View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16111_low_1 (Length: 790)

Name: NF16111_low_1
Description: NF16111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16111_low_1
NF16111_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-781)||(25996769-25997532)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (131-780)||(12557829-12558478)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 781
Target Start/End: Original strand, 25996769 - 25997532
Alignment:
Q  18 caagtttcttcttaatatcctctatagcaatcttcacagcttcttcttcaattgcaaaatcaacagtatgaaacaaagattcaacctcgatttcaagccg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25996769 caagtttcttcttaatatcctctatagcaatcttcacagcttcttcttcaattgcaaaatcaacagtatgaagcaaagattcaacctcgatttcaagccg 25996868  T
Q  118 gtcgataagtacgcggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctgtcctttcaatgcaatttca 217  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996869 atcgataagcacgcggatgttgtccaaatccttgatggctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctgtcctttcaatgcaatttca 25996968  T
Q  218 tagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaacaggtggagctgcaatagctg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996969 tagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaacaggtggagctgcaatagctg 25997068  T
Q  318 cagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattcctttcagcttcttatcaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997069 cagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattcctttcagcttcttatcaag 25997168  T
Q  418 cttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctcagtgaaaggatcaccagct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997169 cttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctcagtgaaaggatcaccagct 25997268  T
Q  518 gttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatcgcaacaagaataagcaatt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997269 gttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatcgcaacaagaataagcaatt 25997368  T
Q  618 ggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaatattcttcaaccagctcaaacagttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25997369 ggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtttgcaaactgttttcaaaatattcttcaaccagctcaaacagatc 25997468  T
Q  718 ttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 781  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997469 ttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 25997532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 131 - 780
Target Start/End: Original strand, 12557829 - 12558478
Alignment:
Q  131 cggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctgtcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaa 230  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||| |||||||  | | ||||| || || |||||||||||| ||||||||||  ||  ||    
T  12557829 cggatattgtccaaatcctttatagctacataggatccaacttccattgagatagttacttccttatgacctttcaatgcattttcatagttcttcataa 12557928  T
Q  231 gtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaacaggtggagctgcaatagctgcagccacaacaga 330  Q
    |||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |  ||| | || |||| ||| || |||||| ||||||  |||| |||||| || ||||| ||    
T  12557929 gtgagtcgatccactttcccattgaaccaattgggatagcagtaacagcagctacagcagctgcaacatgtggagaagcaacagctgctgctacaactga 12558028  T
Q  331 acatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattcctttcagcttcttatcaagcttgttctttctg 430  Q
     || || |||||||  |||| ||| ||||||||||| |||   || || ||||||||   | | |||  ||| || ||||| |||||||||   ||||||    
T  12558029 gcagatcaaaacagaagcaactgtggctacaaatatgataaacgacaccttcctccaaatacggatttgttttagtttcttgtcaagcttgccttttctg 12558128  T
Q  431 atttgaagcttttcaagcatt-gaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctcagtgaaaggatcaccagctgttttaaaattc 529  Q
    | ||  |  || ||||||||  | | | || || ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |  |||||| ||    
T  12558129 agtttcaatttctcaagcatgagtact-tgctgattataaacagattgatatatttggaagaattcttcagtgaaaggatcaccgacagccttaaaactc 12558227  T
Q  530 ttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatcgcaacaagaataagcaattggctatccctag 629  Q
    ||||  || || || ||  |  | ||||| |||||||| ||  ||| ||| || || |||  |||||  || |||  |||||||||||| |||||||| |    
T  12558228 ttcagctcctgtaacgtcttcacgtagcaattgtctcccgacacagtttcctcatcaaacttttgaagagctacatcaataagcaattgactatccctgg 12558327  T
Q  630 ctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaatattcttcaaccagctcaaacagttcttggctgttcca 729  Q
    |||| ||||  |||||||| || ||| |||||||||| |  |||| ||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  12558328 ctctcttcagacacttctctaaagcattgcagaaatctagagtcttcaagctattatcaaagtactcctcaacaagctcaaacagttcttgactcttcca 12558427  T
Q  730 tatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctc 780  Q
    ||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  12558428 tatatctttcttacagtctaagattaccttcacaacttcctgattcatctc 12558478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University