View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16134_low_5 (Length: 456)

Name: NF16134_low_5
Description: NF16134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16134_low_5
NF16134_low_5
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (21-446)||(22897913-22898338)
chr7 (21-445)||(22893595-22894019)
chr7 (99-442)||(22825903-22826246)
chr7 (21-392)||(22809336-22809719)
chr7 (21-394)||(22913367-22913743)
chr7 (21-442)||(22888943-22889367)
chr7 (25-446)||(22875569-22875987)
chr7 (21-446)||(22814668-22815102)
chr7 (21-386)||(22830732-22831106)
chr7 (28-386)||(22805019-22805377)
chr7 (45-384)||(22880294-22880642)
chr7 (21-392)||(22858154-22858537)
chr7 (21-386)||(22839753-22840127)
chr7 (212-386)||(22885326-22885500)
chr7 (20-96)||(22885594-22885670)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-386)||(21150639-21151013)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (24-64)||(15628278-15628318)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22898338 - 22897913
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898338 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 22898239  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898238 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaa 22898139  T
Q  221 acaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898138 acaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcat 22898039  T
Q  321 tatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaaaagagtcca 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898038 tatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaaaagagtcca 22897939  T
Q  421 tgtttttaactgttggattgcctttg 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22897938 tgtttttaactgttggattgcctttg 22897913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 21 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22894019 - 22893595
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |    
T  22894019 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatggtaatggtcaattcaagaatataa 22893920  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaa 220  Q
     |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893919 gccttatcagtggctatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaa 22893820  T
Q  221 acaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcat 320  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  22893819 acaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcatttctaacttctcat 22893720  T
Q  321 tatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaaaagagtcca 420  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||| | ||||||||   | || |    
T  22893719 tatattcttggttggagttttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcctgagttaccagtattagctgagaaaacgaaatcaa 22893620  T
Q  421 tgtttttaactgttggattgccttt 445  Q
      |||||||||||||| ||||||||    
T  22893619 attttttaactgttgggttgccttt 22893595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 99 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 22826246 - 22825903
Alignment:
Q  99 aatggtcaactcaagaatttgacccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctc 198  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22826246 aatggccaattcaagaacttgacccttttctctggctatcctatgcaggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctc 22826147  T
Q  199 caattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22826146 caattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctac 22826047  T
Q  299 tggttcagttttcacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaaga 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  22826046 tggttcagttttcacttctcattatattcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatttctgaacttcctaaactacgaaga 22825947  T
Q  399 tttggtgagaaaaaagagtccatgtttttaactgttggattgcc 442  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  22825946 tttggtgagaaaaaagagtccaaatttttaactgttgggttgcc 22825903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 21 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22809719 - 22809336
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||    
T  22809719 atcaatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatagtaatggtcaattcaagaatatga 22809620  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaat------------gt 208  Q
     ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||    
T  22809619 gccttttcagtggctatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgt 22809520  T
Q  209 tgttaaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagtt 308  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||  | || |||||  ||    
T  22809519 tgttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttctatt 22809420  T
Q  309 ttcacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagcta 392  Q
     |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  22809419 ctatcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgatatctctaaacttcctgagcta 22809336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 22913743 - 22913367
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaac---tcaagaatt 117  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||  || | ||||||||||||||| || ||||| |     |||||||||    
T  22913743 atcaatgacaaccatgttggaattgatatcaatggtttgaaatcagagaaatcggcttcggcaggatattatgatattgatggtaatgagttcaagaatt 22913644  T
Q  118 tgacccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaacc 217  Q
    ||| |||||| ||||||   || |||||  | ||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913643 tgagcctttttagtggcttaccaatgcaaatttggttggaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaacc 22913544  T
Q  218 aaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttct 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||  | || |||||| || | ||||||    
T  22913543 aaaacaacctttgttatcattgaacaaagatctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttcaattctaacttct 22913444  T
Q  318 cattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctacc 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22913443 cattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttcctaagttacc 22913367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 22889367 - 22888943
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||      
T  22889367 atcaacgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtcaattcaaggatttat 22889268  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttg---------t 211  Q
    |||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||              
T  22889267 ccctttccagtggataccctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgctagtaa 22889168  T
Q  212 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttc 311  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || | | |  |     
T  22889167 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggta 22889068  T
Q  312 acttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaa 411  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||      ||  |||||||    
T  22889067 gcttctcagtatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctaaactacc------tgcagagaaaa 22888974  T
Q  412 aagagtccatgtttttaactgttggattgcc 442  Q
    || |||| |  ||||||||||||||||||||    
T  22888973 aaaagtcgaaatttttaactgttggattgcc 22888943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 25 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22875987 - 22875569
Alignment:
Q  25 atgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttgaccct 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||| ||||   ||  || | ||| | ||||  ||||    
T  22875987 atgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctatttcaacttctacaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatccct 22875888  T
Q  125 tttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgtt-gt--taaaccaaaa 221  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||  |||||||| |    
T  22875887 tttcagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatgctagtaataaaccaaca 22875788  T
Q  222 caacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcatt 321  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || |||| | ||||  |||||||||    
T  22875787 caacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaattttagcttctcatt 22875688  T
Q  322 atattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaaaagagtccat 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||      ||  ||||||||| |||| |     
T  22875687 atattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcctaaactacc------tgcagagaaaaaaaagtcgaa 22875594  T
Q  422 gtttttaactgttggattgcctttg 446  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  22875593 atttttaactgttggattgcctttg 22875569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22815102 - 22814668
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| | | ||      
T  22815102 atcaatgataaccatgttggtatcgatatcaattatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatcatggtcaattcagggagttat 22815003  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttg---------t 211  Q
    |||||| || |||   |||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||              
T  22815002 ccctttccaatggatttcctatacaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaa 22814903  T
Q  212 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttc 311  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || | | || |     
T  22814902 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgta 22814803  T
Q  312 acttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaa 411  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||  ||||| ||||  ||    
T  22814802 gcttctcattatattcttgggtggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttcctaagctaacagtatttgctgaggtaa 22814703  T
Q  412 aagagtccatgtttttaactgttggattgcctttg 446  Q
    || |||| |  |||||||||||||| |||||||||    
T  22814702 aaaagtctaaatttttaactgttgggttgcctttg 22814668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 21 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22831106 - 22830732
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||      
T  22831106 atcaatgataatcatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttat 22831007  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttg---------t 211  Q
    |||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||              
T  22831006 cccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtca 22830907  T
Q  212 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac-tggttcagtttt 310  Q
    |||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | ||  ||||||  ||     
T  22830906 taaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttg 22830809  T
Q  311 ca-cttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 386  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22830808 cagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcct 22830732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 28 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22805377 - 22805019
Alignment:
Q  28 ataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaaga-atttgacccttt 126  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  ||||| |||| | |||||||| |||  | | | |||| |||    
T  22805377 ataaccacgatggtattaatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaacagtagacc-ttt 22805279  T
Q  127 tcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacc 226  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  |||    
T  22805278 ccagtggaaatcctatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggacc 22805179  T
Q  227 tttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcattatatt 326  Q
    || ||| ||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  | || || | | ||    ||||||||||||||    
T  22805178 ttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatatt 22805079  T
Q  327 cttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  22805078 cttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctcaatttcct 22805019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22880642 - 22880294
Alignment:
Q  45 gatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttgacccttttcagtggcaatcctatgc 144  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||| | |||||||||||||||||| | ||| || | ||||| ||||  |||||| ||||||  |||| ||||    
T  22880642 gatatcaatgatttgaaatcagtaaattcaatttctgcaggatattatgatgattatgatcgattcaaggatttatccctttccagtggatatcccatgc 22880543  T
Q  145 aggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttg---------ttaaaccaaaacaacctttgttgtc 235  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||          |||||||| || || |||||||||    
T  22880542 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataataaaccaacacgacatttgttgtc 22880443  T
Q  236 attgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttcacttctcattatattcttggttgg 335  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||  | | | ||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  22880442 attgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttgg 22880343  T
Q  336 agttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttc 384  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  22880342 agttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttc 22880294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22858537 - 22858154
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| | ||||  | ||      
T  22858537 atcaataataaccatgctggtattgacatcaataatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatactataatgctattggtcgattcaacgacttat 22858438  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaat------------taatgt 208  Q
    ||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||            ||||||    
T  22858437 ccctttctagtggatatcctatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgt 22858338  T
Q  209 tgttaaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagtt 308  Q
    ||||||||||  || ||||||||| ||||| || | |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || ||   | ||    
T  22858337 tgttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaaccggggtaatt 22858238  T
Q  309 ttcacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagcta 392  Q
     |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  22858237 gtagcttcccattatattcttggttggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctaaacttcctgagcta 22858154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22840127 - 22839753
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||  || | ||| | ||||      
T  22840127 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttat 22840028  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttg---------t 211  Q
    |||| | ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||              
T  22840027 ccctctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggttttagtca 22839928  T
Q  212 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac-tggttcagtttt 310  Q
    |||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | ||  ||||||  ||     
T  22839927 taaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttg 22839830  T
Q  311 ca-cttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 386  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22839829 cagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcct 22839753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 212 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22885500 - 22885326
Alignment:
Q  212 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttc 311  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || | | || |     
T  22885500 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgta 22885401  T
Q  312 acttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 386  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22885400 gcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 22885326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 22885670 - 22885594
Alignment:
Q  20 aatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatg 96  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22885670 aatcaatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatg 22885594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 386
Target Start/End: Original strand, 21150639 - 21151013
Alignment:
Q  21 atcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttga 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |  | ||||  ||||      
T  21150639 atcaataataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatggattcaatgatttat 21150738  T
Q  121 cccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt-------- 212  Q
    |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |            
T  21150739 cccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataa 21150838  T
Q  213 -aaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttc 311  Q
     ||||||  |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||  | || || | | ||       
T  21150839 aaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgca 21150938  T
Q  312 acttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 386  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  21150939 gcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 21151013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 15628318 - 15628278
Alignment:
Q  24 aatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatc 64  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  15628318 aatgataaccatgttggtatagacatcaatggtttgaaatc 15628278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University