View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16124_low_4 (Length: 617)

Name: NF16124_low_4
Description: NF16124
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16124_low_4
NF16124_low_4
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (5-610)||(46995290-46995895)
chr3 (1-610)||(46997546-46998143)
chr3 (1-605)||(46980472-46981062)
chr3 (1-605)||(46974483-46975075)
chr3 (69-379)||(47001277-47001588)
chr3 (366-610)||(47001603-47001835)
chr3 (452-605)||(46951480-46951633)
chr3 (472-607)||(46955837-46955972)
chr3 (169-388)||(46951212-46951431)
chr3 (452-605)||(46958673-46958826)
chr3 (181-301)||(46958405-46958525)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 610
Target Start/End: Original strand, 46995290 - 46995895
Alignment:
Q  5 tgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcataaactgaattcccaaaatattccttaggaagagacggttcc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995290 tgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcgtaaactgaattcccaaaatattccttaggaagagacggttcc 46995389  T
Q  105 attctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagttatagatctccaaactagtgcagataaag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995390 attctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagttatagatctccaaactagtgcagataaag 46995489  T
Q  205 attgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctatagactctgctgaaaaatggaagattctctctctcaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995490 attgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttgagttttgctataaactctgctgaaaaatggaagattctctctctcaa 46995589  T
Q  305 aataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaataggt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995590 aataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaaggaaggttgataattggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaataggt 46995689  T
Q  405 tggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttccatcac 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995690 tggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttccatcac 46995789  T
Q  505 caacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttgactgc 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46995790 caacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttgactgc 46995889  T
Q  605 tctgtg 610  Q
    ||||||    
T  46995890 tctgtg 46995895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 610
Target Start/End: Original strand, 46997546 - 46998143
Alignment:
Q  1 atgctgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcataaactgaattcccaaaatattccttaggaagagacgg 100  Q
    |||||||| |||||||  |||| |||||||| || |||   ||||||||||  |||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  46997546 atgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcccaaaatattccttaggaagaggtgg 46997645  T
Q  101 ttccattctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagttatagatctccaaactagtgcagat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||| | || ||||   ||||  |||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  46997646 ttccattctcgttcggttgtttacggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgttagagatctccaaactagtgctgat 46997745  T
Q  201 aaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctatagactctgctgaaaaatggaagattctctctc 300  Q
    || |||||||| |||||||||||  |||| ||  |||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  46997746 aaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactctgctgaaaaatgaaatattctctctc 46997845  T
Q  301 tcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaat 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  46997846 tcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggctgatgattggaccataaccttctggaaaccatctattgtgaat 46997945  T
Q  401 aggttggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttcca 500  Q
    |||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||            ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  46997946 aggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatca------------ttttgaaatatctcagaaaatgagttaaagaaattccaataaccagttcca 46998033  T
Q  501 tcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttga 600  Q
    ||||||| |   || ||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46998034 tcaccaatacaatgattcatggaacaacctataaaaacactatccaataattcagtaacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttga 46998133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Original strand, 46980472 - 46981062
Alignment:
Q  1 atgctgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcataaactgaattcccaaaatattccttaggaagagacgg 100  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||   || |||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  46980472 atgctgcccatcctagatcattctccagcaactctcctaccgtcgtttcagcactcactacataaagtgaattcccaaaatattccttaggaagaggtgg 46980571  T
Q  101 ttccattctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagttatagatctccaaactagtgcagat 200  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | || |||||| ||||  || ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  46980572 ttccattcttgttcggttgtttgtagccattttgcaagttgttctctgaccgtgttgtagttgacgtgcatgagttatagatctccaaactaatgctgat 46980671  T
Q  201 aaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctatagactctgctgaaaaatggaagattctctctc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||| |   |||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  46980672 aaagattgaaacgaagaaattttgtttgtattagactctgcatttgcctttgctttaagttttgctatagattccactgaaaaatggaagattctctctc 46980771  T
Q  301 tcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaat 400  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||    
T  46980772 ttaaaatgggtgtttcatatctgtgaacaaactcatggtgatgtttgaatggaaggttgataattggaccataaccttgtggaaaccatctcttgtggat 46980871  T
Q  401 aggttggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttcca 500  Q
    |||||| |||||||| |||  || |  | ||||||||            ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  46980872 aggttgatgtgaaatggga--agcagcaggaacatca------------ttttgaaatatctcagaaaatgtgttgaagaaattccaataagctgttcca 46980957  T
Q  501 tcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttga 600  Q
    |||| || |   || |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  46980958 tcacaaagacaatgattcatggaacaaccaatgaaaacaccatctactaattcagtgacttgaatagacaacaaagacatggtatgaccatcatggttga 46981057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Original strand, 46974483 - 46975075
Alignment:
Q  1 atgctgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcataaactgaattcccaaaatattccttaggaagagacgg 100  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||| || |||   || |||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  46974483 atgctgcccatcctagatcattctccagcaattcccctaccgtcgtttcagcactcaccgcatgaagtgaattcccaaaatattccttcggaagaggtgg 46974582  T
Q  101 ttccattctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagttatagatctccaaactagtgcagat 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | || |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  46974583 ttccattctcgttcggttgtttgtagccagtttgcaagttgttctctgaccgtgttgtagttgacgtgcacgagttatagatctccaaactaatgctgat 46974682  T
Q  201 aaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctatagactctgctgaaaaatggaagattctctctc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||| |   ||||||  |||||||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46974683 aaagattgaaacgaagaaatttttcttgtattagactcttcatttgcctttgctttcagtttcattatagactcagctgaaaaatggaagattctctctc 46974782  T
Q  301 tcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaat 400  Q
    | ||||| | || ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||    
T  46974783 ttaaaatggatgtttcatatctgtgaacaaactcctcgtgatgtttgaatggaaggttgataatcggaccataaccttgtggaaaccatctattgtggat 46974882  T
Q  401 aggttggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttcca 500  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||||            ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  46974883 aggttgatgtgaaatcggaacaagaacatgaatatca------------ttttgaaatatctcagaaaatgagttaaagaaattccaataaccagtccca 46974970  T
Q  501 tcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttga 600  Q
    ||||| | |   || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |  || ||||||||||| || ||||||||| |||    
T  46974971 tcacctatacaatgattcatggaacaacctataaaaacaccatccaataattcagttacttgaatagttaataaagacatggtatgaccatcatggctga 46975070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 69 - 379
Target Start/End: Original strand, 47001277 - 47001588
Alignment:
Q  69 gaattcccaaaatattccttaggaagagacggttccattctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgca 168  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||| || ||||| ||||| ||| |    ||| || |||       
T  47001277 gaattcccaaaatattcatttggaagaggcggttctattctagttcggttgtttaaagacaacttacaagttgttctttgaccgcattgttgttgacatg 47001376  T
Q  169 cacgagttatagatctccaaactagtgcagataaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgc-tttaagttttgcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  47001377 cacgagttatagatctccaaactagtgctgataaagattgaaacgaagagattttgtttgtatcaaactctttgttagcttttgcctttaagtttcgcta 47001476  T
Q  268 tagactctgctgaaaaatggaagattctctctctcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattgg 367  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  47001477 tagactctgctgaaaaatggaatatcctctctctcaaagtaggtgcttgatatctgtgaataaactcgtcgtgatgtttgaaaggaaggttgatagttgg 47001576  T
Q  368 accatagccttc 379  Q
    |||||| |||||    
T  47001577 accataaccttc 47001588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 366 - 610
Target Start/End: Original strand, 47001603 - 47001835
Alignment:
Q  366 ggaccatagccttcaggaaaccatctattgtgaataggttggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcag 465  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||            |||||||||||||| |    
T  47001603 ggaccataaccttctggaaaccatcttttgtgaataggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatca------------ttttgaaatatctccg 47001690  T
Q  466 aaagtgtattaaagaaattccaataagcagttccatcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaat 565  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |   || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  47001691 aaaatgtgttgaagaaattccaataagctgttccatcaccaatacaatgattcatggaacaacctatgaaaacaccatccaataattcagtgacttgaat 47001790  T
Q  566 ggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttgactgctctgtg 610  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  47001791 agacaacaaagacatggtgtgaccatcatggttaactgctctgtg 47001835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 452 - 605
Target Start/End: Original strand, 46951480 - 46951633
Alignment:
Q  452 ttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttccatcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataat 551  Q
    ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||      
T  46951480 ttgaaatatttcagaccatgtattaaagaaattccaataagaagttccatcaccaatatagtgattcatagaacaacctatgaaaacaccatctactagc 46951579  T
Q  552 tcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttgactgct 605  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||| ||||    
T  46951580 tcagtgacttggatggataacaacggcatggtgtgaccgtcgtggttgattgct 46951633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 472 - 607
Target Start/End: Original strand, 46955837 - 46955972
Alignment:
Q  472 tattaaagaaattccaataagcagttccatcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataattcagtgacttgaatggacaa 571  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||| |     
T  46955837 tattgaagaaattccaaaaagaagtcccatcaccaatacaatggttcatggaacaacctatgaaaacaccatcccctaattccgtgacttgaatggatag 46955936  T
Q  572 caaagacatggtgtgtccatcatggttgactgctct 607  Q
    ||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  46955937 caacggcatggtgtgaccatcatgattgattgctct 46955972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 388
Target Start/End: Original strand, 46951212 - 46951431
Alignment:
Q  169 cacgagttatagatctccaaactagtgcagataaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctat 268  Q
    |||||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||| || |||||||||||  |||| |   ||||  | || ||||| ||||| |  ||||| ||    
T  46951212 cacgagttatacctctccaaacatgtgctgataaagattggaatgaagagattttgtttgtattagactccatattggccttagctttcaactttgcaat 46951311  T
Q  269 agactctgctgaaaaatggaagattctctctctcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaagggaggttgataattgga 368  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   | |||| |||||| |||   |||| |||||| ||||||||||| || || ||||| | ||||    
T  46951312 agactctgctgtaaaatggaagaatctctctctcagcttgggtggttcatacctagttataatctcgtcatgatgtttgaatggaagattgatcagtgga 46951411  T
Q  369 ccatagccttcaggaaacca 388  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  46951412 ccataaccttctggaaacca 46951431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 452 - 605
Target Start/End: Original strand, 46958673 - 46958826
Alignment:
Q  452 ttgaaatatctcagaaagtgtattaaagaaattccaataagcagttccatcaccaacagcgtggttcatggaacaacctatgaaaacaccgtctaataat 551  Q
    |||||||||||||||   | ||||||| ||||||||  |||  || |||||||||| |   || |||| ||||||||||||||||||||| || | ||      
T  46958673 ttgaaatatctcagaccatatattaaaaaaattccagaaagaggtaccatcaccaatacaatgattcagggaacaacctatgaaaacaccatccactagc 46958772  T
Q  552 tcagtgacttgaatggacaacaaagacatggtgtgtccatcatggttgactgct 605  Q
    || ||||||||||| || ||||| | ||||||||| || || ||||||| ||||    
T  46958773 tctgtgacttgaattgataacaatggcatggtgtgaccgtcgtggttgattgct 46958826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 181 - 301
Target Start/End: Original strand, 46958405 - 46958525
Alignment:
Q  181 atctccaaactagtgcagataaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttaagttttgctatagactctgctga 280  Q
    ||||||||||  |||| |||||||  || |||||||| ||||| ||||| |   |||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| | ||     
T  46958405 atctccaaacatgtgctgataaagcctggaacgaagatatttttgttgtgttaaactccttattcgcctttgctttcagttttacaatagactccggtgt 46958504  T
Q  281 aaaatggaagattctctctct 301  Q
    ||||||||||| ||| |||||    
T  46958505 aaaatggaagaatctatctct 46958525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University