View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16114_low_1 (Length: 734)

Name: NF16114_low_1
Description: NF16114
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16114_low_1
NF16114_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-715)||(44995144-44995845)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 44995845 - 44995144
Alignment:
Q  14 catcagataaacaacccatcttgcacaagccatttataattaaattataagtccatatatcaggtttacaacccttttctgtcatctcattcatcaattg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44995845 catcagataaacaacccatcttgcacaggccatttataattaaattataagtccatatatcaggtttacaacccttttctgccatctcattcatcaattg 44995746  T
Q  114 caaagccggcaaaatcagaccttgctgacataaccctttaatcaaggtattgtaaacaataatgctcggccttaaaccttttcctagcccatccttaaag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995745 caaagccggcaaaatcagaccttgctgacataaccctttaatcaaggtattgtaaacaataatgctcggccttaaaccttttcctagcccatccttaaag 44995646  T
Q  214 acagccatagcctgatcagggtcaccatcctggcaaaaaccattaactaaggaacaataggtaaactcgtctggtttaaaacccttgaaaaccgcatctt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44995645 acagccatagcctgatcagggtcaccatcctggcaaaaaccattaactaaggaacaataggtaaactcgtctggcttaaaacccttgaaaaccgcatctt 44995546  T
Q  314 tcagaatcctatttgcatccactaccatcccctttttacagtatccatcaataatactattataagtaagatcattcggctcaaatccaccattaaccat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995545 tcagaatcctatttgcatccactaccatcccctttttacagtatccatcaataatactattataagtaaaatcattcggctcaaatccaccattaaccat 44995446  T
Q  414 tttatgtaagcattcctccgcttcaacaacccgtgacttcctacacaacccacatataactgtattatacgtaacaacatccggcctcaatccttccctc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995445 tttatgtaagcattcctccgcttcaacaacccgtgacttcctacacaacccacatataactgtattatacgtaacaacatccggcctcaatccttccctc 44995346  T
Q  514 gaaacacagcccaacaagctaacagccctatcaagcgaaccctccttacaaagaccttgtataaagatattaaaagtaaacaaattcggacaaacccctc 613  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995345 gaaacacagcccaacaacctaacagccctatcaagcgaaccctccttacaaagaccttgtataaagatattaaaagtaaacaaattcggacaaacccctc 44995246  T
Q  614 tcttcaaaaccttatcaaaaagcctctcactttccaaaacaaaacctttcttacacaaggcatgaacaagcttattaaaagtagtaacatcaggacacaa 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995245 tcttcaaaaccttatcaaaaagcctctcactttccaaaacaaaacctttcttacacaacgcatgaacaagcttattaaaagtagtaacatcaggacacaa 44995146  T
Q  714 ac 715  Q
    ||    
T  44995145 ac 44995144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University