View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1619_high_5 (Length: 640)

Name: NF1619_high_5
Description: NF1619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1619_high_5
NF1619_high_5
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (8-626)||(3355390-3356009)
chr3 (8-622)||(3722959-3723571)
chr3 (72-626)||(3219495-3220049)
chr3 (13-480)||(3302115-3302583)
chr3 (15-493)||(3308787-3309269)
chr3 (8-626)||(3202427-3203046)
chr3 (8-480)||(3320399-3320878)
chr3 (117-481)||(3215152-3215516)
chr3 (182-508)||(3196510-3196836)
chr3 (178-247)||(2750661-2750730)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (189-247)||(11116155-11116213)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 3356009 - 3355390
Alignment:
Q  8 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtt-gaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3356009 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtttgaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 3355910  T
Q  107 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3355909 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgagaatatggaaatgcattatgtgctgca 3355810  T
Q  207 atacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccaatcttattg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3355809 atacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccgatcttattg 3355710  T
Q  307 tgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355709 tgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactga 3355610  T
Q  407 tccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaagtttacactttcaagttgaagggttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355609 tccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaagtttacactttcaagttgaagggttt 3355510  T
Q  507 ccaaaactaagggaacttgatctcactagattgagtaagctaagttctatcactatagacaatggagctttactttgtcttgatcatatcagatttaaca 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355509 ccaaaactaagggaacttgatctcactagattgagtaagctaagttctatcactatagacaatggagctttactttgtcttgatcatatcagatttaaca 3355410  T
Q  607 acaaccccgagttgaaggtg 626  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3355409 acaaccccgagttgaaggtg 3355390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 622
Target Start/End: Original strand, 3722959 - 3723571
Alignment:
Q  8 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtt-gaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3722959 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtttgaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 3723058  T
Q  107 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3723059 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaagg----taggcatacgttgtatgcgccgagaatatggaaatgcattatgtgctgca 3723154  T
Q  207 atacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccaatcttattg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||    
T  3723155 atacaagagatgaaacaccttgaatctcaaaacattactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcaactccacctgatcttattg 3723254  T
Q  307 tgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||    
T  3723255 tgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggactccaaatctcaagtatcttgtgaagttaagacctggcttatctaacttagtcagtga 3723354  T
Q  407 tccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatg-ccttttctggtgaaagtttacactttcaagttgaagggtt 505  Q
    |||| || ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3723355 tccactagactctttgaagaatttgcctagtctattgaggctgaatttgtgggatgatgcccttttctggtgaaagtttacattttcatgttgaagggtt 3723454  T
Q  506 tccaaaactaagggaacttgatctcactagattgagtaagctaagttctatcactatagacaatggagctttactttgtcttgatcatatcagatttaac 605  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  3723455 tccaaaactaagggaactggatctcactagattaaataagctaagttctatcactatagacaatggagctttactttgtcttgaacatctcaaatttaac 3723554  T
Q  606 aacaaccccgagttgaa 622  Q
    ||||||||  |||||||    
T  3723555 aacaaccctaagttgaa 3723571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 72 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 3220049 - 3219495
Alignment:
Q  72 ttacagaaactttactttttggaagcaaatcgaggtggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgta 171  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||| |  ||     
T  3220049 ttacaaaagctttactttttggaagcagatcatggtggaatagaccttatcgaagagctcaaaaagttgaaacagttaaggaagttaggcataaggcgtg 3219950  T
Q  172 tgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgcaatacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttga 271  Q
    ||||  | |||||||| |||||||||||   | |||||||| ||||||| || ||||||||||| || || |||||||| |   |||| ||||| |||||    
T  3219949 tgcggagtgaatatggtaatgcattatgcaatacaatacaacagatgaaccatcttgaatctctgaatattactgctatagcggaggatgaaattcttga 3219850  T
Q  272 cttggatttcatatcagcaccacccaatcttattgtgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtg 371  Q
    ||||||||| |||||| | ||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||    
T  3219849 cttggattttatatcaactccacctaatcttaaagtgctcaacttgaaaggtagactaacaaagttgcctaattggattccaaaactccaatatcttgtg 3219750  T
Q  372 aagttaagacttggcttatctaacatagccactgatccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgcctttt 471  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |    ||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  3219749 aagttaaggcttggcttatctaacttcgaacatgatccactagactctttgaagaacttgccaaatttattgaggttgaatctgtgggatgatgcatttt 3219650  T
Q  472 ctggtgaaagtttacactttcaagttgaagggtttccaaaactaagggaacttgatctcactagattgagtaagctaagttctatcactatagacaatgg 571  Q
    ||||||| | ||| || ||| |||||| ||||||||  || || | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||    
T  3219649 ctggtgataatttgcattttgaagttggagggtttcttaagctgaaggaacttgatctcactagattgaataaactaagttcaatcactatagagaaggg 3219550  T
Q  572 agctttactttgtcttgatcatatcagatttaacaacaaccccgagttgaaggtg 626  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  3219549 tgctttacttggtcttgatcatttcagatttaacaacaatcctcagttgaaggtg 3219495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 3302583 - 3302115
Alignment:
Q  13 tctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatg-ttgaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgaggtggaa 111  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||  | ||||||| ||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  3302583 tctatgttgaactttacaataggagtgaaaatgcaccaaggtattgaatgcttgaaatctttacaaaagctttactttttggaagcaaatcatggtggaa 3302484  T
Q  112 tagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgcaataca 211  Q
    || | |||||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||||||||| ||||||   | | |||| |  |||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  3302483 taaagcttatccaagagctcaaaatgttgaaacagttaaggaagttgggcataaagtctgtgcggcaagaatatcgaactgcattatctgctgcaataca 3302384  T
Q  212 agagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccaatcttattgtgctc 311  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||   ||||||   |||||| |||||||||||||||||| |   |||||| ||| ||  |||||  ||||||    
T  3302383 agagatgaaacaacttgaatctcttaatattggtgctataactaaggatgaaatccttgacttggatcttgcatcagctccatcccgtcttagagtgctc 3302284  T
Q  312 aacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactgatccat 411  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||| | |    |||||||     
T  3302283 aacttgaaatgtagactaaccaagttgcccaattggattccaaatctcaagtctcttgtgaagctaagacttggtttatctaacttcgaagatgatccac 3302184  T
Q  412 taaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaa 480  Q
    || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3302183 tagactctttgaagaatttacctagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaa 3302115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 3309269 - 3308787
Alignment:
Q  15 tattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatg-ttgaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgaggtggaata 113  Q
    |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||| | ||    
T  3309269 tatttttaactttacaactggtgtaaaaatgcaagagggcattggatgcttgaagtcattacagaagctttactttttggaagccgatcatggtgcatta 3309170  T
Q  114 gaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgcaatacaag 213  Q
    | |||||||   |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |   |||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  3309169 ggccttatcagagagctcaaaatgttgacacagttaaggaagttaggcatacgatgcgtgcagcaacaatatggaaatgcactatgcgatgcaatacaag 3309070  T
Q  214 agatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagc---accacccaatcttattgtgct 310  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||| |||| ||  | | || | |||||||||||||||||||| |||||| |   |||||| ||||| |  || ||    
T  3309069 agatgaaaaaccttgaacctcttaacattactgttaaagatgagaatgaaatccttgacttggattttatatcaactccaccacctaatctaagagttct 3308970  T
Q  311 caacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactgatcca 410  Q
    ||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |      |||||||    
T  3308969 caacttgaaaggcggattaacaaggttgcctgattggattccaaacctccagtatcttgtgaagttaagacttggtttatctaacttcaatgatgatcca 3308870  T
Q  411 ttaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaagtttacactttca 493  Q
     || ||||||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3308869 ctagactctttgaagaatttaactagtttatttaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaagattacattttca 3308787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 626
Target Start/End: Original strand, 3202427 - 3203046
Alignment:
Q  8 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtt-gaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 106  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || || ||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| || || ||  | ||||||||||| || ||| |||  ||    
T  3202427 attattctatgttgaactttacgactggggtgcaaatacaagaaggtattggatgtttgaaatctttgcaacagctttactttttagatgcagatcatgg 3202526  T
Q  107 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgca 206  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| | | |||||||||||||||||| |  || |||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  3202527 tggaatagaccttattcaagagctcaaaatgttgagaaagttaaggaagttaggcataagacgtgtgcggcaagaatatggaaatgaattatgtgctaca 3202626  T
Q  207 atacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccaatcttattg 306  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||| | || |||||||| | | |||| | ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||  |    
T  3202627 atacaaaagatgaaccatcttgaatctctatatattactgctatagatgaggaagtaattcttgacttggattttgtatcagctccacctaatcttaaag 3202726  T
Q  307 tgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactga 406  Q
    | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||| |||| ||| ||||||||||| | |    |||    
T  3202727 tactcaacttggaaggtagactaacaaagttgcctaattggattccaaaactccaatatcttgtgaagctaaggcttagcttatctaactttgaacatga 3202826  T
Q  407 tccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaagtttacactttcaagttgaagggttt 506  Q
    |||| || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||||||    
T  3202827 tccactagacactttgaagaatttgccaaatttgttgaggttgaatttgtgggacgatgcattttctggtgatagtttacatttttcagttggagggttt 3202926  T
Q  507 ccaaaactaagggaacttgatctcactagattgagtaagctaagttctatcactatagacaatggagctttactttgtcttgatcatatcagatttaaca 606  Q
    || || || | |||  | |||||||| ||||| | ||  ||||||| | |  |||||||||| |  |||||| ||  |||||| ||  ||||||||||||    
T  3202927 cctaagctgaaggagttggatctcacaagattaaatagactaagttttgtatctatagacaaagatgctttagttgatcttgaacacttcagatttaaca 3203026  T
Q  607 acaaccccgagttgaaggtg 626  Q
    |||||||  | |||||||||    
T  3203027 acaaccctcaattgaaggtg 3203046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 3320878 - 3320399
Alignment:
Q  8 attattctattttgaattttacaacaggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtt-gaagtcattacagaaactttactttttggaagcaaatcgagg 106  Q
    |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| || |||||||||||||||||| |||  |     
T  3320878 attattctattttgaactttacagatggtgtgaaaatgcaagagggtattggatgtttgatatctttacaaaagctttactttttggaagcagatcatga 3320779  T
Q  107 tggaatagaccttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgca 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| | ||  | |  |   || ||||||| | |||||| | ||||    
T  3320778 tggaatagaccttatccgagagctcaaaaggttgacacagttaaggaagttaggcataagatgcgtacagcaacaacatggaaacgaattatgcgatgca 3320679  T
Q  207 atacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatca------gcaccacccaatc 300  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||    | || | || |||||||||||||||||  |||||       ||||||| ||||    
T  3320678 gtacaagagatgaaacatcttgaatctctcaacattactgttaaaaatgagaatgatatccttgacttggattttgtatcaactgatccaccacctaatc 3320579  T
Q  301 ttattgtgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagc 400  Q
    |||  || |||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||| | || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |     
T  3320578 ttagagttctcaacttgaaaggtagattaacaaagtttcctaattggattccaaaactccaatatcttgtgaagttaaggcttggtttatctaacttcga 3320479  T
Q  401 cactgatccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaa 480  Q
       ||||||| || |||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3320478 agatgatccactagactctttgaagaatttacctaatttgtttaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaa 3320399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 481
Target Start/End: Original strand, 3215152 - 3215516
Alignment:
Q  117 cttatccaggagctcaagatgctgacacaattaaggaagttaggcatacgttgtatgcgccgggaatatggaaatgcattatgtgctgcaatacaagaga 216  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||   |   |||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3215152 cttatccaagagctcaaaatgttgaaacagttaaggaagttaggcataaagtccgtgcggcaagaatatggaaatgcattatctgctgcaatacaagaga 3215251  T
Q  217 tgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttcatatcagcaccacccaatcttattgtgctcaactt 316  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||   ||||||   |||||| |||||||||||||||||| |   |||||| ||| |   |||||  |||||||| ||    
T  3215252 tgaaacaacttgaatctcttaatattggtgctataactaaggatgaaatccttgacttggatcttgcatcagctccatctcgtcttagagtgctcaattt 3215351  T
Q  317 gaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagacttggcttatctaacatagccactgatccattaaac 416  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| |      ||||||| || ||    
T  3215352 gaaatgtagactaacaaagttgcctaattggattccaaatctccagtatcttgtgaagctaagacttggtttatctaacttcaaagatgatccactagac 3215451  T
Q  417 tctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaag 481  Q
    |||||||| | ||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  3215452 tctttgaatactttacctaatttgttgaggctgaatttatgggatgatgctttttctggtgaaag 3215516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 182 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 3196836 - 3196510
Alignment:
Q  182 atatggaaatgcattatgtgctgcaatacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgctatcgttaaggaggaaatccttgacttggatttc 281  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||     
T  3196836 atatggaaatgcagtatgtactgcagtacaagagatgatcaaccttgaatctctaaatattactgctataactgaggaagaaatccttgacttggatttt 3196737  T
Q  282 atatcagcaccacccaatcttattgtgctcaacttgaaaggaagactaacaaagttgcctgattggattccaaatctcaagtaccttgtgaagttaagac 381  Q
     ||||||| |||||| ||||||  |||||||| |||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||  | ||  |||||||| ||   |    
T  3196736 gtatcagctccaccctatcttaaagtgctcaatttgaaagctagactaacaaagtttcccgattggattccaaaacttgaatatattgtgaagctagtgc 3196637  T
Q  382 ttggcttatctaacatagccactgatccattaaactctttgaagaatttgccaagtttgttgaggctgaatttgtgggatgatgccttttctggtgaaag 481  Q
    ||||||| | |||  | | |  ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  3196636 ttggcttttgtaaatttgaccatgatccactagactctttgaagaatttgccaaatttgatgaggcttattttgtgggatgatgcatttgctggtgaaag 3196537  T
Q  482 tttacactttcaagttgaagggtttcc 508  Q
    ||| || |||||||  | |||||||||    
T  3196536 tttgcattttcaagaaggagggtttcc 3196510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 247
Target Start/End: Original strand, 2750661 - 2750730
Alignment:
Q  178 gggaatatggaaatgcattatgtgctgcaatacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgc 247  Q
    ||||| |||| |||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  2750661 gggaacatgggaatgccataagtgctgcagtacaagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgc 2750730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11116213 - 11116155
Alignment:
Q  189 aatgcattatgtgctgcaatacaagagatgaaacaccttgaatctctaaacatcactgc 247  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  11116213 aatgcattaagtgctgcaatagaagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgc 11116155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University