View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1614_high_117 (Length: 233)

Name: NF1614_high_117
Description: NF1614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1614_high_117
NF1614_high_117
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (35-208)||(526908-527081)
chr1 (35-208)||(39858347-39858520)
chr1 (36-208)||(46845666-46845838)
chr1 (34-207)||(13276472-13276645)
chr1 (34-205)||(40314095-40314266)
chr1 (35-208)||(49430483-49430646)
chr1 (37-202)||(29731194-29731369)
chr1 (34-206)||(47571561-47571743)
chr1 (35-209)||(1994952-1995135)
chr1 (122-209)||(6487727-6487814)
chr1 (36-206)||(33502524-33502704)
chr1 (115-208)||(40294820-40294913)
chr1 (37-211)||(48489446-48489630)
chr1 (35-209)||(44797466-44797649)
chr1 (35-208)||(2402924-2403107)
chr1 (34-205)||(15224985-15225170)
chr1 (118-206)||(26040972-26041060)
chr1 (34-209)||(27325625-27325811)
chr1 (33-159)||(15066017-15066154)
chr1 (115-204)||(29637299-29637388)
chr1 (129-209)||(1673368-1673448)
chr1 (118-206)||(7178203-7178291)
chr1 (35-210)||(32267464-32267649)
chr1 (34-103)||(40030902-40030970)
chr1 (120-201)||(19989246-19989327)
chr1 (35-103)||(19989352-19989419)
chr1 (48-96)||(26041093-26041141)
chr1 (118-156)||(12907642-12907680)
chr1 (158-208)||(40030838-40030888)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (35-208)||(23915972-23916145)
chr6 (36-207)||(16717991-16718179)
chr6 (33-208)||(9045833-9046017)
chr6 (35-202)||(12748217-12748395)
chr6 (115-209)||(14314075-14314169)
chr6 (36-208)||(34792651-34792833)
chr6 (36-202)||(29429590-29429756)
chr6 (115-205)||(1244645-1244735)
chr6 (116-209)||(9521905-9522000)
chr6 (35-103)||(14313986-14314052)
chr6 (35-82)||(9521811-9521858)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (35-208)||(15285329-15285502)
chr5 (39-208)||(35905994-35906163)
chr5 (35-206)||(12248275-12248456)
chr5 (34-208)||(13988247-13988431)
chr5 (36-206)||(43100208-43100388)
chr5 (33-208)||(36890377-36890561)
chr5 (35-99)||(8076374-8076438)
chr5 (36-206)||(33687649-33687829)
chr5 (35-210)||(11247190-11247375)
chr5 (120-205)||(1447841-1447926)
chr5 (139-208)||(20151384-20151453)
[»] chr2 (23 HSPs)
chr2 (36-208)||(3121610-3121782)
chr2 (39-208)||(24475714-24475883)
chr2 (34-217)||(33299970-33300155)
chr2 (35-209)||(14945735-14945919)
chr2 (36-205)||(36272661-36272840)
chr2 (34-206)||(40216411-40216593)
chr2 (36-207)||(13696965-13697146)
chr2 (34-208)||(32599246-32599430)
chr2 (36-208)||(17823579-17823761)
chr2 (106-207)||(42061309-42061412)
chr2 (115-210)||(40095261-40095356)
chr2 (115-209)||(5562935-5563029)
chr2 (106-208)||(36709271-36709373)
chr2 (35-208)||(33555361-33555545)
chr2 (115-213)||(23860253-23860351)
chr2 (118-208)||(25333144-25333234)
chr2 (131-208)||(4434695-4434772)
chr2 (34-99)||(14242522-14242586)
chr2 (1-35)||(33859634-33859668)
chr2 (36-103)||(4434592-4434658)
chr2 (107-142)||(31220628-31220663)
chr2 (138-208)||(14242627-14242697)
chr2 (36-70)||(25333322-25333356)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (36-209)||(28897994-28898167)
chr8 (47-208)||(2599531-2599692)
chr8 (35-209)||(45413554-45413721)
chr8 (69-208)||(10391348-10391487)
chr8 (36-206)||(11904855-11905035)
chr8 (35-205)||(35200559-35200739)
chr8 (33-208)||(14342184-14342371)
chr8 (103-200)||(8368448-8368545)
chr8 (122-203)||(41075693-41075774)
chr8 (118-210)||(1993732-1993824)
chr8 (115-207)||(43065994-43066085)
chr8 (106-207)||(27497174-27497274)
chr8 (122-203)||(31774729-31774810)
chr8 (107-173)||(10592011-10592077)
chr8 (128-203)||(16465714-16465789)
chr8 (118-209)||(45502661-45502752)
chr8 (44-105)||(42354443-42354504)
chr8 (118-207)||(44081068-44081157)
chr8 (35-103)||(4076768-4076835)
chr8 (125-208)||(4077060-4077143)
chr8 (35-106)||(41075595-41075665)
chr8 (35-103)||(43065904-43065971)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (35-209)||(31741042-31741216)
chr7 (36-206)||(42974395-42974558)
chr7 (34-206)||(28713679-28713861)
chr7 (35-206)||(38349458-38349639)
chr7 (35-210)||(46576241-46576426)
chr7 (38-206)||(37536317-37536495)
chr7 (118-209)||(38754987-38755078)
chr7 (118-208)||(47480105-47480194)
chr7 (33-210)||(33496497-33496684)
chr7 (106-201)||(11752604-11752699)
chr7 (58-113)||(6220185-6220240)
chr7 (37-100)||(36675940-36676003)
chr7 (35-209)||(30922709-30922893)
chr7 (35-103)||(43359087-43359155)
chr7 (136-210)||(48460657-48460731)
chr7 (38-73)||(43659261-43659296)
chr7 (35-99)||(13768488-13768553)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (35-208)||(50498210-50498383)
chr4 (34-208)||(42179147-42179319)
chr4 (35-209)||(22364470-22364644)
chr4 (40-207)||(32290215-32290377)
chr4 (117-209)||(5817471-5817563)
chr4 (36-206)||(48525328-48525508)
chr4 (36-208)||(37605691-37605873)
chr4 (106-205)||(51579323-51579422)
chr4 (33-209)||(17044002-17044187)
chr4 (118-210)||(24059225-24059317)
chr4 (35-209)||(20107109-20107271)
chr4 (34-208)||(55281208-55281392)
chr4 (36-207)||(25164471-25164652)
chr4 (35-208)||(25783908-25784090)
chr4 (36-208)||(45995895-45996076)
chr4 (115-210)||(51579579-51579673)
chr4 (36-205)||(3287087-3287262)
chr4 (35-99)||(14149959-14150023)
chr4 (116-208)||(32525112-32525204)
chr4 (115-203)||(41277220-41277308)
chr4 (116-208)||(43749092-43749184)
chr4 (35-103)||(9118514-9118582)
chr4 (118-204)||(36851231-36851317)
chr4 (115-202)||(26719990-26720077)
chr4 (35-101)||(14786735-14786801)
chr4 (159-209)||(39631271-39631321)
chr4 (36-83)||(5817380-5817427)
chr4 (35-103)||(39631009-39631076)
chr4 (33-85)||(51293079-51293131)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (34-207)||(23004757-23004939)
chr3 (38-207)||(12224006-12224184)
chr3 (106-208)||(8330672-8330774)
chr3 (115-204)||(33288136-33288225)
chr3 (36-206)||(36674519-36674699)
chr3 (116-208)||(9271110-9271202)
chr3 (125-208)||(50989203-50989286)
chr3 (125-208)||(51092335-51092418)
chr3 (115-205)||(38247801-38247891)
chr3 (34-204)||(46135531-46135709)
chr3 (36-113)||(44092433-44092510)
chr3 (36-209)||(48034808-48034992)
chr3 (125-210)||(8496704-8496789)
chr3 (115-200)||(54713532-54713617)
chr3 (106-202)||(39947237-39947333)
chr3 (36-108)||(40725957-40726029)
chr3 (36-103)||(38247914-38247979)
chr3 (89-196)||(40725859-40725966)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (35-101)||(52929-52995)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (35-99)||(3055-3118)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 526908 - 527081
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  526908 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccaca 527007  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  527008 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39858520 - 39858347
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858520 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 39858421  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  39858420 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845838
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 46845765  T
Q  136 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46845766 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 34 - 207
Target Start/End: Original strand, 13276472 - 13276645
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13276472 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgggtaccac 13276571  T
Q  134 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13276572 atggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 34 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 40314266 - 40314095
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  40314266 taggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagttttttgtgtgtgtggggaccac 40314167  T
Q  134 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| | | |||| ||||| ||||||||||||    
T  40314166 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 49430483 - 49430646
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  49430483 aggataatatttcatgaacactcttttctccatacacactatgtaccactcccatgtg----------aaagtgagtttcttgtgtgtgtggagaccaga 49430572  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  49430573 tggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 37 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731194
Alignment:
Q  37 gataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtgg 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||| ||          ||| |||||||||||||| |    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtag 29731270  T
Q  127 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||  ||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 206
Target Start/End: Original strand, 47571561 - 47571743
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          |||||||||| ||||||    
T  47571561 taggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtg 47571660  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||   ||| || |||| ||||| ||| |||||||||    
T  47571661 tagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1995135 - 1994952
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || |||||||    
T  1995135 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgt 1995038  T
Q  125 gg-ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    || ||||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  1995037 ggaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 1994952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6487814 - 6487727
Alignment:
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  6487814 tgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactca 6487727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Original strand, 33502524 - 33502704
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||  |||||||| || |||||||||||||||||||          ||||||| |||||||||||    
T  33502524 ggataatgtttcatgaacatccttttcttcgtacatacattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtg 33502623  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | |||||  || ||| ||||||||||||  | | |||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33502624 gagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 208
Target Start/End: Original strand, 40294820 - 40294913
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| | ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40294820 ttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489446
Alignment:
Q  37 gataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtgg 126  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| ||||| ||| ||          ||||||||||||||| || |    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgcgtag 48489531  T
Q  127 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaac 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| |||||||  |||||| |||| ||| | ||||||||| ||| ||||    
T  48489530 ggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcattacccaac 48489446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Original strand, 44797466 - 44797649
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||          ||||||| || ||||| |    
T  44797466 aggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgttt 44797563  T
Q  125 gggg-accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||| |||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  44797564 gggggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 44797649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 2402924 - 2403107
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgt-gtgtg 123  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||          ||||||| || | |||||    
T  2402924 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtacca-ttccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtg 2403022  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
     |||||||||| | |||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2403023 gggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 205
Target Start/End: Original strand, 15224985 - 15225170
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgta--ccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtg-- 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||  |||| || |||||||||||||||| ||          ||||||| |||||      
T  15224985 taggataatgtttcatgaacacccttttctccgtacgcacatcgtataccacctctatgtgagagtgtgtgagagatataaaatgtgagttttttgtgtg 15225084  T
Q  120 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15225085 tgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26041060 - 26040972
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  26041060 tgtgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 209
Target Start/End: Original strand, 27325625 - 27325811
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtga-gagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtg 121  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||| ||          ||| ||| || |||||    
T  27325625 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 27325723  T
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    || ||| |||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  27325724 tgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 27325811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 33 - 159
Target Start/End: Original strand, 15066017 - 15066154
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttc-ttgtgtg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| ||          |||||||| || ||||    
T  15066017 ataggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagtttctttttgtg 15066116  T
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatg 159  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15066117 tgtacggatcacatggacacatgtcacaattgtgtatg 15066154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 204
Target Start/End: Original strand, 29637299 - 29637388
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcact 204  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  29637299 ttgtgtgtgggaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1673448 - 1673368
Alignment:
Q  129 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  1673448 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 1673368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 206
Target Start/End: Original strand, 7178203 - 7178291
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| || |||| |||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  7178203 tgtgtgtcgagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 210
Target Start/End: Original strand, 32267464 - 32267649
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || ||| |||    
T  32267464 aggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactact-ccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttt-tgtatgt 32267561  T
Q  125 gg--ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    ||  |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| || | || |||||||  |||  ||||||||||||||||||||||    
T  32267562 ggaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactcaa 32267649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 40030970 - 40030902
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  40030970 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtga 40030902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19989327 - 19989246
Alignment:
Q  120 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatc 201  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| |||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  19989327 tgtgtggaaaccacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 19989419 - 19989352
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||    
T  19989419 aggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtga 19989352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 26041141 - 26041093
Alignment:
Q  48 atgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagag 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||    
T  26041141 atgaacacccttttctccatacacacattgtaccacctctatgtgagag 26041093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 156
Target Start/End: Original strand, 12907642 - 12907680
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgt 156  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  12907642 tgtgtgtggggaccacataaacacatgtcacaattgtgt 12907680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 40030888 - 40030838
Alignment:
Q  158 tgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||| ||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  40030888 tgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 23916145 - 23915972
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23916145 aggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccaca 23916046  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  23916045 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16717991
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| ||          ||||||||||||||||||     
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 16718080  T
Q  126 gggaccacatggaca-----catgtcacaat--tgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    ||||||| |||||||     |||||||||||  | ||| |||||||| |||||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  16718079 gggaccaaatggacacatgtcatgtcacaattatatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9046017 - 9045833
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgt 122  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          | ||||| ||||||||    
T  9046017 ataggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttt-ttgtgtgt 9045920  T
Q  123 gtgg-ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||| |||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  9045919 gtggaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 12748395 - 12748217
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttct-tgtgtgtg 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          ||| ||| | ||||||||    
T  12748395 aggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgattttttgtgtgtgtg 12748296  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatca 202  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||| | | |||||||| |||||||  |||||| |||||||||| |||||||||    
T  12748295 taggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 115 - 209
Target Start/End: Original strand, 14314075 - 14314169
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14314075 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14314169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792833
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| ||||||||||     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttt-ttgtgtgtgta 34792748  T
Q  126 ggga--ccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    | ||  ||||| |||||| ||||| |||| | | |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  34792749 gagagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29429756 - 29429590
Alignment:
Q  36 ggataatgttt-catgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaa-gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 133  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||| || |||||||||| | | ||| ||||| || || |||||| ||||||||     
T  29429756 ggataatgttttcataaacacccttttctccgtacatatattgtaccacctctatgtgagagt-tataaaatgtgagattttt-tgtgtgaggggaccat 29429659  T
Q  134 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatca 202  Q
     |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||| || |||| |||||||    
T  29429658 gtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 205
Target Start/End: Original strand, 1244645 - 1244735
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||||| ||| |||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  1244645 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 209
Target Start/End: Original strand, 9521905 - 9522000
Alignment:
Q  116 tgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaat--tgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||| |||||||| |||||| | | ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  9521905 tgtgtatgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactca 9522000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 14313986 - 14314052
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14313986 aggataatgtttcatgtacacactttt-tccatacacacattgtaccactt-tatgtgagagtgtgtga 14314052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 82
Target Start/End: Original strand, 9521811 - 9521858
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtacca 82  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  9521811 aggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtacca 9521858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15285502 - 15285329
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15285502 aggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccaca 15285403  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15285402 tggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  39 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatgga 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagggactacatgga 35906064  T
Q  139 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  35906063 cacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 12248456 - 12248275
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| ||          ||||||||||||| ||||    
T  12248456 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtgt 12248357  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||  |||||| |||| ||| | |||||||||||||    
T  12248356 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 13988431 - 13988247
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgt 122  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||| ||| || ||||||    
T  13988431 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgt 13988333  T
Q  123 gtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    | |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  13988332 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100388
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||| ||||| ||| ||          ||| ||||||||||||||     
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgta 43100307  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||  || ||| ||||  |||| |||||||||||||    
T  43100308 gagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36890561 - 36890377
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgt 122  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| ||| ||          ||||||| || |||||    
T  36890561 ataggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-cgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgt 36890464  T
Q  123 gtgggg-accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  36890463 gtgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076374
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagagtgt 8076374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33687829 - 33687649
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||   ||||||||||  || ||||||||| ||| ||          ||||||||||||||||||     
T  33687829 ggataatgtttcatgaactcccttttctctatatacatattgtaccacttttatctgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 33687730  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | || |||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||  |||||| ||||  || | |||||||||||||    
T  33687729 gagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 11247375 - 11247190
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga----------aagtgag-tttcttgtgtgtg 123  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||          | ||||| ||| ||||||||     
T  11247375 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgta 11247277  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
     ||||| ||||  ||||  ||||| |||||||| ||| |||| |||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  11247276 gggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactcaa 11247190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 205
Target Start/End: Original strand, 1447841 - 1447926
Alignment:
Q  120 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||    
T  1447841 tgtgtgggaactacatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151384
Alignment:
Q  139 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||  |||||||  |||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 23)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 3121683  T
Q  136 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3121682 ggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 39 - 208
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  39 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatgga 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggactacatgga 24475813  T
Q  139 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  24475814 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 33300155 - 33299970
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtg--tgtggggacc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  33300155 taggataatgtttcatgaacaccgtattcttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgtggggacc 33300056  T
Q  132 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaacaacata 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  33300055 acatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactctataacata 33299970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Original strand, 14945735 - 14945919
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgag----------tttcttgtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||          ||| || | |||||    
T  14945735 aggataatgtttcatgaacacccttttcttcatacacattatgtaccactcctatgtgagagtgcgtgaatgtgagttttttttttttttttttttgtgt 14945834  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||| ||  |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14945835 ggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14945919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 205
Target Start/End: Original strand, 36272661 - 36272840
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||          ||||||| || ||||||||    
T  36272661 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgt 36272759  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  36272760 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 40216593 - 40216411
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          |||||||||| ||||||    
T  40216593 taggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtg 40216494  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||  ||  ||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  40216493 tagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Original strand, 13696965 - 13697146
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||| ||| || |||||||     
T  13696965 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13697063  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    ||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13697064 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 32599246 - 32599430
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgt 122  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || ||||||    
T  32599246 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt 32599344  T
Q  123 gtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |  ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32599345 ggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823579
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || |||||||     
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 17823663  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| |||||| | ||| |||||| | |||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  17823662 ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 106 - 207
Target Start/End: Original strand, 42061309 - 42061412
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtgggg--accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcac 203  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  42061309 gtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcac 42061408  T
Q  204 tact 207  Q
    ||||    
T  42061409 tact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 40095356 - 40095261
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||||| | ||| |||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40095356 ttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 40095261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562935
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| | ||||  ||||||| |||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactca 5562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 208
Target Start/End: Original strand, 36709271 - 36709373
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||| ||    
T  36709271 gtgagttttttgtgtgtggggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagta 36709370  T
Q  206 ctc 208  Q
    |||    
T  36709371 ctc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 33555361 - 33555545
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga----------aagtgag--tttcttgtgtgt 122  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||          | |||||  ||| || |||||    
T  33555361 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgt 33555459  T
Q  123 gtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    | ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| |  ||||| ||||||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||    
T  33555460 ggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 213
Target Start/End: Original strand, 23860253 - 23860351
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaacaa 213  Q
    ||||||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||| |||| || || || ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23860253 ttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactctacaa 23860351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25333234 - 25333144
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| | | |||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||    
T  25333234 tgtgtgtgaggatcacatgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 208
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  131 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 99
Target Start/End: Original strand, 14242522 - 14242586
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgt 99  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  14242522 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgt 14242586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 33859668 - 33859634
Alignment:
Q  1 gtgaacaaggcctttcaaagacaacaaacaacata 35  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33859668 gtgaacaaggcctttcaaagacaacaaacaacata 33859634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 103
Target Start/End: Original strand, 4434592 - 4434658
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||    
T  4434592 ggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccacct-catgtgagaatgtgtga 4434658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 107 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 31220663 - 31220628
Alignment:
Q  107 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacaca 142  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31220663 tgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacaca 31220628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 208
Target Start/End: Original strand, 14242627 - 14242697
Alignment:
Q  138 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  14242627 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 25333356 - 25333322
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccataca 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25333356 ggataatgtttcatgaacacccttttcttcataca 25333322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897994
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 135  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagggagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 28898068  T
Q  136 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  28898067 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 28897994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 47 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  47 catgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtc 146  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtc 2599593  T
Q  147 acaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  2599592 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Original strand, 45413554 - 45413721
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||       |||||||||||||||||||| |    
T  45413554 aggacaatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccactcctatgtgagggtgcgtgaaa-------tcttgtgtgtgtggggaccata 45413646  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  45413647 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 45413721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 69 - 208
Target Start/End: Original strand, 10391348 - 10391487
Alignment:
Q  69 cacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataa 168  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10391348 cacattatgtactactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataa 10391447  T
Q  169 gtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||  ||||||| ||||  || ||||||||||| |||||    
T  10391448 gtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904855
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          ||||||||||||||| ||     
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagta 11904936  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 35200739 - 35200559
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          |||||||||||| |||||    
T  35200739 aggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtgt 35200640  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||  |  |||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  35200639 agggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Original strand, 14342184 - 14342371
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgt 122  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||| ||| || |||||    
T  14342184 ataggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgt 14342282  T
Q  123 gtgggg--accacatggacacatgtcacaa-ttgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
     |||||  |||||| |||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  14342283 atggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 200
Target Start/End: Original strand, 8368448 - 8368545
Alignment:
Q  103 aaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtat 200  Q
    ||||||| ||| || | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  8368448 aaagtgatttttttttttgtatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 122 - 203
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075774
Alignment:
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcac 203  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Original strand, 1993732 - 1993824
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    |||||| || ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  1993732 tgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 1993824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 115 - 207
Target Start/End: Original strand, 43065994 - 43066085
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  43065994 ttgtgtgtg-ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27497274 - 27497174
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||| |||||||| |||  |||||||| ||||||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  27497274 gtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcacta 27497176  T
Q  206 ct 207  Q
    ||    
T  27497175 ct 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 122 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774729
Alignment:
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcac 203  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 10592077 - 10592011
Alignment:
Q  107 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggt 173  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||    
T  10592077 tgagtttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggt 10592011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 128 - 203
Target Start/End: Original strand, 16465714 - 16465789
Alignment:
Q  128 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcac 203  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| | ||||| || ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16465714 gaccacgtagacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45502752 - 45502661
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||| ||| |||  ||| ||||| ||||||| || |||||    
T  45502752 tgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtataaccactca 45502661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 105
Target Start/End: Original strand, 42354443 - 42354504
Alignment:
Q  44 tttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaa 105  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  42354443 tttcatggacacctttttctccatacacatattgtaccacctccatgtgagagtatgtgaaa 42354504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 44081157 - 44081068
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    |||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||  || ||| |||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  44081157 tgtgtgtgggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 4076768 - 4076835
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||   |||||||| || ||||||||||||||||    
T  4076768 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccac-tctatgtgagagtgtgtga 4076835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 208
Target Start/End: Original strand, 4077060 - 4077143
Alignment:
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| | |||| | ||| | |||||| ||||| || ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  4077060 ggggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 106
Target Start/End: Original strand, 41075595 - 41075665
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag 106  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41075595 aggataatgtttcgtagacaccattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaag 41075665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 43065904 - 43065971
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||| ||| ||||  |||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43065904 aggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtacca-ttccatgtgagagtgtgtga 43065971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 31741216 - 31741042
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31741216 aggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggagcaca 31741117  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  31741116 tagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 31741042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 135  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||  ||||| ||| |||||| |||||||||||      |||| |||||||||||||||||| ||    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtgtgtga------gttttttgtgtgtgtggggaccatat 42974487  T
Q  136 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  42974488 gaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 28713861 - 28713679
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||| ||| ||          |||||||||| ||||||    
T  28713861 taggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtg 28713762  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  28713761 tagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 206
Target Start/End: Original strand, 38349458 - 38349639
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          |||||||||| |||||||    
T  38349458 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 38349557  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
     |||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||  |||||| ||||  |||| |||||||||||||    
T  38349558 agggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 210
Target Start/End: Original strand, 46576241 - 46576426
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgtg 123  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||| ||| || |||||||    
T  46576241 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 46576339  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
     ||| |||||| |||||| ||| | |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  46576340 ggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 46576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 38 - 206
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536495
Alignment:
Q  38 ataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtggg 127  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||| ||          |||||||||||||||||| ||    
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagatacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 37536416  T
Q  128 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | |||||||| | ||| |  |||||| ||||  || | |||||||||||||    
T  37536417 gaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 118 - 209
Target Start/End: Original strand, 38754987 - 38755078
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  38754987 tgtgtgtggggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 38755078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 118 - 208
Target Start/End: Original strand, 47480105 - 47480194
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  47480105 tgtgtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 33496684 - 33496497
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgag-tttcttgtgtg 121  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||| ||          |||| ||| |||||||    
T  33496684 ataggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtg 33496586  T
Q  122 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    || ||||| ||||  ||||| ||||| |||| | | |||||||| ||||||| |||| || |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  33496585 tggggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactcaa 33496497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 11752699 - 11752604
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatc 201  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||| | | | |||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  11752699 gtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 58 - 113
Target Start/End: Original strand, 6220185 - 6220240
Alignment:
Q  58 ttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagttt 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  6220185 ttttttccatacacactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgaatgtgagttt 6220240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 36676003 - 36675940
Alignment:
Q  37 gataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtg 100  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36676003 gataatatttgatcaacacccttttctccatatatactatgtatcacttccatgtgagagtgtg 36675940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Original strand, 30922709 - 30922893
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga----------aagtgag-tttcttgtgtgtg 123  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||          | ||||| ||| |||||||||    
T  30922709 aggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 30922807  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
     |||||| ||| |||||| ||||| |||| ||| ||  |||| | ||||| ||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  30922808 gggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactca 30922893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 43359155 - 43359087
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||    
T  43359155 aggataatgtttcattgacaccattttctccatacacacaatgtatcaccctcatgtgagagtgtgtga 43359087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48460731 - 48460657
Alignment:
Q  136 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    |||||| ||||| |||||| | ||| |||| || |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  48460731 ggacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 48460657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 43659296 - 43659261
Alignment:
Q  38 ataatgtttcatgaacacccttttctccatacacac 73  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43659296 ataatgtttcatgaacacccttttttccatacacac 43659261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 13768553 - 13768488
Alignment:
Q  35 aggataatgttt-catgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgt 99  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||   |||| ||||||||| |||||||||    
T  13768553 aggataatgttttcatgaacacccttttttctatacacatattgtatcacttccatatgagagtgt 13768488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 50498383 - 50498210
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50498383 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 50498284  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| ||| |||||||||||||||||    
T  50498283 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 42179147 - 42179319
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 133  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42179147 taggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtctg--aaagtgagttttttgtgtgtgtggggaccac 42179244  T
Q  134 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  42179245 atggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Original strand, 22364470 - 22364644
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  22364470 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgagtttcttgtgtgttaggggaccaca 22364569  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||  || | ||||||||||||||||    
T  22364570 tggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactca 22364644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 32290377 - 32290215
Alignment:
Q  40 aatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggac 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||      
T  32290377 aatgtttcatgaacactcttttctccatacatactatgtaccactcccatgtgagagtgtatgaaagtgaatttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-- 32290280  T
Q  140 acatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  32290279 ---tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 117 - 209
Target Start/End: Original strand, 5817471 - 5817563
Alignment:
Q  117 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  5817471 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 5817563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525328
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||          | |||||||| |||||||     
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataagtttcttatgtgtgta 48525409  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  48525408 gggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Original strand, 37605691 - 37605873
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga----------aagtgagtttctt-gtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          | |||| ||| || |||||||     
T  37605691 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 37605789  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  37605790 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 106 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 51579422 - 51579323
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51579422 gtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 33 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 17044187 - 17044002
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagt---------ttcttgtgtgtg 123  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||  | |         || || ||||||    
T  17044187 ataggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtg 17044089  T
Q  124 tgggga-ccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17044088 tggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 17044002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Original strand, 24059225 - 24059317
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24059225 tgtgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 24059317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 20107271 - 20107109
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccaca 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||             || |||||||||||||| | |||||| || || | ||||| ||||||    
T  20107271 aggataatgtttcatgaacaccctttttttcatacacact-------------atttgagagtgtgtgaatgcgagttttttatgcgcgtgggaaccaca 20107185  T
Q  135 tggacacatgtcacaattgtgt-atgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  20107184 tggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 20107109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 55281392 - 55281208
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgt 122  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||||| ||||||| ||          ||| ||| || ||||||    
T  55281392 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccact-ccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgt 55281294  T
Q  123 gtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    | |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  55281293 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttctt-gtgtgtgt 124  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || |||||||     
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 25164569  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
     || |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  25164570 aggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 25783908 - 25784090
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtg----------aaagtgagtttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||  ||||||| | | |||||||||||||||          ||||||||||| |||||| |||    
T  25783908 aggataatgtttcatgaacatctttttttctatacacacgttgtacca-tcctatgtgagagtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgt 25784006  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  25784007 ggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996076
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||| || ||||||||    
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 45995992  T
Q  126 gg-gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    || ||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  45995993 ggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 115 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 51579673 - 51579579
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  51579673 ttgtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactcaa 51579579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttct-ccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagt------gagtttcttgtgtgtgtgggg 128  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||       |||||| || ||||||  | |    
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagataatacgagttttttttgtgtggagag 3287164  T
Q  129 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||| |||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3287163 accacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Original strand, 14149959 - 14150023
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  14149959 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgaaagtgt 14150023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 208
Target Start/End: Original strand, 32525112 - 32525204
Alignment:
Q  116 tgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  32525112 tgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 115 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 41277308 - 41277220
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcac 203  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| |||| || |||| ||| ||||||||||||    
T  41277308 ttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 43749184 - 43749092
Alignment:
Q  116 tgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  43749184 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 9118514 - 9118582
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  9118514 aggataatatttcatgaacaccctttcctccatacatacaatgtaccacattcatgtgagagtgcgtga 9118582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 36851317 - 36851231
Alignment:
Q  118 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcact 204  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||    
T  36851317 tgtgtgtgaggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 202
Target Start/End: Original strand, 26719990 - 26720077
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatca 202  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||  | |||||||| ||||||| || |||| |||| ||||| |||||||||    
T  26719990 ttgtgcgtgtggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 101
Target Start/End: Original strand, 14786735 - 14786801
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||    
T  14786735 aggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 14786801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 159 - 209
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631321
Alignment:
Q  159 gggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 39631321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 83
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817427
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccac 83  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccac 5817427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 39631009 - 39631076
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  39631009 aggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccac-tctatgtgagagtgtgtga 39631076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 85
Target Start/End: Original strand, 51293079 - 51293131
Alignment:
Q  33 ataggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactt 85  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||||    
T  51293079 ataggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactt 51293131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 34 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 23004939 - 23004757
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagt---------ttcttgtgtgtgt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||         || || |||||||    
T  23004939 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagtttttatgtgtgt 23004840  T
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  23004839 ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 207
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  38 ataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagttt-cttgtgtgtgtgg 126  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||          ||||||| |||||||||| ||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacact-tgtaccacttc-aggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgagg 12224103  T
Q  127 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactact 207  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  12224104 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 208
Target Start/End: Original strand, 8330672 - 8330774
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    |||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8330672 gtgagttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcacta 8330771  T
Q  206 ctc 208  Q
    |||    
T  8330772 ctc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 33288225 - 33288136
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcact 204  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  33288225 ttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Original strand, 36674519 - 36674699
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||| ||          |||||||||| |||||||     
T  36674519 ggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgtaccacttccatatgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgta 36674618  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactac 206  Q
    | || |||||||||||||||||||||| | | || ||||| |||||||  ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  36674619 gtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 116 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9271202 - 9271110
Alignment:
Q  116 tgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9271202 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 125 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 50989286 - 50989203
Alignment:
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  50989286 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 125 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 51092418 - 51092335
Alignment:
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactc 208  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  51092418 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 115 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 38247891 - 38247801
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcacta 205  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  38247891 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 46135709 - 46135531
Alignment:
Q  34 taggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtg--------aaagtgagtttcttgtgtgtgtg 125  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||||||||||        ||| ||||||| |||||| | ||    
T  46135709 taggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagagtgtgtgagagatataaaatgagttttttgtgtatatg 46135610  T
Q  126 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcact 204  Q
    || ||||   ||||||||||||||||||| | | |||||| || || | |||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  46135609 ggaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 113
Target Start/End: Original strand, 44092433 - 44092510
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgagttt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||||    
T  44092433 ggataatgtttcatgaacacccttttctctctacaaactatgtaccactctcatgtaagagtgtgtgaatgagagttt 44092510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Original strand, 48034808 - 48034992
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgag-tttcttgtgtgt-g 123  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||          |||| ||| |||||||| |    
T  48034808 ggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtgg 48034906  T
Q  124 tggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactca 209  Q
     |||||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||| |||| || |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  48034907 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactca 48034992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 8496789 - 8496704
Alignment:
Q  125 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatcactactcaa 210  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| |||||| | |||||| | ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  8496789 ggggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactcaa 8496704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 54713617 - 54713532
Alignment:
Q  115 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtat 200  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||| ||| |||  ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  54713617 ttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 202
Target Start/End: Original strand, 39947237 - 39947333
Alignment:
Q  106 gtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaagtggtctatgtatca 202  Q
    |||||||| ||  |||||||  || ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||  ||| ||||||||| |||||    
T  39947237 gtgagtttttttggtgtgtgaagatcacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 40726029 - 40725957
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtg 108  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||| ||||    
T  40726029 ggataatgtttcatggacacattttttttcatacacactatgtatcactcctatgtgagaatgtgtgagagtg 40725957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 38247979 - 38247914
Alignment:
Q  36 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga 103  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  38247979 ggataatgtttcatgtacacactttt-tccatacacacattgtaccac-tctatgtgagagtgtgtga 38247914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 40725966 - 40725859
Alignment:
Q  89 tgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtccatgccatctaaag 188  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||| || ||| | ||||||||| ||  |||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||| ||| ||| |||||     
T  40725966 tgtgagagtgtatgaatgtgatttttttttgtatttggggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacataccacctaaaa 40725867  T
Q  189 tggtctat 196  Q
    || |||||    
T  40725866 tgatctat 40725859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 52995 - 52929
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||    
T  52995 aggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 52929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Original strand, 3055 - 3118
Alignment:
Q  35 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgt 99  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  3055 aggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgt 3118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University