View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16105_high_2 (Length: 674)

Name: NF16105_high_2
Description: NF16105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16105_high_2
NF16105_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-659)||(36467261-36467903)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (273-432)||(28738738-28738898)
chr2 (294-432)||(28718448-28718587)
chr2 (101-196)||(28718324-28718419)
chr2 (105-167)||(28738653-28738716)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 659
Target Start/End: Original strand, 36467261 - 36467903
Alignment:
Q  18 ctaattggctctaagtcatcaccctacatgacttgaagcatttctcacaatgattaactaatcatcactataatgnnnnnnnn-gtaggttataatttta 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  36467261 ctaattggctctaagtcatcaccctacatgacttgaagcatttctcacaatgattaactaatcatcactataatgtttttttttgtaggttataatttta 36467360  T
Q  117 aaatgtctacatatagtgaagcaacatcgccttttgatgtatatagtgatacagataaggtggaatttaatagtgttaataatattgacactgataatga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467361 aaatgtctacatatagtgaagcaacatcgccttttgatgtatatagtgatacagataaggtggaatttaatagtgttaataatattgacactgataatga 36467460  T
Q  217 tacaaatggggtggaatttaattgtgttaatgatgttgacactgatagtgacattgatagtgatactgaagatataaaagttaatagcagcaacgatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467461 tacaaatggggtggaatttaattgtgttaatgatgttgacactgatagtgacattgatagtgatactgaagatataaaagttaatagcagcaacgatgtt 36467560  T
Q  317 cgtactgatggagatgcagacggtgtggaattaaaccatggtaatggtgtttgcaatgagcaagggaaaaagaactttgatggttacaaatgcatcaatg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467561 cgtactgatggagatgcagacggtgtggaattaaaccatggtaatggtgtttgcaatgagcaagggaaaaagaactttgatggttacaaatgcatcaatg 36467660  T
Q  417 atgtgacagatgatgatgtaaaggatatggaattcaacacagaggatgaagctacggagttttatgtattgtttgcaaaataccacgggtttgaagtaag 516  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467661 atgtgacagatgatgatgtaagggatatggaattcaacacagaggatgaagctacggagttttatgtattgtttgcaaaataccacgggtttgaagtaag 36467760  T
Q  517 aaaggatgatgtgaaacgttattctaatgggaacattattatgcgtcaattagtatgcaaaaagaagaatgcattgtaactatttggatgtctgctgtat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467761 aaaggatgatgtgaaacgttattctaatgggaacattattatgcgtcaattagtatgcaaaaagaagaatgcattgtaactatttggatgtctgctgtat 36467860  T
Q  617 ggttatgtggattggttgtgtgcgttttctacttggatctgtg 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36467861 ggttatgtggattggttgtgtgcgttttctacttggatctgtg 36467903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 273 - 432
Target Start/End: Original strand, 28738738 - 28738898
Alignment:
Q  273 atagtgatactgaagatataaaagttaatagcagcaacgatgttcgtactgatggagatgcagacggtgtggaattaaaccatggtaatggtgtttgcaa 372  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||| |  || | ||||||||| |||| |||||| || | || ||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  28738738 atagtgatactgaagatatagaagtcaataacgacatcaatgttcgtagtgatagagatgtaggcagtatggaattcaaccatggtaatggtgtttgcag 28738837  T
Q  373 tgagcaagggaaaa-agaactttgatggttacaaatgcatcaatgatgtgacagatgatga 432  Q
    |||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||| | | |||||||| |||||||    
T  28738838 tgagcaagggaaaagagaattccaatggttacaaatgcattagtaatgtgacaaatgatga 28738898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 294 - 432
Target Start/End: Original strand, 28718448 - 28718587
Alignment:
Q  294 aagttaatagcagcaacgatgttcgtactgatggagatgcagacggtgtggaattaaaccatggtaatggtgtttgcaatgagcaagggaaaa-agaact 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || | || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| |    
T  28718448 aagttaatagcggcaacgatgttcgtactgatagagatacaggcgatatgaaattcaaccatggtaatggtgtttgcagtgagcaattgaaaagagaatt 28718547  T
Q  393 ttgatggttacaaatgcatcaatgatgtgacagatgatga 432  Q
     | |||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  28718548 ctaatggctacaaatgcatcagtgatgtgaccaatgatga 28718587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 101 - 196
Target Start/End: Original strand, 28718324 - 28718419
Alignment:
Q  101 gtaggttataattttaaaatgtctacatatagtgaagcaacatcgccttttgatgtatatagtgatacagataaggtggaatttaatagtgttaat 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||| ||||||    
T  28718324 gtaggttataattttaaaatgtctacatacaatgaagcaatgtcgcctcttgatgtatatagtgatatagatgaagtggtatttaatagcgttaat 28718419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 167
Target Start/End: Original strand, 28738653 - 28738716
Alignment:
Q  105 gttataattttaaaatgtcta-catatagtgaagcaacatcgccttttgatgtatatagtgata 167  Q
    |||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  28738653 gttataatttaaaaatgtctggcatacagtgaagcaatgtcgcctcttgatgtatatagtgata 28738716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University