View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16165_low_2 (Length: 832)

Name: NF16165_low_2
Description: NF16165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16165_low_2
NF16165_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-832)||(41966424-41967239)
[»] chr2 (52 HSPs)
chr2 (221-805)||(9320797-9321378)
chr2 (228-809)||(9328421-9329002)
chr2 (225-809)||(9291741-9292337)
chr2 (431-747)||(10335866-10336185)
chr2 (225-557)||(8573499-8573849)
chr2 (228-557)||(9284184-9284510)
chr2 (445-809)||(9274557-9274921)
chr2 (225-574)||(9315838-9316178)
chr2 (17-555)||(9364242-9364774)
chr2 (213-562)||(9061130-9061494)
chr2 (229-716)||(10347584-10348104)
chr2 (424-729)||(16269104-16269412)
chr2 (213-763)||(9065362-9065949)
chr2 (229-649)||(10352932-10353361)
chr2 (585-805)||(9316210-9316430)
chr2 (228-574)||(11987467-11987807)
chr2 (225-730)||(12005921-12006441)
chr2 (237-502)||(12018937-12019199)
chr2 (596-805)||(9060863-9061072)
chr2 (591-803)||(9283920-9284132)
chr2 (430-814)||(12012265-12012667)
chr2 (437-574)||(10371886-10372023)
chr2 (589-805)||(8573227-8573443)
chr2 (287-572)||(7115621-7115906)
chr2 (229-344)||(10335679-10335794)
chr2 (228-341)||(12012759-12012869)
chr2 (248-345)||(10371679-10371776)
chr2 (17-106)||(9291563-9291652)
chr2 (17-124)||(12012947-12013054)
chr2 (234-345)||(10341177-10341291)
chr2 (228-341)||(9274322-9274435)
chr2 (54-186)||(9294990-9295125)
chr2 (17-124)||(11987885-11987992)
chr2 (34-124)||(9315661-9315751)
chr2 (584-771)||(7115401-7115588)
chr2 (58-186)||(9284540-9284671)
chr2 (17-96)||(10352735-10352814)
chr2 (54-116)||(9061584-9061646)
chr2 (290-344)||(16268952-16269006)
chr2 (55-190)||(10371502-10371636)
chr2 (444-524)||(17566110-17566190)
chr2 (242-345)||(8579708-8579811)
chr2 (17-124)||(12019287-12019391)
chr2 (17-124)||(9320596-9320703)
chr2 (444-506)||(7611974-7612036)
chr2 (446-507)||(8579531-8579592)
chr2 (225-272)||(7115945-7115992)
chr2 (62-124)||(9328260-9328322)
chr2 (19-188)||(10347400-10347561)
chr2 (703-805)||(10353421-10353523)
chr2 (29-119)||(8573931-8574023)
chr2 (694-771)||(10372161-10372238)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (238-805)||(29467517-29468090)
chr1 (238-813)||(29423097-29423678)
chr1 (239-827)||(29453019-29453613)
chr1 (239-560)||(29443312-29443630)
chr1 (20-190)||(29453629-29453799)
chr1 (64-189)||(29443647-29443774)
chr1 (17-124)||(29422938-29423044)
chr1 (37-82)||(29468228-29468273)
[»] scaffold0667 (2 HSPs)
scaffold0667 (228-805)||(4275-4885)
scaffold0667 (17-124)||(4070-4177)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (225-562)||(37462284-37462645)
chr3 (17-130)||(37462095-37462209)
chr3 (446-506)||(39427680-39427740)
chr3 (579-650)||(37462674-37462745)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (429-555)||(45243719-45243845)
chr7 (437-544)||(45230460-45230570)
chr7 (429-506)||(45237970-45238047)
chr7 (242-345)||(45230244-45230347)
chr7 (240-344)||(45237760-45237864)
chr7 (242-345)||(45243505-45243609)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (430-579)||(26574882-26575031)
chr4 (21-96)||(26574525-26574600)
chr4 (460-507)||(561273-561320)
chr4 (584-626)||(26575048-26575090)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (445-506)||(36224454-36224515)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 41967239 - 41966424
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41967239 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 41967140  T
Q  117 gtccattgcactaatctaacatatacaaagcaaaagctaagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttgtagtctgacatctcagcttacatagatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41967139 gtccattgcactaatctaacatatacaaagcaaaagctaagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttgtagtctgacatctcagcttacatagatt 41967040  T
Q  217 ctcgttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatt 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41967039 ctccttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatt 41966940  T
Q  317 tgttcactcttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41966939 tgttcactcttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatt 41966840  T
Q  417 tcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41966839 tcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcgctagt 41966740  T
Q  517 ttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41966739 ttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaa 41966640  T
Q  617 atctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaaccccca 716  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41966639 atctcaagtgttaggttaaacgcgacaattaaacaagggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaaccccca 41966540  T
Q  717 tggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaagtagagag 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41966539 tggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagcctgacatgtgaatcaaaagtagagag 41966440  T
Q  817 ttgttgatcaaaagac 832  Q
    ||||||||||||||||    
T  41966439 ttgttgatcaaaagac 41966424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 52)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 221 - 805
Target Start/End: Original strand, 9320797 - 9321378
Alignment:
Q  221 ttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgtt 320  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||  |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  9320797 ttcttagaattatcaacagggaaggaaggtgggacaagacttccaacacaaaacataactccatggaaatcaggaattccttcaacataactaacttgtg 9320896  T
Q  321 cactcttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  | |||  |  |||  ||||| ||||||  ||||||| || ||| ||||||||  || ||| ||||||||    
T  9320897 cactcttcaaatcataccaaaacagcttctcagcatctac-cct--caacaaaaccttttttccatcactcgaataacctaaaggcctcaaagatttcaa 9320993  T
Q  421 agatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttga 520  Q
    || | ||  | |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||      
T  9320994 aggtaaatcgtaacacgatttaaccatagtaaaaagtttacaccaactatctctagaaccatattctttcatcacccaaacatcaacttttgtagtttcg 9321093  T
Q  521 taatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacctattt----cagcaggaagaggaacctggttgaaa 616  Q
    ||||    |  ||| |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||| |||  | || ||||     || ||||||||||||||   ||||||    
T  9321094 taata---agtcatgcaaagacaccctcccaaaacatcaacatcaatttcaaaactctcattac-tattatgaacatcaggaagaggaaccacattgaaa 9321189  T
Q  617 atctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaaccccca 716  Q
    || |||||||||| |||||| || ||||||||| || | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  9321190 atttcaagtgttaggttaaatgcaacaattaaagaaggatgtaatccaccaagtttctttgtcattatccagtgaagagaattctcaacaaaaaccccca 9321289  T
Q  717 tggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatca 805  Q
    ||  ||||||||||  |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9321290 tgaattgagcatagataagagagtacggcatactgggaattattttccacgagtttgttatagagctgaagagtctgacatgtgaatca 9321378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 228 - 809
Target Start/End: Original strand, 9328421 - 9329002
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||  |||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |    
T  9328421 aattatcaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacagaaaacataacatcatggaaatcaggaattccttcaacataactaacttgtgcactcct 9328520  T
Q  328 caaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaa 427  Q
     ||||||||| ||||||| |||  |  ||  |  |||  ||||| ||||||  ||||||| ||  || ||||||||  || ||| |||||||||| | ||    
T  9328521 aaaatcatacaaaaacagcttctcaaaatccac-cct--caacaaaaccttttttccatcactcaaataacctaaaggcctcaaagatttcaaaggtaaa 9328617  T
Q  428 gtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatcca 527  Q
      |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||| ||    
T  9328618 tggaaacacgatttaaccatagtaaaaagtttacaccaactatctctatatccatattgtttcatcacccaaacatcaatttcagtagtttcataattca 9328717  T
Q  528 caaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacctattt----cagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaa 623  Q
     |  ||| |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||| |||| | || ||||     || ||||||||||||||   |||||||| ||||    
T  9328718 aagtcatgcaaagacaccctcccaaaacatcaacatcaatttcaaaactcttattac-tattatcaacatcaggaagaggaaccacattgaaaatttcaa 9328816  T
Q  624 gtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttg 723  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| || | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| || ||||    
T  9328817 gtgttaggttaaacgcaacaattaaagaaggatgtaatccaccaagtttcttagtcattatccagtgaagagaattctcaaccaaaacccccgtgttttg 9328916  T
Q  724 agcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaag 809  Q
    |||||||  |||||| || |||||    |||||||||||||| |||||  |||||||| | || ||||||||||||| | ||||||    
T  9328917 agcatagacaagagcgtagggcatagcaggaattattttccaagagtttgttttagagttgaagagtctgacatgtggaacaaaag 9329002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 225 - 809
Target Start/End: Original strand, 9291741 - 9292337
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcact 324  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9291741 tacaattatcaacagggaaggaaggtggtagaagactttcaacacaaatcatagcttcatccaaattaggaattccttcaacataactaatttgttcact 9291840  T
Q  325 cttcaaatcataccaaaacagttt------------------caaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||| ||                  |||| | | | |||| | |||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||  |    
T  9291841 cttcaaatcataccaaaacagcttcctatgatttacctccaacaaaacctgagttccgtccaacagaaccttacttccatccctagaataacataaaggc 9291940  T
Q  407 cccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    | ||| |||||||      ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9291941 ctcaaagatttca------aagtgaaccgcgatttaaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagaaccatattgtttcatcacccaaacatcaa 9292034  T
Q  507 catcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgac---ctatttcagcaggaagagg 603  Q
      | | |||||| ||||| ||||  ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||  ||    || || ||   ||||||||||||||| |||    
T  9292035 ttttagtagtttcataattcacagtcatacaaagacactctcctaaaacagcaacagcaattgtaa---cctcttcaccttctatttcagcaggaaaagg 9292131  T
Q  604 aacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtga 703  Q
    ||||   |||||| |||||||||||| |||||| || ||||| |||||| ||||| |  || ||| |  |   ||||||| |||||| | |||||| |||    
T  9292132 aaccacattgaaagtctcaagtgttaggttaaaagcgacaatgaaacaagggtgtgactcaacaattgtccgagtcattacccagtggatagaattctga 9292231  T
Q  704 acaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaat 803  Q
    |||||||||||||| | |||| |||| | |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||| || |||| ||    
T  9292232 acaaaaacccccatagcttgaacatattgaagagcgtacggcatactaggaatgattttccacgagttagttttggagctgaagagtctcacctgtggat 9292331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 431 - 747
Target Start/End: Original strand, 10335866 - 10336185
Alignment:
Q  431 aaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaa 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||||     
T  10335866 aaacacgatttaaccaaagtaaaatgtttacaccaactatctctacagccatattctttcatcacccaaacatcaattttagtagtttgataattcacag 10335965  T
Q  531 ccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgac---ctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgt 627  Q
     || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||  | ||    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||     
T  10335966 gcaaacaaagacaccctcccaaaacagcaatagaaattttaaaactctcattactaattatttcatcaggaagaggaacctcattgaaaatctcaagtga 10336065  T
Q  628 taagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagca 727  Q
    ||  ||||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  10336066 tagattaaacgcagcaattaaacaaggttgtaacccatcaagtttcggagtcattatccagtgaagagaattctcaacaaaaacacccatggttagagta 10336165  T
Q  728 tagtaaagagcatacggcat 747  Q
    |||||||||  |||||||||    
T  10336166 tagtaaagaatatacggcat 10336185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 225 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 8573849 - 8573499
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcact 324  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  8573849 tacaattatcaacagggaagaaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatagctgcattccaattaggaattccttcaacataactgacttgttcact 8573750  T
Q  325 cttcaaatcataccaaaacagtttc------------------aaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||| |||                  ||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||  |    
T  8573749 cttcaaatcataccaaaacagcttcctatgacatacctccgacaaaacttcaattccttccaacagaaccttacttccatcactagaataacctaaaggc 8573650  T
Q  407 cccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    | | | ||||| |||  || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  8573649 ctcgaagatttaaaatgtggagtgaaacacgatttaacgaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagaaccatattctttcatcacccaaacatcaa 8573550  T
Q  507 catcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacag 557  Q
      ||| | |||| ||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8573549 tttcagtggtttcataattcacagacatacaaagacacccacccaaaacag 8573499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 228 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9284510 - 9284184
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  9284510 aattatcaacagggaaggaaggtggcacaagactttcaacacaaatcatagcttcatccaaattaggaattccttcaacataaataacttgctcactctt 9284411  T
Q  328 caaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaa 427  Q
    |||||||||||||| ||| |||  |  ||  ||| ||   || |||||||| || ||||| |||||| ||||||||  || ||| |||||||||  | ||    
T  9284410 caaatcataccaaaccagcttcttacaatctatttct---aatagaaccttactaccatcactagaataacctaaaggcctcaaagatttcaaacgtaaa 9284314  T
Q  428 gtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatcca 527  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  | | |||||||||||| ||    
T  9284313 gtgaaccgtgatttaaccaaagtaaaaattttacaccaactatctctagaaccatattctttcatcacccaaacgtcaattttagtagtttgataattca 9284214  T
Q  528 caaccatacaaagacaccctcccaaaacag 557  Q
    ||| ||||| |||||| ||||| |||||||    
T  9284213 caatcatactaagacaacctcctaaaacag 9284184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 445 - 809
Target Start/End: Original strand, 9274557 - 9274921
Alignment:
Q  445 caaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaaagacac 544  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||  ||| || || |||||| || |  |||||||||||||    
T  9274557 caaagtaaaaagtttacaccaactatctgtagaaccatattctttcatcacccaaacttcaaattcagtatttcgataattcaaagtcatacaaagacac 9274656  T
Q  545 cctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaa 644  Q
    ||| ||||||||  ||||  |||||||||| |||    |   | |||  ||||||||||||||   |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  9274657 ccttccaaaacaacaacattaatttcaaaactctcactattgacttcttcaggaagaggaaccacattgaaaatatcaagtgttaggttaaacgcaacaa 9274756  T
Q  645 ttaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacgg 744  Q
    |||||||| ||||| |  |||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||| |||| | |||||| |||||    
T  9274757 ttaaacaagggtgtgactcatcaatttccctagtcattacccagtgaagagaattctcaacaaaaatccccatggcttgaacatatttaagagcgtacgg 9274856  T
Q  745 cattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaag 809  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  ||||  |||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  9274857 catactgggaattattttccacgagtttgttttcaagctgaagagtctcacatgtgattcaaaag 9274921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 225 - 574
Target Start/End: Original strand, 9315838 - 9316178
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcact 324  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9315838 tacaataatcaacagggaaggaaggtggtacaagactttcaacacaaatcatagcttcatccaaattagaaattccttcaacataaataacttgttcact 9315937  T
Q  325 cttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagat 424  Q
    | |||| ||| |||||||||| |||  |  ||  ||   || ||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||||  |  |||  | |||||||||    
T  9315938 catcaagtcacaccaaaacagcttcttacaatctat---ttccaatagaaccttacttccgtcactagaataacctaaaggcttcaaaaaattcaaagat 9316034  T
Q  425 gaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataat 524  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||| |||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||    
T  9316035 aaagtgaaacatgaattaaccaaagtaaaaagtttacacca------actagatccatagtctttcatcacccaaacatcagttttagtagtttgataat 9316128  T
Q  525 ccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaa 574  Q
     || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  9316129 tcaaaatcatacaaagacaccctcccaaaacagcaacagcaatttgaaaa 9316178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 555
Target Start/End: Original strand, 9364242 - 9364774
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||| |  || ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  9364242 caaaggtatagacttcaaagtaattagagactccttgtcctataataagaattccatttgacctttaatatagagtttaagtacatatatcatatgatgg 9364341  T
Q  117 gtccattgcactaatctaacatatacaaagcaaaagctaagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttgtagtctgacatctcagcttacatagatt 216  Q
    || ||||| ||  || || | |||||| ||||||  || |||||   ||||| |||||||||||||||||| || | | ||||||||  ||   || |||    
T  9364342 gttcattgaacggatatagcttatacacagcaaagactcagata---aacaacaagtaccttctcttgcttatactttcacatctcaatttgtgtaaatt 9364438  T
Q  217 ctcgttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatt 316  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||||  ||||  |||||      
T  9364439 ctccttcctacaattatcaacaggtaaagaaggtggtacaagactaccaacacaaatcatagcttcattcatattaggaattcctggaacactagtaacg 9364538  T
Q  317 tgttcactcttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatt 416  Q
    | ||||||||| | ||| ||||||||||| |||  |  ||  ||   || ||| | ||||||| ||||||| || ||| ||||||||  || ||| ||||    
T  9364539 ttttcactcttgagatcgtaccaaaacagcttcttacgatctat---ttccaataaaaccttctttccatcactcgaataacctaaaggcctcaacgatt 9364635  T
Q  417 tcaaagatgaagtgaaacaaga-tttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactag 515  Q
    |||||| ||  | |||| |||| |   ||||||||||| | ||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||  | | |||    
T  9364636 tcaaaggtgtcg-gaaaaaagagtcccaccaaagtaaacaatttacaccaactatcttttaatccatattctttcatcacccaaacatcaatttgagtag 9364734  T
Q  516 tttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaac 555  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  9364735 tttgataattcacaatcatactaagacaccctcccaaaac 9364774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 213 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 9061494 - 9061130
Alignment:
Q  213 gattctcgttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagt 312  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9061494 gattctccttcttacaagtatcaacagggaagaaaggtgatacgagacttccaacataaaacatagcttcatcaaaattaggaattccttcaacataact 9061395  T
Q  313 aatttgttcactcttcaaatcataccaaaacagttt---------------caaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaa 397  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||               ||| | |  | || ||| |||||||||||| | |||||| |||||| ||    
T  9061394 aacttgttcactcttgagatcataccaaaacagcttcctaagagttttatccaagttaggatttgcttccaacagaaccttacctccatcactagaataa 9061295  T
Q  398 cctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcaccc 497  Q
    | |||   || |||  | | ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9061294 cataacggcctcaaaaagtccaaaggtgaattgaaacacgatttaaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagatccatagtctttcatcaccc 9061195  T
Q  498 aaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaaca 562  Q
    |||||||||  | | ||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  9061194 aaacatcaattttagtagcttcataattcacagacatgcaaagacacccacccaaaacagcaaca 9061130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 229 - 716
Target Start/End: Original strand, 10347584 - 10348104
Alignment:
Q  229 attaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaatt---aggaattccttcaacataagtaatttgttcactc 325  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||  | |||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10347584 attatcaacagggaaggaaggtgggacaagacttccaacacaaaacatagtttcattcatattaggaggaattccttcaacataactaatttgttcactc 10347683  T
Q  326 ttcaaatcataccaaaacagttt------------------caaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaaccc 407  Q
    |||||||||||||||||||| ||                  |||| ||| |  || || |||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||    ||    
T  10347684 ttcaaatcataccaaaacagcttcctatgttgtacctccaacaaaacatgagctctttccaacagaaccttacttccatcactagaataacatatgggcc 10347783  T
Q  408 ccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaac 507  Q
     |||  ||||||||| | ||  |||||| || | | ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  10347784 tcaacaatttcaaaggtaaatcgaaacacgactcagccatagtaaaaagtttacaccaactatctctacatccatattctttcatgacccaaacatcaat 10347883  T
Q  508 atcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattc------------ttttgacctatttcagca 595  Q
     | | ||  || |||||| |||   ||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||| ||            | || |||||||||| ||    
T  10347884 tttagtatctttataatcgacagtgatacaaagacaccctcccaaaacagcaacatgaacttcaaaactctcaccattaacttcttcacctatttcatca 10347983  T
Q  596 ggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagag 695  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||| || | ||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||    
T  10347984 ggaagaggaacctcattgaaaatttcaagtgtgaggttaaacgcgacaattaaagaaggatgtaacccatcaagtttcttcgtcataatccagtgaatag 10348083  T
Q  696 aattgtgaacaaaaaccccca 716  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  10348084 aattctcaacaaaaaccccca 10348104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 424 - 729
Target Start/End: Original strand, 16269104 - 16269412
Alignment:
Q  424 tgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataa 523  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||  | | |||||| ||||    
T  16269104 tgaagtgaaacacgatttaaccaaggtaaaaagtttgcaccaactatctctatatccatactctttcatcacccaaacatcaattttagtagtttcataa 16269203  T
Q  524 tccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattcttttgacct---atttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatct 620  Q
    | ||||   ||||||||||| ||||||||||||| ||||   |||   ||| || ||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16269204 ttcacagttatacaaagacatcctcccaaaacagcaacatcgattaacaaactcgtttcaccttgtaattcagcaggaagaggaacctcgttgaaaatct 16269303  T
Q  621 caagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggt 720  Q
    ||||||||| ||||||||| || |||||| || | ||||| || ||||||| ||| | |||||| ||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |    
T  16269304 caagtgttaggttaaacgcgacgattaaagaaggatgtaacccgtcaagtttcttcgccattatacagcgaatagaattctcaacaaaaacccccatgat 16269403  T
Q  721 ttgagcata 729  Q
    |||||||||    
T  16269404 ttgagcata 16269412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 213 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 9065949 - 9065362
Alignment:
Q  213 gattctcgttcttacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagt 312  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  |  ||||   ||||||||| ||||||||||||| |    
T  9065949 gattctccttcctacaattatcaacagggaaggaagttggtacaagactttcaacacaaatcacagtgtcattccaattaggaactccttcaacataaat 9065850  T
Q  313 aatttgttcactcttcaaatcataccaaaacagtttc------------------aaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaa 394  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| || |||                  ||| | | |||| ||| |||||||||||| |||||||| |  |||    
T  9065849 aacttgttcactcttcaaatcataccaaaagagcttctgatgatctacctccaacaaaacctcaattgcttccaacagaaccttacttccatcaccggaa 9065750  T
Q  395 caacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatca 494  Q
     |||||| |  || | | | | |||||  ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9065749 taacctagaggcctcgaagctgtcaaatgtgaatggaaacaagatttgaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagatccatattctttcatca 9065650  T
Q  495 cccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaa-------ttcttttgacc-- 585  Q
    ||||| |||||| || | |||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||       | || || |||      
T  9065649 cccaaccatcaatattagtagtttcataattcaaaatcatacaaagacaccctcccaaaacagcaacagtcatttgaaaactctcattactattaacctc 9065550  T
Q  586 ---------tatttcagcaggaagaggaacct-ggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttcctt 675  Q
             ||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||||| | |||||| || ||||||||| || | ||||| | ||| |||| |||    
T  9065549 ttcacctcttatttcagcaggaaggggaacctcaattgaaaatttcaagtgtgaggttaaatgcaacaattaaagaaggatgtaaccgatctagtttctt 9065450  T
Q  676 ggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttc 763  Q
     ||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||| | | | ||||||||||||| || |||||  | ||||||||||||    
T  9065449 cgtcattatcaagtgaatagaattctcaacaaaaacccccatgctgttaacatagtaaagagcgtagggcatagtaggaattattttc 9065362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 229 - 649
Target Start/End: Original strand, 10352932 - 10353361
Alignment:
Q  229 attaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttc 328  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |    
T  10352932 attatcaacagggaagtaaggtggtacaagacttccaacacaaatcatagtgtcatccaaattaagaatttcttgaacataactaacttgtttactctcc 10353031  T
Q  329 aaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaag 428  Q
    |||||||||||||| || |||  | |||  |  |||  ||||| ||||||  ||| ||| || ||| ||||||||| || ||| |||| ||||| | ||     
T  10353032 aaatcataccaaaatagattctcaacatctac-cct--caacaaaaccttttttctatcactcgaataacctaaaagcctcaaagattgcaaaggtaaat 10353128  T
Q  429 tgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccac 528  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||  || |||||||||    
T  10353129 cgaaagaagatttaaccacagtaaaaagtttacaccaactctctctacatccatattctttcatcacccaaacatcaattttagtatctttataatccac 10353228  T
Q  529 aaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattctt----ttgac--------ctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaa 616  Q
    || |||||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||| |||| ||||    || ||        |||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  10353229 aatcatacaaagacaccctcctaaagcagcaacacgaattttaaaactcttactattaacttcttcctctatttcatcaggaagaggaacctcattgaaa 10353328  T
Q  617 atctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaa 649  Q
     |||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  10353329 gtctcaagtgttaggttaaacgcgagaattaaa 10353361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 585 - 805
Target Start/End: Original strand, 9316210 - 9316430
Alignment:
Q  585 ctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattat 684  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||| |  | |||  || ||  |||||||     
T  9316210 ctatttcagcaggaagaggaaccacattgaaaatctcaagtgttaggttaaacgcgacaatgaaacaagggtgtgactcttcactttgctgagtcattac 9316309  T
Q  685 ccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagcta 784  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||  |||||    
T  9316310 ccagtgaagagaattctgaacaaaaacccccatggcttgaacatattgaagagcgtacggcatactgggaattgttttccacgagtttgttttcaagcta 9316409  T
Q  785 aatagtctgacatgtgaatca 805  Q
    || || |||||||||||||||    
T  9316410 aagagactgacatgtgaatca 9316430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 228 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 11987807 - 11987467
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  11987807 aattatcaacagggaaggagggtggtacaagacttccaacacaaatcatagcttcatcgaatttaggaattccgtcaacataactaaattgttcactctt 11987708  T
Q  328 caaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaa 427  Q
    |||||||||||||| ||| |||   | |||||     | ||||| ||||||  | ||||| || ||| |||| |||   | ||| |||||||||| | ||    
T  11987707 caaatcataccaaaccagcttcttgtgattaa---gatccaacaaaacctttttaccatcactcgaataacccaaagggctcaaagatttcaaaggtaaa 11987611  T
Q  428 gtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatcca 527  Q
      |||||| ||||  | ||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  |   |||| |||| || ||    
T  11987610 acgaaacacgattccatcaatgtgaaaagtttacaccaactatctctacatccatattctttcatcacccaaatatcaatct---tagtatgatgattca 11987514  T
Q  528 caaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaa 574  Q
    ||  || ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  11987513 cagtcaaacaaagacaccctcccaaaacagcaacatcaatttcaaaa 11987467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 225 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 12006441 - 12005921
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcact 324  Q
    |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  ||| ||| || ||||||    
T  12006441 tacaattctcaacagggaaggaaggcagtacaagacttccaacacaaatcatcgcttcatcgaaatttggaattccctcaatgtaattaacttcttcact 12006342  T
Q  325 cttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagat 424  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||  || ||| |   | |  |||| ||  ||  ||||||| || ||| ||||||||     ||| ||| ||| || |    
T  12006341 cttcaaatcataccaaaccagcttcttatgattta---cctcaaacaaaagtttttttccatcacttgaataacctaaagggatcaaagatatcacaggt 12006245  T
Q  425 gaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataat 524  Q
     ||  |||||| |||   | ||||||||||||||||||||| |||||| || | | |||||||||||||||||| |||||||  | | ||||||||||||    
T  12006244 aaaacgaaacacgatcccatcaaagtaaaaagtttacaccaactatctttacaaccatattctttcatcacccatacatcaatcttagtagtttgataat 12006145  T
Q  525 ccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattc---------------ttttgacct---atttcagcaggaagaggaac 606  Q
     ||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| ||               | || ||||   |||||| |||||| ||||||    
T  12006144 tcacaatcaaacaaagacaccctcccaaatcagcaacattaatttcaaaactccgattacaaataacctcttcacctcttatttcatcaggaaaaggaac 12006045  T
Q  607 ctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaaca 706  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||   | ||||| |||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  12006044 ctcgttgaaaacctcaagtgttaggttaaacgcgaaaattaaacgctgatgtaacccatcaggtttcttgaccatcatccagtgaagagaattctcaaca 12005945  T
Q  707 aaaacccccatggtttgagcatag 730  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  12005944 aaaacccccatggttagagcatag 12005921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 237 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 12019199 - 12018937
Alignment:
Q  237 cagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcata 336  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||    
T  12019199 caggtaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaatcatggcttcatcgaaattaggaattccttcaacataactaacttgctgactcttcaaatcata 12019100  T
Q  337 ccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaa 436  Q
    ||||| |||   || || || | || | | ||||| ||||||  ||||||| || ||| ||||||||   | |||  || | |||| | ||  ||||||     
T  12019099 ccaaaccag---catattatgatttacatccaacaaaaccttttttccatcactcgaataacctaaagggctcaaaaatctaaaaggtaaaacgaaacac 12019003  T
Q  437 gatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaaca 502  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12019002 gattccatcaaagtaaaaagtttacaccaactatctctacatccatattctttcatcacccaaaca 12018937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 596 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 9061072 - 9060863
Alignment:
Q  596 ggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagag 695  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||| | | | | |||||||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  9061072 ggaagaggaacctcattgaaaatttcaagtgtgaggttaaatgcgacaattaaccaaggatatgacccatcaagtttcttggccataacccagtgaagag 9060973  T
Q  696 aattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgac 795  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||  ||||||| || |||||    
T  9060972 aattctgaacaaaaacccccatggcttgaacatattgaagagcgtacggcatactgggaattgttttccacgagtttgttttcaagctaaagagactgac 9060873  T
Q  796 atgtgaatca 805  Q
    ||||||||||    
T  9060872 atgtgaatca 9060863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 591 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 9284132 - 9283920
Alignment:
Q  591 cagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtg 690  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| | | |||||||| | |||   ||||||||||||    
T  9284132 cagcaggaagaggaacctctttgaaaacctctagtgttaggttaaacgcgacaattaaacaaaggtctgacccatcaagattcttttccattatccagtg 9284033  T
Q  691 aagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagt 790  Q
    || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  || |||||  | ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || |||    
T  9284032 aatagaattctcaacaaaaacccccatggcttgagcatagtaaacagtgtagggcataataggaattattttccacgagtttgttttggagctgaagagt 9283933  T
Q  791 ctgacatgtgaat 803  Q
    ||| |||||||||    
T  9283932 ctggcatgtgaat 9283920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 430 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 12012667 - 12012265
Alignment:
Q  430 gaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccaca 529  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| || | | |||||||||||||||| | |||||||  | | ||||||||| || ||||    
T  12012667 gaaacacgattccaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctttacaaccatattctttcatcaccaatacatcaatcttagtagtttgatgattcaca 12012568  T
Q  530 accatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaatt---------------cttttgacc---tatttcagcaggaagaggaacctggt 611  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |               || || |||   ||||||| ||||||  |||||||  |    
T  12012567 atcatacaaagacaccctcccaaatcagcaacagaaatttcaaaactactattacaaataacctcttcacctcatatttcatcaggaaatggaacctcat 12012468  T
Q  612 tgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaac 711  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||   | ||||| |||||| | | |||   | ||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  12012467 tgaaaagctcaagtgttaggttaaacgcgacaattaaacggggatgtaacccatcaggattcttcaccgttatccaatgaagagaattctcaacaaaaac 12012368  T
Q  712 ccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaagta 811  Q
     ||||||||| |||||||| ||||| ||||    || || |||| || ||||||||||||  |||| ||| | || |||||||||| |||||||||||||    
T  12012367 tcccatggttagagcatagcaaagaacatagtctatactaggaagtactttccacgagtttgttttcgaggtgaagagtctgacatatgaatcaaaagta 12012268  T
Q  812 gag 814  Q
    |||    
T  12012267 gag 12012265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 437 - 574
Target Start/End: Original strand, 10371886 - 10372023
Alignment:
Q  437 gatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatac 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | | |||||| ||||||||||  |||||    
T  10371886 gatttaaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagaaccatattctttcatcacccaaatatcaacgttagtagttttataatccacagtcatac 10371985  T
Q  537 aaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaa 574  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  10371986 aaagacaccctcctaaaacagcaacacgaatttcaaaa 10372023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 589 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 8573443 - 8573227
Alignment:
Q  589 ttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccag 688  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||| | | | | |||||||||| ||||| ||| | ||||    
T  8573443 ttcaacaggaagaggaacctcgtagaaaatttcaagtgtgaggttaaatgcgacaattaaccaaggatatgacccatcaagtttcttggccataacccag 8573344  T
Q  689 tgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaata 788  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||| || ||| | ||||||||| |||||||||||||  ||||  ||||||| |    
T  8573343 tgaagagaattctgaacaaaaacccccatggcttgaacatattgaagagcgtatggcgtactgggaattgttttccacgagtttgttttcaagctaaaga 8573244  T
Q  789 gtctgacatgtgaatca 805  Q
    || ||||||||||||||    
T  8573243 gtgtgacatgtgaatca 8573227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 287 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 7115906 - 7115621
Alignment:
Q  287 aaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccat 386  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  |  ||  ||| |   ||| |||||||| |||||||    
T  7115906 aaattaggaattccttcaacacaactaacttgttcgctcttcaaatcataccaaaccagcttcctacaatctatttc---caatagaaccttgcttccat 7115810  T
Q  387 cgctagaacaacctaaaacccccaaggattt---caaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgata 483  Q
    | |||||| ||||||||  ||  ||  || |   ||||||| ||  |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  7115809 cactagaataacctaaaggcctgaaccatgtaatcaaagataaatcgaaacacgaattaaccaatgtaaaaagtttacaccagctgtctctagatccata 7115710  T
Q  484 ttctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaa 572  Q
    || ||||||||||||||||||    | | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  7115709 ttgtttcatcacccaaacatctgttttagtagttctataattcacaatcatacaaagacaccctcccaaaacagcaatagaaagttcaa 7115621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 229 - 344
Target Start/End: Original strand, 10335679 - 10335794
Alignment:
Q  229 attaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttc 328  Q
    |||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10335679 attatcaacaggtaaggaaggtgaaacaagacttccaacacaaatcatagtgtcatccaaattaggaattccttcaacataactaatttgttcactcttc 10335778  T
Q  329 aaatcataccaaaaca 344  Q
    ||||||||||||||||    
T  10335779 aaatcataccaaaaca 10335794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 228 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 12012869 - 12012759
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||    
T  12012869 aattatcaacagggaaggagggtggtacaagacttccaacacaaatcatagcttcatcgaaattaggaattccttcaacataactaacttg---actctt 12012773  T
Q  328 caaatcataccaaa 341  Q
    ||||||||||||||    
T  12012772 caaatcataccaaa 12012759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 248 - 345
Target Start/End: Original strand, 10371679 - 10371776
Alignment:
Q  248 ggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaaaacag 345  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10371679 ggtggtacaagactaccaacacaaaccatagcatcatccaaattagaatttccttcaacataactaacttgttcactcttcaaatcataccaaaacag 10371776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 106
Target Start/End: Original strand, 9291563 - 9291652
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtat 106  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  9291563 caaaggtagagacttcaaagtaattagagaatccttgtcctataataagaattcaatttaacctttagcatagagtttaactacatgtat 9291652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 12013054 - 12012947
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||  ||||||||    
T  12013054 caaaggtagagacttcaaagtaattagagaatccttgtcctataataagaattcaatttgacctttaacatggagtctaactacatatatcatatgatgg 12012955  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  12012954 gtccattg 12012947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 234 - 345
Target Start/End: Original strand, 10341177 - 10341291
Alignment:
Q  234 caacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaac---ataagtaatttgttcactcttcaa 330  Q
    ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| | ||| || ||||| |||| |||||||||||||||   |||| ||| ||||||||||| |||    
T  10341177 caacagggaagaaaggtggtactatacttccaacacacatcatagcatcatccaaatcaggaattccttcaacataataactaacttgttcactctccaa 10341276  T
Q  331 atcataccaaaacag 345  Q
    |||||||||||||||    
T  10341277 atcataccaaaacag 10341291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 228 - 341
Target Start/End: Original strand, 9274322 - 9274435
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  || | | |||  || ||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||    
T  9274322 aattatcaacagggaaggagggtggtacaaaacttccaacccaaataatagttccattgaagttaggaattcctttaacaaaactaacttgttcactctt 9274421  T
Q  328 caaatcataccaaa 341  Q
    ||||||||||||||    
T  9274422 caaatcataccaaa 9274435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9295125 - 9294990
Alignment:
Q  54 tcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattgcact-aatctaacatatacaaagc-aaaa 151  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||  ||| |||||||||||||||  ||| ||  |||| |||||||||| ||||    
T  9295125 tcctataataagaattcaatttgacctttagcatagagtttaaccacataaattatatgatgggtccattaaactaaaattaacttatacaaagcaaaaa 9295026  T
Q  152 gctaagataatgaa-caagaagtaccttctcttgct 186  Q
     || ||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  9295025 actcagataatcaataaagaagtaccttctcttgct 9294990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 11987992 - 11987885
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||| |||  || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||   |||||||    
T  11987992 caaaggtagagacttcaaagtaattagaaaatccttgtcctataataggaattcaatttgacctttaacataaagtttaactacatatatcacatgatgg 11987893  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  11987892 gtccattg 11987885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 124
Target Start/End: Original strand, 9315661 - 9315751
Alignment:
Q  34 aagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattg 124  Q
    |||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| | |||  ||||||||||||||||    
T  9315661 aagtaattagggaatccttgtcctataataagaattcaatttgacctttagcatagagtttaactacttatatcatatgatgggtccattg 9315751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 584 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 7115588 - 7115401
Alignment:
Q  584 cctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcatta 683  Q
    |||| |||| |||||||||||||||   |||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |  ||||||||| |   | |||||    
T  7115588 cctaattcatcaggaagaggaacctcaatgaaacgctcaagtgttaggttaaacgcgacaattaaacaagggtgtgactcatcaagtttccgagacatta 7115489  T
Q  684 tccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagtt 771  Q
    ||||||||| |||| |    |||||||||||  |||||| |  ||||| | || |||||||||||   ||||| ||||||||||||||    
T  7115488 tccagtgaacagaagtaaatacaaaaaccccattggtttcaaaatagtgaggaacatacggcattacaggaatcattttccacgagtt 7115401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9284671 - 9284540
Alignment:
Q  58 ataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattgcact-aatctaacatatacaaagc-aaaagcta 155  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||  ||| ||  |||| |||||||||| |||| ||     
T  9284671 ataataagaattcaatttgacctttaatataaagtttaactacataaattatatgatgggtccattaaactaaaattaacttatacaaagcaaaaaactc 9284572  T
Q  156 agataatgaa-caagaagtaccttctcttgct 186  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  9284571 agataatcaataaagaagtaccttctcttgct 9284540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Original strand, 10352735 - 10352814
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaa 96  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  10352735 caaaggtaaagacgtcaaagtaattagagaatccttatcctatgataagaattcaatttgacctataatatagagtttaa 10352814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 9061646 - 9061584
Alignment:
Q  54 tcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  9061646 tcctataacaagaattcaatttaacctttagcatagagtttaactacatatattatatgatgg 9061584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 290 - 344
Target Start/End: Original strand, 16268952 - 16269006
Alignment:
Q  290 ttaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaaaaca 344  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16268952 ttaggaattccttcaacataactaactcgttcactcttcaaatcataccaaaaca 16269006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 190
Target Start/End: Original strand, 10371502 - 10371636
Alignment:
Q  55 cctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattgcactaat-ctaacatatacaaagcaaaagc 153  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||| |||  |||||||| ||||||| ||| ||  |||| |||||| | ||||| |    
T  10371502 cctatgataagaattcaatttgacctttaacacagagtttaactgcatatataatatgatggatccattgaactgatattaacttatacacaacaaaaac 10371601  T
Q  154 taagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttgta 190  Q
    | || |||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10371602 tcagttaa--aacaataagtaccttctcttgcttgta 10371636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 444 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 17566190 - 17566110
Alignment:
Q  444 ccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataat 524  Q
    |||| ||||| | |||||||||  |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  17566190 ccaaggtaaacaatttacaccaattatctctaaatccatattctttaatcacccaaacatcaacattagtagtttgataat 17566110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 242 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 8579811 - 8579708
Alignment:
Q  242 aaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaaa 341  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||| ||| ||| | |||||  |||||||||||||||| |||| |||||| || |||||| || | |||||||||||    
T  8579811 aaggaaggtggtagaagggttccaacataaatcatagtttcattgaaattaggaattccttgaacacaagtaacttcttcacttttgagatcataccaaa 8579712  T
Q  342 acag 345  Q
    ||||    
T  8579711 acag 8579708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 12019391 - 12019287
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |   |  | |||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  12019391 caaaggtagagacttcaaagtaattagagaatccttgtcctataataagaattcca---atacattaacatagagtttaactacatatatcatatgatgg 12019295  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  12019294 gtccattg 12019287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Original strand, 9320596 - 9320703
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||| ||  || ||| ||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||| |  || |||  ||||||||    
T  9320596 caaaggtagagacttcaaagtaattagagtatccttgtccgataataaaaattcaatttgacctatagcatagagtttaacttaatatatcatatgatgg 9320695  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  9320696 gtccattg 9320703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 444 - 506
Target Start/End: Original strand, 7611974 - 7612036
Alignment:
Q  444 ccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7611974 ccaaagtaaacaatttacaccaactatcttttaatccatattctttcatcacccaaacatcaa 7612036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 446 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 8579592 - 8579531
Alignment:
Q  446 aaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaac 507  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8579592 aaagtaaacaatttacaccaactatctctaaatccatattttttcatcacccaaacctcaac 8579531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 7115992 - 7115945
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaa 272  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  7115992 tacaattatcaacagggaaggaaggtggtacaaggctttcaaaacaaa 7115945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 62 - 124
Target Start/End: Original strand, 9328260 - 9328322
Alignment:
Q  62 taagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattg 124  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| |||  ||||| ||||||||||    
T  9328260 taagaattcaatttgacctttagcatagagtttaacttcatatatcatatgacgggtccattg 9328322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Original strand, 10347400 - 10347561
Alignment:
Q  19 aaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagt-tatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatggg 117  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||          ||||||||||| | ||| |||  ||||||  |    
T  10347400 aaggtaaagacttcaaagtaattagaaaatactctatcctatgataagaattcaattt---------gatagagtttaactgcatatatgatatgataag 10347490  T
Q  118 tccattgcactaatctaacatatacaaagcaaaagctaagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttg 188  Q
    ||||||| ||| || |||| |||||| | ||||| || || |||  || ||||||||||||||||||||||    
T  10347491 tccattgaactgatataacttatacacaacaaaaactcagttaaacaataagaagtaccttctcttgcttg 10347561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #50
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 703 - 805
Target Start/End: Original strand, 10353421 - 10353523
Alignment:
Q  703 aacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaa 802  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||| ||||   | ||||||| |||||| |||||  ||||  |||| || ||||||||||||| |    
T  10353421 aacaaaaacccccattgttaaagcatagtaaagagaataaggcaaattaggaattactttccatgagtttgttttcaagctgaagagtctgacatgtgga 10353520  T
Q  803 tca 805  Q
    |||    
T  10353521 tca 10353523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 8574023 - 8573931
Alignment:
Q  29 cttcgaagtaattagagaatagttatcctata--ataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtc 119  Q
    |||| |||||||||||||||  || ||||||   ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  |||| |||  |||||||||||    
T  8574023 cttcaaagtaattagagaatccttgtcctatgtgataagaatttaatttgacctttagcatagagtttaaccacatatatcatatgatgggtc 8573931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 694 - 771
Target Start/End: Original strand, 10372161 - 10372238
Alignment:
Q  694 agaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagtt 771  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| | |||| | ||||||||  | |||||||| |||||||||||    
T  10372161 agaattgtcaacaaaaacccccatggtgtgataatactgaagaacgtacggcatagtaggaattatcttccacgagtt 10372238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 238 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 29468090 - 29467517
Alignment:
Q  238 agggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcatac 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | |||||||    
T  29468090 agggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaatcatagcttcattcaaattaggaattccttcaacataattaacatgttcactcttgagatcatac 29467991  T
Q  338 caaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaag 437  Q
    |||||||  |||   ||||    | |||  ||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||  || ||| |||| |||   | |||||||||| |    
T  29467990 caaaacaacttc---tcatggtctacttcaaacagaaccatacttccatcgctcgaataacctaaaggcctcaaagattccaactgtaaagtgaaacacg 29467894  T
Q  438 atttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccataca 537  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| ||||| ||   |    
T  29467893 atctaaccaaagtaaaaagtttacgccaactatctctacatccatattctttcatcaaccaaacatcaattttactagtttgataattcacaatcaacta 29467794  T
Q  538 aagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattct----------tt--tgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagt 625  Q
    |||||||||||||||||| | ||||  ||||| |||| |||          ||  | |||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||||     
T  29467793 aagacaccctcccaaaaccgcaacatcaattttaaaactctcaacattaacttcataacctatttcag---gaagaggaacctcattgaaaatctcaagc 29467697  T
Q  626 gttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgag 725  Q
     ||| ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  29467696 tttaggttaaacgcgataattaaacaagattgtaacccatcaagtttcttcttcattatccaatgaagagaattctcaacaaaaaccaccatggtttgag 29467597  T
Q  726 catagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatca 805  Q
     |||||||||||  |||||||| || | || || |||||| |||||  |||| ||||| || ||| | ||||||||||||    
T  29467596 gatagtaaagagagtacggcatactagaaagtactttccaggagttcgttttcgagctgaagagtgtaacatgtgaatca 29467517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 238 - 813
Target Start/End: Original strand, 29423097 - 29423678
Alignment:
Q  238 agggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcatac 337  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||| | |||||||    
T  29423097 agggaaggaaggtgatacaagacttccaacacaaatcatggcttgatcgaaattaggaattccttgaacacaactaacttgttcactcttgagatcatac 29423196  T
Q  338 caaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaag 437  Q
    |||||||| |||   |||  |  | |||||||||||||| | | ||||||||| ||| || |||||| || ||| | |||||||| | | |||||||| |    
T  29423197 caaaacagcttc---tcaggatctacttgcaacagaaccatacctccatcgctcgaataagctaaaagcctcaaagctttcaaaggtaaggtgaaacacg 29423293  T
Q  438 atttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccataca 537  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  | |  ||||||||||| ||||  ||||||    
T  29423294 attctgccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctacatccatattctttcatcagccaaacatcaattttaacagtttgataattcacagtcataca 29423393  T
Q  538 aagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattc------------ttttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagt 625  Q
    ||| |||||| ||| ||| | ||||  |||||||||| ||            | || ||| ||||   |||||| ||||||||  |||||||||||| ||    
T  29423394 aaggcacccttccagaaccgcaacaccaatttcaaaactctcactattcacttcttcaccaattt---caggaaaaggaacctcattgaaaatctcatgt 29423490  T
Q  626 gttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgag 725  Q
    |||| ||||||||| ||||||| || | | |  ||   |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  29423491 gttaggttaaacgcaacaattacacgaggtttcaacggatcaagtttctccgtcattatccagtgaagagaattctcaacaaaaacccccattgtttgag 29423590  T
Q  726 catagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaagtaga 813  Q
    ||||||||||||  || |||||  | |||| |  ||||||||||||  |||| ||||| || |||||  ||||||| ||| |||||||    
T  29423591 catagtaaagagtgtaaggcatggtaggaagttctttccacgagtttgttttcgagctgaagagtctcgcatgtgattcagaagtaga 29423678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 239 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 29453613 - 29453019
Alignment:
Q  239 gggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcatacc 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| | ||||||||    
T  29453613 gggaaggaaggtggcacaagacttccaacacaaatcatagcttgatcgaaattaggaattccttcaacacaactaacttgttcactcttgagatcatacc 29453514  T
Q  339 aaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaaga 438  Q
    ||||||| |||   |||  |  | ||| |||||||||| | ||||||||||| ||| || |||||  || ||| | |||||||| | || ||||||| ||    
T  29453513 aaaacagcttc---tcacaatctacttccaacagaaccatacttccatcgctcgaataagctaaaggccacaaagttttcaaaggtaaaatgaaacatga 29453417  T
Q  439 tttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaa 538  Q
    ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  | |  ||||||||||| ||||| |||||||    
T  29453416 ttccgccaaagtaaaaagttcacaccagctatctctacatccatattctttcatcacccaaacatcaattttaacagtttgataattcacaatcatacaa 29453317  T
Q  539 agacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattc------------ttttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtg 626  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||  |||||||||| ||            | || ||||||||   |||||| ||||||||  |||||||||||  |||    
T  29453316 agacacccttccaaaaccgcaacaccaatttcaaaactctcactattcacttcttcacctattt---caggaaaaggaacctcattgaaaatctcgtgtg 29453220  T
Q  627 ttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtgaagagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagc 726  Q
    ||| ||||||||| ||||||| || |   || ||   | |||||| |   ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||| |||     
T  29453219 ttaggttaaacgcaacaattacacgagattgcaactgaccaagtttccgagtcattatccagtgaagagaattctcaacaaaaaccccctctgttcgagg 29453120  T
Q  727 atagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtctgacatgtgaatcaaaagtagagagttgttgatca 826  Q
    |||| ||||||| |||||||| || ||||    ||||||||||||  |||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  29453119 ataggaaagagcgtacggcatactaggaaggtctttccacgagttcattttcgagctgaagagtctcacatgtgaatcagaagtagagtattgtggatca 29453020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 29443630 - 29443312
Alignment:
Q  239 gggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcatacc 338  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||| | ||| |   |||||||||||||||||||| |||    ||||||||| | ||||||||    
T  29443630 gggaaagaaggttgtacaagacttccaacacaaatgatggcatgatccaccctaggaattccttcaacataactaacacattcactcttgagatcatacc 29443531  T
Q  339 aaaacagtttcaaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaacccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaaga 438  Q
    ||||||| |||   |||  |  | |||||||||||||| | |||| |||||| ||| ||||||||| || ||| | | |||||| | || ||||||| ||    
T  29443530 aaaacagcttc---tcacgatctacttgcaacagaaccatacttctatcgctcgaataacctaaaatcctcaaagctctcaaaggtaaactgaaacacga 29443434  T
Q  439 tttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccacaaccatacaa 538  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  | |  ||||||||||| ||||| |||||||    
T  29443433 ttcagccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctacatccatattctttcatcacccaaacatcaattttagcagtttgataattcacaatcatacaa 29443334  T
Q  539 agacaccctcccaaaacagaaa 560  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||    
T  29443333 agacacccttccagaaccgaaa 29443312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 29453799 - 29453629
Alignment:
Q  20 aggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtc 119  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||  || | ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | ||| |||  |||||||| ||    
T  29453799 aggtagagacttcaaagtaattagagaatccttgttctataataagaattcaattta-cttttaacataaagtttaactgcatatatcatatgatggatc 29453701  T
Q  120 cattgcact-aatctaacatatacaaagcaaaagctaagataatgaacaagaagtaccttctcttgcttgta 190  Q
     |||| ||| ||  |||| |||||| ||||||| || ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  29453700 tattgaactgaaattaacttatacagagcaaaaactcagataataaataaggagtaccttctcttgcttgta 29453629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 29443774 - 29443647
Alignment:
Q  64 agaattcaatttaaccttt-aacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgggtccattgcactaatct-aacatatacaaagcaaaagctaagataa 161  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || || |||  |||||||||||||||| | | || | ||| ||||||||| |||| || || |||    
T  29443774 agaattcaatttgaccttttaacatggagtttaactagatatatcatatgatgggtccattgaattgatattaacttatacaaagaaaaaactcaggtaa 29443675  T
Q  162 tgaacaagaagtaccttctcttgcttgt 189  Q
    | || |||||||||||||||||||||||    
T  29443674 tcaataagaagtaccttctcttgcttgt 29443647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Original strand, 29422938 - 29423044
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| || |||| || ||||||||||||  || || ||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| || || |||  |||||| |    
T  29422938 caaaggtagagacttcaaaataattagagaatcattgtcatataataagaattcaatttgacctttta-acagagtttaactagatatatcatatgatcg 29423036  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  29423037 gtccattg 29423044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 29468273 - 29468228
Alignment:
Q  37 taattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaaccttt 82  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29468273 taattagagaatcattgtcctataataagaattcaatttgaccttt 29468228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 228 - 805
Target Start/End: Original strand, 4275 - 4885
Alignment:
Q  228 aattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactctt 327  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||  |||| ||||||| |||||   ||| ||| ||||||| ||||    
T  4275 aattatcaacaggaaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaatcttagctccattgaaatcaggaatttcttca---taactaacttgttcagtctt 4371  T
Q  328 caaatcataccaaaacagtttc------------------aaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaaaccccc 409  Q
    |||||||||||||||||| |||                  ||| | | ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||   | |    
T  4372 caaatcataccaaaacagcttcttatgatgcacctccaacaaaacctcaattccttcaatcagaaccttacttccatcactagaataacataaaggactc 4471  T
Q  410 aaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacat 509  Q
     | |||||||||  |||||||| ||| ||||| | || |||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  4472 gaagatttcaaatgtgaagtgacacacgatttcatcatagtaaaaagtttacaccaactatcttttaatccatattgtttcatcacccaaacatcaattt 4571  T
Q  510 cactagtttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaa------------aatt-----ctt-ttgacctatttc 591  Q
     | |||||| ||||| ||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||            ||||     ||| || |||||||||    
T  4572 tagtagtttcataattcacagtcatacaaagacatcctcccaaagcagcaacatcaatttcaacactgtcatttgaattaacctcttcttcacctatttc 4671  T
Q  592 agcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaacaacggtgtaatccatcaagttccttggtcattatccagtga 691  Q
      |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||| | || | ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  4672 gtcaggaagaggaacctcattgaaaatttcaagtgttaggttaaaagcgacaattagagaaggatgtaacccatcaagtttctttgccattatccagtga 4771  T
Q  692 agagaattgtgaacaaaaacccccatggtttgagcatagtaaagagcatacggcattctgggaattattttccacgagttgtttttagagctaaatagtc 791  Q
    | |||||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||    
T  4772 atagaatcctcaaccaaaacccccatggtttgagcaaagacaagggcgtacggcatagtaggaattattttccacgagttggttttcaagctaaagagtc 4871  T
Q  792 tgacatgtgaatca 805  Q
    | ||||||| ||||    
T  4872 taacatgtggatca 4885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Original strand, 4070 - 4177
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatgg 116  Q
    |||||||| ||  ||| ||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||| |  |||| || ||||||||| || ||  ||  ||||||||    
T  4070 caaaggtagagaattcaaagtaattatagaatccttttcctataataagaattcaatttgagttttagcacagagtttaactaaataaatcatatgatgg 4169  T
Q  117 gtccattg 124  Q
    ||||||||    
T  4170 gtccattg 4177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 225 - 562
Target Start/End: Original strand, 37462284 - 37462645
Alignment:
Q  225 tacaattaacaacagggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggc---ttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttc 321  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||   | |||  |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||    
T  37462284 tacaattatcaacagggaaaggaggtgatacaagactttcaacacaaatcatagcagctccattcaaattaggaactccttcaatataactaacttgttc 37462383  T
Q  322 actcttcaaatcataccaaaacagttt------------------caaatcattaattccttgcaacagaaccttccttccatcgctagaacaacctaaa 403  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||                  |||| | | ||| |||| ||||| |||||| |||||||| |||||| ||| ||||    
T  37462384 actcttccaatcataccaaaacagctttctgtgatctaccttcaacaaaacctgaatgccttccaacaaaaccttacttccatcactagaataacataaa 37462483  T
Q  404 acccccaaggatttcaaagatgaagtgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacat 503  Q
      || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37462484 ggcctcaaagatttcaaaggtgaagtgaaacacgatttatccacagtacaaagtttacaccaactatctctagatccatattctttcatcacccaaacat 37462583  T
Q  504 caacatcactag---tttgataatccacaaccatacaaagacaccctcccaaaacagaaaca 562  Q
    |||  | | |||   ||| ||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  37462584 caaatttagtagtttttttataattcacagtcatacaaagacagcctcccaaaacagcaaca 37462645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Original strand, 37462095 - 37462209
Alignment:
Q  17 caaaggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacc-tttaacatagagtttaagtacatgtattgtatgatg 115  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||  |||| ||||| |||  |||||||    
T  37462095 caaaggtagagacttcaaagtaattagagaatccttgtcctataacaagaattcaatttgaccttttagcatagaacttaactacatatatcatatgatg 37462194  T
Q  116 ggtccattgcactaa 130  Q
    |||||| || |||||    
T  37462195 ggtccaatgaactaa 37462209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 446 - 506
Target Start/End: Original strand, 39427680 - 39427740
Alignment:
Q  446 aaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    |||||||| | ||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39427680 aaagtaaacaatttacaccaactatatctatatccatattctttcatcacccaaacatcaa 39427740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 579 - 650
Target Start/End: Original strand, 37462674 - 37462745
Alignment:
Q  579 tttgacctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtgttaagttaaacgccacaattaaac 650  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| || | ||||||||    
T  37462674 tttgacttatttcaaccggaagaggaacctcgttaaaaatctcaaatgttaggttaaatgcgaaaattaaac 37462745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 7e-39; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 429 - 555
Target Start/End: Original strand, 45243719 - 45243845
Alignment:
Q  429 tgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccac 528  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||    
T  45243719 tgaaacacgatttaaccaaagtaaaaagtttacaccaaatatctctagaaccatattctttcatcacccaaacatcaatttcattagtttgataattcac 45243818  T
Q  529 aaccatacaaagacaccctcccaaaac 555  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||    
T  45243819 aatcatacaaagacactctcccaaaac 45243845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 437 - 544
Target Start/End: Original strand, 45230460 - 45230570
Alignment:
Q  437 gatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaaca---tcactagtttgataatccacaacca 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||   | | |||||||||||| ||||| ||    
T  45230460 gatttaaccaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagaaccatattctttcatcacccaaacatcatcaattttattagtttgataattcacaatca 45230559  T
Q  534 tacaaagacac 544  Q
    |||||||||||    
T  45230560 tacaaagacac 45230570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 429 - 506
Target Start/End: Original strand, 45237970 - 45238047
Alignment:
Q  429 tgaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45237970 tgaaacacgattcaactaaagtaaaaagtttacaccaactatctctagatccatattctttcatcacccaaacatcaa 45238047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 345
Target Start/End: Original strand, 45230244 - 45230347
Alignment:
Q  242 aaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaaa 341  Q
    ||||| |||| |||||| ||| || |||||| |||  ||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  45230244 aaggatggtgatacaaggctttcagcacaaatcattacttcattgaaagtaggaattccttgaacatgagtaacttgttcactcttgaaatcataccaaa 45230343  T
Q  342 acag 345  Q
    ||||    
T  45230344 acag 45230347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 344
Target Start/End: Original strand, 45237760 - 45237864
Alignment:
Q  240 ggaaggaaggtggtacaagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcatacca 339  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||  ||||||  ||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||| |||| |  ||||||||    
T  45237760 ggaaggaaggtggtacaaggctttcagcacaaatcattacttcattcaaagtaggaattcctcgaacataaataacttgttcattcttgaggtcatacca 45237859  T
Q  340 aaaca 344  Q
    |||||    
T  45237860 aaaca 45237864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 345
Target Start/End: Original strand, 45243505 - 45243609
Alignment:
Q  242 aaggaaggtggtac-aagacttccaacacaaaacatggcttcatcaaaattaggaattccttcaacataagtaatttgttcactcttcaaatcataccaa 340  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| || |||||| |||  ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||    
T  45243505 aaggaaggtgataccaaggctttcagcacaaatcattacttcattgaaagtaggaattccttgaacataagtaagttgttcactgttgagatcataccaa 45243604  T
Q  341 aacag 345  Q
    |||||    
T  45243605 aacag 45243609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 430 - 579
Target Start/End: Original strand, 26574882 - 26575031
Alignment:
Q  430 gaaacaagatttaaccaaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaacatcactagtttgataatccaca 529  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||  || ||||||||||    
T  26574882 gaaacacgatttaaccacagtaaaaagtttacaccaactatctctacatccatattctttcatcacccaaacatcaattttagtatctttataatccaca 26574981  T
Q  530 accatacaaagacaccctcccaaaacagaaacagaaatttcaaaattctt 579  Q
      |||||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||| |||| ||||    
T  26574982 gtcatacaaagacaccctcctaaatcagcaacacgaattttaaaactctt 26575031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 96
Target Start/End: Original strand, 26574525 - 26574600
Alignment:
Q  21 ggtaaagccttcgaagtaattagagaatagttatcctataataagaattcaatttaacctttaacatagagtttaa 96  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  26574525 ggtaaagacgtcaaagtaattagagaatccttatcctatgataagaattcaatttgacctataatatagagtttaa 26574600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 460 - 507
Target Start/End: Original strand, 561273 - 561320
Alignment:
Q  460 acaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaac 507  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  561273 acaccaactatctctaaatccatattctttcattacccaaacatcaac 561320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 584 - 626
Target Start/End: Original strand, 26575048 - 26575090
Alignment:
Q  584 cctatttcagcaggaagaggaacctggttgaaaatctcaagtg 626  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26575048 cctatttcatcaggaagaggaacctcgttgaaagtctcaagtg 26575090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 445 - 506
Target Start/End: Original strand, 36224454 - 36224515
Alignment:
Q  445 caaagtaaaaagtttacaccagctatctctagatcgatattctttcatcacccaaacatcaa 506  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36224454 caaagtaaacaatttacaccaactatctctaaatccatattctttcatcacccaaacatcaa 36224515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University