View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1610-INSERTION-5 (Length: 706)

Name: NF1610-INSERTION-5
Description: NF1610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1610-INSERTION-5
NF1610-INSERTION-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-660)||(37974008-37974648)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 660
Target Start/End: Original strand, 37974008 - 37974648
Alignment:
Q  8 gtgacccatcaaacagaacatcattatttctttgctccccaataacaaggcatctttgggtcacatggagacccatgtgcccaacaaagttcaccgtatc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974008 gtgacccatcaaacagaacatcattatttctttgctccccaataacaaggcatctttgggtcacatggagacccatgtgcccaacaaagttcaccgtatc 37974107  T
Q  108 caacaaatgcaaatactcaacctgtaatttattcctaaatatatatata--atgcttacnnnnnnnnnnnnatatatgcagcagcatataacgtgctagt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||            ||||||||||||   ||||||||||||||    
T  37974108 caacaaatgcaaatactcaacctgtaatttattcctaaatatatatatataatgcttacttttattttt--atatatgcagca---tataacgtgctagt 37974202  T
Q  206 atataataataaatatggtattcattcataacataacataacacaacaaactacaaaagcattgttctgtgggctcgaccctcaatgcggggaccgattc 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974203 atataataataa-tatggtattcattcata-----acataacacaacaaactacaaaagcattgttctgtgggctcgaccctcaatgcggggaccgattc 37974296  T
Q  306 tccaaactaagacacgtgtaacaattttgtatatctcattttcgtgagaaccatacaggtgtacttaaggaccatcgctcaccactcataaccaagcata 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974297 tccaaactaagacacgtgtaacaattttgtatatctcattttcgtgagaaccatacaggtgtacttaaggaccatcgctcaccactcataaccaagcata 37974396  T
Q  406 gtttctaagttctgacactatgacaataacaaagaccaagacaagaggttcctatacatctttatgacttcaattactgcgtgtgatccagattcacttt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974397 gtttctaagttctgacactatgacaataacaaagaccaagacaagaggttcctatacatctttatgagttcaattactgcgtgtgatccagattcacttt 37974496  T
Q  506 agtactatattcatcatgttgttccaattatggtttttaaatattgattcccacttcgctcatgggtgtatgtttggattcacgttttaagaagtgtctg 605  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  37974497 aatactatattcatcatgttgttccaattatggtttttaaatattgattcccactttgcttatgggtgaatgtttggattgacgtttt---aagtgtctg 37974593  T
Q  606 tttgattaagcgtctcaagttggcatatgtagcttctgcctaaaggtgatttttt 660  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37974594 tttgattaagcgtcccaagttggcatatgtagcttctgcctaaaggtcatttttt 37974648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University