View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16176_low_4 (Length: 471)

Name: NF16176_low_4
Description: NF16176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16176_low_4
NF16176_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (7-458)||(32593209-32593660)
chr1 (6-461)||(31526735-31527198)
chr1 (7-458)||(51823619-51824082)
chr1 (25-388)||(37030150-37030513)
chr1 (420-461)||(37030089-37030130)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (18-388)||(49206939-49207309)
chr3 (17-388)||(49211513-49211884)
chr3 (18-388)||(49190695-49191065)
chr3 (27-388)||(49201984-49202345)
chr3 (25-388)||(49187004-49187367)
chr3 (396-458)||(49186922-49186984)
chr3 (396-454)||(49206861-49206919)
chr3 (420-461)||(49190622-49190663)
chr3 (405-458)||(49201902-49201955)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (41-388)||(26755982-26756329)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 458
Target Start/End: Original strand, 32593209 - 32593660
Alignment:
Q  7 ttaagtactagttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaa 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593209 ttaagtactggttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaa 32593308  T
Q  107 ggcagaggcagaagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32593309 ggcagaggcagaagcacagaaagcattggcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaa 32593408  T
Q  207 gggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593409 gggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 32593508  T
Q  307 atggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaacggaggcggaataacgga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32593509 atggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacatggacttgaacctaagattagtatttggactaatggaggcggaataacgga 32593608  T
Q  407 aggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacct 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593609 aggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacct 32593660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 31527198 - 31526735
Alignment:
Q  6 attaagtactagttgaaattttggatggttta-----ggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31527198 attaagtactggttgaaattctgtatggtttactttaggtacaagaggctaactgggaattatacaggaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtatga 31527099  T
Q  101 gaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527098 gaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagag 31526999  T
Q  201 gcagaagggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttga 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526998 gcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttga 31526899  T
Q  301 tgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaacggaggcg-gaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||    
T  31526898 tgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagattaatgctgaggcggtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaatggaggtgacaa 31526799  T
Q  400 t--aacggaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacctttg 461  Q
    |  |   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31526798 tggaggcgaaggttctatgggtatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgttgccacctttg 31526735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 51824082 - 51823619
Alignment:
Q  7 ttaagtactagttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaa 106  Q
    ||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  51824082 ttaagtactggttgaaattctgaatggtttatgtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtacgagaagaa 51823983  T
Q  107 ggcagaggcagaagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||     
T  51823982 ggcagaggcagaagcacagaaagcattggcagatgcaacattttatgcgtgcaagcaagcagctgaagcagatctatacgcaaagaaaaaagaggcagag 51823883  T
Q  207 gggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 306  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823882 gggattgtgacacttggaaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataa 51823783  T
Q  307 atggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggact------------aacggagg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            || |||||    
T  51823782 atggtggcatgtttcaagagatggctaagattaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaatggaggggacaatggagg 51823683  T
Q  395 cggaataacggaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacct 458  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51823682 cggaatagccgaaggttctatgggtatgaaagaggttgctggtgtctacaagatgctgccacct 51823619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 25 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 37030513 - 37030150
Alignment:
Q  25 tttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 124  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030513 tttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 37030414  T
Q  125 gaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttggg 224  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||     
T  37030413 gaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttgga 37030314  T
Q  225 aatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 324  Q
     | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030313 caagctcaaggggtgtatgtaagtaaacttcttaatgcacttggaaacgactacacagctgtgagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 37030214  T
Q  325 agatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    |||| |||||||| || || |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37030213 agattgctaagattaacgccgaggcaatacgaggacttgagcctaagattagtatttggactaa 37030150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 420 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 37030130 - 37030089
Alignment:
Q  420 atgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacctttg 461  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  37030130 atgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttg 37030089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49207309 - 49206939
Alignment:
Q  18 ttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcag 117  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207309 ttgaaattctggatgctctaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcag 49207210  T
Q  118 aagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgac 217  Q
    |||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  49207209 aagcgcaaaaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattatgac 49207110  T
Q  218 acttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatg 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207109 acttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatg 49207010  T
Q  318 tttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49207009 tttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaa 49206939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49211884 - 49211513
Alignment:
Q  17 gttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggca 116  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49211884 gttgaaattctggatgctgtaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctgtttgagaagaaggcagaggca 49211785  T
Q  117 gaagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtga 216  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49211784 gaagcacaaaaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctgtacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtga 49211685  T
Q  217 cacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211684 cacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactatacagcagtaagggattacttgatgataaatggtggcat 49211585  T
Q  317 gtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49211584 gtttcaagagattgctaagattaatgctgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaa 49211513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49191065 - 49190695
Alignment:
Q  18 ttgaaattttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcag 117  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191065 ttgaaattctggatggtataggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcag 49190966  T
Q  118 aagcacagaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgac 217  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  49190965 aagcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagcagctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgac 49190866  T
Q  218 acttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatg 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49190865 acttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggatttcttgatgataaatggtggcatg 49190766  T
Q  318 tttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49190765 tttcaagagatcgctaagattaatgctgaggcagtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaa 49190695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 27 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49202345 - 49201984
Alignment:
Q  27 tggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 126  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||  | |||||||| || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202345 tggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 49202246  T
Q  127 aagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttgggaa 226  Q
    |||| |   |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49202245 aagcgtcagcagatgcaacattttatgcttgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaa 49202146  T
Q  227 tgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagag 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202145 tgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagag 49202046  T
Q  327 atggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49202045 attgctaagattaatgccgaggcagtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaa 49201984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 25 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49187367 - 49187004
Alignment:
Q  25 tttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 124  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187367 tttggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaaacagaaagagactgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 49187268  T
Q  125 gaaagcattgtcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttggg 224  Q
    |||||| | | |||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||     
T  49187267 gaaagcgtcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacacttgga 49187168  T
Q  225 aatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 324  Q
     | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49187167 caagctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtgacatgtttcaag 49187068  T
Q  325 agatggctaagatcaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49187067 agattgctaagattaatgccgaggcaatacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaa 49187004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 396 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 49186984 - 49186922
Alignment:
Q  396 ggaataacggaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacct 458  Q
    |||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  49186984 ggaataactgatggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacct 49186922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 396 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 49206919 - 49206861
Alignment:
Q  396 ggaataacggaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgcc 454  Q
    |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  49206919 ggaataactgaaggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgcc 49206861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 420 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 49190663 - 49190622
Alignment:
Q  420 atgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacctttg 461  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  49190663 atgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttg 49190622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 49201955 - 49201902
Alignment:
Q  405 gaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacct 458  Q
    |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  49201955 gaaggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacct 49201902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 41 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 26756329 - 26755982
Alignment:
Q  41 acaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattgtcagat 140  Q
    ||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  26756329 acaagaggcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaagacagaggcagaagcacagatagcattggcaaat 26756230  T
Q  141 gcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgt 240  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  26756229 gcaacattttatgctcgtaaacaagcagccgaagcagagctatatgcaaagaagaaggaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggggtgt 26756130  T
Q  241 atgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaa 340  Q
     ||||||||| |||||||| |||||||||   || || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| ||    
T  26756129 gtgtaagtacccttctcaacgcacttggaggtgattatacagctgtaagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaa 26756030  T
Q  341 tgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaa 388  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26756029 tgctgaggctatacgcggacttgaacctaagattagtatttggactaa 26755982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University