View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16172_low_21 (Length: 335)

Name: NF16172_low_21
Description: NF16172
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16172_low_21
NF16172_low_21
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (10-236)||(33399476-33399702)
chr3 (9-311)||(14399495-14399797)
chr3 (10-311)||(7841834-7842135)
chr3 (10-311)||(46992065-46992366)
chr3 (27-311)||(36816335-36816619)
chr3 (10-311)||(21955057-21955358)
chr3 (10-311)||(48249686-48249987)
chr3 (27-311)||(77839-78123)
chr3 (29-311)||(13746540-13746822)
chr3 (27-311)||(7838554-7838838)
chr3 (29-311)||(9428652-9428934)
chr3 (10-311)||(6504774-6505075)
chr3 (29-311)||(6741847-6742129)
chr3 (29-311)||(3949703-3949985)
chr3 (29-311)||(8159802-8160084)
chr3 (29-311)||(16445580-16445862)
chr3 (10-280)||(29930309-29930579)
chr3 (10-280)||(29979463-29979733)
chr3 (29-311)||(30946461-30946743)
chr3 (134-275)||(4510341-4510482)
chr3 (134-275)||(1275244-1275385)
chr3 (79-275)||(25059796-25059992)
chr3 (29-172)||(50954233-50954376)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (10-319)||(26466081-26466390)
chr1 (10-313)||(32106460-32106760)
chr1 (10-311)||(50116582-50116883)
chr1 (10-319)||(16246562-16246871)
chr1 (10-311)||(21943183-21943484)
chr1 (10-311)||(37015855-37016156)
chr1 (10-311)||(38691758-38692059)
chr1 (10-316)||(25231244-25231549)
chr1 (10-311)||(46974105-46974406)
chr1 (27-309)||(51663216-51663498)
chr1 (10-274)||(7980068-7980332)
chr1 (80-311)||(13174792-13175023)
chr1 (29-311)||(29355507-29355789)
chr1 (29-311)||(41454797-41455079)
chr1 (118-311)||(5078984-5079177)
chr1 (29-311)||(20350416-20350698)
chr1 (29-311)||(44619922-44620204)
chr1 (29-311)||(3947280-3947562)
chr1 (29-311)||(3984073-3984355)
chr1 (29-311)||(13630376-13630658)
chr1 (29-311)||(44466542-44466824)
chr1 (29-311)||(38774934-38775216)
chr1 (118-311)||(12649398-12649589)
chr1 (79-275)||(25593678-25593874)
chr1 (134-214)||(39914002-39914082)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (25-312)||(20285965-20286252)
chr5 (43-316)||(23028374-23028654)
chr5 (27-311)||(18537155-18537439)
chr5 (10-311)||(25895920-25896221)
chr5 (204-314)||(20287403-20287513)
chr5 (118-311)||(7020699-7020892)
chr5 (118-311)||(34078829-34079022)
chr5 (34-186)||(13157978-13158130)
chr5 (10-311)||(7799825-7800126)
chr5 (118-311)||(27866664-27866857)
chr5 (80-311)||(4202758-4202989)
chr5 (10-210)||(20286449-20286650)
chr5 (29-311)||(11032271-11032553)
chr5 (29-311)||(37819696-37819978)
chr5 (29-311)||(38859009-38859291)
chr5 (134-311)||(28885227-28885404)
chr5 (142-311)||(1036424-1036593)
chr5 (10-214)||(1035466-1035670)
chr5 (55-227)||(13567005-13567177)
chr5 (143-227)||(25048472-25048556)
chr5 (174-226)||(9376677-9376729)
chr5 (247-311)||(13566910-13566974)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (26-319)||(17996983-17997276)
chr2 (10-311)||(41007799-41008100)
chr2 (50-311)||(436292-436553)
chr2 (10-311)||(12907311-12907612)
chr2 (10-311)||(11692634-11692934)
chr2 (10-311)||(43949101-43949402)
chr2 (118-311)||(9655205-9655398)
chr2 (10-311)||(24750599-24750900)
chr2 (10-311)||(28354721-28355022)
chr2 (118-311)||(3802385-3802578)
chr2 (118-311)||(27275179-27275372)
chr2 (27-311)||(24604908-24605192)
chr2 (118-311)||(34920601-34920794)
chr2 (29-311)||(212260-212542)
chr2 (29-311)||(10623273-10623555)
chr2 (29-311)||(39794930-39795212)
chr2 (118-311)||(5348216-5348409)
chr2 (118-311)||(41561061-41561254)
chr2 (118-311)||(45476407-45476599)
chr2 (29-236)||(7263992-7264199)
chr2 (29-311)||(38946723-38947005)
chr2 (168-311)||(1098645-1098788)
chr2 (10-171)||(1100042-1100203)
chr2 (10-100)||(34920802-34920892)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (46-316)||(6182653-6182925)
chr4 (27-311)||(4976713-4976997)
chr4 (80-311)||(11502517-11502748)
chr4 (10-311)||(18580150-18580448)
chr4 (29-311)||(9890982-9891264)
chr4 (126-311)||(19072476-19072661)
chr4 (27-297)||(4978787-4979057)
chr4 (27-313)||(51643315-51643603)
chr4 (118-309)||(41024248-41024439)
chr4 (118-311)||(3404839-3405032)
chr4 (29-311)||(49565283-49565565)
chr4 (117-311)||(4769178-4769376)
chr4 (10-311)||(21471735-21472035)
chr4 (146-311)||(38463656-38463821)
chr4 (195-311)||(44049736-44049852)
chr4 (10-102)||(17140530-17140622)
chr4 (10-102)||(38463825-38463917)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (10-319)||(8400527-8400836)
chr7 (10-311)||(43827425-43827726)
chr7 (10-304)||(47061824-47062118)
chr7 (29-311)||(18106348-18106630)
chr7 (118-311)||(15060662-15060855)
chr7 (29-311)||(617568-617850)
chr7 (29-311)||(42500367-42500649)
chr7 (29-311)||(43622954-43623236)
chr7 (29-311)||(45764339-45764621)
chr7 (29-311)||(30787499-30787781)
chr7 (10-213)||(21799953-21800156)
chr7 (143-279)||(16794464-16794600)
chr7 (128-275)||(3761964-3762111)
chr7 (79-214)||(20908433-20908568)
chr7 (134-264)||(8194146-8194276)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (27-311)||(35965564-35965848)
chr8 (10-305)||(7168841-7169136)
chr8 (10-311)||(39751847-39752148)
chr8 (10-309)||(45455317-45455616)
chr8 (10-311)||(43688990-43689291)
chr8 (27-311)||(43370725-43371009)
chr8 (29-311)||(7341039-7341321)
chr8 (29-311)||(8422675-8422957)
chr8 (29-311)||(30304429-30304711)
chr8 (29-311)||(32377727-32378009)
chr8 (29-311)||(32431684-32431966)
chr8 (118-311)||(1115821-1116014)
chr8 (10-226)||(14401676-14401894)
chr8 (80-214)||(22580914-22581048)
chr8 (50-297)||(2145837-2146070)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (10-311)||(17010-17311)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (10-311)||(18606937-18607238)
chr6 (10-309)||(24220107-24220408)
chr6 (80-311)||(31147333-31147564)
chr6 (29-307)||(28250856-28251134)
chr6 (50-311)||(29287767-29288028)
chr6 (29-311)||(1611570-1611852)
chr6 (118-236)||(21358241-21358359)
chr6 (118-236)||(23962223-23962341)
chr6 (27-189)||(7362137-7362299)
chr6 (79-194)||(34111598-34111713)
chr6 (10-102)||(35243544-35243636)
chr6 (29-102)||(13387722-13387795)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (10-311)||(12203-12505)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (29-311)||(1841-2123)
[»] scaffold0341 (1 HSPs)
scaffold0341 (118-311)||(16176-16369)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (29-311)||(33769-34051)
[»] scaffold0340 (1 HSPs)
scaffold0340 (10-189)||(111-290)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 10 - 236
Target Start/End: Original strand, 33399476 - 33399702
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399476 aagaaaatgtaggtgtatgttcatggttcgtggatatcttagtaggcaagcaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 33399575  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399576 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtacgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 33399675  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagac 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  33399676 ttttgttaaatttgaagaccaaaagac 33399702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 311
Target Start/End: Original strand, 14399495 - 14399797
Alignment:
Q  9 gaagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagat 108  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||    
T  14399495 gaagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattctaaatggagttcacaaccatgccat 14399594  T
Q  109 gtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaat 208  Q
    | | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| ||||    
T  14399595 ggagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaagaaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaat 14399694  T
Q  209 attttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgaca 308  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  14399695 attttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgaca 14399794  T
Q  309 aga 311  Q
    |||    
T  14399795 aga 14399797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 7842135 - 7841834
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7842135 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7842036  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7842035 aagccggctttagaaggacacattcttgcctgtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7841936  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  7841935 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacatcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 7841836  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  7841835 ga 7841834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 46992366 - 46992065
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  46992366 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 46992267  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| ||||     
T  46992266 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatt 46992167  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| || | ||| || ||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  46992166 ttttgatacatttgaagaacaaaataccacattgcatgacaaatatgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaagacaaatagaggtgacaa 46992067  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  46992066 ga 46992065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 36816619 - 36816335
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |    
T  36816619 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaagg 36816520  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  36816519 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 36816420  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  36816419 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 36816335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21955358 - 21955057
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| | ||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  21955358 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagtaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 21955259  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    | ||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21955258 gagccggctctagaaggacacattattgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21955159  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  21955158 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 21955059  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  21955058 ga 21955057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 48249987 - 48249686
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  48249987 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 48249888  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    |||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||  |||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  48249887 gagccggctttataaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagactgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 48249788  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  48249787 ttttgatacatttgaaaaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 48249688  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  48249687 ga 48249686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 78123 - 77839
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||   |||| | |    ||||||| |    
T  78123 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatttgatggagccggctttagaagg 78024  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  78023 acacattattgccggtagattaaaggaagacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 77924  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | ||||| || | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  77923 aacaaaataccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatgaaaggcaaatagaggtgacaaga 77839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 13746822 - 13746540
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  13746822 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 13746723  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  13746722 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 13746623  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  13746622 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 13746540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Original strand, 7838554 - 7838838
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||| ||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  7838554 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttagtggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagg 7838653  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||| | |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  7838654 acacattctttccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaatatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 7838753  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||| |||||    
T  7838754 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtggcaaga 7838838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 9428934 - 9428652
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  9428934 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 9428835  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  9428834 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 9428735  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  9428734 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 9428652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6505075 - 6504774
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  6505075 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 6504976  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| |  |||||| |||||  ||||||||||||||    | || |||||| |||||    
T  6504975 gagccggctttagaatgacacattcttgccggtagactaaaggaggacgaaaagaagattgtacatgacttgaccaagaacaagatgtttccaagaaata 6504876  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| || | |||||||||||    
T  6504875 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcacatagaggtgacaa 6504776  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  6504775 ga 6504774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 6741847 - 6742129
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  6741847 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 6741946  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  6741947 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 6742046  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  6742047 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 6742129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 3949703 - 3949985
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3949703 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3949802  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  3949803 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 3949902  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  3949903 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 3949985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 8160084 - 8159802
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  8160084 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 8159985  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  8159984 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 8159885  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  8159884 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 8159802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 16445580 - 16445862
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  16445580 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 16445679  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  16445680 acattctttccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 16445779  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
      |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  16445780 acaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 16445862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 29930309 - 29930579
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29930309 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 29930408  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
       |    ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| | |||    
T  29930409 atgccggctttagaaggacacattcttggcggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagacata 29930508  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaa 280  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| || | |||||||||| ||||    
T  29930509 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaaatgtacaatgaacgtcaa 29930579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 29979463 - 29979733
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29979463 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 29979562  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
       |    ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| | |||    
T  29979563 atgccggctttagaaggacacattcttggcggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagacata 29979662  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaa 280  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| || | |||||||||| ||||    
T  29979663 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaaatgtacaatgaacgtcaa 29979733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30946743 - 30946461
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30946743 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30946644  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  30946643 acattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 30946544  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  30946543 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaaagtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 30946461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 134 - 275
Target Start/End: Original strand, 4510341 - 4510482
Alignment:
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaa 233  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | ||||||  || ||  |||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  4510341 cttgcgggaagattaatggaggacgacaagaaaattatacatgacttgaccaatagttcggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaa 4510440  T
Q  234 gacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaac 275  Q
    ||||| | |  | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4510441 gacaagagtctatgacaaatatcaagtaagtctacaatgaac 4510482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 1275385 - 1275244
Alignment:
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaa 233  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||||||| |||| | ||   |||||||||||||||  |||||| ||||  ||||    
T  1275385 cttgtgggaagattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaatagttcgatgaaaccaaaaaatattttgacaaatttaaagaaaaaaa 1275286  T
Q  234 gacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaac 275  Q
    ||||| | | || || |||||||||| |||| ||||||||||    
T  1275285 gacaagagtccatgaaaaatatcaagcaagtctacaatgaac 1275244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 25059992 - 25059796
Alignment:
Q  79 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 178  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||| || |  ||||| | | ||||| |||||||  ||||||| | |||| | |||| || || ||||||||    
T  25059992 tattcttaatggtgttcacaaccataagatgttaccatatttagcagggcacattcttgcggaaagattaatgaaggacgacaaggagattatatgtgac 25059893  T
Q  179 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaac 275  Q
    ||||||||||||| ||     | |||||||||||||  |||||||||||  |||| | || | | || ||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  25059892 ttgaccaagagttcggcaaaacaaaaaaatattttgacaaatttgaagaaaaaaataaaagagtccatgacaaatataaagcaagtctacaatgaac 25059796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 172
Target Start/End: Original strand, 50954233 - 50954376
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  50954233 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 50954332  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgta 172  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  50954333 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgta 50954376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 26466390 - 26466081
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26466390 aagaaaatgtaggtgtatgttcattgttcgtggatatcttagtaggcaaacaaatgattggagattaaacattcttaatggagttcacaaccatgagatg 26466291  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  26466290 gagccggctttagaatgacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgataagaagattgtacgtgacttgaccaagactaaggtgcttccaagaaata 26466191  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| | ||    
T  26466190 ttttgttaaatttgaagaacaaaaaacaagattgcatgacaaatatcaagcaagtatacaatgaacgtcaataaatatggaagtcatacagaggttaaaa 26466091  T
Q  310 gacggtgttg 319  Q
     |||||||||    
T  26466090 aacggtgttg 26466081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 10 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 32106760 - 32106460
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| || ||||||    
T  32106760 aagaaaatgtgggtgaatgttcatggttcgtggatatcttagaaggtaaacaaatgattggagattgaatattcttaa--gagttcacaatcatgagatg 32106663  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | | |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32106662 gagccaagtttagaaggacacatgattgctggtagattaaaggagaatgacaaaaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgctttgaaaaaata 32106563  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
      |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  32106562 -gttgttaaatttgaagagcaaaagacaagattgcaagacaaatatcaagcaagtatgcaattaacatcaacaaatatggaagtcgaacagaggtgacaa 32106464  T
Q  310 gacg 313  Q
    ||||    
T  32106463 gacg 32106460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 50116883 - 50116582
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||| ||| || | |||||| || |||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  50116883 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaataaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcactaccatgcgatg 50116784  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  50116783 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgttcgtgacttgaccaagagttagatgcttccaagaaata 50116684  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  50116683 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 50116584  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  50116583 ga 50116582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 16246871 - 16246562
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| | |||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||    
T  16246871 aagaaaatgtgggtgtatgttcatggttagtgaatatctgtgtaggcaaacaaatgaatggagattgaa-attgttaatgaagttcacaaccatgcgatg 16246773  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||   ||||| ||| || ||||    
T  16246772 gagccgactttagaaggacacatgcttaccggtagattaaaagaggatgacaagaagattgtacgtgactt-accaaaagcaaggtgcatcc-aagaata 16246675  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaat---atgaaagtcaaacagaggtga 306  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||  |||||||||||| || ||| |||| ||||||||  |||    | ||| ||||| ||||||||    
T  16246674 ttttgttaaatttgaagagaaaaagacaagattgcataacaaatatcaagcaattatgcaatcaacatcaacgaatgaagtcaaactcaaatagaggtga 16246575  T
Q  307 caagacggtgttg 319  Q
    |||||||||||||    
T  16246574 caagacggtgttg 16246562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21943484 - 21943183
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||| |||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  21943484 aagaaaatgtgggtgcttgtttatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggaatggggattgaacattctcaatggagttcacaaccatgggatg 21943385  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |   |||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21943384 gagccgggtttagaaggacacattcttaccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21943285  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| ||||  |||| |||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||    
T  21943284 ttttgataaatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtcaaacaagtgtacaataaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggcgacaa 21943185  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  21943184 ga 21943183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 37015855 - 37016156
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  37015855 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 37015954  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  37015955 gagctggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtgcgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 37016054  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  37016055 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 37016154  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  37016155 ga 37016156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38692059 - 38691758
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  38692059 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 38691960  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||| | ||||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  38691959 gagccgactttagaaggacacgttcttgccggtaaattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 38691860  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||    
T  38691859 ttttgatacatttgaataacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacatcaacaaatatggaaggcaaatagagatgacaa 38691760  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  38691759 ga 38691758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 316
Target Start/End: Original strand, 25231244 - 25231549
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||  ||| || |||| |||||||| |||||||||| | |||||| |||||| | ||||||||||||||||  |||| |    
T  25231244 aagaaaatgtgggtgtatgt-cattcttcctggatatattagtagggaaacaaatgactggagattgaatattttcaatggagttcacaaccgtgagacg 25231342  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | | |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||  || |||||    
T  25231343 aagccaagtttggaaggacacatgcttgcaggtagatcaagggaggataccaagaagattgtacgtgacttgaccaaatgtttggtgcttttaacaaata 25231442  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    |||||||||||||||| |  |||||| || | | || ||||||||||||| ||||||||||  |||   || || |||  ||||||||||||||| |||     
T  25231443 ttttgttaaatttgaaaagaaaaagataagagtgcatgacaaatatcaagcaagtatacaactaacggaaaaaattattcaagtcaaacagaggtaacat 25231542  T
Q  310 gacggtg 316  Q
    |||||||    
T  25231543 gacggtg 25231549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 46974105 - 46974406
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  46974105 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagtttacaaccatgcgatg 46974204  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  46974205 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtacattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 46974304  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || |||| |||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||  |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| | |||||||||    
T  46974305 ttttgatacatttaaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaaacaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataaaggtgacaa 46974404  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  46974405 ga 46974406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 27 - 309
Target Start/End: Original strand, 51663216 - 51663498
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || |||||||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  51663216 tgttcatgattagtgaatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagctcacaaccatgcgatgaagccggctttagaatg 51663315  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  51663316 acacattcttgctggtagattaaaggaggaggacaagaagattgtacgcgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 51663415  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||| ||||| |||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||    
T  51663416 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacattgaacgtcaacaaaaatggaaggcaaatagaggtgacaa 51663498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7980332 - 7980068
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  7980332 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 7980233  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7980232 cagtcggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7980133  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaa 274  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||    
T  7980132 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaa 7980068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 80 - 311
Target Start/End: Original strand, 13174792 - 13175023
Alignment:
Q  80 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||| | ||||||| || || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||    
T  13174792 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttaggaggacacattctcgctggtagattaaaggaggacgacaagaagattgttcgtgact 13174891  T
Q  180 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatca 279  Q
    ||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||||||||| ||||    
T  13174892 tgaccaagagcaagatgcttccaataaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaaaatca 13174991  T
Q  280 ataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  13174992 acaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 13175023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 29355789 - 29355507
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  29355789 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 29355690  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  29355689 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 29355590  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  29355589 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 29355507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 41454797 - 41455079
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  41454797 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 41454896  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  41454897 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 41454996  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  41454997 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 41455079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 5078984 - 5079177
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||  ||    
T  5078984 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacggcaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttaata 5079083  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| || | || ||||||||||    
T  5079084 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcagataggggtgacaaga 5079177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 20350416 - 20350698
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||||| |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  20350416 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattaaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 20350515  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  20350516 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 20350615  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  20350616 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 20350698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 44620204 - 44619922
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  44620204 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 44620105  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  44620104 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 44620005  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| | |||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  44620004 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtgcaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 44619922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 3947562 - 3947280
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3947562 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3947463  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  3947462 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 3947363  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  3947362 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 3947280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 3984073 - 3984355
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3984073 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3984172  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  3984173 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 3984272  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  3984273 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 3984355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 13630376 - 13630658
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  13630376 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 13630475  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  13630476 acattctttccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 13630575  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
      |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  13630576 acaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 13630658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 44466542 - 44466824
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  44466542 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 44466641  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  44466642 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 44466741  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  44466742 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 44466824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38775216 - 38774934
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38775216 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38775117  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  38775116 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 38775017  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |  ||||||||||    
T  38775016 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatatgggtgacaaga 38774934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 12649589 - 12649398
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||  ||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  12649589 tttagaaggacacattcttgccggtaaattaa--gagcacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 12649492  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||| |  ||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  12649491 catttgaaaaataaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaagacaaatagaggtgacaaga 12649398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 275
Target Start/End: Original strand, 25593678 - 25593874
Alignment:
Q  79 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 178  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||  | |  ||||| | | ||| | |||||||| | ||||| |||||| | ||||  | |||||||||||    
T  25593678 tattcttaatggtgttcacaaccataagatgttgccatatttagcagggcaccttcttgcgggaatattaatggaggacgacaaggcgattgtatgtgac 25593777  T
Q  179 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaac 275  Q
    |||||||| |||| |||    |||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||| | | || ||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  25593778 ttgaccaatagttcggtaaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaagacaagagtccatgacaaatatcaaacaagtctacaatgaac 25593874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 214
Target Start/End: Original strand, 39914002 - 39914082
Alignment:
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 214  Q
    |||||| | ||||||| | |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  39914002 cttgcgagaagattaatgaaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagtttggtgcaacaaaaaaatattttg 39914082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 25 - 312
Target Start/End: Original strand, 20285965 - 20286252
Alignment:
Q  25 tatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaa 124  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| | || | | || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    |||||||    
T  20285965 tatgttcatggtaagtggatatcttagtaggcaaacaaatgaatggaaactgaacattcttaatggagttcacaaccatgtgatggagccggctttagaa 20286064  T
Q  125 agacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttga 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20286065 ggacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtatgtgacttaaccaagagtaaggtgcttccaagaaatattttgttaaatttga 20286164  T
Q  225 agaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaagac 312  Q
    ||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20286165 agagcaaaagacaagattgcatgacaaatatcaagcaagtatacaatgaacatcaacaaatatggaagtcaaacagaggtgacaagac 20286252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 23028654 - 23028374
Alignment:
Q  43 atatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggt 142  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  23028654 atatcttagtagggaaacaaatgattggagattgaatattattaatggagttcacaaccatgagatgaaggcaagtttagaagaacacatgcttgcgggt 23028555  T
Q  143 agattaaaggaggatggcaagaagcttgta-------tgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaaga 235  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||        |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  23028554 agattaagggaggatgacaagaagattgtacatgattggtgacttgaccaagagtttgatgctttcaaaaaatattttattaaatttgaagagaaaaaga 23028455  T
Q  236 caaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaagacggtg 316  Q
     || | | || ||||||||||| | ||||||||||||||| | || ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  23028454 aaagagtgcatgacaaatatcatgcaagtatacaatgaacgtaaaaaaatattcaagtcaaacagaggtgacaaaacggtg 23028374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18537439 - 18537155
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| | ||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||  | | |  ||||||| |    
T  18537439 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagaaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgattgagccagctttagaagg 18537340  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  18537339 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagtgagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 18537240  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  18537239 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 18537155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 25896221 - 25895920
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  25896221 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatg 25896122  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  25896121 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 25896022  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  25896021 ttttgatacatttgaaaaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 25895922  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  25895921 ga 25895920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 204 - 314
Target Start/End: Original strand, 20287403 - 20287513
Alignment:
Q  204 aaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagagg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20287403 aaaatattttgttaaatttgaagagcaaaagacaagattgtatgacaaatatcaagcaagtatataatgaacgtcaataaatatgaaagtcaaacagagg 20287502  T
Q  304 tgacaagacgg 314  Q
    |||||||||||    
T  20287503 tgacaagacgg 20287513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 7020892 - 7020699
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  7020892 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtatgtgacttgaccaagaggaagatgcttccaagaaatattttgata 7020793  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  7020792 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 7020699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 34078829 - 34079022
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  34078829 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 34078928  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  34078929 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 34079022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 13158130 - 13157978
Alignment:
Q  34 ggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatg 133  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||| |   || |||| || ||| ||||    
T  13158130 ggttcgtggatatcttaataagcaaacaaatgattggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatgaaatggagtcaaatttaaaaggacgcatg 13158031  T
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  13158030 cttgcgggtagattaaaggaggatgacaagaaacttgtatgtgacttcaccaa 13157978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 7800126 - 7799825
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |  ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7800126 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgggaattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7800027  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||  |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7800026 gagccggctttagaaggacacattcttgtcggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7799927  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| |||  ||| |||||||||||    
T  7799926 ttttgatacatttgaaaaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggaaaatagaggtgacaa 7799827  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  7799826 ga 7799825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 27866857 - 27866664
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  27866857 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 27866758  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| |||  ||| |||||||||||||    
T  27866757 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggaaaatagaggtgacaaga 27866664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4202989 - 4202758
Alignment:
Q  80 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||    
T  4202989 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaaggacacactcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgact 4202890  T
Q  180 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatca 279  Q
    ||| ||||||   | |||||||||  ||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || || |||| | ||| |||| |||||||||| |||    
T  4202889 tgatcaagagcaagatgcttccaagtaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgataaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtca 4202790  T
Q  280 ataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  4202789 acaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 4202758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Original strand, 20286449 - 20286650
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttc-gtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagat 108  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||| | ||   | || ||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  20286449 aagaaaatgtgggtgtatgttcatgggtaagtggatatcttagtaggcaaacaaatgaatggaacctgaacattcttaatggagtttacaaccatgtgat 20286548  T
Q  109 gtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaat 208  Q
    | | |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||    
T  20286549 ggagccggctttagaaggacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgacaaaaagattgtacatgacttgaccaagagtaaggtgcatccaagaaat 20286648  T
Q  209 at 210  Q
    ||    
T  20286649 at 20286650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11032553 - 11032271
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  11032553 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaatgac 11032454  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || ||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  11032453 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 11032354  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  11032353 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 11032271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 37819978 - 37819696
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  37819978 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 37819879  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  37819878 acattgttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 37819779  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  37819778 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 37819696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38859291 - 38859009
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38859291 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38859192  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || |    | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  38859191 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaaacaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 38859092  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  38859091 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 38859009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 134 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 28885404 - 28885227
Alignment:
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaa 233  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| | |||    
T  28885404 cttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaaccaaa 28885305  T
Q  234 gacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    ||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  28885304 gaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 28885227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 142 - 311
Target Start/End: Original strand, 1036424 - 1036593
Alignment:
Q  142 tagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaat 241  Q
    ||||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||    
T  1036424 tagattaaaggaggacgacaagaatattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacat 1036523  T
Q  242 tacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | || ||||||| | |   |||| |||||||||| |||| ||||||| |||  ||| |||||||||||||    
T  1036524 tgcatgacaaatgtgacacaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggaaaatagaggtgacaaga 1036593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 1035670 - 1035466
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  1035670 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgccatg 1035571  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  1035570 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaatattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 1035471  T
Q  210 ttttg 214  Q
    |||||    
T  1035470 ttttg 1035466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 13567177 - 13567005
Alignment:
Q  55 gcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggag 154  Q
    ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | | |  ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  13567177 gcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccagctttagaaggacacattcttgccggtagattaaagaag 13567078  T
Q  155 gatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 227  Q
    || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  13567077 gacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 13567005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 227
Target Start/End: Original strand, 25048472 - 25048556
Alignment:
Q  143 agattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 227  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||||||||| |||| | ||   ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  25048472 agattaatggaggacgacaagaagattgtatatgacttgaccaatagttcgttgaaaccataaaatattttgataaatttgaaga 25048556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9376729 - 9376677
Alignment:
Q  174 gtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| | |||||||||    
T  9376729 gtgacttgaccaagagtttggtgccacctaagaatattttgatgaatttgaag 9376677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 247 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 13566974 - 13566910
Alignment:
Q  247 gacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  13566974 gacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 13566910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 26 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 17997276 - 17996983
Alignment:
Q  26 atgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaa 125  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| || | |||||| || |||||| ||| ||||| |||||| | |||| | |    |||||||     
T  17997276 atgttcaaggttagtggatatcttagtagacaaacaaaggaatggagattgaacattcttcatgaagttcgcaaccatgcgatggagccggctttagaag 17997177  T
Q  126 gacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaa 225  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  17997176 gacacatgcttgctggtagattaaaggaggatgataagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaggtgcttccaagaaatattttgataaatttgaa 17997077  T
Q  226 gaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaagacggtgttg 319  Q
    || |||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17997076 gagcaaaagacaacattgcatgccaaatatcaagcaagtatacaatgaacgtcaacaaatatggaagtcaaatagaggtgacaagacgatgttg 17996983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 41008100 - 41007799
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  41008100 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 41008001  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
    || |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  41008000 tagccggctttagaatgacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 41007901  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| || ||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  41007900 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtctaaaatgaacgtcaacaaatatgtaaggcaaatagaggtgacaa 41007801  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  41007800 ga 41007799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 311
Target Start/End: Original strand, 436292 - 436553
Alignment:
Q  50 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 149  Q
    |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  436292 agtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaa 436391  T
Q  150 aggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagac 249  Q
    ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || |||    
T  436392 aggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgac 436491  T
Q  250 aaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    |||| | ||| || | |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  436492 aaatgtgaagcaattgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 436553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 12907612 - 12907311
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  12907612 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 12907513  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  12907512 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 12907413  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    || || || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  12907412 ttctgatacatttgaataacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaaagtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 12907313  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  12907312 ga 12907311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11692934 - 11692634
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||     
T  11692934 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgtgatc 11692835  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  11692834 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 11692735  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||    
T  11692734 ttttgatacatttgaaga-caaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagagttgacaa 11692636  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  11692635 ga 11692634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43949402 - 43949101
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||| ||||||||||||||||||| | || |    
T  43949402 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattattaatggagttcacaaccatgcgaag 43949303  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  43949302 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacggcaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 43949203  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| | |||||||||    
T  43949202 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaagacaaatataggtgacaa 43949103  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  43949102 ga 43949101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 9655205 - 9655398
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||| ||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  9655205 tttagaaggacacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttaaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 9655304  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| |||||||| | ||| || || |||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  9655305 catttgaagaacaaaagaccacattgcatgaaaaatgtgaagtaagtgtacaatgaacatcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 9655398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 24750599 - 24750900
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  24750599 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatg 24750698  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||| |||||| ||||   | ||||||||| |||||    
T  24750699 gagccggatttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtacatgaattgaccgagagcaagatgcttccaagaaata 24750798  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  24750799 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 24750898  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  24750899 ga 24750900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 28355022 - 28354721
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  28355022 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcataaccatgcgatg 28354923  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||| |||   | ||||||||| |||||    
T  28354922 gagcctgctttagaatgacacattcttgctggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccatgagcaagatgcttccaagaaata 28354823  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| | |||||||||    
T  28354822 ttttgatacatttgaagaataaaagaccacatttcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaagtcaaatataggtgacaa 28354723  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  28354722 ga 28354721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 3802578 - 3802385
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  3802578 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaataaatattttgata 3802479  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  3802478 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacttcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 3802385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 27275372 - 27275179
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  27275372 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 27275273  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  27275272 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 27275179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24605192 - 24604908
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    |||||||      
T  24605192 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagt 24605093  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||  |||||| |||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  24605092 acacattcttgtcggtagactaaaggaggacgacaagaaaattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 24604993  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||    
T  24604992 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatagggaagacaaatagaggtgacaaga 24604908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 34920794 - 34920601
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||| | |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  34920794 tttagaaggacacattcttaccggtaaattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 34920695  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  34920694 catttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaaattcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 34920601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 212542 - 212260
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  212542 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 212443  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  212442 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 212343  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  212342 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 212260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 10623555 - 10623273
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  10623555 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 10623456  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  10623455 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 10623356  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  10623355 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 10623273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 39794930 - 39795212
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| | |    
T  39794930 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaagggc 39795029  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || ||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  39795030 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 39795129  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  39795130 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 39795212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 5348216 - 5348409
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  5348216 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 5348315  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     | ||||||| | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  5348316 cacttgaagaaccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 5348409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 41561061 - 41561254
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  41561061 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 41561160  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     | ||||||| | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  41561161 cacttgaagaaccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 41561254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 45476407 - 45476599
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |||||||||| ||    
T  45476407 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttacaagaaatattttgata 45476506  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
      |||||||| ||||| || | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| ||||  |||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  45476507 cgtttgaagaacaaaataccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaa-caatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 45476599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 236
Target Start/End: Original strand, 7263992 - 7264199
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| |||    ||||||| |||    
T  7263992 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatctcatggaaccggctttagaaggac 7264091  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | || |||||| |||||||||| || |||||||||     
T  7264092 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatggttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 7264191  T
Q  229 caaaagac 236  Q
    | ||||||    
T  7264192 ccaaagac 7264199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 38946723 - 38947005
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38946723 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38946822  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||  |||||||||| || | |||||||     
T  38946823 acattcttgccggtagattaaaggaggacaacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccatgaaatattttgatacacttgaagaa 38946922  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  38946923 ctagagaccacatttcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 38947005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 168 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 1098788 - 1098645
Alignment:
Q  168 ttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtata 267  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||    
T  1098788 ttgtacgtgacttgaccgagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgta 1098689  T
Q  268 caatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  1098688 caatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 1098645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 1100203 - 1100042
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  1100203 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 1100104  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgt 171  Q
     | |    ||||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  1100103 gagccggctttagatggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgt 1100042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 34920892 - 34920802
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaac 100  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  34920892 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaac 34920802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 46 - 316
Target Start/End: Original strand, 6182653 - 6182925
Alignment:
Q  46 tcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtaga 145  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||| ||||||||  ||| |    
T  6182653 tcttagtagggaaacaaacgattggagattgaatattcttgatggagttcacaaccatgagatgaagccaagtttagaaggacatatgcttgcaagtata 6182752  T
Q  146 ttaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattaca 245  Q
    |||| ||| | || ||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | | ||    
T  6182753 ttaagggatggtgacaagaaaattgtacatgacttgaccaagagtttggtgctttcaaaaaatattttgttaaattttaagagaaaaagacaagagtgca 6182852  T
Q  246 agacaaatatc--aagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaagacggtg 316  Q
     |||||| |||  ||  || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  6182853 tgacaaacatcaaaaacaaatatacaatgaacatcaaaaaatattcaagtcaaacagaggtgacaagacggtg 6182925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Original strand, 4976713 - 4976997
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||  |||||| | |||| | |    |||||||||    
T  4976713 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagtttgcaaccatgcgatggagccggctttagaaag 4976812  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  4976813 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 4976912  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||  |||| |||||||||||||    
T  4976913 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaatgcaaatagaggtgacaaga 4976997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 311
Target Start/End: Original strand, 11502517 - 11502748
Alignment:
Q  80 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 179  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |||| | |    ||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||    
T  11502517 attcttaatggagttcacacccatgcgatggagccggctttagaaggacacattcatgccggtagattaaaggaagacgacaagaagattgtacgtgact 11502616  T
Q  180 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatca 279  Q
    ||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || || |||| | ||| ||||| ||||||||| |||    
T  11502617 tgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgataaatgtgaagcaagtaaacaatgaacgtca 11502716  T
Q  280 ataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  11502717 acaaatatggaagacaaatagaggtgacaaga 11502748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18580448 - 18580150
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  18580448 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattaaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 18580349  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  18580348 aagccggctttagaatgacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtatgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 18580249  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| | ||||||   ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  18580248 ttttgatacatttgaagaactaaagacctcattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatg---gacaaatagaggtgacaa 18580152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 9890982 - 9891264
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  9890982 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 9891081  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  9891082 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 9891181  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  9891182 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 9891264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 126 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19072661 - 19072476
Alignment:
Q  126 gacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaa 225  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  19072661 gacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaa 19072562  T
Q  226 gaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  19072561 aaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 19072476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4979057 - 4978787
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||| |||||| | |||| | |  | ||||||| |    
T  4979057 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcccaaccatgcgatggagccgactttagaagg 4978958  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| |||||  | ||| ||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  4978957 acacattcttgccagcagactaaaggatgacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 4978858  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaa 297  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| ||||    
T  4978857 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaa 4978787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 27 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 51643603 - 51643315
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagtt-cacaaccaagagatgtaacgaag-tttagaa 124  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || ||||||||||||||| ||||| || | |||| | |   | |||| ||    
T  51643603 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaattgagattgaacattcttaatggagtttcacaaacatgcgatggagcccggctttataa 51643504  T
Q  125 agacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttga 224  Q
     ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  51643503 ggacacattcttgccagtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaaatgctttcaaaaaatattttgatacatttga 51643404  T
Q  225 agaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaagacg 313  Q
    ||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||| |||||| |||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||    
T  51643403 agaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtaaagcaagtgtacgatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagagttgacaagacg 51643315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 309
Target Start/End: Original strand, 41024248 - 41024439
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  41024248 tttagaaggacacattcttgcaggtagattaaaggaggacgaaaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 41024347  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  41024348 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaa 41024439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 3404839 - 3405032
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  3404839 tttagaaggacacattcttgccagtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 3404938  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || || |||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  3404939 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgataaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 3405032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 49565565 - 49565283
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  49565565 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 49565466  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  49565465 acattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 49565366  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  49565365 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 49565283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 311
Target Start/End: Original strand, 4769178 - 4769376
Alignment:
Q  117 gtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtt 216  Q
    |||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |||||||||| |    
T  4769178 gtttagaaggacacattcttaccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgctttcaagaaatattttgat 4769277  T
Q  217 aa----atttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    ||    ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||  || | ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  4769278 aaattgatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaatgtctacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 4769376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 21471735 - 21472035
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  21471735 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatacaatg 21471834  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     |   || |||| |||||||||| ||||  | |||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21471835 gagacaactttaaaaagacacattcttgaagatagaataaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21471934  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || |||||| || |||||||| | |||   | | |||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  21471935 ttttgatacatttgatgaacaaaagaccacatt-ggataaaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 21472033  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  21472034 ga 21472035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38463821 - 38463656
Alignment:
Q  146 ttaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattaca 245  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||| | ||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||| | | | ||    
T  38463821 ttaaaggaggacgacaagaagattgcacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaaaaaatattttgatacatttgaaggacaaaagaccacactgca 38463722  T
Q  246 agacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||    
T  38463721 tgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatacggaaggcaaatagaggtgacaaga 38463656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 195 - 311
Target Start/End: Original strand, 44049736 - 44049852
Alignment:
Q  195 tgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtc 294  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||||| |||| |||| ||||||| ||| |    
T  44049736 tgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaacgaacgtcaacaaatatggaaggc 44049835  T
Q  295 aaacagaggtgacaaga 311  Q
    ||| |||||||||||||    
T  44049836 aaatagaggtgacaaga 44049852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 102
Target Start/End: Original strand, 17140530 - 17140622
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 102  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  17140530 aagaaaatgtggatgtttgttcatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 17140622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 38463917 - 38463825
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 102  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  38463917 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 38463825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Original strand, 8400527 - 8400836
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || | | |||| || ||| | ||||||||||||||||| | ||||    
T  8400527 aagaaaatgtgggtgcttgttcatggttagtggatatcttagtaggcaaacaaaagaatggggattgaacattttcaatggagttcacaaccatgcgatg 8400626  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | || | ||||||||||    
T  8400627 gagccggctttagaaggacacattcttgctggtacattaaaggaggatgacaagaagattgtaggtgacttgaccaagagcaagatgttaccaaaaaata 8400726  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| | |||  | ||||||||||||| |||| |||| ||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  8400727 ttttgataaatttgaagaacaaaagaccacattggatgacaaatatcaagcaagtgtacattgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 8400826  T
Q  310 gacggtgttg 319  Q
    ||||| ||||    
T  8400827 gacggcgttg 8400836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43827726 - 43827425
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | || |    
T  43827726 aagaaaatgtgggtgtttgttcatggttagtggatatcttagtagacaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgaag 43827627  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | | |  ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||||||| |   | ||||||||| |||||    
T  43827626 gagccagctttagaatgacacattcttaccggtagattaaaggaggacgaaaagaagattgtacgtgacttgaccaagtgcaagatgcttccaagaaata 43827527  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| | ||| || ||||||||||||| |||| |||||||||| |||  ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  43827526 ttttgataaatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatatcaagcaagtgtacaatgaacgtcagcaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 43827427  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  43827426 ga 43827425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 304
Target Start/End: Original strand, 47061824 - 47062118
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  47061824 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 47061923  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  47061924 gagccgacttttgaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaaaaagattgtatgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 47062023  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggt 304  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||| |||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||    
T  47062024 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacgatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggt 47062118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 18106348 - 18106630
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  18106348 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 18106447  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  18106448 acattcttgcaggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 18106547  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  18106548 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 18106630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 15060662 - 15060855
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | |||||||||  ||||||||| ||    
T  15060662 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtaagtgacttgacaaagagcaagatgcttccaaggaatattttgata 15060761  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  15060762 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 15060855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 617850 - 617568
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  617850 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 617751  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  617750 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 617651  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  617650 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 617568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 42500367 - 42500649
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| ||     
T  42500367 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggaa 42500466  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| ||||    | ||||| ||| |||||||||| || |||||||||     
T  42500467 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagatcaagatgctttcaagaaatattttgatacatttgaagaa 42500566  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  42500567 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 42500649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43623236 - 43622954
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  43623236 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 43623137  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  43623136 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 43623037  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  43623036 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 43622954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 45764339 - 45764621
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  45764339 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaatgac 45764438  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  45764439 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 45764538  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || |||||||   ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  45764539 ccagagaccacattgcatgacaaatgcgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 45764621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 30787499 - 30787781
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30787499 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30787598  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  30787599 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 30787698  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | | || | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||  |||| || ||||||||||    
T  30787699 ccagataccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaagcaaataggggtgacaaga 30787781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 213
Target Start/End: Original strand, 21799953 - 21800156
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  | | |||||| || ||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  21799953 aagaaaatgtgggtgcatgttcatggttagtggatatcttagtaggaaaacaaagcaatggagattgaacattgttaatggagttcacaaccatgcgatg 21800052  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     |      ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||  || || ||||||| | ||||||   ||||| |||||||||||    
T  21800053 gagtcggctttagaaggacacatgtttgtcggtagattaaaggaggataacaagaaaattatacgtgacttaatcaagagcaaggtgcatccaaaaaata 21800152  T
Q  210 tttt 213  Q
    ||||    
T  21800153 tttt 21800156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 16794600 - 16794464
Alignment:
Q  143 agattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaatt 242  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||  |||||||||||  |||||  || | |    
T  16794600 agattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaatagtttggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaaggaaagagt 16794501  T
Q  243 acaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatca 279  Q
     || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16794500 ccatgacaaatatcaagcaagtctacaatgaacatca 16794464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 275
Target Start/End: Original strand, 3761964 - 3762111
Alignment:
Q  128 cacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 227  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||| |||| ||| ||| || || || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| | |||||||||     
T  3761964 cacatgcttgagggaagattaagggaagatgacaaaaagattctaggtaacttgaccaagagtttgatgcagccaaaaaatattttgatgaatttgaagg 3762063  T
Q  228 ccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaac 275  Q
      ||||||||| | | || ||||||| | ||| ||| |||||||||||    
T  3762064 gaaaaagacaagagtgcatgacaaatgtaaagaaagcatacaatgaac 3762111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 20908568 - 20908433
Alignment:
Q  79 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |     ||  |||||| | ||||| ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||||  |||||    
T  20908568 tattcttaatggagttcacaaccatgagacgacggcaatgttagaagggcacattcttgcaggaagattaagggaggatgacaagaagattgtgcgtgac 20908469  T
Q  179 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 214  Q
    || ||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  20908468 tttaccaagagtttggtgcaacaaaaaaatattttg 20908433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8194276 - 8194146
Alignment:
Q  134 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaa 233  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||| ||| |||| ||||   |||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  8194276 cttgcgggaagattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgagcaatagttcggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaa 8194177  T
Q  234 gacaaaattacaagacaaatatcaagtaagt 264  Q
    ||||| | | || ||||||||||||| ||||    
T  8194176 gacaagagtccatgacaaatatcaagcaagt 8194146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 35965848 - 35965564
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  35965848 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagg 35965749  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  35965748 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 35965649  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  35965648 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 35965564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 305
Target Start/End: Original strand, 7168841 - 7169136
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  ||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7168841 aagaaaatgtgggtgcttgttcatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggagtggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7168940  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| || |||| |||||  |||||||||||||||| | ||||| | ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7168941 gagccgactttagaaggatacattcttgctagtagattaaaggaggacgacaagatgattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7169040  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtg 305  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||    
T  7169041 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattccatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtg 7169136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 39752148 - 39751847
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| | ||| |||||||| || ||| |||||  |||| |||||||||||| | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  39752148 aagaaaatgtggatgtttgttcatgattggtggatatcaaagtaagcaaacaaatgaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 39752049  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     |||    ||||||| |||| ||   ||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  39752048 gaaccggctttagaatgacatatttatgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 39751949  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  39751948 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 39751849  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  39751848 ga 39751847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 309
Target Start/End: Original strand, 45455317 - 45455616
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||  | ||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  45455317 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattggacattcttaatggagttaacaaccatgcgatg 45455416  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||||||| |||||    
T  45455417 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaaatgcttccaagaaata 45455516  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| || | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  45455517 ttttgatacatttgaagaacaaaataccatattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatcaacgtcaacaaatatgaaaggcaaatagaggtgacaa 45455616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43689291 - 43688990
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  43689291 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggatttaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 43689192  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | |||||| || |||||    
T  43689191 gagtcggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaagaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttcgaagaaata 43689092  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  43689091 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgataa 43688992  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  43688991 ga 43688990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Original strand, 43370725 - 43371009
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | | || || ||||||||||||||||||||||| | |||| |      ||||||| |    
T  43370725 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggtttgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcggctttagaagg 43370824  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 226  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  43370825 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 43370924  T
Q  227 accaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||||    
T  43370925 aacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagagctgacaaga 43371009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 7341039 - 7341321
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  7341039 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 7341138  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  7341139 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 7341238  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  7341239 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 7341321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 8422957 - 8422675
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||| |    ||| | |    ||||||| |||    
T  8422957 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattaaacattcttaatggagttcacaactatcccatggagccggctttagaatgac 8422858  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  8422857 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 8422758  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  8422757 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 8422675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30304711 - 30304429
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30304711 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30304612  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  30304611 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 30304512  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  30304511 ccatagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 30304429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 32378009 - 32377727
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  32378009 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 32377910  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  32377909 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 32377810  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  32377809 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 32377727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 32431966 - 32431684
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  32431966 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 32431867  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  32431866 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 32431767  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  32431766 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 32431684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 1115821 - 1116014
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  1115821 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatagtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 1115920  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     | ||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||  || | |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  1115921 caattgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaaacaaatgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 1116014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 14401894 - 14401676
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||| |||||| | | | || |||| |||||||| ||||||| |||| ||  ||   |||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  14401894 aagaaaatgtgggtgtgtgttcaagttgcatggatatgttagtagggaaacaaaggattggaagttggctattcttaatggagttcacaaccatgaattg 14401795  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgta--tgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaa 207  Q
       | |||||||||| | ||||| ||||| || ||||||| ||| |||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14401794 gtgccaagtttagaatggcacattcttgcaggaagattaagggatgatgacaagaagattgtacatatgacttgaccaagagtttggtgccaccaaaaaa 14401695  T
Q  208 tattttgttaaatttgaag 226  Q
    ||||||| | |||||||||    
T  14401694 tattttgatgaatttgaag 14401676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 80 - 214
Target Start/End: Original strand, 22580914 - 22581048
Alignment:
Q  80 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 179  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||| | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||    
T  22580914 attcttaatggagtttacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgact 22581013  T
Q  180 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 214  Q
    ||||||||||   | ||||||||| ||||||||||    
T  22581014 tgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttg 22581048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 2146070 - 2145837
Alignment:
Q  50 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 149  Q
    |||| |||||||||||| | |||||| || ||| ||||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  2146070 agtaagcaaacaaatgaatggagattgaacatttttaatggagttcacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacatattcttgccggtagattaa 2145971  T
Q  150 aggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagac 249  Q
    ||||||| | ||||||| |||||         | |||||      ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||  | ||| || |||    
T  2145970 aggaggacgacaagaagattgta--------caacaaga------tgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagatcacattgcatgac 2145885  T
Q  250 aaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaa 297  Q
    |||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  2145884 aaatgtgaagcaagtgtacaatgaacatcaacaaatatggaaggcaaa 2145837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 17010 - 17311
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17010 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatagggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 17109  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  17110 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtaagtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 17209  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || || |||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  17210 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgaaaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaa 17309  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  17310 ga 17311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 18606937 - 18607238
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  18606937 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 18607036  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  18607037 gagccgactttagaaggacacattcttgtcgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 18607136  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaa 309  Q
    ||||| || ||||||| | |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  18607137 ttttgatacatttgaataacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacatcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgataa 18607236  T
Q  310 ga 311  Q
    ||    
T  18607237 ga 18607238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 309
Target Start/End: Original strand, 24220107 - 24220408
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  ||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | | |||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  24220107 aagaaaatgtgggtgcttgtccatggttagtggatatcttagtaggaaaacaaatgaatggggattgaaaattcttaatgcagttcacaaccatgcgatg 24220206  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagttt--ggtgcttccaaaaaa 207  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||  || || ||||||||||||||||  |  | ||||||||| |||    
T  24220207 gagtcggctttagaaggacacattcttgtcggtagattaaaggaggacgacaagaaaattatacgtgacttgaccaagagcataagatgcttccaagaaa 24220306  T
Q  208 tattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgac 307  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||| | ||| || |||||||||||||||||| || ||| ||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  24220307 tattttgataaatttgaaaaacaaaagaccacattgcatgacaaatatcaagtaagtgtaaaataaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgac 24220406  T
Q  308 aa 309  Q
    ||    
T  24220407 aa 24220408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 80 - 311
Target Start/End: Original strand, 31147333 - 31147564
Alignment:
Q  80 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  31147333 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggagaatgacaagaagattgtacgtgact 31147432  T
Q  180 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatca 279  Q
    ||| ||||||   | |||||||||  ||||||||  || ||||||||| |||||||| | ||| || || |||| | ||| |||| |||||||||| |||    
T  31147433 tgatcaagagcaagatgcttccaagtaatatttttatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgataaatttgaagcaagtgtacaatgaacgtca 31147532  T
Q  280 ataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  31147533 acaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 31147564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 307
Target Start/End: Original strand, 28250856 - 28251134
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | | |  ||||||| |||    
T  28250856 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccagctttagaaggac 28250955  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  28250956 acattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 28251055  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgac 307  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  28251056 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgac 28251134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 29288028 - 29287767
Alignment:
Q  50 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 149  Q
    |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| |      |||| || ||||||| ||||| |||||| |||    
T  29288028 agtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcggctttataaggacacattcttgccggtagactaa 29287929  T
Q  150 aggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagac 249  Q
    ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||     
T  29287928 aggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgaa 29287829  T
Q  250 aaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    |||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  29287828 aaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaatagaggtgacaaga 29287767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 1611852 - 1611570
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  1611852 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 1611753  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  1611752 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 1611653  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  1611652 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 1611570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21358359 - 21358241
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  21358359 tttagaaggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 21358260  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagac 236  Q
     ||||||||| ||||||||    
T  21358259 catttgaagaacaaaagac 21358241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 23962341 - 23962223
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  23962341 tttagaaggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 23962242  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagac 236  Q
     ||||||||| ||||||||    
T  23962241 catttgaagaacaaaagac 23962223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Original strand, 7362137 - 7362299
Alignment:
Q  27 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 126  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| |    | ||||||| |    
T  7362137 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgtggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcgactttagaatg 7362236  T
Q  127 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagag 189  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7362237 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagag 7362299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34111713 - 34111598
Alignment:
Q  79 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||   | ||  |||||| |  | || ||||| || ||||||||||| |||| | ||||| ||||| |||||    
T  34111713 tattcttaatggagttcacaaccatgagatggcgccaaagttagaagggaaaattcttgcaggaagattaaaggaagatgactagaagattgtacgtgac 34111614  T
Q  179 ttgaccaagagtttgg 194  Q
    ||||||||||||||||    
T  34111613 ttgaccaagagtttgg 34111598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 102
Target Start/End: Original strand, 35243544 - 35243636
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 102  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| |||||||||||| | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35243544 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaatgaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 35243636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 13387795 - 13387722
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 102  Q
    |||||| |||||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13387795 ttcatgattcgtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 13387722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 12203 - 12505
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||| ||||| |  |||    
T  12203 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcaaaaccatgccatg 12302  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 209  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||| | |||||||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  12303 gagctggctttagaaggacacattctttccggtagattaatggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagaaagatgcttccaagaaata 12402  T
Q  210 ttttgttaaatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatat-gaaagtcaaacagaggtgaca 308  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| |||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  12403 ttttgatacatttgaagaacaaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatcgaaaggcaaatagaggtgaca 12502  T
Q  309 aga 311  Q
    |||    
T  12503 aga 12505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 1841 - 2123
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  1841 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 1940  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  1941 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 2040  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  2041 ccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 2123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 16369 - 16176
Alignment:
Q  118 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  16369 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggaagacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 16270  T
Q  218 aatttgaagaccaaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
     ||||||||| | |||||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||  |||| || ||||||||||    
T  16269 catttgaagaaccaaagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaacgcaaataggggtgacaaga 16176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 33769 - 34051
Alignment:
Q  29 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 128  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  33769 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 33868  T
Q  129 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||     
T  33869 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaagaa 33968  T
Q  229 caaaagacaaaattacaagacaaatatcaagtaagtatacaatgaacatcaataaatatgaaagtcaaacagaggtgacaaga 311  Q
    | | |||| | ||| || ||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  33969 ccagagaccacattgcatgacaaatgtgaagcaagtgtacaatgaacgtcaacaaatatggaaggcaaataggggtgacaaga 34051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 290 - 111
Alignment:
Q  10 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 109  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  290 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggtgattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 191  T
Q  110 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagag 189  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  190 gagccggctttagaaggacacattcttacgagtagactaaaggagaacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagag 111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University