View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16196_low_18 (Length: 277)

Name: NF16196_low_18
Description: NF16196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16196_low_18
NF16196_low_18
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (25-258)||(5325224-5325456)
chr5 (27-259)||(15029982-15030204)
chr5 (121-256)||(17361151-17361280)
chr5 (69-257)||(11077475-11077659)
chr5 (70-257)||(26228038-26228218)
chr5 (69-229)||(31253840-31253994)
chr5 (27-182)||(42478347-42478495)
chr5 (25-105)||(7660991-7661072)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (28-258)||(24003154-24003384)
chr2 (25-259)||(22999625-22999858)
chr2 (74-242)||(20125643-20125805)
chr2 (25-192)||(22381719-22381885)
chr2 (25-192)||(22913745-22913911)
chr2 (70-256)||(37787139-37787317)
chr2 (117-145)||(42757743-42757771)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (70-259)||(8016118-8016297)
chr4 (73-257)||(790652-790825)
chr4 (25-146)||(20808996-20809116)
chr4 (72-254)||(32105597-32105768)
chr4 (27-147)||(27007198-27007317)
chr4 (38-259)||(52245158-52245373)
chr4 (15-145)||(41908089-41908218)
chr4 (69-151)||(11351502-11351581)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (70-259)||(24688132-24688315)
chr7 (70-243)||(7194029-7194194)
chr7 (70-236)||(39605708-39605868)
chr7 (69-257)||(23846323-23846505)
chr7 (69-257)||(46857528-46857708)
chr7 (74-257)||(18995363-18995538)
chr7 (70-256)||(24056211-24056389)
chr7 (111-147)||(25706701-25706737)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (70-257)||(12522261-12522437)
chr6 (15-126)||(11715444-11715554)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (70-257)||(15819815-15819991)
chr3 (40-259)||(3330630-3330846)
chr3 (70-257)||(6512804-6512980)
chr3 (70-257)||(6748241-6748417)
chr3 (70-255)||(6473584-6473758)
chr3 (74-257)||(6473071-6473238)
chr3 (59-256)||(4611700-4611886)
chr3 (121-257)||(38111861-38111990)
chr3 (72-254)||(40474994-40475165)
chr3 (107-257)||(37978785-37978929)
chr3 (72-254)||(818171-818342)
chr3 (194-257)||(11985203-11985266)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (142-261)||(16814841-16814962)
chr1 (70-257)||(25646721-25646900)
chr1 (25-173)||(27572051-27572198)
chr1 (70-257)||(32907821-32907997)
chr1 (67-256)||(17888356-17888528)
chr1 (72-254)||(51995372-51995543)
chr1 (83-259)||(33473512-33473682)
chr1 (70-143)||(31038229-31038300)
chr1 (25-144)||(18467575-18467697)
chr1 (171-259)||(18467722-18467810)
chr1 (25-206)||(20416008-20416183)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (25-257)||(21916-22143)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (70-228)||(19386-19538)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (27-147)||(7406471-7406590)
chr8 (109-254)||(34967647-34967786)
chr8 (70-257)||(22998377-22998556)
chr8 (192-259)||(13151647-13151715)
chr8 (25-172)||(13104038-13104184)
chr8 (25-101)||(13151543-13151620)
chr8 (136-173)||(13151612-13151649)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (70-227)||(93128-93278)
[»] scaffold0625 (1 HSPs)
scaffold0625 (74-257)||(1118-1293)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5325456 - 5325224
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| || |||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  5325456 ggatgtctaaagtacggtgtatggaccaacagtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaactccttacaacaacaacaag--cataacgtctcttttg 5325359  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgacca 223  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| ||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  5325358 agccaaacaatccaacatcagacaggtagaataatgaagattttgaaacctcccttaagttatatagtaccaaacttcgtgaaggtgagagattcaaccg 5325259  T
Q  224 ccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccca 258  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  5325258 ccaacatggatatagaaccccacgcctacaaccca 5325224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 259
Target Start/End: Original strand, 15029982 - 15030204
Alignment:
Q  27 atgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgag 125  Q
    ||||||||  || |||||||||||| ||||||| |||| ||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  15029982 atgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaag--cataacgtctctttcgag 15030079  T
Q  126 ccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccacc 225  Q
    |||||||||||||||||||      | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  15030080 ccaaacagtccaacatcaa------agactgatgaggattttgaaacctcccccaagttat--agtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgcc 15030171  T
Q  226 aacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  15030172 aacacggatacagaa-cccacgcctacaacccac 15030204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 121 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 17361280 - 17361151
Alignment:
Q  121 tcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17361280 tcgagccaaacagtccaacatcaaa------tactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatatagtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattcga 17361187  T
Q  221 ccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacc 256  Q
    || | ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  17361186 ccgcgaacatggatacaaaaccccacacatacaacc 17361151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 69 - 257
Target Start/End: Original strand, 11077475 - 11077659
Alignment:
Q  69 aatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    | || |||||||||||||    
T  11077475 aatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--cctaatgtctctttcgagccaaacagtccaacatcagac----agacagatgaggattttg 11077568  T
Q  169 aaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggat--acaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||| |   |||||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||   || ||||||||| |||||||||    
T  11077569 aaaccgcatccaagttatatggagccaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggatgatcagaaccccacgtctacaaccc 11077659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 26228218 - 26228038
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||     ||| |||||||||||||||||    
T  26228218 atccaagaaccaacaactcattgcaacaacaacaag--cacaacatctctttcgagccaaatagtccaacatcag----gtagactgatgaggattttga 26228125  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    || ||||| ||||||||| ||  ||||| ||| || |||| | |||||| ||| ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  26228124 aatctcccccaagttatatagagccaaa-ttcatgcaggtaaaagattctaccgccatcacggatacagaaccccacacctacaaccc 26228038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 229
Target Start/End: Original strand, 31253840 - 31253994
Alignment:
Q  69 aatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    | || |||||||||||||    
T  31253840 aatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaag--cctaacatctctatcgagccaaacagtccaacatcaaac----agaccgatgaggattttg 31253933  T
Q  169 aaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaaca 229  Q
    ||||| |   |||| |||| ||   |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  31253934 aaaccgcatccaagatatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagcttctaccgccaaca 31253994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 182
Target Start/End: Original strand, 42478347 - 42478495
Alignment:
Q  27 atgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgag 125  Q
    |||||||  ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||   |||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||  ||||||||| |||||||    
T  42478347 atgtctattgtgcggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaacttcttacgacagcaacaagt--ataacgtctttttcgag 42478444  T
Q  126 ccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaag 182  Q
     ||||||||||||||||||      | ||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  42478445 tcaaacagtccaacatcaa------agactgatgagaattttgaaacctcccccaag 42478495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 7661072 - 7660991
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaag 105  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || | |||||||    
T  7661072 ggatgtctaaagtgcggcgtatggaccaaccatcaacacggaacgaatccaagaaccaacaaccccttgtaatagcaacaag 7660991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 258
Target Start/End: Original strand, 24003154 - 24003384
Alignment:
Q  28 tgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagc 126  Q
    |||||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||   | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||    
T  24003154 tgtctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcagcacagaatggaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaaa--cataacgtctctttcgagc 24003251  T
Q  127 caaacagtccaacatca--aacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccac 224  Q
    |||||||||||||||||  | || ||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  24003252 caaacagtccaacatcagcatcaggtagaccgatgaggattttgaaac-tcccccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgc 24003350  T
Q  225 caacatggatacaaaaccccacgcctacaaccca 258  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24003351 caacacggatacaaaaccccacgcctacaaccca 24003384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 259
Target Start/End: Original strand, 22999625 - 22999858
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  |||| |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||| |||||    
T  22999625 ggatgcctaaagtgtggtgtatgaaccaaccgtcaacatggaacgaatctaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaag--cataacgtctatttcg 22999722  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgacca 223  Q
    ||  ||||| |||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  22999723 agtgaaacaatccaacttcaaacaggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttatatagtaacaaacttcgtgaaggtgaaagattctacca 22999822  T
Q  224 ccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    ||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22999823 ccaacacaaatacaaaaccccacgccaacaatccac 22999858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 20125805 - 20125643
Alignment:
Q  74 aagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||  |||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||    
T  20125805 aagaatcaagaactccttgcgacaagaacaagt--ataacgtctctttcaagccaaatagtccaacatca----tgtagactgatgaggattttgaaacc 20125712  T
Q  174 tccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaacc 242  Q
    |||| ||||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||||||    
T  20125711 tcccccaagttatatagagccaaacttcgtgaaggtgaaagattctactgccaacacggatacaaaacc 20125643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22381885 - 22381719
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||| |||||    
T  22381885 ggatgtctaaagtgtgttgtatgaaccaaccgtcaacatgaaacgaatccaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaag--cataacgtctttttcg 22381788  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagta 192  Q
    ||  ||||| |||| | ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  22381787 agtgaaacaatccagcttcaaacaggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttatatagta 22381719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22913911 - 22913745
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||| |||||    
T  22913911 ggatgtctaaagtgtgttgtatgaaccaaccgtcaacatgaaacgaatccaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaag--cataacgtctttttcg 22913814  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagta 192  Q
    ||  ||||| |||| | ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  22913813 agtgaaacaatccagcttcaaacaggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttatatagta 22913745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 70 - 256
Target Start/End: Original strand, 37787139 - 37787317
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||      || |||||| ||||||||||    
T  37787139 atccaaggaccaccaactccttgcgacagcaacaag--catagcgtctctttcatgccaaagagtccaacatca------taaactgataaggattttga 37787230  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacc 256  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||| | |||| ||| ||||||  |||| | ||||||||||||||||||    
T  37787231 aacctcccccaagttacaaagtgccaaacttcgtgaaggtgataaattcaaccgccaacacagatatagaaccccacgcctacaacc 37787317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 42757771 - 42757743
Alignment:
Q  117 tctttcgagccaaacagtccaacatcaaa 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42757771 tctttcgagccaaacagtccaacatcaaa 42757743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 70 - 259
Target Start/End: Original strand, 8016118 - 8016297
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      | |||||||| || |||||    
T  8016118 atccaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaag--cataacgtctctttcgagccaaacaatccaacatcaa------agactgatgaagaatttga 8016209  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    |||||||| || |||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8016210 aacctcccccatgttatatagtgccaaacttc--gaaggtgagagattcgaccaccaacacggatacataaccccatgcctacaacccac 8016297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 790825 - 790652
Alignment:
Q  73 caagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaac 172  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |      |||||||||||||||||||    
T  790825 caagaaccaacaactccttgtgacagcaacaag--cataacatctttttcgagccaaacagtccaacatcaaaga------ctgatgaggattttgaaac 790734  T
Q  173 ctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||| |||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  790733 ctcccccaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaaccc 790652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 20809116 - 20808996
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| |    
T  20809116 ggatgtctaaaatgcggtgtatggaccaaccatcaacacagaacgagtccaaaaaccaacaactccttgcaacagcaacaagt--ctaacgtctcttttg 20809019  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaac 146  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  20809018 aggcaaacagtccaacatcaaac 20808996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 72 - 254
Target Start/End: Original strand, 32105597 - 32105768
Alignment:
Q  72 ccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  || | ||||||||||||| |||||||||||||||||       | ||||||| |||||||||||    
T  32105597 ccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--caaagcgtctctttcgagacaaacagtccaacatca------gagactgatgcggattttgaaa 32105688  T
Q  172 cctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaa 254  Q
    | |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||    
T  32105689 catccc-caagttat--agtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgcctacaa 32105768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 147
Target Start/End: Original strand, 27007198 - 27007317
Alignment:
Q  27 atgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtc-acacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgag 125  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| | || ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||  |||| ||||||||||||||    
T  27007198 atgtctaaagtgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgggacgaatccaagaaccaacaacttcttgcaataacaataa--gcattacgtctctttcgag 27007295  T
Q  126 ccaaacagtccaacatcaaaca 147  Q
    |||||||   ||||||||||||    
T  27007296 ccaaacatcacaacatcaaaca 27007317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 52245373 - 52245158
Alignment:
Q  38 gtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtcc 136  Q
    |||||||||||||  ||||||| || ||||  ||||||| |||||||| |||||||| | | |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  52245373 gtggtgtatggacaaaccgtcaacatagaatgaatccaaaaaccaacatctccttgcgaaagcaacaag--cataatgtctctttcgagccaagcagtcc 52245276  T
Q  137 aacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtg--agagattcgaccaccaacatggat 234  Q
     |||| |     ||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    ||| |||||  |||||  |||||||| ||| |||||| ||||    
T  52245275 gacattag----gtagactgatgagaattatgaaacctccc-caagttatacagag--aaacttcgtacaggtgtgagagattctaccgccaacacggat 52245183  T
Q  235 acaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  52245182 acagaaccccacgcctacaacccac 52245158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 41908218 - 41908089
Alignment:
Q  15 caacattagaggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataac 113  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||  ||||||    
T  41908218 caacactagtggatgtctaaagtgcgacgtatggaccaaccgtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaacttcttgcagcaacaacaag--cataac 41908121  T
Q  114 gtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaa 145  Q
     |||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  41908120 atctctttcgagctaaactatccaacatcaaa 41908089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 69 - 151
Target Start/End: Original strand, 11351502 - 11351581
Alignment:
Q  69 aatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgta 151  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11351502 aatccaagaaccagcacctccttgcaacaggaacaag--cataacgtctctttcgagc-aaacagtccaacatcaaacatgta 11351581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 24688315 - 24688132
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |     ||| |||||||||||||||||    
T  24688315 atccaagaaccaacaactccttgcaacagcaacaagt--ataacgtctctttcgagccaaagagtcgaacattag----gtagactgatgaggattttga 24688222  T
Q  170 aa-cctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    || |||||| ||||||| | ||  ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24688221 aaacctccc-caagttaaatagagccaaaattggtgaaggtgagagattctaccaccaacacggatacaaaaccccacgcctacaacccac 24688132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 70 - 243
Target Start/End: Original strand, 7194029 - 7194194
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||||||||    
T  7194029 atccaagaaccaacaactccttgcaacagccacaaa--cataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaaaa------ctgatgaggattttga 7194120  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccc 243  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  7194121 aacctcccccaagttatagagtgccaaacttcgtgaatgtgagaaattcgaccgccaacacggatacagaaccc 7194194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 39605868 - 39605708
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||| ||||||||||||||||     
T  39605868 atccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagt--ataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcag----gtagactgatgaggattttgc 39605775  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatac 236  Q
    ||||||||  |||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  39605774 aacctccccgaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggatac 39605708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 257
Target Start/End: Original strand, 23846323 - 23846505
Alignment:
Q  69 aatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    | || |||||||||||||    
T  23846323 aatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--cctaacatctctttcgagccaaacagtccaacatcaaac----agaccgatgaggattttg 23846416  T
Q  169 aaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||| |   ||||||||| ||   |||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| ||| ||||||||||    
T  23846417 aaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttagtgaaggtgagagattctaccaccaacacggattcagaaccacacacctacaaccc 23846505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 46857708 - 46857528
Alignment:
Q  69 aatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    | |  |||||||||||||    
T  46857708 aatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaa--gcctaacatctctttcgagccaaacgatccaacatcaaac----agatcgatgaggattttg 46857615  T
Q  169 aaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||| ||  ||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||| ||||||||||||||    
T  46857614 aaaccacc--caagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggattcagaaccacacgcctacaaccc 46857528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 257
Target Start/End: Original strand, 18995363 - 18995538
Alignment:
Q  74 aagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||  ||||||||||||| || || || |||||||||  |      |||||   ||||| |||||    
T  18995363 aagaaccaacaactccttgcgacaacaacaag--catagtgtctctttcgagcaaaccaatctaacatcaaaggt------tgatgcaaatttttaaacc 18995454  T
Q  174 tccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    || | ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  18995455 tctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggatacagaaccccacgcctacaaccc 18995538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 24056389 - 24056211
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||      | || ||||||||||||||    
T  24056389 atccaaaaaccaacaactccttgcgacagcaacaa--gcatagcgtctctttcgagctaaaaaatccaacatcaa------agaccgatgaggattttga 24056298  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacc 256  Q
    |||||||| ||||||||| ||| | ||| | ||| ||||||||| || ||||| |||| |   ||||| |||| ||| |||||||||    
T  24056297 aacctcccccaagttatatagtgctaaactccgtcaaggtgagaaatccgaccgccaatacaaatacagaacctcactcctacaacc 24056211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 111 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 25706737 - 25706701
Alignment:
Q  111 aacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaaca 147  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25706737 aacgcctctttcgagccaaatagtccaacatcaaaca 25706701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 12522437 - 12522261
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |      ||| ||||||||||||    
T  12522437 atccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaag--cataacatctctttcgagccaaacagtccaacatcaaaga------ctggtgaggattttga 12522346  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||||| |||||||||  || ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  12522345 aacctcccccaagttata--gtgccaaacttcgtgaaagtgagagattcgaccgccaacacggatacaaaa-cccacgcctacaaccc 12522261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Original strand, 11715444 - 11715554
Alignment:
Q  15 caacattagaggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataac 113  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||| || ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  || ||||    
T  11715444 caacactaggggaagtctaaagtgcggcgtatggatcaaccgtcaacacagatcaaatccaagaaccaacaactctttgcaatagcaacaa--gcctaac 11715541  T
Q  114 gtctctttcgagc 126  Q
    |||||||||||||    
T  11715542 gtctctttcgagc 11715554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 15819991 - 15819815
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||||||||    
T  15819991 atccaagaaccaacaactccttgcgatagaaacaag--cataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaaga------ctgatgaggattttga 15819900  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||||| |||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15819899 aacctcccccaagatatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgacc-gcaac--ggatacagaaccccatgcctacaaccc 15819815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 259
Target Start/End: Original strand, 3330630 - 3330846
Alignment:
Q  40 ggtgtatggaccgaccgtc-acacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacat--caacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtcc 136  Q
    |||||||||||  |||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  3330630 ggtgtatggacaaaccgtcgacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacatagcaacaag--cctaacgtctctttcgagccaaacagtcc 3330727  T
Q  137 aacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatac 236  Q
    |||||    || | |||| || ||||||||||||||| |   ||||||||| ||    ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  3330728 aacat----caggcataccgaagaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtgaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggatac 3330823  T
Q  237 aaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  3330824 agaaccccacgcctacaacccac 3330846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Original strand, 6512804 - 6512980
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |      ||||||||||||||||    
T  6512804 atccaagaaccaacaactctttgcaacaacagcaaga--ataatgtctctttcgagccaaacagtccagcatcaaaga------ctgatgaggattttga 6512895  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||||| ||||||||  ||| | ||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  6512896 aacctcccccaagttat--agtgctaaactttgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaaccc 6512980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6748417 - 6748241
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |      ||||||||||||||||    
T  6748417 atccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaaga--ataatgtctctttcgagctaaacaatccatcatcaaaga------ctgatgaggattttga 6748326  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||||| ||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  6748325 aacctcccccaagttat--agtgccaaactttgtgaaggtgagagatttgaccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaaccc 6748241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 255
Target Start/End: Original strand, 6473584 - 6473758
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |      ||||||||||||||||    
T  6473584 atccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaaga--ataatgtctctttcgagctaaagagtccatcatcaaaga------ctgatgaggattttga 6473675  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaac 255  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  6473676 aacctccctcaagttat--agtgccaaactttttgaaggtgagagatttgaccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaac 6473758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 74 - 257
Target Start/End: Original strand, 6473071 - 6473238
Alignment:
Q  74 aagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||      | |||||||||||||||||||||    
T  6473071 aagaaccaacaactccttgcaacaacaacaaga--ataatgtctctttcgagccaaacagtccatcatcaa------agactgatgaggattttgaaacc 6473162  T
Q  174 tccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
         ||||||||  ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  6473163 -----caagttat--agtgccaaactttgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaaccc 6473238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 256
Target Start/End: Original strand, 4611700 - 4611886
Alignment:
Q  59 acacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgat 158  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||  |||||        ||||| | ||| ||||||    
T  4611700 acacggaacgaatccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaag--cataatgtctctttcgagttaaaca--------tcaaataggtagactgat 4611789  T
Q  159 gaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacc 256  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| | | | ||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  4611790 gaggattttgaaacctcccccaagttacatagtgccagact-cttgaaggtgaaagattcgaccgcaaacatgtatacaaaacaccacgcctacaacc 4611886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 121 - 257
Target Start/End: Original strand, 38111861 - 38111990
Alignment:
Q  121 tcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||      |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||| |||||||||    
T  38111861 tcgagccaaacagtccaacatcaaa------tactgatgtggattttgaaacccccc-caagttatatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcga 38111953  T
Q  221 ccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    || |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  38111954 ccgccaacacggatacagaaccccacacctacaaccc 38111990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 72 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 40475165 - 40474994
Alignment:
Q  72 ccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||       | ||||||| |||||||||||    
T  40475165 ccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaa--gcaaaacatctctttcgagacaaacagtccaacatca------gagactgatgcggattttgaaa 40475074  T
Q  172 cctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaa 254  Q
    | |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||    
T  40475073 catccc-caagttat--agtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgcctacaa 40474994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 257
Target Start/End: Original strand, 37978785 - 37978929
Alignment:
Q  107 gcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaa 206  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||    
T  37978785 gcatagcgtctctttcgagctaaacaatccaacatcaaaga------ctgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtgaa 37978878  T
Q  207 ggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||||| || ||||| ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  37978879 ggtgagaaatccgaccgccaacacaaatacagaacctcactcctacaaccc 37978929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 254
Target Start/End: Original strand, 818171 - 818342
Alignment:
Q  72 ccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  || | ||||||||||||| |||||| |||||||||| | |      |||||| |||||||||||    
T  818171 ccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--caaagcgtctctttcgagacaaacaatccaacatcagaga------ctgatgcggattttgaaa 818262  T
Q  172 cctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaa 254  Q
    | |||| |||||||||  ||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||    
T  818263 catccc-caagttatagtgt--caaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgcctacaa 818342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 257
Target Start/End: Original strand, 11985203 - 11985266
Alignment:
Q  194 caaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||  |||||||| ||||||||||    
T  11985203 caaacttcgtgaaggtgagagattcgatcgccaacacgaatacggaaccccacacctacaaccc 11985266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 142 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 16814962 - 16814841
Alignment:
Q  142 caaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttataca--gtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaa 239  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| |    
T  16814962 caaacatgtataccgatgaggattttgaaacctccctcaagttatatatagtaccaaatttcgtgaaggtgagggattcgaccgtcaacacggatacaga 16814863  T
Q  240 accccacgcctacaacccacag 261  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16814862 accccacgcctacaacccacag 16814841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Original strand, 25646721 - 25646900
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| |      | ||||||||||||||    
T  25646721 atccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--catagcgtctctttcgagctaaaaaatccaacatcaaaga------ccgatgaggattttga 25646812  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  25646813 aacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtgaaggtgagaaatccgaccgccaacacaaatacagaaccacactcctacaaccc 25646900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 27572198 - 27572051
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||| ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||| |||||||||    
T  27572198 ggatgtataaagtgcgttgtatggaccaaccgtcaacaaggaacgaatccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaag--cataacatctctttcg 27572101  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||| | ||  |||||||||||||||    
T  27572100 agccaaacaatccaacatcaaataggtagagtggcgaggattttgaaacc 27572051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 32907997 - 32907821
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  ||||| |||||  |||||||||||| || ||||||||| |      ||| ||||||||||||    
T  32907997 atccaagaaccgacaactccttgcgacaacaacaag--cataatgtctccatcgagccaaacaatctaacatcaaaga------ctggtgaggattttga 32907906  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||||||||  ||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  32907905 aacctccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacataa-cccacgcctacaaccc 32907821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 256
Target Start/End: Original strand, 17888356 - 17888528
Alignment:
Q  67 caaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattt 166  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||               ||| ||||||||||||||    
T  17888356 caaatcctagaaccaacaactccttgcagcaacaacaag--cataacgtctcttttgagccaaacag---------------gtagactgatgaggattt 17888438  T
Q  167 tgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacc 256  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||| |||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||| || | |||||||||||||    
T  17888439 tgaaacctcccccaagttattttgtaccaaacttcgtgaaggtgagatgtttaaccaccaacacggatacagaatctcacgcctacaacc 17888528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 254
Target Start/End: Original strand, 51995372 - 51995543
Alignment:
Q  72 ccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  || | ||||||||||||| |||||| |||||||||| | |      |||||| |||||||||||    
T  51995372 ccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaag--caaagcgtctctttcgagacaaacaatccaacatcagaga------ctgatgcggattttgaaa 51995463  T
Q  172 cctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaa 254  Q
    | |||| |||||||||  ||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||    
T  51995464 catccc-caagttatagtgt--caaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgcctacaa 51995543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33473682 - 33473512
Alignment:
Q  83 caactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaag 182  Q
    ||||||||||| ||| |||||||  ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||     ||| | ||||| |||||||||||||||   ||||    
T  33473682 caactccttgcgacaacaacaag--catgacgtctcttttgagccaaacaatccaacatcag----gtagagtgatgtggattttgaaacctcatccaag 33473589  T
Q  183 ttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    ||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  33473588 ttatatagagccaaacttcatgaaggtcagagattctaccgccaacacagatacagaaccccatgcctacaacccac 33473512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 143
Target Start/End: Original strand, 31038229 - 31038300
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatca 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31038229 atccaagaaccagcaactccttgcgacaacaacaag--cataatgtctctttcgagccaaacagtccaacatca 31038300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 25 - 144
Target Start/End: Original strand, 18467575 - 18467697
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgt-cacacagaacaaatccaaga----accaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctct 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||| ||| ||| |||||    |||||||||| ||||||||| ||||||   |||||| |||||    
T  18467575 ggatgtctaaagtgtagtgtatggaccaaccgtaaacacaaaacgaattcaagaacgtaccaacaacttcttgcaacagcaacaa--acataacatctct 18467672  T
Q  120 ttcgagccaaacagtccaacatcaa 144  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  18467673 ttcgagccaaacagtcaaacatcaa 18467697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 259
Target Start/End: Original strand, 18467722 - 18467810
Alignment:
Q  171 acctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaacccac 259  Q
    ||||||| ||| ||||  ||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18467722 acctcccccaatttatttagtaccaaactttgtgaaggtgggagattcgaccgccaacaaggatacataaccccactcctacaacccac 18467810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 206
Target Start/End: Original strand, 20416008 - 20416183
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | | |||  ||| ||||||| || |||  ||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||    
T  20416008 ggatgtctaaaatgtggtgtatgaacccactattaacacgaaacgaatccaataatcaatcactccttgcaacaacaaca--tgcataatgtctctttcg 20416105  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaa 206  Q
    ||  |  ||||||||||||||| | |   |||||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||| || ||||||||    
T  20416106 ag--agtcagtccaacatcaaatagg---actgatgaagattttgaaacctccaaaaagttatatagtacctaacttcgtgaa 20416183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22143 - 21916
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||| || |||||     
T  22143 ggatgtctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacacggaatgaatcgaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaa--gcctaacatcactttca 22046  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgacca 223  Q
    |||||||||||||||||||| ||    | || |||||||||||||||||| |   ||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||| |||     
T  22045 agccaaacagtccaacatcagac----agaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccg 21950  T
Q  224 ccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  21949 ccaacacggattcagaaccccacgcctacaaccc 21916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 228
Target Start/End: Original strand, 19386 - 19538
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||     ||| |||||||||||||||||    
T  19386 atccaagaaccaagaactccttgctacagcaataagt--ataacgtctctttcgagccaaacagtccagcatcag----gtagactgatgaggattttga 19479  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaac 228  Q
    |||||||| ||||||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  19480 aacctcccccaagttatatagagccaaacttcgtaaaggtgagagattctaccgccaac 19538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 8e-30; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 27 - 147
Target Start/End: Original strand, 7406471 - 7406590
Alignment:
Q  27 atgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgag 125  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||    
T  7406471 atgtctaaaatgtggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaactacttgcaacaacaacaag--cataacgtctcttttgag 7406568  T
Q  126 ccaaacagtccaacatcaaaca 147  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  7406569 ccaaaaagtccaacatcaaaca 7406590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 109 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 34967786 - 34967647
Alignment:
Q  109 ataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaagg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||  ||||| ||||||||||    
T  34967786 ataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcag----gtagactgatgaggattttgaaac-tcccg-aagttatatagagccaaacttcgtgaagg 34967693  T
Q  209 tgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaa 254  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  34967692 tgagagattctaccgccaacacggatacataacctcacgcctacaa 34967647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 257
Target Start/End: Original strand, 22998377 - 22998556
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||||| | ||||| |    
T  22998377 atccaagaaccaacagctccttgcgacagcaacaag--cataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaa------agactgatgcgaattttaa 22998468  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggt-gagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    ||  |||| ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||    
T  22998469 aatatccc-caagtaatatagtgccaaacttcgtgaaggtggggagattcgaccaccaacacggatacggatccccacccctacaaccc 22998556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 192 - 259
Target Start/End: Original strand, 13151647 - 13151715
Alignment:
Q  192 accaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaacccc-acgcctacaacccac 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  13151647 accaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacacggatacagaaccccaatgcctacaacccac 13151715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 13104184 - 13104038
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtcac-acagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcg 123  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||  || |||  | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||  | ||| || |||||||    
T  13104184 ggatgtctaaaattcggtgtatggaccaaccgtcaatacggaattagtccaagaaccaacaactccgtgaaacatcaacaag--cctaatgtttctttcg 13104087  T
Q  124 agccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaac 172  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||||||    
T  13104086 agctaaactgtccaacatcaaacaggtagactgatgcgggctttgaaac 13104038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 101
Target Start/End: Original strand, 13151543 - 13151620
Alignment:
Q  25 ggatgtctaaagtgtggtgtatggaccgaccgtca-cacagaacaaatccaagaaccaacaactccttgcaacatcaa 101  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  13151543 ggatgtataaagtgcggtgtatggaccaaccgtcaacacagaacgaatccaataaccaacaacttcttgcaacatcaa 13151620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 136 - 173
Target Start/End: Original strand, 13151612 - 13151649
Alignment:
Q  136 caacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13151612 caacatcaaacaggtagactgatgaggattttgaaacc 13151649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 70 - 227
Target Start/End: Original strand, 93128 - 93278
Alignment:
Q  70 atccaagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttga 169  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||| |||||||| ||||||||    
T  93128 atccaagaaccaagaactccttgcaataacaacaagt--ataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcag----gtagactgatgatgattttga 93221  T
Q  170 aacctccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaa 227  Q
    || ||||| ||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  93222 aatctccc-caaattatatagagccaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaa 93278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0625 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0625
Description:

Target: scaffold0625; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 1293 - 1118
Alignment:
Q  74 aagaaccaacaactccttgcaacatcaacaagtgcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaacatgtatactgatgaggattttgaaacc 173  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||  ||||||||||||| || || || |||||||||  |      |||||   ||||| |||||    
T  1293 aagaaccaacaactccttgcgacaacaacaag--catagtgtctctttcgagcaaaccaatctaacatcaaaggt------tgatgcaaatttttaaacc 1202  T
Q  174 tccctcaagttatacagtaccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacatggatacaaaaccccacgcctacaaccc 257  Q
    || | ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  1201 tctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggatacagaaccccacgcctacaaccc 1118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University