View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16123_high_9 (Length: 597)

Name: NF16123_high_9
Description: NF16123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16123_high_9
NF16123_high_9
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-583)||(25044230-25044812)
chr3 (91-531)||(25040582-25041022)
chr3 (113-522)||(25042758-25043160)
chr3 (82-322)||(54479333-54479573)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-500)||(28649707-28650206)
chr4 (69-522)||(10124174-10124627)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (69-531)||(21392820-21393282)
chr2 (76-442)||(21422219-21422589)
chr2 (175-312)||(1975159-1975296)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (113-511)||(24690533-24690931)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (162-247)||(40279823-40279908)
chr7 (162-247)||(40458442-40458527)
chr7 (128-235)||(39600433-39600540)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 583
Target Start/End: Original strand, 25044230 - 25044812
Alignment:
Q  1 aaagaccctattcatagttctttataggcttagtaccatcgatttgttgagtaaatgataaacatcaaaagggtacagaaggatcaagttgtttgcatag 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044230 aaagactctattcatagttctttataggcttagtaccatcaatttgttgagtaaacgataaacattaaaagggtacagaaggatcaagttgtttgcatag 25044329  T
Q  101 ttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaaccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044330 ttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaaccc 25044429  T
Q  201 agcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgcacacatcttg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044430 agcatttgtcccaacagcagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgcacacatcttg 25044529  T
Q  301 gcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttgccaccaaatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044530 gcaatcttggattcatcaaaattcccggtgccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttgccaccaaatc 25044629  T
Q  401 gaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggttgtgaattttt 500  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044630 gaaggacatttgaaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcaccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggttgtgaattttt 25044729  T
Q  501 gctcggcggtctgtagcccatacgaaagggactgggattggatcattacgtggtagacctcgtcggcgaacacgaccagtatt 583  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25044730 gctcggcggtcggttgcccatacgaaagggactgggattggatcattacgtggtagacctcgtcggcgaacacgaccagtatt 25044812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 91 - 531
Target Start/End: Original strand, 25040582 - 25041022
Alignment:
Q  91 gtttgcatagttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagatt 190  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | || ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  25040582 gtttgcatagttcaaaataagtcaaataaagaactctattcttggcaccagctcgatgatgaccgttgtacttgcaaaaatacttcaattgttcaagctt 25040681  T
Q  191 gcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgc 290  Q
    ||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| || ||||| |||||||  |||||||||    
T  25040682 gcaacaaccaattatttgtcccagcaacagaaacaaccaattgatattctttttcttctcagcaatcaccggtttaacactattttcttgattgcaatgc 25040781  T
Q  291 acacatcttggcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttg 390  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||||   || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||| |||  |||||      
T  25040782 aaacattttggcaattttggattcatcaaaatttgtggtgccctatcatgcatggtgttcatgtttgtaaccaaatattgagagatttcattgaatttca 25040881  T
Q  391 ccaccaaatcgaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggtt 490  Q
    ||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||| | ||| |    
T  25040882 ccaacaaatcaaaagacatttggaactttgttttgcaactattgcattgaacatcgccggtgatgttaaagattctgttttgtaagagatgattgaggct 25040981  T
Q  491 gtgaatttttgctcggcggtctgtagcccatacgaaaggga 531  Q
    ||| |||||||||||||| || || ||||||| ||||||||    
T  25040982 gtggatttttgctcggcgatcggttgcccatatgaaaggga 25041022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 113 - 522
Target Start/End: Original strand, 25042758 - 25043160
Alignment:
Q  113 taaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtccc 212  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  || | ||||||||||    ||||| ||| ||| |||| | ||| ||| ||||| || || ||||||||||||    
T  25042758 taaatatagaaccctatttttggcactggtacgatgatggttg----acttgaaaatatatttcagtggttcaagcttgcagcagccaagcatttgtccc 25042853  T
Q  213 aacaacagaaacaaccaattgatatt--cttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttgg 310  Q
    |||||||||| || | | ||||||||  ||| ||||||| ||||| || | | |||||||| | |   |      ||||||||||  |  ||||||||||    
T  25042854 aacaacagaagcatctagttgatattatctttttcttcttggcaagtaccagtttcacactatctcgata-----aatgcacacacttcagcaatcttgg 25042948  T
Q  311 attcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttgccaccaaatcgaaggacatt 410  Q
    || ||||||||     || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| | |||||||||||| | ||||    
T  25042949 atacatcaaaagcgttggtgccctatcatgtatggtgttcatgtttgtgaccaaatattgatagattacgtcaaatttcgtcaccaaatcgaacgtcatt 25043048  T
Q  411 tggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggttgtgaatttttgctcggcggt 510  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||   ||||  ||||||||||| ||||  ||||||||| | ||  | | ||||||| |||||||||    
T  25043049 tagaactttatttggcaactcttgcgttgaacgtcgatagtgacattaaagattccgttttagagaagatgattgagactatcaattttttctcggcggt 25043148  T
Q  511 ctgtagcccata 522  Q
      ||||||||||    
T  25043149 tggtagcccata 25043160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 82 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 54479573 - 54479333
Alignment:
Q  82 gatcaagttgtttgcatagttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattg 181  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  |||||  ||| | |  ||||| ||||||||||  ||    
T  54479573 gatcaagttgtttgcagagtccaagataagttaaataaagaactctattcttggcacctgattcatgattcttggtgtgtttgcagaaatacttcagctg 54479474  T
Q  182 tttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttg 281  Q
    |||| |  |||| || || ||||||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||   ||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||      
T  54479473 tttacgcgtgcagcagccaagcatttgtcctaataacagaaacagccagttgatactccgtttcttgtcagcaattaccggcttcacactgttttgttga 54479374  T
Q  282 ttgcaatgcacacatcttggcaatcttggattcatcaaaat 322  Q
    || || ||||||||  | |||||| |||| |||||| ||||    
T  54479373 ttacagtgcacacaattaggcaatgttggcttcatccaaat 54479333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 28649707 - 28650206
Alignment:
Q  1 aaagaccctattcatagttctttataggcttagtaccatcgatttgttgagtaaatgataaacatcaaaagggtacagaaggatcaagttgtttgcatag 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  ||||||   | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||    
T  28649707 aaagaccacattcatagttctttataggtatagtactgccaatttgttgagcaaacgataaacatcaaaagggtatataatgatcaagttatttgcatag 28649806  T
Q  101 ttcaagataagttaaataaagaaccctattttt-ggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28649807 ttcaagataagttaaataaagaactctattttttggcat-tgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacc 28649905  T
Q  200 cagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgcacacatctt 299  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    ||||| || |||| ||||    
T  28649906 aagcatttgtcccaacaacaaaaacaaccaattaatattctttttcttctcagcaattatcggcttcacattgttttcacgattgcattgaacacttctt 28650005  T
Q  300 ggcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttgccaccaaat 399  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||| |||| |||| ||||| ||||| ||||    
T  28650006 ggcaatctaggattcatcaaaatccatggtgccctatcatgcatggtattcatgtttatgatcgaatattgagagattgcatcgaatttcgccacaaaat 28650105  T
Q  400 cgaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggttgtgaatttt 499  Q
    | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  28650106 caaacgacatttggaatttcgtttgacaactcttgcattgaacgtcacccatgatgttaaagatttcattttgtagaagatgattgaggttgtgcatttt 28650205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 69 - 522
Target Start/End: Original strand, 10124174 - 10124627
Alignment:
Q  69 aagggtacagaaggatcaagttgtttgcatagttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaa 168  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||    
T  10124174 aagggtagggaaggatcaagttgtttgcaaagttcaagataagttaaataaagaaccctattcttggcaccggttcgatgatggctattatacttgcaaa 10124273  T
Q  169 aatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcac 268  Q
    |||| |||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||    
T  10124274 aatatttcaattgttcaagcttacaacaaccaagcatttgtcctagcaacagaaacaaccaattgatattctttttcttctcagcaattaccggtttcac 10124373  T
Q  269 actgttttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatac 368  Q
    || ||||||||  ||||||||||||||  |   ||||||||||| ||||||| |  | || ||||||||||||||||| || | |||||| || |||||     
T  10124374 acagttttcttgattgcaatgcacacacttcatcaatcttggatacatcaaagtctctggtgccctatcatgcatggtgttgaagtttgtaactaaatat 10124473  T
Q  369 tgagcgattacatcaaattttgccaccaaatcgaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccat 468  Q
    || | ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  10124474 tgggagattacatcgaatttcgccaccaaatcaaacgacatctggaactttgtttgacaactcttgcatttaacatcgccggtgatgttaaagattctgt 10124573  T
Q  469 tttgtagaagatgactaaggttgtgaatttttgctcggcggtctgtagcccata 522  Q
    |||| ||||||||  | | | |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10124574 tttggagaagatggttcaagctgtgaatttttgctcggcggtcggtggcccata 10124627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 69 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 21393282 - 21392820
Alignment:
Q  69 aagggtacagaaggatcaagttgtttgcatagttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaa 168  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  21393282 aagggtccagaaggatcaagttgttggcataattcaaaataagtcaaataaagaactctattcttggcaccggttcgatgatgattgttgtacttgcaaa 21393183  T
Q  169 aatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcac 268  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  21393182 aatacttcaattgttcaagcttgcaacaaccgagcatttgtcccagcaatagaaacaaccaattgatattctttttcttctcggcaattaccggtttcac 21393083  T
Q  269 actgttttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatac 368  Q
    |||||||||||  ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||    || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||     
T  21393082 actgttttcttgattgcaatgtgcacatcttggcagtcttggattcatcaagatctttggtgccctatcatgcatggtgttcatgttcgtaaccaaatat 21392983  T
Q  369 tgagcgattacatcaaattttgccaccaaatcgaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccat 468  Q
    |||| ||||||||| ||||| |    || |||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||   |    
T  21392982 tgagagattacatcgaatttcgtacgcagatcgaacggcatttgaaactttgtttggcaactcttgcattgaacatcgccggtgatgctaaagattttgt 21392883  T
Q  469 tttgtagaagatgactaaggttgtgaatttttgctcggcggtctgtagcccatacgaaaggga 531  Q
    ||||||  |||||| | |||||||| |||||||||||| | |  || ||||||| ||||||||    
T  21392882 tttgtaagagatgattgaggttgtggatttttgctcggtgattggttgcccatatgaaaggga 21392820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 76 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 21422589 - 21422219
Alignment:
Q  76 cagaaggatcaagttgtttgcatagttcaagataagttaaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatactt 175  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21422589 cagaaggatcaagttggtggcataattcaaaataagtcaaataaagaactgtattcttggcacctgtgcgatgatgattgttatacttgcaaaaatactt 21422490  T
Q  176 caattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtccc----aacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacact 271  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  21422489 caaatgttcaagcttgcaacaaccaagcatttgtcccggccagcaacagaaacaaccaatagatattctttttcttctcagcaattattggcttgacact 21422390  T
Q  272 gttttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttggattcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactga 371  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |  | || ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||    
T  21422389 gttttcttgattgcaatgcacacatttaggcaattttggattcatcaaattctctggtgccctatcatgcatgttgttcatgtttgtaaccaaatatcga 21422290  T
Q  372 gcgattacatcaaattttgccaccaaatcgaaggacatttggaattttgtttggcaactcttgcattgaac 442  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  21422289 gagattacatcaaattttgcttgcaaatcgaacgacatttggaactttgttcggcaactcttgcattgaac 21422219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 312
Target Start/End: Original strand, 1975159 - 1975296
Alignment:
Q  175 tcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgtt 274  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||  || |||||||| ||    
T  1975159 tcaattgcttaagggtgcaacaaccaagcatttgtcccatcaacataaacaaccaattgatactctttttcttcttagcaattacaggtttcacactatt 1975258  T
Q  275 ttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttggat 312  Q
    || ||  |||||||| |||||| | |||||| ||||||    
T  1975259 tttttgattgcaatgtacacatttaggcaatattggat 1975296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 113 - 511
Target Start/End: Original strand, 24690533 - 24690931
Alignment:
Q  113 taaataaagaaccctatttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtccc 212  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||| || | | ||||||||||| | |||||||| |    
T  24690533 taaataaaaaaacctatttttggcacttgttcgatgatgattgttatacttgcaaaaataccttaattattcatgcttgcaacaaccaatcatttgtctc 24690632  T
Q  213 aacaacagaaacaaccaattgatattcttcttcttctcggcaattatcggcttcacactgttttctttgttgcaatgcacacatcttggcaatcttggat 312  Q
    |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||||| |||||||||| || ||||||  |||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  24690633 agaaacagaaacaatcaattgatattctttttcttctcaataattaccggcttcacattggtttcttgattgcaatgtacacattttgacaatcttggat 24690732  T
Q  313 tcatcaaaattcccggagccctatcatgcatggtattcatgtttgtgaccaaatactgagcgattacatcaaattttgccaccaaatcgaaggacatttg 412  Q
    ||||||||||       ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| || || |  ||||| ||  ||||| ||| |||||| || || ||||     
T  24690733 tcatcaaaatctttcttgccctatcatgcatggtgttcaagtttgtaaccaactattgggaaattacgtcgcatttttccaacaaatcaaaagatattta 24690832  T
Q  413 gaattttgtttggcaactcttgcattgaacctcgccggtgatgttaaagattccattttgtagaagatgactaaggttgtgaatttttgctcggcggtc 511  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||| |||  ||||||||  |||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  24690833 gaactttgtttgtcaactcttgcattgaacgtcattggtgatgttaaaaattgtattttgtaagagatgattgaggctgtgaatttttgctcggtggtc 24690931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 247
Target Start/End: Original strand, 40279823 - 40279908
Alignment:
Q  162 ttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttctt 247  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || | |||||| ||||||| ||  ||||||||||| |||||  |||||||    
T  40279823 ttgcagaaatacttcaattgatcaagattgcaacatcctatcatttgacccaacagcaagaacaaccaatttatatttctcttctt 40279908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 40458527 - 40458442
Alignment:
Q  162 ttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaaccaattgatattcttcttctt 247  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || | |||||| ||||||| ||  ||||||||||| |||||  |||||||    
T  40458527 ttgcagaaatacttcaattgatcaagattgcaacatcctatcatttgacccaacagcaagaacaaccaatttatatttctcttctt 40458442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 235
Target Start/End: Original strand, 39600433 - 39600540
Alignment:
Q  128 atttttggcacctgttctatgatggttgttatacttgcaaaaatacttcaattgtttaagattgcaacaacccagcatttgtcccaacaacagaaacaac 227  Q
    |||||||||||| || ||||||   ||| |||  ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||| || | ||| || |||||||||| |||||||    
T  39600433 atttttggcaccagtcctatgaatattgctatgtttgcagaaatatttcaaatgttgaagcttgcaacacccaatcatctgacccaacaacaaaaacaac 39600532  T
Q  228 caattgat 235  Q
    ||||||||    
T  39600533 caattgat 39600540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University