View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1611-INSERTION-5 (Length: 608)

Name: NF1611-INSERTION-5
Description: NF1611
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1611-INSERTION-5
NF1611-INSERTION-5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-608)||(29692048-29692649)
chr1 (280-324)||(32462588-32462632)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-608)||(13595563-13596162)
chr5 (8-608)||(22916031-22916630)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-608)||(25729798-25730405)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-411)||(6489455-6489857)
chr8 (503-608)||(6489872-6489977)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 608
Target Start/End: Original strand, 29692048 - 29692649
Alignment:
Q  8 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29692048 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 29692147  T
Q  108 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29692148 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtctg 29692247  T
Q  208 agtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattnnnnnnn-cgtcaataaatagtcattttctcaaatttaacaccac 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29692248 agtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattaaaaaaaacgtcaattaatagtcattttctcaaatttaacaccac 29692347  T
Q  307 aaatttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtgatat 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29692348 aattttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtgatat 29692447  T
Q  407 tttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataatcaaaatggtgatccacacaaagaaaac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  29692448 tttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataatcaaaatggtgatccgctcaaagaaaac 29692547  T
Q  507 atgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttgttgt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29692548 atgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatattgttgt 29692647  T
Q  607 aa 608  Q
    ||    
T  29692648 aa 29692649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 324
Target Start/End: Original strand, 32462588 - 32462632
Alignment:
Q  280 tagtcattttctcaaatttaacaccacaaatttaaatgttctata 324  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  32462588 tagtcattttttcaaatttaacaccacaattttaaaggttctata 32462632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 608
Target Start/End: Original strand, 13595563 - 13596162
Alignment:
Q  8 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595563 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttctgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 13595662  T
Q  108 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595663 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtctg 13595762  T
Q  208 agtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattnnnnnnncgtcaataaatagtcattttctcaaatttaacaccaca 307  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595763 agtctgacaatttagtccctcagatataggaaatgacaatttagtccattgaattaaaaaa-cgtcaattaatagtcattttctcaaatttaacaccaca 13595861  T
Q  308 aatttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtgatatt 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595862 attttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctcatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtgatatt 13595961  T
Q  408 ttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataatcaaaatggtgatccacacaaagaaaaca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13595962 ttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataaccaaaatggtgatccgcacaaagaaaaca 13596061  T
Q  508 tgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttgttgta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13596062 tgctaacaatatgtttattattctgtttaggagcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttgttgta 13596161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 608
Target Start/End: Original strand, 22916031 - 22916630
Alignment:
Q  8 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22916031 accctcagctgtgatcatcgtgttatagatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttattgatcattgacatatattacttt 22916130  T
Q  108 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  22916131 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttgtccttgatactgtgattgtctg 22916230  T
Q  208 agtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattnnnnnnncgtcaataaatagtcattttctcaaatttaacaccaca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22916231 agtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattaaaaaa-cgtcaattaatagtcattttctcaaatttaacaccaca 22916329  T
Q  308 aatttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtgatatt 407  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22916330 attttaaatgttctatattgtccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagttttgatggatgttttttaaagtgatatt 22916429  T
Q  408 ttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataatcaaaatggtgatccacacaaagaaaaca 507  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  22916430 ttggagggactaaattgattgaagctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataaccaaaatggtgatctgcacaaagaaaaca 22916529  T
Q  508 tgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttgttgta 607  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22916530 tgctaacaatatgtttattattttgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttgttgta 22916629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 608
Target Start/End: Original strand, 25729798 - 25730405
Alignment:
Q  8 accctcagctgtgatcatcgtgttataaat----ggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatatta 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  25729798 accctcagctgtgatcatcgtgttataaataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttaagctatataatttattgaacattgacatatatta 25729897  T
Q  104 ----ctttactgtttagtggagctaaatcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtg 199  Q
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25729898 attactttactgtttagtggagctaattcccttttgtgacttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttgtccttgatattgtg 25729997  T
Q  200 attgtctgagtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattnnnnnnncgtcaataaatagtcattttctcaaattta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25729998 attgtctgagtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattaaaaaa-cgtcaattaatagtcattttctcaaattta 25730096  T
Q  300 acaccacaaatttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaa 399  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25730097 acaccacaattttaaatgttctatattgtccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagttttgatggatgttttttaaa 25730196  T
Q  400 gtgatattttggagggactaaattgattgaggctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataatcaaaatggtgatccacacaa 499  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  25730197 gtgatattttggaggaactaaattgattgaagctctccaatttaagagctaaatcatccgattcccaaaattttaataaccaaaatggtgatctgcacaa 25730296  T
Q  500 agaaaacatgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatg 599  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25730297 agaaaacatgctaacaatgtgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagctttaaaaggctgtattgagaatccataaaccatg 25730396  T
Q  600 ttgttgtaa 608  Q
    |||||||||    
T  25730397 ttgttgtaa 25730405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 411
Target Start/End: Original strand, 6489455 - 6489857
Alignment:
Q  8 accctcagctgtgatcatcgtgttataaatggtaattattcttaatctgatgttgttacttatgctatataatttactgatcattgacatatattacttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||    
T  6489455 accctcagctgtgatcatcgtgttatagatggtaattattcttaatctgatgctgttacttatgctatataatttattgatcaatgacatagattatttt 6489554  T
Q  108 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgac-ttaaatttagccttatttttgtcatcatgggttgaatcaccatttttccttgatattgtgattgtct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||        
T  6489555 actgtttagtggagctaaatcccttttgtgactttaaatttaagcttatttttgtgatcatggactgaatcaccatttatccttgatattgtaatt---- 6489650  T
Q  207 gagtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattgaattnnnnnnncgtcaataaat----agtcattttctcaaatttaaca 302  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||        |||||| |||    ||||||||||||||||||||||    
T  6489651 --gtctgacaatttagtccctcaaatataggaaatgacaatttagtccattaaattaaaaaacagtcaattaatagtcagtcattttctcaaatttaaca 6489748  T
Q  303 ccacaaatttaaatgttctatattatccaactctcatgcatgcaagagagaagctaatatggaggcatttcataagtttttatggatgttttttaaagtg 402  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |   ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  6489749 ccacaattttaaatgttctatattgtattactcttatgcatacaagagagaagctaatatgcaggcatttaattagttttgatggatgttttttaaagtg 6489848  T
Q  403 atattttgg 411  Q
    |||||||||    
T  6489849 atattttgg 6489857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 503 - 608
Target Start/End: Original strand, 6489872 - 6489977
Alignment:
Q  503 aaacatgctaacaatatgtttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctgtattgagaatccataaaccatgttg 602  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  6489872 aaacatgctaacaatatgcttattattctgttcaggggcgattggtgccgaatggttgaaagcattcaaaggctatattgagaatccagaaaccatgttg 6489971  T
Q  603 ttgtaa 608  Q
    ||||||    
T  6489972 ttgtaa 6489977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University