View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1610-Insertion-2 (Length: 726)

Name: NF1610-Insertion-2
Description: NF1610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1610-Insertion-2
NF1610-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-726)||(33174647-33175365)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 33175365 - 33174647
Alignment:
Q  8 gtgtttgtggccgttgttgttgaataagtagtgttgtacttgtaatattttaggtaactttattatgacttgtaattgtaacgtgatgtactatgtgtta 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33175365 gtgtttgtagccgttgttgttgaataagtagtgttgtacttgtaatattttaggtaactttattatgacttgtaattgtaacgtgatgtactatgtgtta 33175266  T
Q  108 tttaataatgttttgttttgtattgtaatattattgtgatatagtttggattagcgatgttttatattcgatttggtttatgcagttaaccctacgttaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33175265 tttaataatgttttgttttgtattgtaatattattgtgatattgtttggattagcgatgttttatattcgatttggtttatgcagttaaccctacgttaa 33175166  T
Q  208 ataaaaaataaccaacacatcgaatctgaacatatataatggatacaacataattgatggtactcattgcttacttaggaatacaaattacattacaaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33175165 ataaaaaataaccaacacatcgaatctgaacatatataatggatacaacataattgatggtactcattacttacttaggaatacaaattacattacaaaa 33175066  T
Q  308 ggataaatttaaatattcatttatatacgatggaatcttatactaaattcaaaatacatgacataggtaacaattgttcatgttaaacttgaacctcaca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33175065 ggataaatttaaatattcatttatataagatggaatcttatactaaattcaaaatacatgacataggtaacaattgttcatgttaaacttgaacctcaca 33174966  T
Q  408 gtgcaacctggacgataattatttttgttggcaaaagagttccatcgaggtcctaggcttgtttatctttcaaatgttccatgaatattaaacacttaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33174965 gtgcaacctggacgataattatttttgttggcaaaagagttccatcgaggtcctaggcttgtttatctttcaaatgttccatgaatattaaacacttaat 33174866  T
Q  508 actttcaataggcttgaaatgttgaaagtagatttgtttggagaggatgaaaataatactcaaccctggaaagaatgggacaataatcaattgtagaggt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||| ||||||||| | |||||||    
T  33174865 actttcaataggcttgaaatgttgaaagtagatttgtttggagaggatgaaaataatactcaattctagaaagaaggggagaataatcaactctagaggt 33174766  T
Q  608 gtgtttgtgttggatcttgaaaagtgtataagtggttcttctagttttgtggagaggcatgaacatactaccatttcttggagaggcagagtaaaaattt 707  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33174765 gtgtttgtgttggatcttgagaaatgtataagtggttcttctagttttgtggagaggcatgaacatactaccatttcttggagagacagagtaaaaattt 33174666  T
Q  708 tagttttgtcttttgtata 726  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33174665 tagttttgtcttttgtata 33174647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University