View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16178_low_2 (Length: 483)

Name: NF16178_low_2
Description: NF16178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16178_low_2
NF16178_low_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (13-465)||(26369413-26369865)
chr5 (23-465)||(22580880-22581322)
chr5 (14-465)||(40973750-40974198)
chr5 (248-371)||(39566429-39566552)
chr5 (13-104)||(22639100-22639191)
chr5 (272-375)||(27156625-27156728)
chr5 (316-386)||(39365558-39365628)
chr5 (345-394)||(41913983-41914032)
chr5 (345-394)||(43464754-43464803)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (13-462)||(9932574-9933023)
chr8 (13-466)||(13090255-13090708)
chr8 (13-287)||(4034769-4035043)
chr8 (13-465)||(8444729-8445179)
chr8 (13-195)||(45539765-45539947)
chr8 (13-168)||(24503531-24503686)
chr8 (245-375)||(15728734-15728864)
chr8 (317-466)||(12912232-12912381)
chr8 (244-340)||(30999048-30999144)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (13-465)||(26676069-26676521)
chr1 (14-465)||(31912028-31912479)
chr1 (13-466)||(34548535-34548983)
chr1 (13-186)||(33676974-33677147)
chr1 (13-117)||(46731589-46731693)
chr1 (13-195)||(4532555-4532737)
chr1 (26-461)||(16967830-16968263)
chr1 (77-162)||(15759434-15759519)
chr1 (316-387)||(14794685-14794756)
chr1 (13-84)||(19228366-19228437)
chr1 (24-66)||(52022437-52022479)
chr1 (247-375)||(36534957-36535085)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (13-465)||(40858498-40858952)
chr7 (169-465)||(25289235-25289531)
chr7 (14-460)||(18299924-18300370)
chr7 (13-465)||(5554933-5555385)
chr7 (13-465)||(1031405-1031856)
chr7 (77-465)||(19323394-19323782)
chr7 (98-465)||(29126416-29126783)
chr7 (13-465)||(17194358-17194799)
chr7 (13-465)||(38141413-38141865)
chr7 (98-465)||(15668864-15669232)
chr7 (77-366)||(32574742-32575031)
chr7 (245-381)||(29626172-29626307)
chr7 (245-402)||(19293954-19294112)
chr7 (321-403)||(12621409-12621491)
chr7 (245-375)||(5900439-5900569)
chr7 (361-428)||(45459675-45459742)
chr7 (98-190)||(19294169-19294261)
chr7 (315-401)||(7345554-7345639)
chr7 (310-354)||(22789204-22789248)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (13-465)||(47590933-47591385)
chr4 (13-465)||(48639901-48640356)
chr4 (13-466)||(37871127-37871580)
chr4 (13-465)||(23108253-23108696)
chr4 (13-465)||(43498477-43498929)
chr4 (13-465)||(9896973-9897430)
chr4 (81-465)||(36652229-36652613)
chr4 (13-348)||(39060189-39060523)
chr4 (13-375)||(30598707-30599069)
chr4 (340-465)||(40346517-40346642)
chr4 (13-107)||(56024573-56024667)
chr4 (361-423)||(19837396-19837458)
chr4 (247-466)||(6355694-6355908)
chr4 (245-292)||(10252437-10252484)
chr4 (77-134)||(40346325-40346382)
chr4 (345-394)||(46218689-46218738)
chr4 (345-394)||(54846198-54846247)
chr4 (365-405)||(1482921-1482961)
chr4 (362-402)||(38655370-38655410)
chr4 (346-394)||(39867545-39867593)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (13-394)||(10436909-10437290)
chr3 (13-465)||(15029256-15029703)
chr3 (310-465)||(28432014-28432168)
chr3 (236-329)||(42671301-42671394)
chr3 (295-375)||(4487572-4487652)
chr3 (245-289)||(40737740-40737784)
chr3 (346-401)||(25977631-25977686)
chr3 (77-311)||(53459449-53459683)
chr3 (345-394)||(21736867-21736916)
chr3 (316-385)||(41225927-41225996)
chr3 (310-354)||(4563134-4563178)
chr3 (65-109)||(28432414-28432458)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (13-466)||(12912728-12913181)
chr6 (77-465)||(7093096-7093484)
chr6 (13-197)||(6028767-6028951)
chr6 (98-465)||(8753479-8753849)
chr6 (146-362)||(30975429-30975645)
chr6 (146-362)||(30981868-30982084)
chr6 (146-362)||(30988032-30988248)
chr6 (13-130)||(18973091-18973210)
chr6 (13-130)||(24393420-24393536)
chr6 (249-352)||(13737059-13737162)
chr6 (245-370)||(13730863-13730988)
chr6 (361-423)||(5874428-5874490)
chr6 (346-387)||(8234575-8234616)
chr6 (345-394)||(17738403-17738452)
chr6 (345-394)||(23287130-23287179)
chr6 (13-85)||(30975347-30975419)
chr6 (13-85)||(30981786-30981858)
chr6 (13-85)||(30987950-30988022)
chr6 (362-414)||(32288125-32288177)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (13-465)||(37647145-37647597)
chr2 (13-465)||(27270828-27271280)
chr2 (13-332)||(12410100-12410419)
chr2 (13-332)||(12422160-12422479)
chr2 (245-460)||(23480258-23480474)
chr2 (245-375)||(26624980-26625110)
chr2 (86-116)||(29739643-29739673)
chr2 (35-80)||(11031352-11031397)
chr2 (13-62)||(29739686-29739735)
[»] scaffold0300 (1 HSPs)
scaffold0300 (13-465)||(8751-9209)
[»] scaffold0432 (1 HSPs)
scaffold0432 (14-465)||(8273-8724)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (13-130)||(23300-23417)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 26369413 - 26369865
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26369413 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 26369512  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26369513 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttccttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 26369612  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26369613 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattataattgttggaagcatgtaagtgccaaatccacctgtcataatgatt 26369712  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26369713 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttccccctct 26369812  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26369813 tctccccacccaagcgaatacatttcagccaccgttgccattttattaatagc 26369865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 23 - 465
Target Start/End: Original strand, 22580880 - 22581322
Alignment:
Q  23 gagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttg 122  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||| || ||||    
T  22580880 gagaggaataagtgctttgcatcttccaacatgctgcatccaccaacgcatagctgagcattcagaaatgaaatgtgtcttttaattagattatcagttg 22580979  T
Q  123 ttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgtt 222  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||| | | ||||||||| |||||  | ||| ||||||||  |  |||||  |||| |||||||||    
T  22580980 ttggtaatctatcacgcatcaggcgccaaggaaaaagattgagtttcaggggcacttccattttctaaatttctttcaagtgagcagctgccaagttgtt 22581079  T
Q  223 gctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaa 322  Q
    | |||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22581080 gttgatcgatgtcaacaaatggttataagcacttgtgacattataaatgatggaggcatgtaagtaccaaatccacctgtcataatgattaggttgcaaa 22581179  T
Q  323 acaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacc 422  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||    
T  22581180 acaatattagttaaaacatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccacgctaacaaacgacaccgccatttccaagcttcaccctcttccctccacc 22581279  T
Q  423 caagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  22581280 caagcgagtacatttcagccactgttaccattttattagtagc 22581322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 465
Target Start/End: Original strand, 40973750 - 40974198
Alignment:
Q  14 aaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagat 113  Q
    |||||||| ||||  ||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||   ||||||| |||||||||| || ||    
T  40973750 aaatcacaagagaaaaataagtgttttgcgtcttccagcatgccacatccgcccacacaaaactgagcatttgattgtaaaatttgtcttttaactaaat 40973849  T
Q  114 tgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctga 213  Q
    ||||  |||||||||||||||  | |||||| ||||||||||| ||||| | ||| |  || ||||| || ||||||||||| |   |||||   ||||     
T  40973850 tgtctattgttggtaatctattacacaacagacgccaagcaaaaagactgacttttaaaggcacttccttattccaaatttcagttatgtgatcagctgc 40973949  T
Q  214 caagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatta 313  Q
    |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||||||| |   | |||||||| |||||||| || |||  |||||||||| ||||||||    
T  40973950 caagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgtgacgt---atttgttggatgcatgtaaatgtcaaatccacctgtcagaatgatta 40974046  T
Q  314 ggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctctt 413  Q
    | ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  40974047 gactgcaaaacaatattagttaagaaatcacaatactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaccgacgccgccacttccaagcttcaccctcct 40974146  T
Q  414 ctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40974147 ctccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 40974198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 248 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 39566552 - 39566429
Alignment:
Q  248 taagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaac 347  Q
    |||||||||| || ||| || || ||| || ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||| ||||||  ||| ||    
T  39566552 taagcacttgagatattgtaatttttgaaaacatgtaattgccaaagccacctgtcagaaagattaggttgtaaaacaatattagctaaaatcacactac 39566453  T
Q  348 actccctcaccttctcctcctccc 371  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||    
T  39566452 actccctaaccttatcctcgtccc 39566429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 22639191 - 22639100
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttt 104  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||  || || ||| |||| |||  ||||||||||||||    
T  22639191 aaaatcacaagagaggaataaatgttttgcatcttctatcatgccgcatccccccatacaaaaatgaacattcggatataaaatgtgtcttt 22639100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 375
Target Start/End: Original strand, 27156625 - 27156728
Alignment:
Q  272 ttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctccc 371  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||  | |||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||||   || ||||  ||||||||||    
T  27156625 ttggaagcatgtaagtgccaaaaccacttgtcaggaagattaggctgcagaacaatgttagataaaatttcactacacaatctaacctgttcctcctccc 27156724  T
Q  372 aagc 375  Q
    ||||    
T  27156725 aagc 27156728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 316 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 39365628 - 39365558
Alignment:
Q  316 ctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgac 386  Q
    ||||||||||||||||  ||| |   || ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  39365628 ctgcaaaacaatattatgtaataacacagaacactccctcactttctcctcctcccaagccaataaacgac 39365558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Original strand, 41913983 - 41914032
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  41913983 aacactccctcacgctctcctcctcccatgcaaacaaacgtcgacgccac 41914032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 43464803 - 43464754
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  43464803 aacactccctcacactctcctcctcccacgccaacaaacgacgacgccac 43464754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 462
Target Start/End: Original strand, 9932574 - 9933023
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9932574 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatatggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 9932673  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9932674 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttccttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 9932773  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  9932774 acaagttgttgctgaatggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattataattgttggaagcatgtaagtgccaaatccacctgtcataatgatt 9932873  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9932874 aagctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttatcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttccccctct 9932973  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaat 462  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  9932974 tctccccacccaaacgaatacatttcagccaccgttgccattttaataat 9933023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 13090255 - 13090708
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13090255 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcgtaccgcaaccacccacgcataactgagcattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaga 13090354  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||  | |    
T  13090355 ttgttcgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagaggctgattttcaagggcacttccttgttccaaatttcagtaatgtgagtaaccg 13090454  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||||||||||  ||||||||||  ||||      
T  13090455 ccaagttgttactgtttgatgtcaacatatggttataagcacttgagacattataactgctggaggcatgtaagtgccaaatccacctgtcaggatgaga 13090554  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| | |||||     
T  13090555 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaacgacgccgccactgctaagctacaccctca 13090654  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagct 466  Q
     | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13090655 accccccacccaagagagtacatttcagccaccgttgccattttattagtagct 13090708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 287
Target Start/End: Original strand, 4034769 - 4035043
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || | | ||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||    
T  4034769 aaaatcacaagagaggaataagtgtttcgcatcttctatcgtaccgtatccacccacgcataactgagcattcagatgtaaaatgtgtcttttgattaga 4034868  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||  | |    
T  4034869 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcaggggcacttccttgttccaaatttcagtaatgtgagtaaccg 4034968  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagt 287  Q
     ||||||||| ||  ||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  4034969 ccaagttgttactatttgatgtcaacatatggttataagcacttgagacattataactgttggaggcatgtaagt 4035043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 8444729 - 8445179
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| || ||||| |||| |||||| ||| ||||  || |||||||| ||||||| |||| |    
T  8444729 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcatgccccatccccccatgcataaatgaacattcagatgtaaaatgcgtcttttgattaaa 8444828  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || |||| || |||||| ||||||||  |||| ||  | ||||| |||||||||||||| | | |||||||  | |    
T  8444829 ttgtctgttgtaggtaatctatcacgtaacaagcaccaagcgaagagactggtttttagaagcacttccttgttccaaatttcagtcatgtgagtaaccg 8444928  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     |||||| || ||  |   ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  8444929 ccaagttattactagtgaatgtcaacagatgattataagcacttgtaactttataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaggatgatt 8445028  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||     
T  8445029 aggctgcaaaacaata-tagataaaaaatcacaacattcctgcactttctcttcctcccaagccaacaaacgccgccaccactaccaagcttcaccctca 8445127  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     | ||||| |||   |||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  8445128 acccccca-ccagaagaatacatttcagccaccgttgctaatttattagtagc 8445179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 45539947 - 45539765
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || | ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||| || | |    
T  45539947 aaaatcacaagagaggaataagtgtttttcatcttctatcatgccgcatgcacccacgcataaatgagcattcggatgtaaaatgtctcttttgatgaaa 45539848  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttc 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||  ||||| || | |||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  45539847 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgtcaagtgaagaggctgactttcagaggcacttccttgttccaaatttc 45539765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24503686 - 24503531
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || | ||| |||||||  |||||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  24503686 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcatcttctatcatgccgcatcgccccacgcagaaatgaacattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 24503587  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaatttt 168  Q
    || |||||||| |||||||||||  | |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  24503586 ttatccgttgtaggtaatctatcatgtaacaagcgccaagcgaagagactgatttt 24503531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 245 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 15728864 - 15728734
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  |||| ||||| ||  ||||||||| | |||||| ||| ||||||| ||||    
T  15728864 ttataagcacttgtgacattataattgttggaagcatgcaaatgccaaatccacttgtcagaaaaattaggctgtagaacaatgttaattaaaatctcac 15728765  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    ||||||||   |||| |||||||||||||||    
T  15728764 aacactcctgaacctactcctcctcccaagc 15728734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 317 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 12912381 - 12912232
Alignment:
Q  317 tgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctc 416  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||| || ||| |||| ||||| | |||    |||||||| ||||| || | |||||    
T  12912381 tgcaaaacaatatttgttaaaatatcactacactccctaacctgctcttcttcctaagctaacaatcaacgttttcacttccacgcttcacctttttctc 12912282  T
Q  417 cccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagct 466  Q
    |||| ||||| |||||||| |||| |||  ||| ||||||||||| ||||    
T  12912281 cccatccaagagaatacatttcagacactattgtcattttattaacagct 12912232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 340
Target Start/End: Original strand, 30999048 - 30999144
Alignment:
Q  244 gttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaata 340  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||  |||||| | | ||  ||||| ||  ||||||||||| |||||||||    
T  30999048 gttataagcacttgtaacattgtattttttggaagcatgtaaatggcaaaaccacctctgagaaatattagactttaaaacaatatttgttaaaata 30999144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 26676521 - 26676069
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26676521 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcccccatcatgccgcatccacccacgcataactgagcatttagaagtaaaatgtgtcttttaattaga 26676422  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26676421 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacagacgccaagcaaagagactaattttcaggggtacttccttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 26676322  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26676321 acaagttgttgctgattagtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaaatccacctgtcataatgatt 26676222  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26676221 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccagcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaaacttccccctct 26676122  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26676121 tctccccacccaagcgaatacatttcagccaccgttgccattttattattagc 26676069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 14 - 465
Target Start/End: Original strand, 31912028 - 31912479
Alignment:
Q  14 aaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagat 113  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||| || | ||   || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31912028 aaatcacaagagaggaataagtgttttacatcttctatcacgtcgtatccacccacacataactaagcatttggaagtaaaatgtgtcttttgattagat 31912127  T
Q  114 tgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctga 213  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||   ||     
T  31912128 tgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaaccgaagacactgattttcaggggcacttccttgttccaaatttctgtcatgtgagtaattgt 31912227  T
Q  214 caagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatta 313  Q
    |||||||||| |  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||| |  ||  |||||| ||| ||||||||    
T  31912228 caagttgttgttagttgatgtcaacacatggttataagcacttgtgacattataactgctggaggcatgtaagggtgaaatccacctatcagaatgatta 31912327  T
Q  314 ggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctctt 413  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||||||||| |||||      
T  31912328 ggttgcaaaacaatattagataaaatatcacaacattcccgcaccttctcctcctcccatgctaacaaacgccgtcgccactgccaagcttcgccctcaa 31912427  T
Q  414 ctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31912428 ccccccacccaagagattacatttcagccaccgttgccattttattattagc 31912479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 34548983 - 34548535
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  34548983 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcgtcttctatcgtaccgcatccacccacgcataactgagcattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaga 34548884  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||     |||||||  |      
T  34548883 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagaggctgattttcaggggcacttccttgttccaaatttcaataatgtgagtaacca 34548784  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||| |     ||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||||||||||  ||||||||||  |||       
T  34548783 ccaagttggt-----ttgatgtcaacatatggttataagcacttgagacattataactgctggaggcatgtaagtgccaaatccacctgtcaggatgtga 34548689  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  34548688 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaacgacgccgccactgccaagctacaccctca 34548589  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagct 466  Q
     | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34548588 accccccacccaagagagtacatttcagccaccgttgccattttattagtagct 34548535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 186
Target Start/End: Original strand, 33676974 - 33677147
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33676974 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcctccatcatgccgcatccacccacgcataattgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 33677073  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgtt 186  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  33677074 ttatccgttgttggtaatctatcccgcaacagacaccaagcaaagtgactaatttttaggggcacttccttgtt 33677147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 46731693 - 46731589
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46731693 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcctccatcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatatgtcttttaattaga 46731594  T
Q  113 ttgtc 117  Q
    |||||    
T  46731593 ttgtc 46731589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 4532555 - 4532737
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||| |||| |    
T  4532555 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcatgccgcatccccccacgcataaatgaacattcagatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 4532654  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttc 195  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||    
T  4532655 ttgtccgttgtaggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcagagacacttccttgttccaaatttc 4532737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 461
Target Start/End: Original strand, 16967830 - 16968263
Alignment:
Q  26 aggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttg 125  Q
    ||||||||||| | |||||| |||| ||| || ||||||||||| || | ||||||||| ||  || |||| ||||||||||||| |||||  |||||||    
T  16967830 aggaataaatgatctgcatcttccatcatgccacatccacccacacagagctgagcattaggttgtcaaatttgtcttttaattatattgtttgttgttg 16967929  T
Q  126 gtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgct 225  Q
    |||| | |    | | ||| ||||||||||| ||||||| | | |||| ||| || || |||||||||| ||   || |||| |||  |||||||||| |    
T  16967930 gtaaccgaatatgtagcagacgccaagcaaaaagactaactcttagggaaacctccttattccaaatttttgttatgcgagtagctaccaagttgttgtt 16968029  T
Q  226 gattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaaca 325  Q
    ||    ||  | || ||  || ||||||||||| || ||||| ||  || | |||||||| ||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16968030 gaccaatgagaccaaataattgtaagcacttgttacgttatattttctgaacgcatgtaaatgccaaaaccacctgtcagaaagattaggctgcaaaaca 16968129  T
Q  326 atattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaa 425  Q
    |  |||  |||||  || || ||||| |  |||||||||||||||||||| || || || |||| ||| |||||||   | || || || ||||||||||    
T  16968130 acgttaaataaaaagtctcatcactcgcgtaccttctcctcctcccaagctaataatcggcgcctccaattccaagtgccaccttcctc-ccccacccaa 16968228  T
Q  426 gcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaa 461  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  16968229 gcgaatacatttcagcca-tgttgccattttattaa 16968263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 15759519 - 15759434
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagact 162  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||   | | ||| |||||||||||||||||    
T  15759519 tgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctattaagaagcagacgccaagcaaagagact 15759434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 387
Target Start/End: Original strand, 14794685 - 14794756
Alignment:
Q  316 ctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacg 387  Q
    ||||||||||||||||  ||| |  ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14794685 ctgcaaaacaatattatataacacttcagaacactccctcacactctcttcctcccaagctaacaaacgacg 14794756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 84
Target Start/End: Original strand, 19228366 - 19228437
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatt 84  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || | | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  19228366 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcatcttctatcgtaccgcatccacccatgcaaaactgaacatt 19228437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 52022479 - 52022437
Alignment:
Q  24 agaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacc 66  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  52022479 agaggaataagtgttttgcatcttccagcatgccgcatccacc 52022437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 247 - 375
Target Start/End: Original strand, 36534957 - 36535085
Alignment:
Q  247 ataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaa 346  Q
    ||||||||||||  |||| || || || ||| ||||||| ||||||  |||| ||||| ||  |  ||| |||||| |||| ||| |||||| ||| |||    
T  36534957 ataagcacttgtagcattgtacttcttcgaaacatgtaaatgccaaatccacatgtcagaaacaagaggttgcaaatcaatgttaattaaaagatcgcaa 36535056  T
Q  347 cactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  36535057 cactccctcatctgctcttcctcccaagc 36535085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 40858498 - 40858952
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40858498 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcctccatcatgccgcatccacccaggcataatcgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 40858597  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40858598 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaatagacgccaagcaaagagactaattttcaggggcacttccttgttccagatttctgacgtgtgagttgctg 40858697  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacat--tatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  40858698 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttacaagcacttgtgacattatatagttgttggaagcatgtaagtgccaaatccacctgtcagaatga 40858797  T
Q  311 ttaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40858798 ttaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttccccct 40858897  T
Q  411 cttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40858898 cttctccccacccaagcgaatacatttcagccaccgttgccattttattattagc 40858952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 169 - 465
Target Start/End: Original strand, 25289235 - 25289531
Alignment:
Q  169 caggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatag 268  Q
    |||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  25289235 caggggcacttcctagttccagatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctggttggtgtaaacagatggttataagcatttgtgacgttataa 25289334  T
Q  269 ttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcct 368  Q
     |||||||||||||||||||||||  |||| ||| | ||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  25289335 gtgttggaagcatgtaagtgccaaatccacttgtaagaataatcagactgcaaaacaatattagttaaaatattacaatactcccgcaccttctcctcct 25289434  T
Q  369 cccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25289435 cccaagcaaacaaacgacgctgccacttccaagcttccccctcttccccccacccaagcgaatacaattcagccaccgttgccattttattattagc 25289531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 14 - 460
Target Start/End: Original strand, 18299924 - 18300370
Alignment:
Q  14 aaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagat 113  Q
    |||||||| ||||  ||||| |||||||  || |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||| | |||||||| |||||    
T  18299924 aaatcacacgagaaaaataagtgttttgtgtcttccagcatgccacatccgcccacacaaaactgagcatttggttgtaaaatttatcttttaactagat 18300023  T
Q  114 tgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctga 213  Q
    |||| ||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||| ||||||| ||| |  || ||||| || ||| |||||||     |||||   ||||     
T  18300024 tgtctgttgttggtaatctattacacaacagacgccaagcaaaaagactaacttttaaaggcacttccttattcaaaatttcaattatgtgatcagctgc 18300123  T
Q  214 caagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatta 313  Q
    |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  18300124 caagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgcgacgttatatttgttggatacatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgatta 18300223  T
Q  314 ggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctctt 413  Q
    | ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |    
T  18300224 gactgcaaaacaataatagttaagaaatcacaacactcccgcaccttttcctcctcccaagctaacaaccgacgccgccacttccaaactttaccctcct 18300323  T
Q  414 ctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttatta 460  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18300324 ccccccacccaagcgaatacatttcagccaccgttgccattttatta 18300370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 5555385 - 5554933
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| ||| || || | ||| || ||||| ||||| || |  |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |    
T  5555385 aaaatcacaagagaagaataagtgttctgcgtcttctaacatgccacatccgcccacacaaacttgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaa 5555286  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||  ||||||||||||||||  || | ||| ||||||||||||||||| | ||| |  || ||||| || ||||||||||| |   |||||   ||||    
T  5555285 ttgtttgttgttggtaatctattacgaagcagacgccaagcaaagagactgacttttaaaggcacttccttattccaaatttcagttatgtgatcagctg 5555186  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     |||||||||  |  ||| ||  ||||  |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||  |||||||||| |||||||    
T  5555185 ccaagttgttatttgttgatgacaacaagtaattataagcacttgtgacgttatatttgttggatgaatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgatt 5555086  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  5555085 agactgctaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaccgacgccgccacttccaagcttcaccctcc 5554986  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5554985 tccccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 5554933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 1031856 - 1031405
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaa-tgtgtcttttaattag 111  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || | |||   |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||     
T  1031856 aaaatgacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcatgttgcatccgcccacgcataactgcgcatttggatgtaaaaatgtgtcttttgattaa 1031757  T
Q  112 attgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgct 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| |   |||| ||  |     
T  1031756 attgtccgttgatggtaatctattacgtaacaagcgccaagcgaagaggctgattttcagaggcacttccttgttccaaatttcagta-tgtgtgtaacc 1031658  T
Q  212 gacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgat 311  Q
    | ||||||||| ||| |   ||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||     
T  1031657 gccaagttgttactggtgaatgtcaacagacgattataagcacttgtgactttataactgtgggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcatagtgag 1031558  T
Q  312 taggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  1031557 taggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacattcccgcactttctcttcctcccaagccaacaaacgacgcctccactgccaagcttcaccctc 1031458  T
Q  412 ttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
      | ||||||||||  |||||||| || |||||||||| | |||||||| ||||    
T  1031457 aac-ccccacccaaaagaatacatttcggccaccgttgtcgttttattagtagc 1031405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 77 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 19323782 - 19323394
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaa 176  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||   | | ||| ||||||||||||||||| | ||| |  || |    
T  19323782 tgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctattaagaagcagacgccaagcaaagagactgacttttaaaggca 19323683  T
Q  177 cttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttgga 276  Q
    |||| || ||||||||||| |   |||||   |||| |||||||||  |  ||| ||  ||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19323682 cttccttattccaaatttcagttatgtgatcagctgccaagttgttatttgttgatgacaacaagtaattataagcacttgtgacattatatttgttgga 19323583  T
Q  277 agcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagca 376  Q
     | |||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  19323582 tgaatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgattagactgcaaaataatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagct 19323483  T
Q  377 aacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19323482 aacaaccgacaccgccacttccaagcttcaccctcctccccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 19323394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 98 - 465
Target Start/End: Original strand, 29126416 - 29126783
Alignment:
Q  98 tgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctg 197  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||  || | ||| ||||||||||||||||| | ||| |  || ||||| || || |||||||| |    
T  29126416 tgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctattacgaagcagacgccaagcaaagagactgacttttaaaggcacttccttatttcaaatttcag 29126515  T
Q  198 acgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgcca 297  Q
       |||||   |||| |||||||||  |  ||| ||  ||||  |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||  |||    
T  29126516 ttatgtgatcagctgtcaagttgttatttgttgatgacaacaagtaattataagcacttgtgacgttatatttgttggatgaatgtaaatgccaaatcca 29126615  T
Q  298 cctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttc 397  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||    
T  29126616 cctgtcagaatgattagactgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaatgtaacaaccgacgccgccacttc 29126715  T
Q  398 caagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29126716 caagcttcaccctcctccccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 29126783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 17194358 - 17194799
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |   ||||||| | |||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  17194358 aaaatcacaagagaggaataagtgatttgcatcttctattgtaccgcaacgacccacacataactaagcattcggatgtaaaatgtgtattttgattaga 17194457  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||     ||| |||  | |    
T  17194458 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccacgcgaagagactgattttcaggggcacttccttgttccaaatttcaatgatgttagtaaccg 17194557  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||   |||||| ||  |||| |    
T  17194558 ccaagttgttgctggttgatgtcaacatatggttataagcacttgagacattataattgttgaaggcatgtaagtgccaaatgcacctgccaggatgagt 17194657  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctc- 411  Q
    ||||||||||||            |||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| | |||||     
T  17194658 aggctgcaaaac------------aatatcacaacattcatgcaccttttcctcctcccaagctaacaaatgacgccgccagtgccaagctacaccctca 17194745  T
Q  412 ttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
      | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17194746 acccccccactcaagagaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 17194799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 38141865 - 38141413
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| ||| || || | ||| || ||||| ||||| || |  |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |    
T  38141865 aaaatcacaagagaagaataagtgttctgcgtcttctaacatgccacatccgcccacacaaacttgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaa 38141766  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||   | | ||| |||||||||| |||||| | ||| |  || ||||| || ||||||||||| |   |||||   ||||    
T  38141765 ttgtctgttgttggtaatctattaagaagcagacgccaagcaaggagactgacttttaaaggcacttccttattccaaatttcagttatgtgatcagctg 38141666  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
      ||||||||  |  |||  |  ||||  |  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||  |||| ||||| |||||||    
T  38141665 caaagttgttatttgttgaagacaacaagtaattataagcacttgcgacgttatatttgttggatgaatgtaaatgccaaatccacttgtcaaaatgatt 38141566  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  38141565 agactgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcctgcaccttcccctcctcccaagctaacaaccgacgccgccacttccaagcttcaccctcc 38141466  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38141465 tccccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 38141413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 98 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 15669232 - 15668864
Alignment:
Q  98 tgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctg 197  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||   || | ||| ||||||||||||||||| | ||| |  || ||||| || |||||||||||      
T  15669232 tgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctactacgaagcagacgccaagcaaagagactgacttttaaaggcacttccttattccaaatttcat 15669133  T
Q  198 acgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgcca 297  Q
       |||||   |||  |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||  |||    
T  15669132 ttatgtgatcagcttccaagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgtgacgttatatttgttggatgcatgtaaatgccaaatcca 15669033  T
Q  298 cctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagtt-aaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccactt 396  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  15669032 cctgtcagaatgattagactgcaaaacaatattagttaaaaaaatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaccgacaccgccactt 15668933  T
Q  397 ccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  15668932 ccaagcttcaccctcctccccccacacaagtgaatacatttcatccaccgttgtcattttattagtagc 15668864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 77 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 32575031 - 32574742
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaa 176  Q
    |||| ||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||  || | ||| |||||| |||||||||| | ||| |  || |    
T  32575031 tgagaatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtctgttattggtaatctattacgaagcagacgccaaacaaagagactgacttttaaaggca 32574932  T
Q  177 cttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttgga 276  Q
    |||| || ||||||||||| |   ||||| | |||| |||||||||  |  ||| ||  ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32574931 cttccttattccaaatttcagttatgtgattagctgccaagttgttatttgttgatgacaacaagtgattataagcacttgtgacattatatttgttgga 32574832  T
Q  277 agcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctc 366  Q
     |||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  32574831 tgcatgtaaatgccaaatccacctgtcagaataattagattgcaaaacaatattagttaaaaaattacaacactcccgcaccttctcctc 32574742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 245 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 29626307 - 29626172
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||    
T  29626307 ttataagcacttgtgacgttatatttcttggatgaatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgattagactgcattacaatattagtt-aaatatcac 29626209  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaa 381  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  29626208 aacactcccgcaccttcccctcctcccaagctaacaa 29626172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 245 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 19294112 - 19293954
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaata-tca 343  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| |   ||||||||| ||||  |||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19294112 ttataagcacttgtgacattatatctgtttgtcacatgtaagttccaaatccacctgtcagaaatatgaggctgcaaaacaatattagttaaaaaaatca 19294013  T
Q  344 caacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagc 402  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  || || || |||| ||||||||||||    
T  19294012 caacactcccacaccttctcctcctcccaagataataatcggcgcctccacttccaagc 19293954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 321 - 403
Target Start/End: Original strand, 12621409 - 12621491
Alignment:
Q  321 aaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagct 403  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||| || |||||||    
T  12621409 aaacaatattagataaaatatcacaacactcccgcacctgctcctcctcccaaactaacaaacgacgacgccgctgccaagct 12621491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 375
Target Start/End: Original strand, 5900439 - 5900569
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||||| |   ||||||||||  ||  |||||||||| ||  || | |||||||||||||||||||||||| || |     
T  5900439 ttataaacacttgtgatattatatttgttagtcacatgtaagtgttaaatccacctgtcagaaatatgaagctgcaaaacaatattagttaaaaaattat 5900538  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||    
T  5900539 aatactcctgcaccttctcctcctcccaagc 5900569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 428
Target Start/End: Original strand, 45459675 - 45459742
Alignment:
Q  361 ctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcg 428  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| || || ||||| |||||||| ||||    
T  45459675 ctcctcctcccaagctaacaaacgacgcctccacctccaagcctccccatcttcaccccaccctagcg 45459742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 19294261 - 19294169
Alignment:
Q  98 tgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaa 190  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||| |  | ||| ||||| |||||||||||||| || | ||| ||||| || ||||||||||||    
T  19294261 tgtcttttaattaaattatctgttgttggtaaccggttccggaacagccgccaagcaaagaggctgactttgaggggcacatctttgttccaa 19294169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 7345639 - 7345554
Alignment:
Q  315 gctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaag 401  Q
    ||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| || |  ||||||||||||   || || |||||||||||||||||||    
T  7345639 gctgcaaaacaacgttagttaaaatcacacaacactccctaacttgatcctcctcccaa-ttaataaccgacgccgccacttccaag 7345554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 310 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 22789248 - 22789204
Alignment:
Q  310 attaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccct 354  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  22789248 attatgctgcaaaacaatattagataaaatctcacaacattccct 22789204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 47590933 - 47591385
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47590933 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcctccatcatgtcgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 47591032  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| |||||||||||| ||    
T  47591033 ttgttcgttgttggtaatctatcccgcaacagaagccaagcaaagagactaattttcaggggcacttccttgttcaagatttctaacgtgtgagttgttg 47591132  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  47591133 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacgttataattgttggaagcatgtaagtgtcaaatccacctgtcataatgatt 47591232  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47591233 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttccccctct 47591332  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47591333 tctccccacccaagcgaatacaattcagccaccgttgccattttattattagc 47591385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 48640356 - 48639901
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48640356 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcctccatcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgccttttaattaga 48640257  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48640256 ttgtctgttgttggtaatctatcccgcaacagacgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttccatgttccagatttctgacgtgtgagttgctg 48640157  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||||    
T  48640156 acaagttgttgctggttggtgttaacagatggttataagcacttgtgacgttataattgctggaagcatgtaagtgccaaatccacctgccagaatgatt 48640057  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctc---ctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccc 409  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  48640056 agggtgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgtcacttccaagcttccccc 48639957  T
Q  410 tcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  48639956 tcttctccccaccaaagcgaatacatttcagtcaccgttgccattttattattagc 48639901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 37871127 - 37871580
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | | |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  37871127 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcgtaccacatccatccacgcataactgagcattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaga 37871226  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |   |||||||  | |    
T  37871227 ttgtctgttgttggtaatctatcatgtaacaagcgccaagcgaagaggctgattttcaggggcacttccttgttctaaatttcagtaatgtgagtaaccg 37871326  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||  ||||||||||  ||||      
T  37871327 ccaagttgttactgtttgatgtcaacatatggttataagcacttgtgacattataactgctggaggcatgtaagtgccaaatccacctgtcaggatgaga 37871426  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| | |||||     
T  37871427 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacactcctgcaccttctccttctcccaagctaacaaacgactccgccactgccaagctacaccctca 37871526  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagct 466  Q
     | ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37871527 accccccacccaagagagtacatttcagccaccgttaccattttattagtagct 37871580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 23108253 - 23108696
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||| |  | | |||||||||||  |||||||||||||||| |  || |||||||||||||||| |||| |    
T  23108253 aaaatcacaagagaggaataagtgctttgcatcttttatcgtaccgcatccattcacgcataactgagcactcagatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 23108352  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||  | |    
T  23108353 ttgtctgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcaggggcacttccttgttccaaatttcagtaatgtgagtaaccg 23108452  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  || |||| | ||||||| |||||  ||||||||||  |||| |    
T  23108453 ccaagttgttactggttgatgtcaacatatggttataagcacttgtgacatcataactgctggaggaatgtaagagccaaatccacctgtcaggatgagt 23108552  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||         ||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  23108553 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctc---------caaacgacgccgccactgccaagctacaccctca 23108643  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  23108644 accccccacccaagagaatacatttcagccactgttaccattttattaatagc 23108696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 43498929 - 43498477
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || | ||| |||||||  |||||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  43498929 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcatcttctatcatgccgcatcgccccacgcaaaaatgaacattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 43498830  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || | ||||||||| |||||||| |||||||  || ||||| |||||||||||||| | | |||||||  | |    
T  43498829 ttgtccgttgtaggtaatctatcacgtaataagcgccaagcgaagagactgattttcaaaggcacttccttgttccaaatttcagtcatgtgagtaaccg 43498730  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    |||||||||| ||| |   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  43498729 acaagttgttactggtgaatgtcaacagatgattataagcacttgtaacattataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaagatgatt 43498630  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||     
T  43498629 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacattcctgcactttctcttcctcccaagccaacaaacgtcgccgccactgccaagcttcaccctca 43498530  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     | |||||||||   |||||||| |||||||| |||||||  |||||| ||||    
T  43498529 accccccacccagaagaatacatttcagccacagttgccaaattattagtagc 43498477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 9896973 - 9897430
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||||||| |||| ||||| || |||||  || |||||||||||||||| |||| |    
T  9896973 aaaattacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcatgccgcatccaaccacacataaatgtgcattcagatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 9897072  T
Q  113 ttgtccgttgttggt-----aatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagt 207  Q
    |||||||||||||||     |||||||| || | || ||| ||||  ||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||   | |||| ||    
T  9897073 ttgtccgttgttggtgattaaatctatcacgtagcaagcgtcaagtgaagaggctgatttttagaggcacttccttgtttcaaatttcaatcatgtgtgt 9897172  T
Q  208 tgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataa 307  Q
      | | ||||||||| | | |   ||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||  |||||||  |||| |||||||||  |||||||||| ||    
T  9897173 aaccgccaagttgttaccggtgaatgtcaacagatgattataagcacttgtgatgttataactgttggagacatgcaagtgccaaatccacctgtcagaa 9897272  T
Q  308 tgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctc 407  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |    
T  9897273 ttagtaggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacattccagcactttctcttcctcctaagcaaacaaatgacgccgccactgccaagcttcac 9897372  T
Q  408 cctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||  | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9897373 cctcaaccccccacccaaaagaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 9897430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 81 - 465
Target Start/End: Original strand, 36652229 - 36652613
Alignment:
Q  81 catttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttc 180  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||||||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  36652229 cattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaattttccgttgtagttaatctatcacgtaacaagcgctaagcgaagagactgattttcagaggcacttc 36652328  T
Q  181 tttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagca 280  Q
     |||||||||||||| | | | |||||  |   ||||||||| ||| |   ||| |||| ||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| |||    
T  36652329 cttgttccaaatttcagtcatctgagtaaccaccaagttgttactggtgaatgtcaacatatgattataagcacttgtaactttataactgttggaggca 36652428  T
Q  281 tgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaaca 380  Q
    || |||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| ||||| || |||||||| ||||    
T  36652429 tgcaagtgccaaatccacctgtcaggatgattaggctgcaaaacaatattagataaaaaatcacaacattcctgcactttctcttcgtcccaagccaaca 36652528  T
Q  381 aacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||  | |||||||||   |||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  36652529 aacgacgccgccactactaagcttcaccctcaaccccccacccagaagaatacatttcagccaccgttaccaatttattagtagc 36652613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 348
Target Start/End: Original strand, 39060189 - 39060523
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||| ||||| |||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  39060189 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatc-tctatcatgccggatccagccacgcataaatgcacattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 39060287  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || || |||||||| | | |||| ||  | |    
T  39060288 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcggcaagcgaagaggctgattttcagaggcacttccttatttcaaatttcagtcatgtgtgtaaccg 39060387  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||| ||||| |||     ||| || ||||| ||||||||||||| ||  |||||   ||| || ||||| ||| |||||  |||||||||||||| | |    
T  39060388 ccaaattgttactggcgaatgtcaatagatgattataagcacttgcgatgttataacagtttgaggcatgcaagcgccaaatccacctgtcataattagt 39060487  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaaca 348  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39060488 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaaca 39060523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 375
Target Start/End: Original strand, 30598707 - 30599069
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| |||||| || | ||| || |||| |||||| || |  |||||||||||  ||| ||| | |||||||| || |    
T  30598707 aaaatcacaagagaagaataagtgttatgcatcttctaacatgccacatctacccacacaaacttgagcatttggttgtataatttatcttttaactaaa 30598806  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||| | ||||||||||||||||  || | ||| ||||| ||||||||||| | ||| |  || ||||| || || |||||||| |   |||||   ||||    
T  30598807 ttgccagttgttggtaatctattacgaagcagacgccatgcaaagagactgacttttaaaggcacttccttatttcaaatttcagttatgtgatcagctg 30598906  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||   ||  | ||| |||||||    
T  30598907 ccaagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgtgacgttatatttgttggatgcatgtaaatgccaaattcaagtatcagaatgatt 30599006  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  30599007 agactgcaaaacaatattagttaaaaaatcacaacactcccgcaccttctcctcctccgaagc 30599069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 340 - 465
Target Start/End: Original strand, 40346517 - 40346642
Alignment:
Q  340 atcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtca 439  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| |||    
T  40346517 atcacaacactcccgcaccttcccctcctcccaagctaacaaccgacgccgccacttccaagcttcaccctcctcctcccacccaagtgaatacatttca 40346616  T
Q  440 gccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     |||||||||||||||||||| ||||    
T  40346617 accaccgttgccattttattagtagc 40346642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 13 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 56024667 - 56024573
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaa 107  Q
    ||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  56024667 aaaatcaaaagagaggaataagtattttgcatcctccatcataccgcatccacctacgcaaaactgagcatttgaaagtaaaatgtgtcttttaa 56024573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 423
Target Start/End: Original strand, 19837396 - 19837458
Alignment:
Q  361 ctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccaccc 423  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| || || ||||| ||||||||    
T  19837396 ctcctcctcccaagctaacaaacgacgcctccacctccaagcctccccatcttcaccccaccc 19837458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 6355908 - 6355694
Alignment:
Q  247 ataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaa 346  Q
    ||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||   |  |||||||||||||||||||||  ||  | | ||||||    
T  6355908 ataagcactcgttacattgaatttgttggaagcatgtaagtaccaaagccacctatcgggaatattaggctgcaaaacaatatttatt--agtctcacaa 6355811  T
Q  347 cactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccg 446  Q
    || ||||  |  || || ||||| ||||| || || | ||||||||||||||||||||| || || || ||||||||| | ||| |||| | || |||||    
T  6355810 cattccc-aaatttttcttcctctcaagctaataacctacgccgccacttccaagcttcaccatcctc-ccccacccacgagaaaacattttag-caccg 6355714  T
Q  447 ttgccattttattaatagct 466  Q
    | ||||||||||||| ||||    
T  6355713 tagccattttattaacagct 6355694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 10252484 - 10252437
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaa 292  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  10252484 ttataagcacttgttacattgtatttgttggaagcatgtaaatgccaa 10252437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 134
Target Start/End: Original strand, 40346325 - 40346382
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctat 134  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  40346325 tgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctat 40346382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 46218738 - 46218689
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  46218738 aacactccctcacattctcctcctcccaagccagtaaacgacgacgccac 46218689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Original strand, 54846198 - 54846247
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  54846198 aacactccctcacactctcctcctcccaagccaacaatcgacgacgccac 54846247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 365 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 1482961 - 1482921
Alignment:
Q  365 tcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttc 405  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  1482961 tcctcccaagcaaacaaaggccgacgccacttccaagcttc 1482921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 362 - 402
Target Start/End: Original strand, 38655370 - 38655410
Alignment:
Q  362 tcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagc 402  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  38655370 tcctcctcccaggcaaacaaacgacgtcgccacctccaagc 38655410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 346 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39867593 - 39867545
Alignment:
Q  346 acactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  39867593 acactccctcacactatcctcctcccaagcaaacaaccgacgtcgccac 39867545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 394
Target Start/End: Original strand, 10436909 - 10437290
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10436909 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 10437008  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10437009 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttccttattccaaatttctgacgtgtgagttgctg 10437108  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  10437109 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattataattgttggaagcatgtaagtgccaaatccacttgtcataatgatt 10437208  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10437209 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 10437290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 15029703 - 15029256
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||  ||||| ||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  15029703 aaaatcactagagagaaataagtgcttagcatcctccatcataccgcatccacccacgcaaaactgagcattttgaagtaaaaggggtcttttaattaga 15029604  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  15029603 ttgtccgttgttggtaatctatcacgcaacagacgccaagcaaagagactaattttcacgggcacttccttgttccaaatttctgtcgagtgagctgctg 15029504  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     |||| || ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||| ||    
T  15029503 ccaagatgctgctgtttggtgtcaatagatggttataagcacttgtgacgttataagtgttggaagcatgtgagggccaaatccacctgtcagaatggtt 15029404  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  15029403 aggttgcaaaacaatattagttaaaacatcacaacactcccgcaccttctc---ctcccatgcgaataaacgacgccgccacttccaagcttccccttct 15029307  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
      |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  15029306 --tccccatccaagcgaatacatttcattcaccgttgccattttattagtagc 15029256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 310 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 28432168 - 28432014
Alignment:
Q  310 attaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||  || ||||| |||| |||||||||||| ||  |     
T  28432168 attaggctgcaaaacaatattagttaaaa-atcacagcactcccgcactttctcctcctcctaagttaataaacggcgcctccacttccaagcctcatca 28432070  T
Q  410 tcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    || || ||||||| |||| ||||||| |||  |||||||| ||||||| |||||||    
T  28432069 tcctccccccacctaagcaaatacatttcattcaccgttgtcattttaataatagc 28432014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 236 - 329
Target Start/End: Original strand, 42671301 - 42671394
Alignment:
Q  236 aacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatat 329  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||  |||| | ||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  42671301 aacaaatgattataagcatttgtgacattatagttgttggacacatgtaaatgtcaaatccacttttcagaatgattagaatgcaaaataatat 42671394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 295 - 375
Target Start/End: Original strand, 4487572 - 4487652
Alignment:
Q  295 ccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    |||||||| | || |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  4487572 ccacctgtgagaaagattagactgcaaaacaatattaattaaaatctcattgcactccctaacctaatcctcctcccaagc 4487652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 289
Target Start/End: Original strand, 40737740 - 40737784
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgc 289  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  40737740 ttataagcacttgttacattgtacttgttggaagcatgtaagtgc 40737784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 346 - 401
Target Start/End: Original strand, 25977631 - 25977686
Alignment:
Q  346 acactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaag 401  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||    
T  25977631 acactccctcaccatctcctcctcccaagcaaacaatctatgtctccacttccaag 25977686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 77 - 311
Target Start/End: Original strand, 53459449 - 53459683
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaa 176  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||  |||| ||||||||||   || | ||| ||||||||||||||||| | ||| |  || |    
T  53459449 tgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtatgttgctggtaatctactacgaagcagacgccaagcaaagagactgacttttaaaggca 53459548  T
Q  177 cttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttgga 276  Q
    |||| || || |||||||| |   |||||   |||| |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  53459549 cttccttatttcaaatttcagttatgtgatcagctgccaagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgtgacgttatatttgttaga 53459648  T
Q  277 agcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgat 311  Q
     ||||| || || |||  |||||||||| ||||||    
T  53459649 tgcatggaaatggcaaatccacctgtcagaatgat 53459683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 21736916 - 21736867
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  21736916 aacactccctcacactctcctcctcccaagcaaacaaccggcgcctccac 21736867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 41225996 - 41225927
Alignment:
Q  316 ctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacga 385  Q
    ||||||||||||||||   |||| | || | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  41225996 ctgcaaaacaatattatgcaaaaaaacagagcactccctcaccaactcctcctcccatgcaaacaaacga 41225927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 310 - 354
Target Start/End: Original strand, 4563134 - 4563178
Alignment:
Q  310 attaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccct 354  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  4563134 attaggctgcaaaacaatattaattaaaatcttacagcactccct 4563178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28432458 - 28432414
Alignment:
Q  65 cccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaatt 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  28432458 cccacacataactgagcatttggttgtaaaatttgtcttttaatt 28432414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 12912728 - 12913181
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  12912728 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcgtcttctatcgtaccgcatccacccacgcataactgagcattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaga 12912827  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||  | |    
T  12912828 ttgtccgttgttggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagaagctgattttcaggggcacttccttgttccaaatttcagtaatgtgagtaaccg 12912927  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||||||||||  ||||||||||  ||||      
T  12912928 tcaagttgttactgtttgatgtcaacatatggttataagcacttgagacattataactgctggaggcatgtaagtgccaaatccacctgtcaggatgaga 12913027  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  12913028 aggctgcaaaacaatattagataaaatatcacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaacaaacgacgccgccactgccaagctacaccctca 12913127  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagct 466  Q
     | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12913128 accccccacccaagagagtacatttcagccaccgttgccattttattagtagct 12913181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 77 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 7093484 - 7093096
Alignment:
Q  77 tgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaa 176  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||   | | ||| |||||||||| |||||| | ||| |  || |    
T  7093484 tgagcatttggttgtataatttgtcttttaactaaattgtctgttgttggtaatctattaagaagcagacgccaagcaaggagactgacttttaaaggca 7093385  T
Q  177 cttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttgga 276  Q
    |||| || ||||||||||| |   |||||   |||| |||||||||  |  |||  |  ||||  |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7093384 cttccttattccaaatttcagttatgtgatcagctgccaagttgttattcgttgaagacaacaagtaattataagcacttgtgacgttatatttgttgga 7093285  T
Q  277 agcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagca 376  Q
     | |||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||     
T  7093284 tgaatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgattagactgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactcccgcaccttcccctcctcccaagct 7093185  T
Q  377 aacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7093184 aacaaccgacgccgccacttccaagcttcaccctcctccccccacccaagtgaatacatatcagccaccgttgccattttattagtagc 7093096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 6028951 - 6028767
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6028951 aaaatcacaagagatgaataagtgtttagcatcctccatcataccgcatccacccacgcaaaattgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 6028852  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctg 197  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6028851 ttatccgttgttggcaatctatcacgcaacagacgtcaagcaaagagactaattttcaagggcacttccttgttccaaatttctg 6028767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 98 - 465
Target Start/End: Original strand, 8753479 - 8753849
Alignment:
Q  98 tgtcttttaattagattgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctg 197  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||||||  | ||| ||||| |||||||||||||| || | ||| ||||| || ||||||||||||| ||| |    
T  8753479 tgtcttttaattaaattatctgttgttggtaatcggttccgaaacagacgccaagcaaagaggctgactttgaggggcacctctttgttccaaaattcgg 8753578  T
Q  198 acg--tg-tgagttgctgacaag-ttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaat 293  Q
      |  || ||||| || |||||  || ||| |||||| ||  | || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||||     
T  8753579 ttgcatgatgagtagc-gacaatattattgttgattgttgacatcaaatgattataggcacttgtgacattatatttgtttgtcacgtgtaagtgccaaa 8753677  T
Q  294 gccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgcca 393  Q
     |||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || || |||| |||    
T  8753678 tccacctgtcagaaatatgaggctgcaaaataatattagttaaaaaattacaacactcccgcaccttctcctcctcccaagctaataatcggcgcctcca 8753777  T
Q  394 cttccaagcttctccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    ||||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  8753778 cttccaagcctcaccatcctccccccacccaagtgaatacatttcagccaccgttgccaatttgttagtagc 8753849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 146 - 362
Target Start/End: Original strand, 30975429 - 30975645
Alignment:
Q  146 cgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggt 245  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| | || |||||||||| ||| || ||  |||| ||| |    
T  30975429 cgccaagcaaaaagactaacttttaggggcacttctttattccaaatttctgttatgtgagtagttgtcaagttgttgttgactgatgacaacaaatgat 30975528  T
Q  246 tataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 345  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30975529 tataagaacttgtgacattatatttgctggacgcatgtaagtgtcaaatttacctgtcaaaataattagactgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 30975628  T
Q  346 acactccctcaccttct 362  Q
    |||||||| ||| ||||    
T  30975629 acactcccgcactttct 30975645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 146 - 362
Target Start/End: Original strand, 30981868 - 30982084
Alignment:
Q  146 cgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggt 245  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| | || |||||||||| ||| || ||  |||| ||| |    
T  30981868 cgccaagcaaaaagactaacttttaggggcacttctttattccaaatttctgttatgtgagtagttgtcaagttgttgttgactgatgacaacaaatgat 30981967  T
Q  246 tataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 345  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30981968 tataagaacttgtgacattatatttgctggacgcatgtaagtgtcaaatttacctgtcaaaataattagactgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 30982067  T
Q  346 acactccctcaccttct 362  Q
    |||||||| ||| ||||    
T  30982068 acactcccgcactttct 30982084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 146 - 362
Target Start/End: Original strand, 30988032 - 30988248
Alignment:
Q  146 cgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctgacaagttgttgctgattggtgttaacagatggt 245  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| | || |||||||||| ||| || ||  |||| ||| |    
T  30988032 cgccaagcaaaaagactaacttttaggggcacttctttattccaaatttctgttatgtgagtagttgtcaagttgttgttgactgatgacaacaaatgat 30988131  T
Q  246 tataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 345  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30988132 tataagaacttgtgacattatatttgctggacgcatgtaagtgtcaaatttacctgtcaaaataattagactgcaaaacaatattagttaaaatatcaca 30988231  T
Q  346 acactccctcaccttct 362  Q
    |||||||| ||| ||||    
T  30988232 acactcccgcactttct 30988248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 130
Target Start/End: Original strand, 18973091 - 18973210
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaa--tgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaatta 110  Q
    ||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||| ||||    
T  18973091 aaaatcacaagagaggaatataagtgttttgcatcttctatcataccgcatccacccacgcataactgagcattcagatgtaaaacatgtcttttgatta 18973190  T
Q  111 gattgtccgttgttggtaat 130  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  18973191 gattgtccgttgttggtaat 18973210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 24393536 - 24393420
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || |||   | |||||| ||||||||| ||||||    
T  24393536 aaaagcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcataccgcatccacccacgcataactaagtattcatatgtaaaaggtgtcttttgattaga 24393437  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaat 130  Q
    |||| |||||||||||||    
T  24393436 ttgt-cgttgttggtaat 24393420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 249 - 352
Target Start/End: Original strand, 13737059 - 13737162
Alignment:
Q  249 aagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaaca 348  Q
    |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || ||| |||||  |||  || ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13737059 aagcacttgtaacattgaaattgttggaagcatgtaaatgtcaaagccactggtcgaaaagattaggttgcaaaacaatattaattaaaatctcacaaca 13737158  T
Q  349 ctcc 352  Q
    ||||    
T  13737159 ctcc 13737162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 370
Target Start/End: Original strand, 13730863 - 13730988
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||| | ||||| || ||| ||||||| ||  || |||| || ||||||||||||||| ||||||| |||     
T  13730863 ttataagcacttgtaacattaaaattgttggaatcctgtaaatgtcaaagccacctctcggaaagatttggttgcaaaacaatattaattaaaatctcat 13730962  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcc 370  Q
    |||||||||  |||| | ||||||||    
T  13730963 aacactcccgaacctgcacctcctcc 13730988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5874490 - 5874428
Alignment:
Q  361 ctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttctccccaccc 423  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| || || ||||| ||||||||    
T  5874490 ctcctcctcccaagctaacaaacgacgcctccacctccaagcctccccatcttcgccccaccc 5874428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 387
Target Start/End: Original strand, 8234575 - 8234616
Alignment:
Q  346 acactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacg 387  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8234575 acactccctcacactctcctcctcccaagcatacaaacgacg 8234616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Original strand, 17738403 - 17738452
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  17738403 aacactccctcacactctcctcctcccaggccaacaaacgtcgccgccac 17738452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Original strand, 23287130 - 23287179
Alignment:
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccac 394  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  23287130 aacactcgctcacgctctcctcctcccaagcaaacaaacgtcgacgccac 23287179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 85
Target Start/End: Original strand, 30975347 - 30975419
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcattt 85  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | |||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  30975347 aaaatcacaagagaggaataagtgctatgcatcttccaacatgccgcattcactcacgcataatagagcattt 30975419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 85
Target Start/End: Original strand, 30981786 - 30981858
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcattt 85  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | |||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  30981786 aaaatcacaagagaggaataagtgctatgcatcttccaacatgccgcattcactcacgcataatagagcattt 30981858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 85
Target Start/End: Original strand, 30987950 - 30988022
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcattt 85  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | |||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  30987950 aaaatcacaagagaggaataagtgctatgcatcttccaacatgccgcattcactcacgcataatagagcattt 30988022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 362 - 414
Target Start/End: Original strand, 32288125 - 32288177
Alignment:
Q  362 tcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctcttc 414  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  32288125 tcctcctcccatgcaaacaaccgacaccgccatttctaagcttctcccccttc 32288177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 7e-81; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 37647597 - 37647145
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || | ||| |||||||  |||||||| || ||| |||| | | |||||||||||||||| |||| |    
T  37647597 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcatcttcgatcatgccgcatcgccccacgcagaaatgaacattcgaatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 37647498  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||  | |||| |||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||   | ||||||| || |    
T  37647497 ttgtccgttgtaggtaatctatcatgtaacaagcgctaagcgaagagactgattttcagaggcacttcctttttccaaatttcattcatgtgagtagccg 37647398  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    |||||||||| ||| |   ||| |||| ||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  37647397 acaagttgttactggtgaatgtcaacaaatgattataagcacttgtaactttataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaagatgatt 37647298  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||     
T  37647297 aggctgcaaaacaatactagataaaatatcgcaacattcctgcactttctcttcctcccaagccaacaaacgtcgccgccactgccaagcttcaccctca 37647198  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     | |||||||||   |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  37647197 accccccacccagaagaatacatttcagccacagttgccaatttattagtagc 37647145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 27271280 - 27270828
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||| |||| |    
T  27271280 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcatgccgcatccacccacgcataactgaacattcagatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 27271181  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | |||| || | |||  |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||  | | ||||| |  ||     
T  27271180 ttgtctgttgttggtaatctatcatgtaacaagctctaagtgaagagactgatttttagaggcacttccttgttccaaattttggtcatgtgattaacta 27271081  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| |   ||| || ||||| |||||||||||||||||  ||||   |||||| ||||| |||||||||  |||| |||||  |||| |    
T  27271080 ccaagttgttactggtgaatgtcaatagatgattataagcacttgtgactgtataacggttggaggcatgcaagtgccaaatccacatgtcaagatgagt 27270981  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctct 412  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||     
T  27270980 aggctgcaaaacaataatagataaaaaatcacaacattcccacactttctcttcctcctaggccaacaaacgacgccgccactaccaagcttcaccctca 27270881  T
Q  413 tctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
     | ||||||| |   |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27270880 accccccacctagaagaatacatttcagccaccgttgccattttattagtagc 27270828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 12410419 - 12410100
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||| || || | ||| |||||||  |||||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  12410419 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcctcttctatcatgccgcatcgccccacgcagaaatgaacattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 12410320  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||  || ||||| |||||||||||||| | | |||||||  | |    
T  12410319 ttgtccgttgtaggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcaaaggcacttccttgttccaaatttcagtcatgtgagtaaccg 12410220  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    |||||||||| ||| |   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  12410219 acaagttgttactggtgaatgtcaacagatgattataagcacttgtaacattataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaagatgatt 12410120  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattag 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  12410119 aggctgcaaaacaatattag 12410100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 12422479 - 12422160
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||| || || | ||| |||||||  |||||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  12422479 aaaatcacaagagatgaataagtgttttgcctcttctatcatgccgcatcgccccacgcagaaatgaacattcggatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 12422380  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||  || ||||| |||||||||||||| | | |||||||  | |    
T  12422379 ttgtccgttgtaggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcaaaggcacttccttgttccaaatttcagtcatgtgagtaaccg 12422280  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
    |||||||||| ||| |   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  12422279 acaagttgttactggtgaatgtcaacagatgattataagcacttgtaacattataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaagatgatt 12422180  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattag 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  12422179 aggctgcaaaacaatattag 12422160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 245 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 23480474 - 23480258
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||  ||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |  ||| |||| |||||||| ||||||||||||   ||    
T  23480474 ttataaacacttgtaacattgtatctgtaggaagaatgtaagtgccaaagccatctgtcatgagtatttggctacaaaacaacattagttaaaatcatac 23480375  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctc-cctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagcca 443  Q
    |||||||||| || |  || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |  | | || ||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  23480374 aacactccctaacttgatcttcctcccaagctaataaccgacgccgccacttccaagcttcactacccctccccccacccaagagagaacatttcagcca 23480275  T
Q  444 ccgttgccattttatta 460  Q
      |||||||||||||||    
T  23480274 ttgttgccattttatta 23480258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 245 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 26625110 - 26624980
Alignment:
Q  245 ttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgattaggctgcaaaacaatattagttaaaatatcac 344  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||||| |||||||||| ||| ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  |||| || ||||    
T  26625110 ttataagcacttgttacgttgtatttgttggaatcatgtaagtgtcaaagccacccattatgaatattaggctgcaaaacaatattgattaagatctcac 26625011  T
Q  345 aacactccctcaccttctcctcctcccaagc 375  Q
    |||||||| | ||||| || |||||||||||    
T  26625010 aacactccttaaccttttcttcctcccaagc 26624980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 86 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 29739673 - 29739643
Alignment:
Q  86 ggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29739673 ggaagtaaaatgtgtcttttaattagattgt 29739643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 11031397 - 11031352
Alignment:
Q  35 tgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgag 80  Q
    ||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  11031397 tgttttgcatcttctatcgtaccgcatccacccacgcataactgag 11031352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 29739735 - 29739686
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatc 62  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  29739735 aaaatcacaagaaaggaataagtgttttgcatcctccatcgtaccgcatc 29739686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0300 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0300
Description:

Target: scaffold0300; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 9209 - 8751
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||| || ||| ||||  || |||||||||||||||| |||| |    
T  9209 aaaatcacaagagaggaataaatgttttgcatcttctatcatgccgcatccccccacgcaaaaatgaacattcagatgtaaaatgtgtcttttgattaaa 9110  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctg 212  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| | | |||||||  | |    
T  9109 ttgtccgttgtaggtaatctatcacgtaacaagcgccaagcgaagagactgattttcagaggcacttccttgttccaaatttcagtcatgtgagtaaccg 9010  T
Q  213 acaagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatt 312  Q
     ||||||||| ||| |   ||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||  ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  9009 ccaagttgttactggtgattgtcaacagatgattataagcacttgtaattttataactgttggaggcatgcaagtgccaaatccacctgtcaggatgatt 8910  T
Q  313 aggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgcc------gccacttccaagcttct 406  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||      |||||| |||||||||     
T  8909 aggctgcaaaacaatattagataaaaaatcacaacattcctgcactttctcttcttcccaagccaacaaacgccgccgccactgccactgccaagcttca 8810  T
Q  407 ccctcttctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    |||||  | ||||||| |   |||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  8809 ccctcaaccccccacctagaagaatacatttcagccaccgttgtcaatttattagtagc 8751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0432 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0432
Description:

Target: scaffold0432; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 8724 - 8273
Alignment:
Q  14 aaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattagat 113  Q
    |||||||| ||||  ||||| |||||||| || |||| ||| || ||||| ||||| || |||| |||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||    
T  8724 aaatcacacgagaaaaataagtgttttgcgtcttccatcatgccacatccgcccacacaaaacttagcattgggttgtaaaatttgtcttttaactagat 8625  T
Q  114 tgtccgttgttggtaatctatcccgcaacaggcgccaagcaaagagactaattttcaggggaacttctttgttccaaatttctgacgtgtgagttgctga 213  Q
    |||| |||||||||||||||   | |||||| ||||||||||| ||||| | ||| |  || ||||| || || |||||||  |   |||||   ||||     
T  8624 tgtctgttgttggtaatctaatacacaacagacgccaagcaaaaagactgacttttaaaggcacttccttatttcaaattttagttatgtgatcagctgc 8525  T
Q  214 caagttgttgctgattggtgttaacagatggttataagcacttgtgacattatagttgttggaagcatgtaagtgccaatgccacctgtcataatgatta 313  Q
    |||||||||  |  ||| ||  ||||  |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  8524 caagttgttatttgttgatgacaacaagtggttataagcacttgtgaagttatatttgttggatacatgtaaatgccaaatccacctgtcagaatgatta 8425  T
Q  314 ggctgcaaaacaatattagttaaaatatcacaacactccctcaccttctcctcctcccaagcaaacaaacgacgccgccacttccaagcttctccctctt 413  Q
    | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  8424 gactgcaaaacaatattagttaagaaatcacaacactcccgcaacttctcctcatcctaagctaacaaccgatgccgccacttccaagcttcaccctcct 8325  T
Q  414 ctccccacccaagcgaatacatgtcagccaccgttgccattttattaatagc 465  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  8324 ccccccacccaagcgaatacatttcagccactgttgccattttattagtagc 8273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 74; Significance: 9e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 23417 - 23300
Alignment:
Q  13 aaaatcacaggagaggaataaatgttttgcatcctccagcataccgcatccacccacgcataactgagcatttggaagtaaaatgtgtcttttaattaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  23417 aaaatcacaagagaggaataagtgttttgcatcttctatcataccgcatccacccacgcataactgagcattcagatataaaatgtgtcttttgattaga 23318  T
Q  113 ttgtccgttgttggtaat 130  Q
    |||||| |||||||||||    
T  23317 ttgtccattgttggtaat 23300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University