View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16165_low_5 (Length: 522)

Name: NF16165_low_5
Description: NF16165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16165_low_5
NF16165_low_5
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (22-517)||(1355187-1355682)
chr2 (22-414)||(1362073-1362465)
chr2 (22-346)||(20492858-20493182)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (22-387)||(29954723-29955088)
chr4 (33-392)||(51369360-51369719)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (30-395)||(11532044-11532409)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (22-387)||(12846701-12847066)
chr6 (22-346)||(14622804-14623128)
chr6 (31-346)||(14589155-14589470)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 517
Target Start/End: Original strand, 1355187 - 1355682
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1355187 cacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgttct 1355286  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1355287 tgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgttttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagtgaggaagatgggtct 1355386  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1355387 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaggttttca 1355486  T
Q  322 gttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagactagtaatt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355487 gttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagactagtaatt 1355586  T
Q  422 ttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatttattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttccttcatctcagt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1355587 ttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatttattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttccttcttctcagt 1355682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 414
Target Start/End: Original strand, 1362073 - 1362465
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  1362073 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttct 1362172  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362173 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 1362272  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  1362273 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaagttttca 1362372  T
Q  322 gttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagact 414  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1362373 gttcaaaagatattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagact 1362465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 20492858 - 20493182
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||| ||    
T  20492858 caccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtact 20492957  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |||| |  | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||     
T  20492958 tgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaatgagcaagatgggtcc 20493057  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttca 321  Q
    ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  || || ||||| |||||  |||| ||| |||||     
T  20493058 tttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctatagaaaaaatgccaaagatatgggaaagattttcg 20493157  T
Q  322 gttcaaaagatattcacaatcaata 346  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||    
T  20493158 gttcaaaagatcttcacaatgaata 20493182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 387
Target Start/End: Original strand, 29954723 - 29955088
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  29954723 cacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtcct 29954822  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||||   |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  29954823 tgtgacattgccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagtgagcaagatgggtcc 29954922  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta-gtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttc 320  Q
    ||||||||||||||  | || ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||| ||||| |||||  |||  |||||||||    
T  29954923 tttactagggactcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatgtatc-ggaataatgccaaagatatggaaaaggttttc 29955021  T
Q  321 agttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttc 387  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| ||| | ||  | |||||||||||| | |||||||| ||||    
T  29955022 agttcaaaagatcttcacaatgaatacattaaagatgtcattgctgctcttcaaaagtatagagttc 29955088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 51369719 - 51369360
Alignment:
Q  33 aaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgc 132  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  |||| | | ||||| |||| ||||| ||||| ||| |||    
T  51369719 aaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttcatcttgggcatgttcttgtcacattgc 51369620  T
Q  133 cttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggga 232  Q
    ||||| | |||||||| ||||||| | ||||   | | |  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  51369619 cttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactaggga 51369520  T
Q  233 ctctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagat 332  Q
    |||||| ||  |  |||||||||||| ||| |||||||||||||| || |  | |||||| ||||| |||||  |||| ||  |||||||||||||||||    
T  51369519 ctctgtagccaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggtagcacgtgcaggaaaaatgctaaagatatgggaaaaattttcagttcaaaagat 51369420  T
Q  333 attcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttcc 392  Q
     ||||||||||||| ||| | || || || ||||||||| | ||| |||| |||| ||||    
T  51369419 cttcacaatcaatacattaaagatttaatcgctgctcttcaaaagcatagagttcattcc 51369360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 150; Significance: 5e-79; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 30 - 395
Target Start/End: Original strand, 11532044 - 11532409
Alignment:
Q  30 cttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacac 129  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||  |||||||||     
T  11532044 cttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgctcttgtgacat 11532143  T
Q  130 tgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactag 229  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | | |  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  11532144 tgccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagtgagaaagacgggtcctttactag 11532243  T
Q  230 ggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaa 329  Q
    |||||| || ||  |  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11532244 ggactcagtagccaaaacattgaggttggtaataatggatgaggaaggaagtacgtacagaaacaatgccaaagatatgggaaaggttttcagttcaaaa 11532343  T
Q  330 gatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaat 395  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||| | |||||||| |||| |||||||    
T  11532344 gatcttcacaatcaatacattgaagattttattgttgctcttcaaaagtatagagttcattccaat 11532409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 126; Significance: 9e-65; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 387
Target Start/End: Original strand, 12846701 - 12847066
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    |||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||| ||    
T  12846701 caccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctccattttggacatgttct 12846800  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | |  ||||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||||     
T  12846801 tgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctgaaaagaaagtggccattgaggttccaagaagtgaggaggatgggtcc 12846900  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttca 321  Q
    ||||||||||||| ||| || |   |||||||||| |||||  ||||||  ||||||| || || ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  12846901 tttactagggactttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccgaaggaattatttacaggaacaatgcaaaagagatgggcaagattttca 12847000  T
Q  322 gttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttc 387  Q
    ||||||||||  |||||||  |||| ||||| || || |||||||||||| | |||||||||||||    
T  12847001 gttcaaaagaacttcacaaaaaatacattgaagatttcattgctgctcttcaaaagtatagggttc 12847066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 14622804 - 14623128
Alignment:
Q  22 cacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtcct 121  Q
    |||| ||| |||| |||||| |||||| | ||||| |||| ||||||| ||| |||||| |  |||| || ||||||| | ||||| |||| ||||| ||    
T  14622804 caccccagtttaagatcttaactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttcatcttgggcatgttct 14622903  T
Q  122 tgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtct 221  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |     
T  14622904 tgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggcc 14623003  T
Q  222 tttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttca 321  Q
     ||| |||||||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| | |    
T  14623004 attaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagacatgggaaaggttgtga 14623103  T
Q  322 gttcaaaagatattcacaatcaata 346  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||    
T  14623104 gttcaaaagatcttcacaatgaata 14623128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 346
Target Start/End: Original strand, 14589155 - 14589470
Alignment:
Q  31 ttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacact 130  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| |  |||| ||  |||||| | || || |||| ||||| ||||||||| |    
T  14589155 ttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgctttatcttgggcatgttcttgtgacatt 14589254  T
Q  131 gccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagg 230  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| ||||    
T  14589255 gccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaatagg 14589354  T
Q  231 gactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaag 330  Q
    |||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| | ||||||||||    
T  14589355 gactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagaaatgggaaaggttgtgagttcaaaag 14589454  T
Q  331 atattcacaatcaata 346  Q
    || |||||||| ||||    
T  14589455 atcttcacaatgaata 14589470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University