View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16123_low_11 (Length: 515)

Name: NF16123_low_11
Description: NF16123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16123_low_11
NF16123_low_11
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (1-499)||(7457835-7458333)
chr8 (1-499)||(7470237-7470735)
chr8 (1-495)||(6351098-6351592)
chr8 (18-495)||(6361983-6362460)
chr8 (19-494)||(6423016-6423491)
chr8 (18-491)||(6320192-6320665)
chr8 (1-491)||(6330654-6331144)
chr8 (1-473)||(6409011-6409483)
chr8 (18-473)||(6273331-6273786)
chr8 (1-473)||(6389762-6390231)
chr8 (18-471)||(6287584-6288037)
chr8 (44-473)||(6368780-6369206)
chr8 (290-398)||(6449644-6449752)
chr8 (290-383)||(6456126-6456219)
chr8 (302-362)||(6262233-6262293)
chr8 (59-131)||(6449911-6449983)
chr8 (71-132)||(6456377-6456438)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (296-384)||(9606270-9606358)
chr5 (18-131)||(9605992-9606105)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (302-413)||(42692108-42692219)
chr2 (286-351)||(42689613-42689678)
chr2 (179-233)||(42692288-42692342)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (304-436)||(46709102-46709234)
chr7 (304-351)||(46708222-46708269)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 7458333 - 7457835
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7458333 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccttatgcttctgatggac 7458234  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458233 tagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 7458134  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458133 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 7458034  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458033 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 7457934  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaact 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457933 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagacttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaact 7457835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 7470735 - 7470237
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7470735 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccttatgtttctgatggac 7470636  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470635 tagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 7470536  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470535 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgccaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 7470436  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470435 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 7470336  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaact 499  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470335 tgcctgagaaaggatccgttgaatatgatgagcttgctaaggactaccagaagacttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaact 7470237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 6351592 - 6351098
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||| |||||    ||| | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6351592 cttccttgcttgttatttagaggagtagctgttgaggatccagcctctcctaccggtctccgccttctgatagaggattatccttatgcttctgatggac 6351493  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||   ||||| ||||||||||||||||    
T  6351492 tagaaatatgggctgccattaagtcatgggttggtgaatatgtgaatttctattacaagtctgatgctgccattgcacaagatgctgaactccaagcatt 6351393  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||  ||||||| ||||||     
T  6351392 ctggaaggaacttgtagaggttggtcatggtgacctgaagaatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatc 6351293  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  6351292 cttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatatggaggatatatccttaaccggccaacaaagagtagaagattca 6351193  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttact 495  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  6351192 tgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttact 6351098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 6362460 - 6361983
Alignment:
Q  18 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 117  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||  ||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6362460 tagaggagtggccgttgaggaccctacttcagcatatggtcttcgacttctaatagaggactacccttatgcttcagatggactagaaatatgggctgct 6362361  T
Q  118 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6362360 attaaatcatgggttgatgaatatgtcaatttctactacaagtcagatgcatctattgcacaagattctgaactccaagcattctggaaagaacttgtag 6362261  T
Q  218 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttc 317  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  6362260 aggtcggtcatggtgacttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaactcgtgaggagttgattgaagcttgcaccaccctcatatggattgcttc 6362161  T
Q  318 agcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatcc 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  6362160 agcacttcatgcagcagttaattttggacaatatccgtatggaggatatatcgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagcagggatcc 6362061  T
Q  418 gttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttact 495  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||    
T  6362060 cctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatctgaggacaataacacccaagaatgatactcttact 6361983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 6423491 - 6423016
Alignment:
Q  19 agaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgcta 118  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  6423491 agaggagtggctgttgaggatccagcttcaccacacggcattcgccttttgattgaggattatccttatgcttcggatggactagagatatgggctgcta 6423392  T
Q  119 ttaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtaga 218  Q
    | ||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||| |   |||   ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  6423391 tcaagacatgggttggagaatatgtgagtttctactacaaatcagatgctgccattgcacaagatgctgaactccaagcattctggaaggaacttgtaga 6423292  T
Q  219 ggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttca 318  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  ||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  6423291 ggtgggtcatggtgacttaaagagtgccacatggtggtttaagatgcaaactcgtgcggagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttca 6423192  T
Q  319 gcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |    
T  6423191 gcacttcatgcagctgttaattttggacaatacccatatggaggatacatccttaaccgaccaactaagagcaggagattcatgcctgagaaaggatcag 6423092  T
Q  419 ttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttac 494  Q
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  | |||| ||||||||||||    
T  6423091 ccgagtatgctgagctttctaaggactaccagaaggcatatttgaagacaatcacacccaagagtgatacccttac 6423016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 6320665 - 6320192
Alignment:
Q  18 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 117  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6320665 tagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacatggaattcgccttctgatagaggactacccttatgctgctgatggactagagatatgggatgct 6320566  T
Q  118 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 217  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  6320565 atcaagtcatgggttgaagaatatgtgaatttctactacaagtcagatgttgctgttgcgcaagattctgaactgcaagcattttggagagaagttgtag 6320466  T
Q  218 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttc 317  Q
    |||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||   |||| |||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  6320465 aggtgggtcatggtgatttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatcctcatatggattgcttc 6320366  T
Q  318 agcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatcc 417  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||  ||||||| ||||||| ||     
T  6320365 agcacatcatgcagctgttaattttggtcaatacccatatggaggatatatacttaaccgaccaactaagagccggagacacatgcctaagaaagggtct 6320266  T
Q  418 gttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgataccct 491  Q
    | ||||||||| |||||| ||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  6320265 gctgagtatgacgagctttctaagaactttcagaaggcgtatctgaggacaatcacaccaaaaaatgataccct 6320192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 6331144 - 6330654
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  6331144 cttccttgcttgttatctagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacatggaattcgccttctgatagaggactacccttatgctgctgatggac 6331045  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | ||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  6331044 tagagatatgggatgctatcaagtcatgggttgaagaatatgtgagtttctactacacgtcagatgctgctgttgcgcaagattctgaactgcaagcatt 6330945  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||   |||| |||||||  ||||||||||| ||     
T  6330944 ttggagagaagttgtagaggtgggtcatggtgatttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatc 6330845  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | |||  ||    
T  6330844 ctcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgttaattttggtcaatatccatatggaggatatatacttaaccgaccaactaaaagccggagacaca 6330745  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgataccct 491  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||  |||||| ||||| |||  || ||||  ||| | |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  6330744 tgcctgagaaagggtctgctgagtatgccgagctttctaagaactttcaaaaggtgtatctaaggacaatcacaccaaaaaatgataccct 6330654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 6409483 - 6409011
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||   | ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||     
T  6409483 cttccttgcttgttatctagaggagtggctgttaaggatccaaaatttccacatggtgttcgccttttgatagaggattatccttatgctactgatggat 6409384  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||   ||||||| |||||   | ||||| || |||||||||||    
T  6409383 tagagatatgggctgctattaagtcatgggttgaagaatatgtaaatttctattacaagctagatgcagctgttgcagatgattccgagctccaagcatt 6409284  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||  ||| | |||||||  ||| |||||||||      
T  6409283 ctggaaagaacttgtagaagtgggccatggtgacttgaaggatgcaacatggtggtttaagatgaaaactcgtgcagagttgattgaaacttgcaccacc 6409184  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6409183 ctcatttggatggcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccttacggtggatacattgttaaccgaccaactaaaagtagaagattca 6409084  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcac 473  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||| |||||||| ||||||||    
T  6409083 tgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgctcaggacttcgagaaggcgtatttgagaacaatcac 6409011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 6273786 - 6273331
Alignment:
Q  18 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 117  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||| |||||||||| |    
T  6273786 tagaggagtggctgttaaggatccaagttccccacacggccttcgccttctgatagaggactacccttatgctgctgatggattagagatatgggctgtt 6273687  T
Q  118 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273686 attaagtcatgggttgaagaatatgtgaatttctactacaagtcagatgcaaatattggacaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 6273587  T
Q  218 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttc 317  Q
    |||| ||||| |||||||| |  ||||| | ||||||| ||||||||||||  || || |||||||  ||  ||||||| |  |||||||||||||||||    
T  6273586 aggttggtcacggtgacttgaaaaatgctaaatggtgggttaagatgcaaactcgcacagagttgattgactcttgcactaccctcatatggattgcttc 6273487  T
Q  318 agcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatcc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || || || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  6273486 agcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtacggtggttacattcttaaccgaccaactaaaagcagaagattaatgcctaagaaaggatcc 6273387  T
Q  418 gttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcac 473  Q
       ||||||||||||||| ||||| |||| || ||||| | |||||| ||||||||    
T  6273386 cccgagtatgatgagctttctaagaactatcaaaaggcgtttttgagaacaatcac 6273331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 6390231 - 6389762
Alignment:
Q  1 cttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggac 100  Q
    ||||||||| |||||  |||||| ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  6390231 cttccttgcttgttatctagaggtgtggctgttaaggatccaaaatctccacatggtctgcgtcttctgatagaggattatccatatgctgttgatggac 6390132  T
Q  101 tagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcatt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||    | |||   |||||| |||||||    
T  6390131 tagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtcaatttctactacaagtcagataaagatgttaaagatgatgaggaactcaaagcatt 6390032  T
Q  201 ttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccatt 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | || ||  |    |||| ||||  || |||  ||||| |||||||  ||| |||||||||      
T  6390031 ttggaaagaacttgtagaagtgggtcatggtgactcgaagactgataa---gtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccacc 6389935  T
Q  301 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6389934 ctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtacggtggatacattgttaaccgaccaactaaaagcagaagattca 6389835  T
Q  401 tgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatcac 473  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  6389834 tgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgctaaggattacgagaaggcttatttgagaacaatcac 6389762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 6288037 - 6287584
Alignment:
Q  18 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 117  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||  |||| ||||||||| | || || || |||||| |||||||| |||| |||||| | ||     
T  6288037 tagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacacggccttcgccttctgataaaagattacccttatgctgctgatggattagagatatggacagca 6287938  T
Q  118 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6287937 attaagtcatgggttgaagaatatgtgtatttctactacaagtcagatgcaaatattgcacaagattctgaactccaagcattctggaaagaacttgtag 6287838  T
Q  218 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttc 317  Q
    |||| ||||| |||||||| |   |||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6287837 aggtaggtcacggtgacttgaaagatgctaaatggtggtttaagatgcaaacccgtaaggagttgattgaggcttgcaccatcctcatatggattgcttc 6287738  T
Q  318 agcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatcc 417  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||     
T  6287737 ggcacttcatgcggctgttaattttggacaatatccgtacggtggttacattcttaaccgaccaacaaaaagcagaagattaatgcctaagaaaggatct 6287638  T
Q  418 gttgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaaggcttatttgaggacaatc 471  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |||| || ||||| | |||||| ||||||    
T  6287637 gctgagtatgctgagctttctaagaactatcaaaaggcgtttttgagaacaatc 6287584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 44 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 6369206 - 6368780
Alignment:
Q  44 cttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgt 143  Q
    |||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6369206 cttccccacatggtctgcgtcttctgatagaggattatccatatgcttcagatggactagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgt 6369107  T
Q  144 gaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaat 243  Q
     |||||||| ||| |||| |||  |||||||    | |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | || |    
T  6369106 caatttctattacgagtcagataaagatgttaaagatgatgaggaactcaaagcattttggaaagaacttgtagaagtaggtcatggtgacttgaagact 6369007  T
Q  244 gcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttg 343  Q
    |  |    |||| ||||  || |||  ||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6369006 gataa---gtgggttaaattggaaactcgtacagagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttg 6368910  T
Q  344 gacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaagga 443  Q
    ||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||| | |||||||||   ||||| | | ||||| ||||||||    
T  6368909 gacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcacatgagtttaaggagctcgctaagga 6368810  T
Q  444 ctaccagaaggcttatttgaggacaatcac 473  Q
    ||||  |||| | ||||||| |||||||||    
T  6368809 ctacatgaagacatatttgacgacaatcac 6368780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 290 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 6449752 - 6449644
Alignment:
Q  290 cttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaag 389  Q
    ||||| ||||| | ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||  ||    
T  6449752 cttgctccattattatatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaatttcggacaatatccttacggaggatatatcctgaaccgtccaacaattag 6449653  T
Q  390 tagaagatt 398  Q
    |||||||||    
T  6449652 tagaagatt 6449644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 290 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 6456219 - 6456126
Alignment:
Q  290 cttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaac 383  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6456219 cttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaac 6456126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 6262293 - 6262233
Alignment:
Q  302 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggagg 362  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6262293 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtatggagg 6262233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 6449983 - 6449911
Alignment:
Q  59 ttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggt 131  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  6449983 ttcgacttgtgatagaggactacccttatgctgttgatggactagaaatatgggatgctattaaggcatgggt 6449911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 71 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 6456438 - 6456377
Alignment:
Q  71 tagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggtt 132  Q
    |||| ||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  6456438 tagaagactacccttatgctgttgatggactagaaatatgggatgctattaaggcatgggtt 6456377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 296 - 384
Target Start/End: Original strand, 9606270 - 9606358
Alignment:
Q  296 ccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaaca 384  Q
    ||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  9606270 ccattatcatatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccttatggaggttatattctaaaccgtccaaca 9606358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 131
Target Start/End: Original strand, 9605992 - 9606105
Alignment:
Q  18 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 117  Q
    ||||||| | || ||| |||||||| | |||||||||||  |||| ||| |||| |||||||| || |||||   ||||||||| || ||||||| ||||    
T  9605992 tagaggattagccgttgaggatccatcgtctccacatggccttcgtcttgtgatcgaggactacccttatgcagttgatggactcgagatatgggatgct 9606091  T
Q  118 attaagtcatgggt 131  Q
    ||||||||||||||    
T  9606092 attaagtcatgggt 9606105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 302 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 42692219 - 42692108
Alignment:
Q  302 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcat 401  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||| |  ||  | ||||| |||||    ||||| ||||||||    
T  42692219 tcatatggattgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacagtattcctacggaggtttaatattaaaccgtccaactctcagtaggagattcat 42692120  T
Q  402 gcctgagaaagg 413  Q
    ||||||||||||    
T  42692119 gcctgagaaagg 42692108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 286 - 351
Target Start/End: Original strand, 42689613 - 42689678
Alignment:
Q  286 gaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatat 351  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||  |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  42689613 gaagcttgcactatcatcatatggacggcttcagccctccacgcagctgttaattttggacaatat 42689678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 179 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 42692342 - 42692288
Alignment:
Q  179 aagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtga 233  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  42692342 aagattctgaactccaagcttggtggaaagaactcgtagaggttggtcacggtga 42692288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 46709234 - 46709102
Alignment:
Q  304 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgc 403  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| | | || ||| ||    |  ||||| ||||||| |||| |  |||||||||    
T  46709234 atatggattgcttcagctctacatgcagctgtaaactttggacaatatccttttgcaggttactcaccaaaccgtccaacaataagtcgccgattcatgc 46709135  T
Q  404 ctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttg 436  Q
    ||||||||||| |  | ||||||||||| ||||    
T  46709134 ctgagaaaggaactatagagtatgatgaacttg 46709102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 304 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 46708269 - 46708222
Alignment:
Q  304 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatat 351  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||    
T  46708269 atatggattgcttcagccctacatgcagctgtaaaatttggacaatat 46708222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University