View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1610R-Insertion-18 (Length: 1000)

Name: NF1610R-Insertion-18
Description: NF1610R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1610R-Insertion-18
NF1610R-Insertion-18
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (149-930)||(43554741-43555526)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 149 - 930
Target Start/End: Original strand, 43554741 - 43555526
Alignment:
Q  149 ggcatcgtggattacaagttagaacttagaatattgaattaccaggcataaaatgttgaagtcaattacttacactattaaaattagcacatagacacgc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554741 ggcatcgtggattacaagttagaacttaaaatattgaattaccaggcataaaatgttaaagtcaattacttacactattaaaattagcacatagacacgc 43554840  T
Q  249 tatctcaaatcaaaaacgttatttgaacgccatgcatccactccattcagtgaaaaataaacacagaacaagttctataaattgtgtcctccaacttttt 348  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554841 tatttcaaatcaaaaacgttatttgaacgccatgcatccactccattcagtgaaaaataaacacagaacaagttctataaattgtgtcctccaacttttt 43554940  T
Q  349 ctttcatatagaacatttttatgtctacaaaaattaagaacgaactgagtcacgtagtaatgttgttggatcatgaagt-aagtccaaaaaacaatcaca 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  43554941 ctttcatatagaacatttttatgtctacaaaaattaagaacgaactgagtcacgtagtaatgttgttggatcatgaagtaaagtccaaaaaataatcaca 43555040  T
Q  448 ttgagtcacaaacaattatattttaattcaaaactttaagacatcaaatatataactctttatcattt---------ttgcattgtaacgtctattattt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  43555041 ttgagtcacaaacaattatattttaattcaaaactttaagacatcaaatatataactctttatcatttacatgttgcttgcattgtaacgtctattattt 43555140  T
Q  539 atgaaatgtgacacattggtgagactagtcatccgatttggttggatcatgcatgctactttgacataaactaactaccccacatcaagaattaaaaatg 638  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43555141 atgaaatgtgacacattgttgagactagtcatccgatttggttggatcatgcatgctactttgacataaactaactaccccacatcaagaattaaaaatg 43555240  T
Q  639 aaaaggatgtgaaattaagttaactctagtggtggtttgtttcaaagtaaatatttcatattataatagtatcgatcaatcacggggctacttagaagaa 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  43555241 aaaaggatgtgaaattaagttaactctagtgctggtttgtttcaaagtaaatatttcatatt---atagtatcaatctatcacggggctacgtagaagaa 43555337  T
Q  739 atcaagtttagttaaagattcttaagctgttgttgaaaaggctatgctattgctaatttatttttc-tatttttattgtgtgttacaagggagatgccag 837  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  43555338 atcaagtttagttaaagattcttaagctgttgttgaaaaggctatgctattgctaatttatttttcttattcttattgtgtgttacaa-ggagatgccag 43555436  T
Q  838 ctttcgatccattttttcctactatttgaatttcaaacatcattaagcgcctttaactaggttcaattagcgtcttgat-atggtcccctacat 930  Q
    | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43555437 c-ttcgatccattttt--ctactatttgaatttcaaacatcattaagcgcctttaacta-gttcaattagcgtcttgataatggtcccctacat 43555526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University