View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16151_low_1 (Length: 965)

Name: NF16151_low_1
Description: NF16151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16151_low_1
NF16151_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-946)||(43339419-43340371)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (382-906)||(1014565-1015088)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 946
Target Start/End: Original strand, 43339419 - 43340371
Alignment:
Q  1 acaaccattccgtgtgtgattccctcatttattcagtgcggtttctaacagagatgttaaggtgtccgacatgggatgttggtgagataatatgtggatt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339419 acaaccattctgtgtgtgattccctcatttattcagtgcggtttctaacagagatgttaaggtgtccgacatgggatgttggtgagataatatgtggatt 43339518  T
Q  101 tggagatggaattggtccaaaaatttgcaaccggaccatctgttttgcagtaggaaattctgcaggtgcagccgcgaccatctgtttctgataccttctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339519 tggagatggaattggtccaaaaatttgcaaccggaccatctgttttgcagtaggaaattctgcaggtgcagccgcgaccatctgtttctgataccttctg 43339618  T
Q  201 ctggctgcccgacgaaggagcagggttcttggtgnnnnnnnnttctatttggtgctgtcaaatttgttccgtgatgctgaatatgatgaagattattgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339619 ctggctgcccgacgaaggagcagggttcttggtgaaaaaaaattctatttggtgctgtcaaatttgttccgtgatgctgaatatgatgaagattattgtg 43339718  T
Q  301 gcagcagcttcgcagatttggagcaggctgccagctagagtg-aattgcggagaagggaagtaataagagatgttcaccgacaatgttgtgtgtg--ctg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  43339719 gcagcagcttcgcagatttggagcaggctgccaactagagtggaattgcggagaagggaagtaataagagatgttcaccgacaatgttgtgtgtgtgctg 43339818  T
Q  398 ctttagagaaattgaaacatctagccatttgtttgcaatttgctcagagatgttggaagcgtagagcttgatttttaattggttgggagtgggggctgaa 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339819 ctttagagaaattgaaacatctagccatttgtttgcaacttgctcagagacgttggaagcgtggagcttgatttttaattggttgggagtgggggctgaa 43339918  T
Q  498 ggtttgagatggtgatgtagtaaacaactttcattaattcaatccaatttgcaaaggtaagaaaagtnnnnnnngtatcgcatttattgtggttaacaac 597  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||    
T  43339919 ggtttgggatggtgatgtagtaaacaactttcattaattcaatccaatttgcaaaggtaagaaaagtaaaaaaagtatcgcatttagtgtggttaacaac 43340018  T
Q  598 ggcttggtgcatgtggttggagcgaaataatgttatttttaacaggaaggttgcaaattatttagaggtggttgaccatatcagaagcctatcttggtct 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  43340019 ggcttggtgcatgtggttggagcgaaataatgttatttttaacaggaaggttgcaaattatttagaggtggttgaccatatcaagagcctatcttggtct 43340118  T
Q  698 tggtttatgtgtaggg----agggattgaacacaaactttcgatggtccgattggtggttgaatccacttgtttgtatccgtggtatatgatcgtcgact 793  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43340119 tggtttatgtgtagggagggagggattgaacacaaactttcgatggtccgattggtggttgaatccacttgtttgtatccgtggtatatgatcgtcgact 43340218  T
Q  794 gcttttgatgttggtagtggctggttctgttttgctcatatcagttcttgtgcgtatgtagtgttcgcagggagctgaactgaagtgttgtggggcggtt 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43340219 gcttttgatgttggtagtggctggttctgttttgctcatatcagttcttgtgcgtatgtagtgttcgcagggagctgaactgaagtgttgtggggcggtt 43340318  T
Q  894 tatgtgctcatatgatcagtgtttgcttgtaaggctggttctttgattacatt 946  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43340319 tatgtgctcatatgatcagtgtttgcttttaaggctggttctttgattacatt 43340371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 382 - 906
Target Start/End: Complemental strand, 1015088 - 1014565
Alignment:
Q  382 aatgttgtgtgtgctgctttagagaaattgaaacatctagccatttgtttgcaatttgctcagagatgttggaagcgtagagcttgatttttaattggtt 481  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||| || ||| |  | ||||||||||| |||||| ||    
T  1015088 aatgttgtgtgtggtgctttagagaaattgaaacatctggccctttgtttgcatcttgctcaaagacgtcggatgtatggagcttgatttgtaattgatt 1014989  T
Q  482 gggagtgggggctgaaggtttgagatggtgatgtagtaaacaactttcattaattcaatccaatttgcaaaggtaagaaaagtnnnnnnngtatcgcatt 581  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| || |||||| ||||||||| | || ||||||| |||||||| | ||||||||| ||       ||||||||||    
T  1014988 gggagtggaggctgaaggttgg-gattgttatgtagcaaacaacttccttttattcaattcaatttgcgagggtaagaaaggtaaaaaaagtatcgcatt 1014890  T
Q  582 tattgtggttaacaacggcttggtgcatgtggttggagcgaaataatgttatttttaacaggaaggttgcaaattatttagaggtggttgaccatatcag 681  Q
    || ||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||||| |||||||  || ||||||  |||| ||||||||||||||| | |||||     
T  1014889 tagtgtggctaacaacagcttggtgtatttggttggagcgttataatgttctttttaaatggtaggttgtgaattgtttagaggtggttgatcctatcaa 1014790  T
Q  682 aagcctatcttggtcttggtttatgtgtagggagggattgaacacaaactttcgatggtccgattggtggttgaatccacttgtttgtatccgtggtata 781  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||     
T  1014789 acacctatcttggtcttggtttatgtgtagggaggggttcaacacgaactttcgatgatcctattggtggttgaatccacttgtttgtatctgaagtatt 1014690  T
Q  782 tgatcgtcgactgcttttgatgttggtagtggctggttctgttttgctcatatcagttcttgtgcgtatgtagtgttcgcagggagctgaactgaagtgt 881  Q
    ||| ||||| || |||   ||||| |||||||||  |||| |||| ||| ||||||||  ||||||  | | ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  1014689 tgaacgtcgccttcttgcaatgtttgtagtggctctttctattttactcgtatcagtttctgtgcgggtctggtgtttgcagggagctgaactgaagggt 1014590  T
Q  882 tgtggggcggtttatgtgctcatat 906  Q
    |||||||| | || |||||||||||    
T  1014589 tgtggggctggttctgtgctcatat 1014565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University