View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16123_low_17 (Length: 468)

Name: NF16123_low_17
Description: NF16123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16123_low_17
NF16123_low_17
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (93-462)||(31541298-31541667)
chr7 (119-458)||(33304753-33305097)
chr7 (93-462)||(31532641-31533010)
chr7 (93-462)||(31572424-31572793)
chr7 (93-458)||(31576276-31576644)
chr7 (93-458)||(31604942-31605310)
chr7 (98-458)||(31614815-31615178)
chr7 (94-462)||(31438597-31438968)
chr7 (93-458)||(31595333-31595701)
chr7 (93-458)||(31608536-31608904)
chr7 (93-462)||(31618546-31618918)
chr7 (93-458)||(31585686-31586056)
chr7 (211-431)||(32351696-32351921)
chr7 (93-421)||(21897908-21898236)
chr7 (22-96)||(31532352-31532426)
chr7 (195-326)||(32355802-32355941)
chr7 (17-95)||(31540970-31541048)
chr7 (10-96)||(31614482-31614568)
chr7 (6-95)||(31573036-31573125)
chr7 (6-95)||(33305351-33305440)
chr7 (17-74)||(31618218-31618275)
chr7 (17-80)||(31604614-31604677)
chr7 (352-461)||(32355685-32355794)
chr7 (17-96)||(31595005-31595084)
chr7 (17-80)||(31608208-31608271)
chr7 (17-74)||(31585358-31585415)
chr7 (307-431)||(31574240-31574364)
chr7 (17-96)||(31575948-31576027)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (93-458)||(52173895-52174263)
chr1 (17-96)||(52174512-52174591)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (94-449)||(15062957-15063315)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 93 - 462
Target Start/End: Original strand, 31541298 - 31541667
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31541298 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaattccgattgcaatttggtacaatgtcttccaatccaaactacaaatagcatcatgaaatccactttta 31541397  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtg 292  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31541398 agaatgaacttatccaatgatcctttgggcaagaactcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacaatgttcacatgtg 31541497  T
Q  293 acgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagct 392  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  31541498 atgttctactaatgctagcaacttcatttatgaaatcttctccatttcccttagactcatttataattttcactgctacttgacgaccatcaggtaagtt 31541597  T
Q  393 tgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattcttttcact 462  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  31541598 tgctttgtaaacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaacgagtttgtcatttttttcact 31541667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 119 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 33305097 - 33304753
Alignment:
Q  119 gagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccacttttaaagatgaacttatccaatgatccttt 218  Q
    ||||||||||  | ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33305097 gagcaatgcctgtagcaatttggtacattgtgttccaatccaaatcacaaatagcatcaggagatccacttatatggatgaacttatccaatgatccttt 33304998  T
Q  219 ggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat-----gtgacgttctactaatgctagcaa 313  Q
    || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||     ||||||||||||||||||||||||    
T  33304997 gggcatgaattcatatatcagagctcttttgttctcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgacgtgacgttctactaatgctagcaa 33304898  T
Q  314 cttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagcttgctttgtacacaacaccata 413  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304897 cttcatttataaattcttctccatttcccttggactcttttattactttcactgccacttgacgaccatcaggtaagcttgctttgtacacaacaccata 33304798  T
Q  414 tcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33304797 tcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtcattctttt 33304753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 93 - 462
Target Start/End: Original strand, 31532641 - 31533010
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||     
T  31532641 tccttgatgcaagtattctagtccttgagcaatgccgattgcaatttggtacaatgcgttccaatctaaactacaaatagcatcaggcaacccacttttg 31532740  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtg 292  Q
    | |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  31532741 aggatgaatttatctaatgatcctctggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcatagcaaaaacccaaaagtgaaacgatgttcacatgtg 31532840  T
Q  293 acgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagct 392  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||| |||||| |    
T  31532841 atgttctactaatgcttgcaacttcatttgtgaattcttctctatttccctttgactcgtttattactttcaccgccacttcacgaccatcaggtaagtt 31532940  T
Q  393 tgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattcttttcact 462  Q
    ||||||||| || | |||||||| ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31532941 tgctttgtaaaccataccatatcctccttgacccaatctgtctcgaaatgagtttgtcattcttttcact 31533010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 93 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 31572793 - 31572424
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||    
T  31572793 tccttgttgcaagtattcgagtcctctagctatgcctattgcaattcggtacaacgtgttccaatccaaattacaaagtgcactaggaaatccactttta 31572694  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtg 292  Q
    ||||||||||| || | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31572693 aagatgaacttgtctagtgaaccatttggcatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacagaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtg 31572594  T
Q  293 acgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagct 392  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| | ||| || || ||||||| |||||| ||||| ||    
T  31572593 atgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatctcccttagattcgtttattactttaaccgccacttgacaaccatcaggtaaact 31572494  T
Q  393 tgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattcttttcact 462  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31572493 tgctttgtacacgacaccatatcctccttaacctaatttatctcgaaatgagtttgtcattcttttcact 31572424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Original strand, 31576276 - 31576644
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | || || |||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  31576276 tccttggtgcaagtactctagacctctagcaatgccaattgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcactttta 31576375  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| || ||||| || || |||||||| |    
T  31576376 tagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgt 31576475  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| || ||||||||||||||   |||    
T  31576476 gtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaattaa 31576575  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  31576576 acttgctttgtaaacaacaccatatcctccttggcctaatttatcccgaaatgagtttgtgatcctttt 31576644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Original strand, 31604942 - 31605310
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | || || |||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  31604942 tccttggtgcaagtactctagacctctagcaatgccaattgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcactttta 31605041  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| || ||||| || || |||||||| |    
T  31605042 tagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgt 31605141  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| || ||||||||||||||   |||    
T  31605142 gtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaattaa 31605241  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||    
T  31605242 acttgctttgtaaacaacaccatatcctccttggcctaatttaactcggaaagagtttgttatcctttt 31605310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 98 - 458
Target Start/End: Original strand, 31614815 - 31615178
Alignment:
Q  98 gatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccacttttaaagat 197  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | || || |||||||  |||| ||||||||||| ||||||| |||||||  ||||    
T  31614815 gatgcaagtactctagacctctagcgatgccaattgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaatagcattaggaaattcacttttgtagat 31614914  T
Q  198 gaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtgac 294  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||| |     
T  31614915 gaaactatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaaaagcctaaaagggatacaatgttcatgtgtaat 31615014  T
Q  295 gttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagcttg 394  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  | |||||| || || |||||||||||   ||| ||||    
T  31615015 gttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgactcatttagtactttcaccgccacatgacgaccatcaattaaacttg 31615114  T
Q  395 ctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  31615115 ctttgtacacaacaccatatcctccttggcctaatttatctcggaaagagtttgttatcctttt 31615178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 94 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 31438968 - 31438597
Alignment:
Q  94 ccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccacttttaa 193  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||     
T  31438968 ccttgatgtaagtactctagtcctctagcaatgctaattgcaatatggaacattgtgttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttat 31438869  T
Q  194 agatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttct---cataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatg 290  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  31438868 atatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatg 31438769  T
Q  291 tgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaag 390  Q
    ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||  |||| | |||||| || || ||||| ||||| |||||     
T  31438768 tgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaaa 31438669  T
Q  391 cttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattcttttcact 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||| |  |||||||||    
T  31438668 cttgctttgtacacaacaccatatcctccttgacccaacttatctcgaaatgagtttgtgaaccttttcact 31438597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Original strand, 31595333 - 31595701
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| || ||||||||| | || || ||| |||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  31595333 tccttgatgcaagtactctaaacctctagcaatgccgatagcaatttggaacaaagtgttcgaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccactttta 31595432  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgtt---ctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     ||||||| || || | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||   ||| |||||| | || |||||||| || |||||||| |    
T  31595433 tagatgaatttgtctagtgatcctttgggcatgaactcatatattagtgctcttttatttgcctcgtaacaataacctaaaagtgacacaatgttcatgt 31595532  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  31595533 gtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccgttaa 31595632  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  31595633 acttgctttgtacacaacaccatatcctccgtggcctaatttatcacggaatgagtttgtgatcctttt 31595701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Original strand, 31608536 - 31608904
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||||| || |||| |||| | || || |||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||| |||    
T  31608536 tccttgatgcaagtactcgagacctctagcaatgccgatagcaacttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccactctta 31608635  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     |||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||   ||||||||||| || || ||||| || |||||||  |    
T  31608636 tagatgaacttatccagggatcctttgggcatgtattcatatattagcgctcttttattcacctcataacaaaaacctaagagtgacacaatgttcaggt 31608735  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  31608736 gtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccgttaa 31608835  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  31608836 acttgctttgtacacaacaccatatcctccatggcctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttt 31608904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 93 - 462
Target Start/End: Original strand, 31618546 - 31618918
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||| |  | || || |||||||| |||| |||||| |||| ||||||| |||||||     
T  31618546 tccttgatgcaagtactctagacctttagcaatgccaattgcaattcgaaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatggcattaggaaattcacttttg 31618645  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcat---aacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||| |||| ||||| || || ||||||||||    
T  31618646 tagatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcatatattagcgctcttttgttctcttcgtaacaatatcctaaaagcgacacaatgttcatat 31618745  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| | ||||||||| |||||||||| ||    |||    
T  31618746 gtgatgtcctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgtctcgcttattactttcactgccacttgacgactattatataa 31618845  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattcttttcact 462  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| || ||||| ||  ||||||| ||  ||||||||    
T  31618846 acttgctttgtagacaacaccataccctccttggcctaacttttctcgaaaatagtttgtgatcattttcact 31618918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Original strand, 31585686 - 31586056
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||| |||||||||| | || || |||||||| |||| | | ||||||| |||||||   ||| ||    
T  31585686 tccttgatgcaaatactctaaacctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcatatatagcattaggaaattggcttcta 31585785  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || |    
T  31585786 tagataaacttacccaatgatcctttggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgatacaatgttgatgt 31585885  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||| | |||||| || || |||||||||||   |||    
T  31585886 gtgatgttctactaatgctagaaacttcatttatgaattcttctccatttcccttagtttcatttattactttcaccgccacatgacgaccatcacttaa 31585985  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaattta--tctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||    
T  31585986 acatgctttgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctctcgaaatgagtttgtgatcctttt 31586056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 211 - 431
Target Start/End: Original strand, 32351696 - 32351921
Alignment:
Q  211 gatcctttggacatgaattcatatattagtgct-----cttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtgacgttctactaat 305  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||      ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| |||||| ||||    
T  32351696 gatcctttggaaatgaagtcatagattagtgctttttaattttgttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaatgttcacatgtgaggttctagtaat 32351795  T
Q  306 gctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagcttgctttgtacaca 405  Q
     ||| | |||||||||||||| |||| ||||| |||||| || || ||||| ||||||||  |||||||| ||| |||  ||||||||   |||||||||    
T  32351796 tctatctacttcatttatgaaatcttttccatctccctttgaatcatttattattttcacctctacttgatgactatcacgtaagcttatattgtacaca 32351895  T
Q  406 acaccatatcgtccttgacctaattt 431  Q
    || | | ||| ||||| |||||||||    
T  32351896 accctaaatcctcctttacctaattt 32351921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 93 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 21898236 - 21897908
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||| || |||||   ||| ||||| ||||||||||   | |  || |||| ||||||| | || ||| ||||||||| |||| | ||     
T  21898236 tccttgatgcaagtagtccagtcccttagcgatgcctattgcaattttacacatggtgttcctatccaaactgcatataccatcaggaagtccagtgttc 21898137  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatgtg 292  Q
    |  ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||| |||||| |||  | ||||| ||||||||||| || ||||||| ||| |    
T  21898136 attatgaatttatccaaagatcctttggtcatgaattcataaatgagtgctattttgtgctcgcagcaaaaccccaaaagtgacacaatgttcacatggg 21898037  T
Q  293 acgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagct 392  Q
      ||||||||||| ||  | | |||||| || || |||| ||||| | ||||    || ||||| || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||    
T  21898036 cggttctactaatactgtctagttcattcataaaatcttgtccatctgcctttccatcatttattatcttcacagctactggacgaccatctggtaagct 21897937  T
Q  393 tgctttgtacacaacaccatatcgtcctt 421  Q
    ||||||||| |||||| || ||| |||||    
T  21897936 tgctttgtagacaacagcaaatcctcctt 21897908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 96
Target Start/End: Original strand, 31532352 - 31532426
Alignment:
Q  22 agatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcct 96  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  31532352 agatccttataaatccagtcaggaaagtacatttcagaagtacatgaccctccagtgtcataattctttcttcct 31532426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 195 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 32355941 - 32355802
Alignment:
Q  195 gatgaacttatccaatgatcctttggacatga---attcatatattagtgctcttt-----tgttctcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttca 286  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||   | ||||| ||||||||| |||     |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  32355941 gatgatcttatccaatgatcctttggacatgatgaagtcataaattagtgctttttaattttgttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaatgttca 32355842  T
Q  287 tatgtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaa 326  Q
    ||||||| ||| ||| ||| ||| | ||||||||||||||    
T  32355841 tatgtgaggttttaccaattctatctacttcatttatgaa 32355802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 95
Target Start/End: Original strand, 31540970 - 31541048
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcc 95  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  31540970 gctcaagatccttataaatccaatctggaaaacacatttcagaagtacatgaccctccagtgtcataattctttcttcc 31541048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 96
Target Start/End: Original strand, 31614482 - 31614568
Alignment:
Q  10 ttatttagctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcct 96  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  31614482 ttattttgctcaagattcttataaatccaatctggaaagtacatttcagaagtgcatgaccctccagtgtcatagttctttcttcct 31614568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 31573125 - 31573036
Alignment:
Q  6 gttattatttagctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcc 95  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||    
T  31573125 gttattacttagctcaagatcattataaatccaatctggaaagtacatttcagaagtacacgaccctcctgtgtcatagttctttcttcc 31573036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 33305440 - 33305351
Alignment:
Q  6 gttattatttagctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcc 95  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| ||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  33305440 gttattacttagctcaagatccttataaatccaatctgaaaagtacatttccgatgtacatgaccctcccgtgtcataattctttcttcc 33305351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Original strand, 31618218 - 31618275
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctcc 74  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31618218 gctcaagatccttataaatccaatctggaaagtacatttcagaagtacatgaccctcc 31618275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 80
Target Start/End: Original strand, 31604614 - 31604677
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtc 80  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  31604614 gctcaagatccttataaatccaatctggaaagtacatttcagaagtacatgacccgccagtgtc 31604677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 32355794 - 32355685
Alignment:
Q  352 tttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtca 451  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| |||   ||| ||||| ||||||||| ||| | || |  |||||||    
T  32355794 tttattattttcaccgctacttgacgaccatcacgtaagcttgaattgtacacatcactgaatcctcctttacctaatttctcttgaaaggtatttgtca 32355695  T
Q  452 ttcttttcac 461  Q
    ||||||||||    
T  32355694 ttcttttcac 32355685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Original strand, 31595005 - 31595084
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcct 96  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||| |||||||||||||||| ||||||||| | | ||  ||||||||||||    
T  31595005 gctcaagatccttataaatccagtctggaaagtacatttcagaagtacacgaccctccagtttgatagttctttcttcct 31595084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 80
Target Start/End: Original strand, 31608208 - 31608271
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtc 80  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  31608208 gctcaagatccttataaatccagtctggaaagtacatttcagaagtacatgacccgccagtgtc 31608271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Original strand, 31585358 - 31585415
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctcc 74  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  31585358 gctcaagatccttataaatccaatctggaaagtacatttcagaagcacatgaacctcc 31585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 307 - 431
Target Start/End: Original strand, 31574240 - 31574364
Alignment:
Q  307 ctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaagcttgctttgtacacaa 406  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||| ||| | | ||||  | || ||||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||  |||||||| ||    
T  31574240 ctagctactccatttatgaaatcttgtccttcttcctttcaatcatttattattttcacaactacttgacgacaatcaggtaagctttatttgtacataa 31574339  T
Q  407 caccatatcgtccttgacctaattt 431  Q
    || || ||| ||||| |||||||||    
T  31574340 catcaaatcctcctttacctaattt 31574364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Original strand, 31575948 - 31576027
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcct 96  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| | |||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||    
T  31575948 gctcaagatccttataaatccaatctggaaaatacatttccggagtacacgaccctccagtgtcatagttcttccttcct 31576027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 93 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 52174263 - 52173895
Alignment:
Q  93 tccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccactttta 192  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| | || || |||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  52174263 tccttgatgcaagtactctagtcctttagcaatgccaattgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaacagcttcagaaaatccactttta 52174164  T
Q  193 aagatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatat 289  Q
     ||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | || |||||||| || |||||||  |    
T  52174163 tagatgaactgatccaatgatccttggcgcatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaatagcctaaaagtgacacaatgttcacgt 52174064  T
Q  290 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaa 389  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| | ||| || || |||||||||||||| |||||    
T  52174063 gtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatccccctttaactcgtttattactttaacagccacttgacgaccatcaggtaa 52173964  T
Q  390 gcttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgtcattctttt 458  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  52173963 acttgctttgtatacaacaccatatcctccttggcctaatttatctcggaaagattttgtgatcctttt 52173895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 52174591 - 52174512
Alignment:
Q  17 gctcgagatccttataaattcaatcaggaaagaacatttcagaagtacatgaccctccaatgtcattattctttcttcct 96  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  52174591 gctcaagatccttataaatccagtctggaaagtacatttctgaagtacatgaccctccagtgtcatagttctttcttcct 52174512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 94 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 15063315 - 15062957
Alignment:
Q  94 ccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaatgccaattgcaatttggtataatgttttccaatccaaattacaaatagcatcaggaaatccacttttaa 193  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||      
T  15063315 ccttgatgtaaatactctagacctcgagcaatgccaattacgatttggaataatgtgttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttgt 15063216  T
Q  194 agatgaacttatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttct---cataacaaaatcccaaaagtgagacgatgttcatatg 290  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  15063215 atatgaacttatctaatgatccattggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaacgttcatatg 15063116  T
Q  291 tgacgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttggactcgtttatcattttcactgctacttgacgaccatcgggtaag 390  Q
    ||| ||| |  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||     
T  15063115 tgatgtttttgttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtttcccttgcactcgcttatcactttcaccgctacatgacggccatcaggtaaa 15063016  T
Q  391 cttgctttgtacacaacaccatatcgtccttgacctaatttatctcggaatgagtttgt 449  Q
    || |||||||| ||||||||||||| |||||| || || |||||||| || ||||||||    
T  15063015 ctggctttgtaaacaacaccatatcctccttggcccaacttatctcgaaacgagtttgt 15062957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University