View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1614_low_5 (Length: 730)

Name: NF1614_low_5
Description: NF1614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1614_low_5
NF1614_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-714)||(52476226-52476933)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 52476933 - 52476226
Alignment:
Q  13 agcaaaggtgattctaagaaacgagggagggaaattctcaaagaagtacataaagtcaatctccaagctcttgggtcccgatagcttgctatgtgcagct 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476933 agcaaaggtgattctaagaaacgagggagggaaattctcaaagaagtacataaagtcaatctccaagctcttgggtcccgatagcttgctatgtgcagct 52476834  T
Q  113 gagcatcatcacaaactcattcgtagccgtctcttgagtttgttctcgcctcattctttgccttcctttgttcaactgtttgatgaacttgtaactgaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476833 gagcatcatcacaaactcattcgtagccgtctcttgagtttgttctcgcctcattctttgccttcctttgttcaactgtttgatgaacttgtaactgaag 52476734  T
Q  213 ctacaagtacctggacatgtggatcccttgtcatcatacaagatgaagcactcaaggtacatgttatattcccttcgtccacaataactatatatcttga 312  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476733 ctacaggtacctggacatgtggatcccttgtcatcatacaagatgaagcactcaaggtacatgttatattcccttcgtccacaataactatatatcttga 52476634  T
Q  313 tcgaccatttcacacattgatctattttcattgtcattaatgcacatactattgattaggtggtacgagtaaaaaagttcaattaaaactaaattgataa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476633 tcgaccatttcacacattgatctattttcattgtcattaatgcacatactattgattaggtgctacgagtaaaaaagttcaattaaaactaaattgataa 52476534  T
Q  413 t------cgcnnnnnnnnnnnnnnataaatgtgaggaaggaagtacatgaaccaaaacaattttttgtaatgcagctagcttgtaaagcgatgtgcaaga 506  Q
    |       |               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476533 tggaaagtgacgctttttttttttataaatgtgaggaaggaagtacatgaaccaaaacaattttttgtaatgcagctagcttgtaaagcgatgtgcaaga 52476434  T
Q  507 tgctaataagcattgagagtagccatgaactagcaatgatgcacaaggatgttgctcgtgtgtctgaagcaatgcttgcgttccctttgaggttaccatg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476433 tgctaataagcattgagagtagccatgaactagcaatgatgcacaaggatgttgctcgtgtgtctgaagcaatgcttgcgttccctttgaggttaccatg 52476334  T
Q  607 gaccagattctacaagggccttcaggtggttatacaaatcatccaagtaactttcagtatataatttggagtcttttgcttagaaaggaagggtaacttg 706  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52476333 gaccagattctacaagggcctacaggtggttatacaaatcatccaagtaactttcagtatataatttggagtcttttgcttagaaaggaagggtaacttg 52476234  T
Q  707 ttgatgaa 714  Q
    ||||||||    
T  52476233 ttgatgaa 52476226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University