View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16160_low_1 (Length: 641)

Name: NF16160_low_1
Description: NF16160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16160_low_1
NF16160_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-542)||(6723152-6723690)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (259-541)||(13108743-13109029)
chr7 (259-540)||(13111037-13111321)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (259-539)||(48023922-48024205)
chr3 (304-541)||(28784499-28784737)
chr3 (259-418)||(48024599-48024756)
chr3 (259-418)||(48025159-48025316)
chr3 (259-418)||(48027339-48027496)
chr3 (304-541)||(48707615-48707859)
chr3 (391-522)||(5354551-5354686)
chr3 (429-501)||(5913484-5913556)
chr3 (349-381)||(5907771-5907803)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (304-539)||(22804595-22804833)
chr4 (309-541)||(7230885-7231118)
chr4 (349-405)||(44640169-44640225)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (304-541)||(44731827-44732065)
chr8 (304-541)||(44734138-44734376)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (304-541)||(32797992-32798230)
chr5 (304-541)||(32800304-32800542)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (307-540)||(14662316-14662554)
chr2 (304-541)||(45338557-45338795)
chr2 (304-541)||(45336245-45336483)
chr2 (309-540)||(17648861-17649094)
chr2 (421-540)||(1454030-1454150)
chr2 (428-527)||(132777-132876)
chr2 (344-404)||(132712-132772)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (304-541)||(1550142-1550380)
chr1 (304-541)||(9535241-9535479)
chr1 (494-539)||(47695724-47695769)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 542
Target Start/End: Original strand, 6723152 - 6723690
Alignment:
Q  10 tgagatgaaggaatattggttgttaaaaatagaccagtcttgcctaaagaaaatgtgttgtttatgattaattcttttcatgtatgcaaaaggactcagc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  6723152 tgagatgaaggaatattggttgttaaaaatagaccaggcttgcctaaagaaaatgtattgtttatgattaattcctttcatgtatgcaaaagttctcagc 6723251  T
Q  110 tagcgagatgtgtaatctgcttaagttttgatatggagattatttatatttcaattatggagttaaacatagttagattaatggtcttgaaagtcattaa 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723252 tagcgagatgtataatctgcttaagttttgatatggagattatttgtatttcacttatggagttaaacatagttagattaatggtcttgaaagtcattaa 6723351  T
Q  210 gcaaaattttatccaannnnnnnctcaacatttaatggagtgtaatatctgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgt 309  Q
    ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6723352 gcaaaattttatccaatctttttctcaacatttaatggagtgtaatatctgttggagattgatatttttgctatttttgttcattattatctactgttgt 6723451  T
Q  310 tttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  6723452 tttctgtcataattaaagtgttgcttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtgataatgtttat 6723551  T
Q  410 ttttcttagat----atgactcgtgtttagagtagatttaatacagattt--tatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttat 503  Q
    | ||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6723552 tgttcttaggtaatgatgactcgtgtttagagtagatttaatacaaattttatatgttgagtcttacaaacaaacttatgacttggctctatatatttat 6723651  T
Q  504 agtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagca 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723652 agtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagca 6723690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 259 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13109029 - 13108743
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||    
T  13109029 tgttggagattgatattttttttgtttt-gttaattattttccattgttgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatttataagtgtcataatt 13108931  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttagat----atgactcgtg-tttagagtagatttaatacagat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |||| ||||| | |    |||||| ||| || ||||||||||||  ||| ||    
T  13108930 agattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatacatattgttcttgggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagaacatat 13108831  T
Q  454 tttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||  |||| ||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  13108830 tttatattcagtcttacaagcaaacttatggcttgactccatatatttgtagtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttagc 13108743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 259 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13111321 - 13111037
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||    
T  13111321 tgttggagattgatattttt-ctgtttt-gttaattactttttactgctgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtagaagtgccataatt 13111224  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttagat----atgactcgtg-tttagagtagatttaatacagat 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||| |||| ||||||| |    |||||| ||| || |||||||||||| | || ||    
T  13111223 agattgttgcttatttagtaagtaaaatagtccctaggtaataatgtctattgttcttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgcaaat 13111124  T
Q  454 tttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttag 540  Q
    |||||| | | |||||||| ||| |||||  |||||||| |||||||| || | |||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  13111123 tttatgctcactcttacaagcaagcttatggcttggctcaatatatttgtattttatgcttcagtttaatgtatcaaaatattttag 13111037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 259 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 48024205 - 48023922
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||    
T  48024205 tgttggagattgatattttt-ctctttt-gttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaagtgttacttgtttatgtataagtgtcataatt 48024108  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttagat----atgactcgtg-tttagagtagatttaatacagat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || |   ||||| |    |||||| ||| || |||||||||||| | |||||    
T  48024107 agattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgtctaatgaacttaggtaatgatgactagtgcttaagagtagatttagtgcagat 48024008  T
Q  454 tttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatctta 539  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||  |||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||    
T  48024007 tttatgttcagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatatttgtagtgtatgcttcagtttaatgtataaaagtatctta 48023922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 28784499 - 28784737
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  28784499 tgttattttctctcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgttatagttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 28784595  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
    || |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  ||||  |||||||||    
T  28784596 gtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgattctatatat 28784695  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  28784696 ttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 28784737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 259 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 48024756 - 48024599
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||| || ||||||||||||||    
T  48024756 tgttggagattgatattttta-tgtttt-gttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaaatgttgcatgtttatgtataagtgtcataatt 48024659  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  48024658 agattgttgcttatttagtaagtaaaacagtcccaaggtaatgatgtttattgttcttag 48024599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 259 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 48025316 - 48025159
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||    
T  48025316 tgttggagattgatattttt-ctgtttt-gttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtataaatgtcataatt 48025219  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| || | ||||||| |||| |||||||    
T  48025218 agattgttgcttatttagtaagtaaaacaatcccaagttaatgatgtctattgttcttag 48025159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 259 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 48027496 - 48027339
Alignment:
Q  259 tgttggagattgatatttttgctgtttttgttcattattatctactgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataatt 358  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| | |||||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  48027496 tgttggagattgatattttt-ctgtttt-gttaattattttttactgccgttttctgccataatttaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataatt 48027399  T
Q  359 agattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtttatttttcttag 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  48027398 agattgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtctattgttcttag 48027339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 48707859 - 48707615
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagt------gtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggt 397  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||      |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||   ||||| |||||    
T  48707859 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgtttatttggtaagtaag--agtcc-taggt 48707763  T
Q  398 gatgatgtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctct 493  Q
     ||||||| |||  || |||| ||    ||||| ||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||| ||||    
T  48707762 aatgatgtctatggtttttaggtaatgatgactagtgtttaaagtagatttagtgtagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactct 48707663  T
Q  494 atatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    |||||||| ||||||||| || | ||||| |||||||| |||||||||    
T  48707662 atatatttgtagtgtatgcttaaatttaacgtatcaaagtatcttagc 48707615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 391 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 5354686 - 5354551
Alignment:
Q  391 cctaggtgatgatgtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattact 486  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  || |||||  ||    
T  5354686 cctaggtaatgatgtttatggttcttaggtaataatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagtaagcttatggct 5354587  T
Q  487 tggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaa 522  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  5354586 tggctctatatatttgtagtgtatgcttaagtttaa 5354551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 501
Target Start/End: Original strand, 5913484 - 5913556
Alignment:
Q  429 tgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatattt 501  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||| |||||   ||| ||||||||||||    
T  5913484 tgtttagagtagatttaatgcagattttatgttcaatcttacaagcaagcttatggtttgactctatatattt 5913556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 349 - 381
Target Start/End: Original strand, 5907771 - 5907803
Alignment:
Q  349 tgtcataattagattgttgcttatttagtaagt 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5907771 tgtcataattagattgttgcttatttagcaagt 5907803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 304 - 539
Target Start/End: Original strand, 22804595 - 22804833
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| |||||| |||||||||| | |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||| ||||| |||||    
T  22804595 tgttattttctctcataattaatgcgttgcttgtttaagtttaagtgccataattagattgctgcttatttggtaagtaaaagagtcc-taggtaatgat 22804693  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
    || |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  22804694 gtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttaatgcagattttatgtttagtcttacaaacagacttatggcttggctctatatat 22804793  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatctta 539  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||    
T  22804794 ttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatctta 22804833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 309 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 7231118 - 7230885
Alignment:
Q  309 ttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgttta 408  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||    
T  7231118 ttttctgtcataattagattgttgcttgtttaagtt--agtgtcataattagattgctgcttatttagtaagtaaagtagtccgtaggtaatgatgtcta 7231021  T
Q  409 tttttcttagat----atgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttata 504  Q
    |  ||| ||| |    |||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| | |||| |||  ||  ||||  ||||||||||||| ||| |     
T  7231020 tggttcctaggtaatgatgactagtgtttagagcagatttagtgcagattttatgttcaatcttccaagaaagtttatggcttggctctatat-tttgtt 7230922  T
Q  505 gtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
     |||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||    
T  7230921 atgtatgctttaacttaatgtgtcaaagtatcttagc 7230885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 405
Target Start/End: Original strand, 44640169 - 44640225
Alignment:
Q  349 tgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgt 405  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  44640169 tgtcataattagatttttgtttatttaataagtaaagtagtcactaggtaatgatgt 44640225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 44731827 - 44732065
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  44731827 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 44731923  T
Q  404 gtttatttttcttagat----atgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
    || |||  ||||||| |    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||||    
T  44731924 gtatatggttcttaggtgatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatat 44732023  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  44732024 ttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 44732065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 44734138 - 44734376
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  44734138 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaggttgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 44734234  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
    || |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||||    
T  44734235 gtctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttgactctatatat 44734334  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  44734335 ttgtagtgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 44734376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 32797992 - 32798230
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  32797992 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 32798088  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  32798089 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatat 32798188  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  32798189 ttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 32798230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 32800304 - 32800542
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  32800304 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 32800400  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  32800401 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatat 32800500  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  32800501 ttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 32800542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 307 - 540
Target Start/End: Original strand, 14662316 - 14662554
Alignment:
Q  307 tgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgtt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||     
T  14662316 tgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataattagatcgttgcttatttagtaagtaaaacagtccctaggtaatgatgtc 14662415  T
Q  407 tatttttcttagat----atgactcgtg-tttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatattt 501  Q
    |||| ||  ||| |    |||||| ||| || |||||||||||  | ||||| ||||||| ||| |||||| |||  ||||  |||||||||||||||||    
T  14662416 tattgttgctaggtaataatgactagtgcttaagagtagatttcgtgcagatcttatgttcagttttacaagcaagtttatggcttggctctatatattt 14662515  T
Q  502 atagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttag 540  Q
     ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  14662516 gtagtgtatgcttcagtttaatgtatcaaagtatcttag 14662554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 45338557 - 45338795
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  45338557 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 45338653  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  45338654 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatat 45338753  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  45338754 ttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 45338795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 45336245 - 45336483
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  45336245 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtgtaagtttaagtgtcatatttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 45336341  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  45336342 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatat 45336441  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  45336442 ttgtattgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 45336483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 309 - 540
Target Start/End: Original strand, 17648861 - 17649094
Alignment:
Q  309 ttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatgttta 408  Q
    ||||||||||||||||   ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||| ||||||| ||    
T  17648861 ttttctgtcataattagcttgttgcttgtttaagt-taa-tgtcataattagattgttgcttattaagtatgtaaaatagtccttaggtaatgatgtcta 17648958  T
Q  409 tttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttata 504  Q
     | ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||| | |||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||| |     
T  17648959 atattcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcatattttatgttcaatcttacaagcaagcttatggcttggctctatatatttgtt 17649058  T
Q  505 gtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttag 540  Q
     |||||| || || | ||||||||||| ||||||||    
T  17649059 atgtatgcttcagctaaatgtatcaaagtatcttag 17649094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 421 - 540
Target Start/End: Original strand, 1454030 - 1454150
Alignment:
Q  421 atgactcgtgtttagagtagatttaatacaga-ttttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtt 519  Q
    |||||| ||||||| | |||||||| | |||| |||||| || | | ||||||  || |||||  ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  1454030 atgactagtgtttaaaatagatttactgcagagttttattttcaattttacaagaaagcttatggcttggctctatatatttgtagtgtatgcttcagtt 1454129  T
Q  520 taatgtatcaaaatatcttag 540  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  1454130 taatgtatcaaagtatcttag 1454150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 428 - 527
Target Start/End: Original strand, 132777 - 132876
Alignment:
Q  428 gtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatatttatagtgtatgatttagtttaatgtat 527  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| || || |||||||||  || ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||    
T  132777 gtgtttagagtagatttattgcagatttgattttcagtcttacaggcagacttatggcttgcctctatatatttgtagtgtatgcttcagtttgatgtat 132876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 344 - 404
Target Start/End: Original strand, 132712 - 132772
Alignment:
Q  344 gtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgatg 404  Q
    ||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||| |||| ||| || ||||||    
T  132712 gtaagtgtcataattaggtagctgcttatttattaagtaaagtagtcactaagtaatgatg 132772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 1550142 - 1550380
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  1550142 tgttattttatgtcataattaatgtgttgcttgtataagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 1550238  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  1550239 atctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgcagattttatgtttagtcttacaagcaagcttatggcttggctctatatat 1550338  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || || |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  1550339 ttgtaatgtatgcttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 1550380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 304 - 541
Target Start/End: Original strand, 9535241 - 9535479
Alignment:
Q  304 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgtttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaagtaaagcagtccctaggtgatgat 403  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||| |||||    
T  9535241 tgttattttctgtcaaaattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattagattgttgcttatttggtaagtaag--agtcc-taggtaatgat 9535337  T
Q  404 gtttatttttcttagata----tgactcgtgtttagagtagatttaatacagattttatgttgagtcttacaaacaaacttattacttggctctatatat 499  Q
     | |||  ||||||| ||    ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||| |||  ||||  |||| ||||||||||    
T  9535338 ttctatggttcttaggtaatgatgactagtgtttagagtagatttagtgtagattttatgtttagtcttacaagcaagtttatggcttgactctatatat 9535437  T
Q  500 ttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatcttagc 541  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  9535438 ttgtagtgtatgtttaagtttaatgtatcaaagtatcttagc 9535479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 47695769 - 47695724
Alignment:
Q  494 atatatttatagtgtatgatttagtttaatgtatcaaaatatctta 539  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  47695769 atatatttgcagtgtatgctttagtttaatgtatcaaattatctta 47695724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University