View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1619_high_34 (Length: 276)

Name: NF1619_high_34
Description: NF1619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1619_high_34
NF1619_high_34
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (12-237)||(41285776-41286001)
chr5 (12-237)||(41365868-41366093)
chr5 (10-237)||(41369274-41369501)
chr5 (12-230)||(41331695-41331913)
chr5 (19-230)||(41336624-41336835)
chr5 (12-230)||(41323784-41324002)
chr5 (12-237)||(31188958-31189183)
chr5 (12-236)||(41321759-41321983)
chr5 (12-237)||(31185438-31185663)
chr5 (12-236)||(41315709-41315933)
chr5 (12-230)||(41327682-41327900)
chr5 (12-237)||(31178910-31179135)
chr5 (12-237)||(31224627-31224855)
chr5 (12-152)||(41359612-41359755)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-222)||(17249646-17249856)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41286001 - 41285776
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  41286001 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggcacctctcctagt 41285902  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41285901 tttaagtgcatcagaggtccatatttctcttccaaaattttgaagcaatgatggggcagtgagctactaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 41285802  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  41285801 gtgtccatggtccaggtggtaaattg 41285776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41366093 - 41365868
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    |||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  41366093 aagaagttttggcctatcacagaagttgatatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctaac 41365994  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||   |||||||||||| |||| |  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  41365993 tttaggtgcattaagggtccatattcctctgccaattttttgaggtggtgatggggcaatgaactcgttataatctgatgtatgtttcctatgaggggca 41365894  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
     |||||||||||| ||||||||||||    
T  41365893 ttgtccatggtccaggtggtaaattg 41365868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41369501 - 41369274
Alignment:
Q  10 agaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcaccta 109  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||| ||||    
T  41369501 agaagaaggtttggtctattacaaaaggtgagatcatgtgtttttagaatctctttggccatttctggtgaactaactattatgcatgatatctctccta 41369402  T
Q  110 gttttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgagggg 209  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  41369401 gttttagatgcattaagggtccatatttctttgccaaatttttgaagcaatgatggggcagtgagctactaataatttgatgtatatttcctgtgagggg 41369302  T
Q  210 cagtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  41369301 cagtgtccatggccctggtggtaaattg 41369274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41331913 - 41331695
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||    
T  41331913 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtaaggtcatgtgttttcataacctcttttgccatttctggtgaactaactattacatatggtacctctcctagt 41331814  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  41331813 ttaaggtgcatcaaaggtccatatttttctgccaactttttgaagaggtgatggggcaatgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggta 41331714  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtgg 230  Q
    || ||||||||||||||||    
T  41331713 gtttccatggtcctggtgg 41331695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41336835 - 41336624
Alignment:
Q  19 tttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagttttaggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  || |||||||| |||||||| ||||    
T  41336835 tttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctcttttgccatttctggtgaactaactactacatatggtacctctcctagtttaaggt 41336736  T
Q  119 gcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggcagtgtcca 218  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||  ||||  ||| | |||| || ||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  41336735 gcatcaaaggtccatatttttctgccaattttttgaagaggtgatgggggggtgagctgccactaatctggtgtatgtttcctatgaggggtagtttcca 41336636  T
Q  219 tggtcctggtgg 230  Q
    ||||||||||||    
T  41336635 tggtcctggtgg 41336624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41324002 - 41323784
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  41324002 aagaaggtttggcctatcactaaaggtaaggtcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattatgtatggtacctctcctagt 41323903  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    || |||||||| || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  41323902 ttaaggtgcattaaaggtccatatttatcagccaaaattttgaagcggtgatggggcaatgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggta 41323803  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtgg 230  Q
    ||  ||||||||| |||||    
T  41323802 gttcccatggtccaggtgg 41323784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Original strand, 31188958 - 31189183
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  31188958 aagaaggtttggtctatcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagt 31189057  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | || || ||||||||||| |  ||||| |||| |||  |||||||||  ||||| || |||||||||| ||| |    
T  31189058 tttaggtgcattaagggtccatatgtatcagctaaatttttgaagcattgatgaggcaatgagttgctaataagttgatgcatgtttcctatgatgggta 31189157  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  31189158 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 31189183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41321983 - 41321759
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  41321983 aagaaggtttggcctatcacaaaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggtacctctcctagt 41321884  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    || |||||||| |  ||||||||||| ||||||||| |||||||  | |||||||||| |||  |||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| |    
T  41321883 ttaaggtgcattagaggtccatatttatctgccaaaattttgaagagatgatggggcaatgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaagggta 41321784  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaatt 236  Q
    || |||||||||||||||| |||||    
T  41321783 gtttccatggtcctggtggcaaatt 41321759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Original strand, 31185438 - 31185663
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  31185438 aagaaagtttggtctatcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagt 31185537  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |  ||||| |||| |||  | |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |    
T  31185538 tttaggtgcattaagggtccatatttttcagctaaatttttgaagcactgatgaggcaatgagtttctaataatttgatgtatgtttcctatgatgggta 31185637  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||    
T  31185638 gtgtccgtggtccttgtggtaaattg 31185663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41315933 - 41315709
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    |||||||||||||||| ||| |||  |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||| | |||| |    
T  41315933 aagaaggtttggcctaccactaaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggcacccctcctaat 41315834  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| |    
T  41315833 ttcaggtacatcaagggtccatatttatctgccaaaaatttaaaacggtgatggggcaatgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaagggta 41315734  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaatt 236  Q
    || |||||||||||||||| |||||    
T  41315733 gtttccatggtcctggtggcaaatt 41315709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41327900 - 41327682
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||||||||| || || ||  |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  41327900 aagaaggtttggcctgtcgcagaagttgagatcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtgaactaactattacgtatggtacctctcctagt 41327801  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    || |||||||| |  ||||||||||| ||||||||| |||||||  | |||||||||| |||  |||| ||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  41327800 ttaaggtgcattagaggtccatatttatctgccaaaattttgaagagatgatggggcaatgatctgctgataatctgatgtaagtttcctatgaggggta 41327701  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtgg 230  Q
    || ||||||||||||||||    
T  41327700 gtttccatggtcctggtgg 41327682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Original strand, 31178910 - 31179135
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||| || |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |  || || |||| |    
T  31178910 aagaaggttcggtctatcacaaaagttgaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgatggtgaactaactattatgtatgacacttctcctaat 31179009  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||| |||| |  |||||  | | |||  | |||||||  |||||||| |||||||||| ||| |    
T  31179010 tttaggtacattaagggtccatatttttcagccaaatttctgaagcactgatgaagtaatgagttactaataacttgatgtatgtttcctatgacgggta 31179109  T
Q  212 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  31179110 gtgtccatggtcctggtggtaaattg 31179135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31224855 - 31224627
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    |||||||||||  || ||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  31224855 aagaaggtttgctctgtcacaaaagttgaggtcgtttgttttcataatctcttgggccattgatggtgaactaactattaggtatgatacctctcctagt 31224756  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggc---agtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggg 208  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||    ||||| |||   | |||  |||||||||| |||||||  |||||||||| ||    
T  31224755 tttaagtgcattaagggtccatatttttcagccaaattttttaagtactgatgaggcaatattgagttgctaataatttgatgtaagtttcctatgatgg 31224656  T
Q  209 gcagtgtccatggtcctggtggtaaattg 237  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31224655 gtagtgtccatggtcctggtggtaaattg 31224627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 41359755 - 41359612
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacc---tcacct 108  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  41359755 aagaaggtttggcctgtcaccaaaggtaaggtcatgtgttttcataatctctttggcaatttctggtggactaactattatgtaaggtacctgatcacct 41359656  T
Q  109 agttttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaattttt 152  Q
    |  ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  41359655 aactttaggtgcattaagagtccatatttctcagccaaattttt 41359612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 222
Target Start/End: Original strand, 17249646 - 17249856
Alignment:
Q  12 aagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttttcataatctctttggccatttctggtgaactaactattatgtaaggtacctcacctagt 111  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||    
T  17249646 aagaaggttaggcctatcacaaaaggtaaggtcatgtgttttcataatctctttggccattgttggtgaactaactattaggtgtggtacctctcctagt 17249745  T
Q  112 tttaggtgcatcaagggtccatatttctctgccaaatttttgaaacggtgatggggcagtgaaatgctaataatatgatgtatatttcctatgaggggca 211  Q
    |||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||     | ||||| |||||||| |||||||| | |||||    
T  17249746 tttagcagcattaagggtccatatttatctgccaaaatcttgaaccggtgatggggaagtgaggaagtgataatttgatgtatgtttcctataaagggca 17249845  T
Q  212 gtgtccatggt 222  Q
      |||||||||    
T  17249846 aagtccatggt 17249856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University