View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16172_low_37 (Length: 201)

Name: NF16172_low_37
Description: NF16172
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16172_low_37
NF16172_low_37
[»] chr6 (35 HSPs)
chr6 (1-188)||(26802981-26803168)
chr6 (10-188)||(28786782-28786960)
chr6 (10-188)||(28792903-28793081)
chr6 (10-188)||(27427072-27427250)
chr6 (11-188)||(27610580-27610757)
chr6 (11-188)||(27717959-27718136)
chr6 (15-188)||(27679499-27679672)
chr6 (15-188)||(27705864-27706037)
chr6 (15-184)||(27592485-27592654)
chr6 (10-170)||(28781645-28781805)
chr6 (10-188)||(27604164-27604342)
chr6 (15-184)||(27677084-27677253)
chr6 (12-188)||(27698046-27698222)
chr6 (15-171)||(31285108-31285264)
chr6 (14-188)||(26623819-26623993)
chr6 (14-188)||(26729796-26729970)
chr6 (14-171)||(26647027-26647184)
chr6 (14-171)||(26752995-26753152)
chr6 (13-160)||(27530789-27530936)
chr6 (14-171)||(26656514-26656670)
chr6 (14-171)||(26762485-26762641)
chr6 (16-172)||(25483609-25483765)
chr6 (16-172)||(26143418-26143574)
chr6 (16-98)||(25539093-25539175)
chr6 (16-98)||(25511488-25511570)
chr6 (16-98)||(25580272-25580354)
chr6 (17-171)||(26824370-26824524)
chr6 (16-172)||(26056472-26056628)
chr6 (16-172)||(26076442-26076598)
chr6 (17-171)||(26884621-26884775)
chr6 (15-135)||(27215001-27215121)
chr6 (18-55)||(31284823-31284860)
chr6 (108-186)||(27337557-27337635)
chr6 (108-186)||(27398297-27398375)
chr6 (122-171)||(26862236-26862285)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (10-188)||(60113-60291)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (10-188)||(18074305-18074483)
chr4 (10-171)||(18679033-18679194)
chr4 (21-188)||(18698856-18699023)
chr4 (10-171)||(18730977-18731138)
chr4 (10-171)||(18723558-18723719)
chr4 (21-171)||(18654950-18655100)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (11-188)||(2999-3176)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (10-188)||(8031-8209)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (10-188)||(13135-13313)
scaffold0277 (10-184)||(4176-4350)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (32-188)||(267800-267956)
chr1 (15-135)||(28127188-28127308)
chr1 (107-195)||(28163828-28163916)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (14-188)||(29273298-29273472)
chr8 (107-147)||(16440694-16440734)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (107-168)||(17790749-17790810)
chr5 (107-168)||(17817634-17817695)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 5e-95; HSPs: 35)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 26802981 - 26803168
Alignment:
Q  1 tgttgttagtacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26802981 tgttgttagtacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgt 26803080  T
Q  101 cagcccttacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26803081 cagcccttacatgttgctaattaccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatg 26803168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 28786782 - 28786960
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28786782 tacatactaacttatcttatatgacatgaatagatatgaatacaagtttattggagatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagccctta 28786881  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  28786882 catgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatg 28786960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 28792903 - 28793081
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28792903 tacatactaacttatcttatcggacattaatagatatgaatacaagtttattggagatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagccctta 28793002  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  28793003 catgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatg 28793081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27427250 - 27427072
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  27427250 tacatactaacttatattattggacatgaatagatatgaatacgagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacagtcctta 27427151  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27427150 catgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatg 27427072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27610757 - 27610580
Alignment:
Q  11 acatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttac 110  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  27610757 acatactaacttatcttattgggcatgaatagatatgaatacgagtttactggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcaacccttac 27610658  T
Q  111 atgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||    
T  27610657 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatg 27610580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27718136 - 27717959
Alignment:
Q  11 acatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttac 110  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  27718136 acatactaacttatcttactggacatgaatagatatgaatacgagtttattggagagatagtcaaatacatctccaacaagaccagtcgtcaacccttac 27718037  T
Q  111 atgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||    
T  27718036 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatg 27717959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 188
Target Start/End: Original strand, 27679499 - 27679672
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27679499 actaacttatcttattgcacatgaatagatatgaatacaagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacagcccttacatgt 27679598  T
Q  115 tgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  27679599 tgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatg 27679672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27706037 - 27705864
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  27706037 actaacttatcttattgcacatgaatagatatgaatacaagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacatcccttacatgt 27705938  T
Q  115 tgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  27705937 tgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatg 27705864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27592654 - 27592485
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  27592654 actaacttatcttattgcacatgaatagatatgaatacaagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacagcccttaaatgt 27592555  T
Q  115 tgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgat 184  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  27592554 tgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgat 27592485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 170
Target Start/End: Original strand, 28781645 - 28781805
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  28781645 tacatactaacttatcttatatgacatgaatagatatgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcactta 28781744  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttg 170  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28781745 catgttgccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttg 28781805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27604342 - 27604164
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27604342 tacatactaacttatcttattggacatgaatagatatgaatacgagcttattggaaagatagtgaaagaaatctccaacaagatcagtcgtcagccctta 27604243  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||  || |||||||||    
T  27604242 catgttgccaattatcctattggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatg 27604164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27677253 - 27677084
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||    
T  27677253 actaacttatcttattgcacatgaatagatatgaatacaagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcaacaacccttacatgt 27677154  T
Q  115 tgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgat 184  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||| |||||    
T  27677153 tgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgat 27677084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27698222 - 27698046
Alignment:
Q  12 catactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttaca 111  Q
    ||||||||||| ||||  | |||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27698222 catactaacttttcttactcgacacgagtagatatgaatacaagtttattgaagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttaca 27698123  T
Q  112 tgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||  |||||||  | ||| |||||||||    
T  27698122 tgttgccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatg 27698046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 171
Target Start/End: Original strand, 31285108 - 31285264
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||  | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31285108 actaacatatctagttgaacatgaacagatatgaatatgattttattggagacatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgt 31285207  T
Q  115 tgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  31285208 tgccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttga 31285264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 188
Target Start/End: Original strand, 26623819 - 26623993
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||  | || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26623819 tactaacatatctagctggacatgaacagatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatg 26623918  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||| | ||||| |||||||||| ||||||||  | ||| |||||||||    
T  26623919 ttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatg 26623993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 188
Target Start/End: Original strand, 26729796 - 26729970
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||  | || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26729796 tactaacatatctagctggacatgaacagatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatg 26729895  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||| | ||||| |||||||||| ||||||||  | ||| |||||||||    
T  26729896 ttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatg 26729970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 171
Target Start/End: Original strand, 26647027 - 26647184
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||      |||||||    
T  26647027 tactaacttatcttgtgggacatgaatagatatgaatacaagtttattgggaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatcgtgtcattttacatg 26647126  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    | || || ||||||||||||||  |||| ||| || || ||||||||| |||||||||    
T  26647127 tagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttga 26647184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 171
Target Start/End: Original strand, 26752995 - 26753152
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||      |||||||    
T  26752995 tactaacttatcttgtgggacatgaatagatatgaatacaagtttattgggaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatcgtgtcattttacatg 26753094  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    | || || ||||||||||||||  |||| ||| || || ||||||||| |||||||||    
T  26753095 tagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttga 26753152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 27530936 - 27530789
Alignment:
Q  13 atactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacat 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| || |||| ||||||| ||| | |||| |||||||| ||    
T  27530936 atactaacttatcttattggacatgaatagatatgaatacgagtttattggaaagatagtcgaagacatttccaacaggattagtcgtgagcccttagat 27530837  T
Q  113 gttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaa 160  Q
    ||||| || || |||||||||||  |||| ||||||||| | ||||||    
T  27530836 gttgccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaa 27530789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 171
Target Start/End: Original strand, 26656514 - 26656670
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||      |||||||    
T  26656514 tactaacttatctc-ttgtacatgaatagatatgaatacaagtttattgagaatatagtcaaagacatctccgacaagatcaatcgtgtttttttacatg 26656612  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||| || ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  26656613 ttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttga 26656670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 171
Target Start/End: Original strand, 26762485 - 26762641
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||      |||||||    
T  26762485 tactaacttatctc-ttgtacatgaatagatatgaatacaagtttattgagaatatagtcaaagacatctccgacaagatcaatcgtgtttttttacatg 26762583  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||| || ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  26762584 ttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttga 26762641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 25483609 - 25483765
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgtt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |    ||| | ||     
T  25483609 ctaacttatcttattggacatgaatagatatgaacacaagtttattgagaagatagtccaatacatctccaacaatatcaatcatgattttttaaacgta 25483708  T
Q  116 gctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgac 172  Q
    || || ||||||||||||||  |||| ||| || || ||||||||| ||||||||||    
T  25483709 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgac 25483765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 26143418 - 26143574
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgtt 115  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| || ||||||||||||| ||||||| |      ||| ||||     
T  26143418 ctaatttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatcatgtttttttaaatgta 26143517  T
Q  116 gctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgac 172  Q
    || || ||||||||||||||  |||| ||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  26143518 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaagaagtgaaattgcttcttgac 26143574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 98
Target Start/End: Original strand, 25539093 - 25539175
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  25539093 ctaacttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatc 25539175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 98
Target Start/End: Original strand, 25511488 - 25511570
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatc 98  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  25511488 ctaacttaccttattggacatgaatagatctgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatc 25511570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 98
Target Start/End: Original strand, 25580272 - 25580354
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  25580272 ctaacttatcttattggacacgaatagatatgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatc 25580354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 171
Target Start/End: Original strand, 26824370 - 26824524
Alignment:
Q  17 taacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttg 116  Q
    ||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||   ||||| |||||| ||| | || || ||||| |||||||||||      ||||||||||    
T  26824370 taacttatcttattgggcaggaatggatatgaatacaagcgtattggtgagataatcagaaacgtcaccaaccagatcaatcgtgttagtttacatgttg 26824469  T
Q  117 ctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    | || ||||| ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  26824470 ccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttga 26824524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 26056472 - 26056628
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgtt 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||   |||||||| ||  |||||||||||||||||||| |      ||| | ||     
T  26056472 ctaacttaccttattggacatgaatagatctgaatgcaagtttattgagaagatagtcgaaggcatctccaacaagatcaatcatgtttttttaaacgta 26056571  T
Q  116 gctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgac 172  Q
    || || ||||||||||||||| |||| ||| || || ||||||||| ||||||||||    
T  26056572 gccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgac 26056628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 26076442 - 26076598
Alignment:
Q  16 ctaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgtt 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||   |||||||| ||  |||||||||||||||||||| |      ||| | ||     
T  26076442 ctaacttaccttattggacatgaatagatctgaatgcaagtttattgagaagatagtcgaaggcatctccaacaagatcaatcatgtttttttaaacgta 26076541  T
Q  116 gctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgac 172  Q
    || || ||||||||||||||| |||| ||| || || ||||||||| ||||||||||    
T  26076542 gccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgac 26076598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 171
Target Start/End: Original strand, 26884621 - 26884775
Alignment:
Q  17 taacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttg 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||  |||||||| || | |||||| |||| |||||||||      |||||||| |    
T  26884621 taacttatcttattggacatgaatagatacgaatacgagtttatcgggaagatagtcgaagatatctccgacaaaatcaatcgtgttgttttacatgtag 26884720  T
Q  117 ctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    | || ||||||||||||||  |||  ||||||||| || | |||| |||||||||    
T  26884721 ccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttga 26884775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 135
Target Start/End: Original strand, 27215001 - 27215121
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||   |||||||  || ||||||| |||||||  |||||| |    ||||||||    
T  27215001 actaacttatcttattggacattaacagatatgaatacaagtttattgagaagatagttgaagacatctcaaacaagacgaatcgtgattttttacatgt 27215100  T
Q  115 tgctaattaccctgttggatt 135  Q
    ||| ||  |||||||||||||    
T  27215101 tgccaaacaccctgttggatt 27215121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 31284823 - 31284860
Alignment:
Q  18 aacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaag 55  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31284823 aacttatcttgttgggcatgaatagatatgaatacaag 31284860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 27337635 - 27337557
Alignment:
Q  108 tacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatga 186  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||||||    
T  27337635 tacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatga 27337557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 27398375 - 27398297
Alignment:
Q  108 tacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatga 186  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||||||    
T  27398375 tacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatga 27398297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 122 - 171
Target Start/End: Original strand, 26862236 - 26862285
Alignment:
Q  122 taccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||| |||||||||    
T  26862236 taccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttga 26862285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 60113 - 60291
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  60113 tacatactaacttatattattggacatgaatagatatgaatacgagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacagtcctta 60212  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  60213 catgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatg 60291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 18074305 - 18074483
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  18074305 tacatactaacttatattattggacatgaatagatatgaatacgagcttattggaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgacagtcctta 18074404  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18074405 catgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatg 18074483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18679194 - 18679033
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  18679194 tacatactgacttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattggagagatagtcaaatacgtctctaacaagatcagtcggcagccctta 18679095  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18679094 catgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttga 18679033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 18699023 - 18698856
Alignment:
Q  21 ttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttgctaa 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  18699023 ttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattggagatatagtcaaatacgtctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaa 18698924  T
Q  121 ttaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | ||| |||||||||    
T  18698923 ttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatg 18698856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18731138 - 18730977
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18731138 tacatactgacttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattgaaaagatagtcaaatatgtctccaacaagatcagtcgtcagccctta 18731039  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18731038 catgttgccatttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttga 18730977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18723719 - 18723558
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  18723719 tacatactgacttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattggaaagatagtcaaatatgtcaacaacaagatcagtcgtcagccctta 18723620  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18723619 catgttgccacttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttga 18723558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18655100 - 18654950
Alignment:
Q  21 ttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttgctaa 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |     
T  18655100 ttatcttattggacatgaatagatatgaatacaagtttattggaaagatagtcaaatatgtctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgctgccag 18655001  T
Q  121 ttaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttga 171  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18655000 ttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttga 18654950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 122; Significance: 8e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 3176 - 2999
Alignment:
Q  11 acatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttac 110  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  3176 acatactaacttatcttactggacatgaatagatatgaatacgagtttattggagagatagtcaaatacatctccaacaagaccagtcgtcaacccttac 3077  T
Q  111 atgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||    
T  3076 atgttgccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatg 2999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 119; Significance: 5e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 8031 - 8209
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8031 tacatactaacttatcttatatgacatgaatagatatgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagccctta 8130  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  8131 catgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatg 8209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 119; Significance: 5e-61; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 13313 - 13135
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13313 tacatactaacttatcttatatgacatgaatagatatgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagccctta 13214  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  13213 catgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatg 13135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4350 - 4176
Alignment:
Q  10 tacatactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagccctta 109  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4350 tacatactaacttatcttatcggacattaatagatatgaatacaagtttattggagagatagtcaagaacatctccaacaagatcagtcatcagccctta 4251  T
Q  110 catgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgat 184  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  4250 catgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgat 4176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 32 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 267956 - 267800
Alignment:
Q  32 gacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttgctaattaccctgttg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  267956 gacatgaatagatatgaatacaagtttattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtgagcccttacatgttgccaattaccctgttg 267857  T
Q  132 gattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    ||||   ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||  | ||| |||||||||    
T  267856 gattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatg 267800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 28127308 - 28127188
Alignment:
Q  15 actaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgt 114  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||    ||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||||     |||||||||    
T  28127308 actaacttatcttattggagattaatagatatgaatacaagtttattcagaagataatcaaagacatatccgacaggatcaatcgtgttttcttacatgt 28127209  T
Q  115 tgctaattaccctgttggatt 135  Q
    ||| || || |||||||||||    
T  28127208 tgccaaatatcctgttggatt 28127188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 28163916 - 28163828
Alignment:
Q  107 ttacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatgatgtcca 195  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||  | |||| ||||||| ||||||||| |||||| ||  |||||  ||||||||| |||||    
T  28163916 ttacatgttgcaaaatatcctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtcca 28163828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 6e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 29273472 - 29273298
Alignment:
Q  14 tactaacttatcttgttggacatgaatagatatgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatg 113  Q
    ||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |||||||||||    
T  29273472 tactaacttgtattatttgacatgaatagatatgaatacaagtttatcggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagccgcgtgcccttacatg 29273373  T
Q  114 ttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgacgagggacctgatgatg 188  Q
    |||| || ||||||||||||||  |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||  | ||| |||||||||    
T  29273372 ttgccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatg 29273298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 147
Target Start/End: Original strand, 16440694 - 16440734
Alignment:
Q  107 ttacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16440694 ttacatgttgctaattaccctgttggattggagtctcgagt 16440734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 107 - 168
Target Start/End: Original strand, 17790749 - 17790810
Alignment:
Q  107 ttacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttct 168  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||  || ||||||| ||||||||    
T  17790749 ttacatgttgctaaataccctgttgggttagagtctcgagtggaaaaagtgaactcgcttct 17790810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 107 - 168
Target Start/End: Original strand, 17817634 - 17817695
Alignment:
Q  107 ttacatgttgctaattaccctgttggattgaagtctcgagtacaagaagtgaaatcgcttct 168  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||  |||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  17817634 ttacatgttgctaaataccatgttgggttagagtctcgagtgcaaaaagtgaactcgcttct 17817695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University