View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16129_low_1 (Length: 837)

Name: NF16129_low_1
Description: NF16129
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16129_low_1
NF16129_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (68-830)||(44546169-44546931)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 830
Target Start/End: Original strand, 44546169 - 44546931
Alignment:
Q  68 atcttcttccatctttgttcttcttcaaaagannnnnnncacacatcaaaaccatttctaacataaaaaatggcacccccttcagagaagaaccctagaa 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546169 atcttcttccatctttgttcttcttcaaaagatttttttcacacatcaaaaccatttctaacataaaaaatggcacccccttcagagaagaaccctagaa 44546268  T
Q  168 agagaacatgggatcatgaaaaagatttatatgatttccttcttcttcacaagattaggtaccctaatactcaaaagaaaaagctctacaaccttcttc- 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  44546269 agagaacatgggatcatgaaaaagatttatatgatttccttcttc---acaagattagggaccctaatactcaaaagaaaaagctctacgaccttcttct 44546365  T
Q  267 --acaaattttacattaacgatccaaaagccgactcagacttgataaagatcacagatggtccatccagtattatacaatctcagctgcttcatcttcag 364  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546366 tcacaaattttacattaacgatccaaaagccgactcagacttgataaagatcacagatggtccatccagtattatacaatctcagctgcttcatcttcag 44546465  T
Q  365 gaacaaaacaacgacagcaacagcaatgaagaagaaaatgaacgacataggtttttaatgaagcatatgaagcgtcatggaaaatctaatgtacttgaga 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546466 gaacaaaacaacgacagcaacagcaatgaagaagaaaatgaacgacataggtttttattgaagcatatgaagcgtcatggaaaatctaatgtacttgaga 44546565  T
Q  465 tagttgaggatgatgtgtatgtaaaatatnnnnnnnatgaatcatcatgtgcaacaaagaaaaagggtaaacttggtggaaagagacgtaatgttcaaac 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546566 tagttgaggatgatgtgtatgtaaaatatgggggggatgaatcatcatgtgcaacaaagaaaaaggataaacttggtggaaagagacgtaatgttcaaac 44546665  T
Q  565 aaatcgtgtggtttcaaagaagggtggtaggggtaggaaattgaaaggtgcaacaaaactctctggctctgctgctaggaaacgtgggattaacaataag 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546666 aaatcgtgtggtttcaaagaagggtggtaggggtaggaaattgaaaggtgcaacaaaactctctggctctgctgctaggaaacgtgggattaacaataag 44546765  T
Q  665 aaaagtgatgtggcttcaaaaggaaataaaaatgctggtaaaaggaaaagaggacgtccgataaagattccagaaaagaacgatgtgaatgaggaagaag 764  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546766 aaaagtgatgtggcttcaaaaggaaataaaaatgctggtaaaaggaaaagaggacgtccgataaagattccagaaaagaacgatgtgaatgaggaagaag 44546865  T
Q  765 gtgtttcagctgtgaaagctacatttgttgatgaaagtgtgaaaaaggagattcaagatgatgatg 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546866 gtgtttcagctgtgaaagctacatttgttgatgaaagtgtgaaaaaggagattcaagatgatgatg 44546931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University