312819  T
Q  397 tgcataaaagaacgtct 413  Q
    |||||||||||||||||    
T  312818 tgcataaaagaacgtct 312802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 197 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 328472 - 328256
Alignment:
Q  197 agccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagtctcaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaactt 296  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||   ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||    
T  328472 agcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatctt 328373  T
Q  297 aatcttatctagtaaacaaggtatgggggtaacaacatgattaaacatccgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagtcatataagt 396  Q
     | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  |||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  328372 gaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagt 328273  T
Q  397 tgcataaaagaacgtct 413  Q
    |||||||||||||||||    
T  328272 tgcataaaagaacgtct 328256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 12376 - 12330
Alignment:
Q  246 aaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaaca 292  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12376 aaaaataaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaaca 12330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University