View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1611_high_3 (Length: 833)

Name: NF1611_high_3
Description: NF1611
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1611_high_3
NF1611_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (51-833)||(45402708-45403482)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 717; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 45403482 - 45402708
Alignment:
Q  51 gggattctgtgtgttatattgatattggtacttagttcataatttgtgcatgactattagtggtaatgttagttgtcagtgtttgaactgtgaaactaac 150  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403482 gggattctgtatgttatattgatattggtacttagttcataatttgtgcatgactattagtggtaatgttagttgtcagtgtttgaactgtgaaactaac 45403383  T
Q  151 tgagatgtctacttggaacttctcttagatactaaaggaataaattctaacaaattttgtgtagtgtatacagttgtgttattttcacccactttgatca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403382 tgagatgtctacttggaacttctcttagatactaaaggaataaattctaacaaattttgtgtagtgtatacagttgtgttattttcacccactttgatca 45403283  T
Q  251 gatcttgcatcctagagatgtacttaaattgtataaattccaaaagtgacatgcttgtgttgtggggtaactatttatatttatctttgcatcaaggaca 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45403282 gatcttgcatcctagagatgtacttaaattgtataaattccaaaagtgacatgcttgtgttgtggggtaactatttatatttatctttgcatcaaagaca 45403183  T
Q  351 atgaaatgaatgaggggttgaaaaatggggataggtactagaagtgattttattacacatgaagagatagaaaggttgattttataatactacatacaac 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403182 atgaaatgaatgaggggttgaaaaatggggataggtactagaagtgattttattacacatgaagagatagaaaggttgattttataatactacatacaac 45403083  T
Q  451 ataaagaaagcatgtgagctcaaaggtggttgtttagtcacctaccataaaacctgactacccatccatctcttgtttccttctctttactttgcaggca 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45403082 ataaagaaagcatgtgagctcaaaggtggttgtttagtcacctaccataaaacctgactacccatccatctcttgtttccttctctttacttcgcaggca 45402983  T
Q  551 cacaagtggtgtgctaataaatccttctcactaattactattattaataattcatcaagatagtgagttggatagctggaccactacaatctaatgtaac 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45402982 cacaagtggtgtgctaataaatccttctcactaattactattattaataattcatcaagatagtgagttggatagctggaccactacaatctaatgtaac 45402883  T
Q  651 aaagttaatttacagcaccacaaacttaagctcacaataaaattaattaagctcaacctttatattatccctctttgttcgattaaatataatttaggcg 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||      
T  45402882 aaagttaatttacagcaccacaaacttaagctcacaataaaa----ttaagctcaacctttatattatcactctttcttcgattaaatataatttagg-- 45402789  T
Q  751 atcgagtcggttctcggaggtttactaggatcaagaaaaatattgaaggctcaaagaggatcgacaaagatacttacataata 833  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  45402788 --cgagtcggttctcggaggtttactaggatcaagaaaaatattgaaggctcaaagagtatcgataaagatacttgcataata 45402708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University