View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16112_low_35 (Length: 327)

Name: NF16112_low_35
Description: NF16112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16112_low_35
NF16112_low_35
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-311)||(38253224-38253525)
chr2 (17-311)||(43156017-43156318)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (17-311)||(11473341-11473642)
chr1 (17-203)||(28246394-28246580)
chr1 (17-311)||(10465658-10465959)
chr1 (17-311)||(43735310-43735611)
chr1 (203-311)||(28246609-28246717)
chr1 (17-203)||(7282240-7282426)
chr1 (219-311)||(7282469-7282561)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-311)||(25381452-25381755)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-311)||(10124414-10124714)
chr6 (17-305)||(19308086-19308397)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-311)||(25862049-25862348)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-203)||(5910724-5910910)
chr3 (203-311)||(5910577-5910685)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 38253224 - 38253525
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
38253224 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatg 38253323  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||    
38253324 acatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 38253423  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38253424 atgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 38253523  T
310 ct 311  Q
    ||    
38253524 ct 38253525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43156318 - 43156017
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
43156318 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaattaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatg 43156219  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||    
43156218 acatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 43156119  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43156118 atgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 43156019  T
310 ct 311  Q
    ||    
43156018 ct 43156017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11473642 - 11473341
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
11473642 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatg 11473543  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||    
11473542 acatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 11473443  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11473442 atgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 11473343  T
310 ct 311  Q
    ||    
11473342 ct 11473341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 28246394 - 28246580
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
28246394 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactcttcaagatccttcatgttttgcctttgtgatg 28246493  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 203  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
28246494 acatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaat 28246580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 10465658 - 10465959
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  ||||| |||    
10465658 tatgccaaatgtatcatacttcttacaactacaagtaatggaagttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtaatg 10465757  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| |||||       |||||||    
10465758 acatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtatagacaaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaatatagtgtgtgtgt 10465857  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    || | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||||    
10465858 atatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctctt 10465957  T
310 ct 311  Q
    ||    
10465958 ct 10465959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 43735310 - 43735611
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  ||||| |||    
43735310 tatgccaaatgtatcatacttcttacaactacaagtaatggaagttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtaatg 43735409  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| |||||       |||||||    
43735410 acatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtatagacaaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaatatagtgtgtgtgt 43735509  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    || | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||||    
43735510 atatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctctt 43735609  T
310 ct 311  Q
    ||    
43735610 ct 43735611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 203 - 311
Target Start/End: Original strand, 28246609 - 28246717
Alignment:
203 tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttg 302  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
28246609 tgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttg 28246708  T
303 ctctcttct 311  Q
    |||||||||    
28246709 ctctcttct 28246717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 7282240 - 7282426
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||    
7282240 tatgccaaatgtatcatacttcttacaactacaagtaatggaagttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtgatg 7282339  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 203  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||    
7282340 acatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtacagacaaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaat 7282426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 219 - 311
Target Start/End: Original strand, 7282469 - 7282561
Alignment:
219 ccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttct 311  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||||||    
7282469 ccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctcttct 7282561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 25381755 - 25381452
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25381755 tatgccaaaagtatcaaattttctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 25381656  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa---------tgtgt 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||    
25381655 acatattcacaaagagagtcagattcatgtctaactggtacatataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 25381556  T
208 gtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctc 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25381555 gtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctc 25381456  T
308 ttct 311  Q
    ||||    
25381455 ttct 25381452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 10124414 - 10124714
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
10124414 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacagttaaatgaaactctccaagatcattcatgttttgcctttgtgatg 10124513  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgt 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||    
10124514 a-atattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 10124612  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10124613 atgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctatccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 10124712  T
310 ct 311  Q
    ||    
10124713 ct 10124714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 17 - 305
Target Start/End: Original strand, 19308086 - 19308397
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19308086 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 19308185  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat---gtgtgt---- 209  Q
    | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||        
19308186 acataatcacaaagagagtcaaattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgt 19308285  T
210 ----------------atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactca 293  Q
                    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19308286 gtgtgtgtgtgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactca 19308385  T
294 attcttttgctc 305  Q
    ||||||||||||    
19308386 attcttttgctc 19308397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 25862348 - 25862049
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||    |||||||||    
25862348 tatggcaaatgtatcatacttcttacaactacaagtaatggaagttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcttattagtgatg 25862249  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaa-------atgtgtgt 209  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||  || | | ||||||||| ||||       ||||||||    
25862248 acatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtacagacaaagccaagaataactt--actcgttttgaaacaactcaaatatagtatgtgtgt 25862151  T
210 atgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctt 309  Q
    || | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  | | ||||||| |||||||    
25862150 atatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttaagttctttttctctctt 25862051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5910910 - 5910724
Alignment:
17 tatgccaaaagtatcaaatttcctacaactacaagtgatggaatttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatg 116  Q
    ||||||||| || ||| | ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||    |||||||||    
5910910 tatgccaaatgtttcatacttcttacaactacaagtaattgaagttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcttattagtgatg 5910811  T
117 atatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacagataaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 203  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||    
5910810 acatattcacatagagagtcagtttcatgtctaatgggtacagacaaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaat 5910724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 203 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 5910685 - 5910577
Alignment:
203 tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttg 302  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| |||||||     
5910685 tgtgtgtatatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttcttttt 5910586  T
303 ctctcttct 311  Q
    |||||||||    
5910585 ctctcttct 5910577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University