View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16196_low_1 (Length: 712)

Name: NF16196_low_1
Description: NF16196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16196_low_1
NF16196_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-695)||(50527070-50527759)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 695
Target Start/End: Original strand, 50527070 - 50527759
Alignment:
Q  1 tgcaatattactacagcaagtacaccacaagcacttaacatccctgcttttgctactcctgttggtacacatttccaaataagggtgaacatgatggaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527070 tgcaatattactacagcaagtacaccacaggcacttaacatccctgcttttgctactcctgttggtacacatttccaaataagggtgaacatgatggaag 50527169  T
Q  101 tgaaggaaaatgagaggagaaaagacactgttggccatggatttgttgtccctgccaccacataacgtctatagaccacagcatttgccaccatgtaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527170 tgaaggaaaatgagaggagaaaagacactgttggccatggatttgttgtccctgccaccacataacgtctatagaccacagcatttgccaccatgtaaaa 50527269  T
Q  201 tacaaagagtgtgccaattgacacaagatcgaggagaacatcaagatcagtaaaaagtgcaattgctgctgtgaagatccctgaaattgacattatttgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  50527270 tacaaagagtgtgccaattgacacaagatcgaggagaacatcaagatcagtaaaaagtgcaattgctgctgtgaagatccctgaaattgacattatgtgc 50527369  T
Q  301 ggatatcagaaaaatgtaactatccctaaaaagcaaattaatgtcatcacatcatgtttattctaccactcataatattagttagatgaaaaagaatttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527370 ggatatcagaaaaatgtaactatccctaaaaagcaaattaatgtcatc-----atgtttattctaccactcataatattagttagatgaaaaagaatttt 50527464  T
Q  401 tgatagtacaatgtaagaggtcaaaatagacaatacacaacatagaatagcataaaatcattgaaatccaatacatgattgaggccaactttaagtagcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527465 tgatagtacaatgtaagaggtcaaaatagacaatacacaacatagaatagcataaaatcattgaaatccaatacatgattgaggccaactttaagtagcc 50527564  T
Q  501 tacacaaagagctaaggtcataatcatccgtcaatgattctaatcaagaggaataaatcaactcaaccaatagtgaaggtatggaatcaattaaatatta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527565 tacacaaagagctaaggtcataatcatccgtcaatgattctaatcaagaggaataaatcaactcatccaatagtgaaggtatggaatcaattaaatatta 50527664  T
Q  601 aaaactgccaatatcttccacctgaaatggtctattattcccctattgagttgaaaaagaaaataaggtgtcacaatcaaaaaattattatattc 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50527665 aaaactgccaatatcttccacctgaaatggtctattattcccctattgagttgaaaaagaaaataaggtgtcacaatcaaaaaattattatattc 50527759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University