View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1619_low_8 (Length: 582)

Name: NF1619_low_8
Description: NF1619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1619_low_8
NF1619_low_8
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (12-565)||(30047778-30048331)
chr8 (14-565)||(7160137-7160688)
chr8 (443-480)||(17604178-17604215)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-565)||(197684-198237)
chr5 (397-493)||(20331654-20331750)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (12-565)||(3944032-3944585)
chr4 (397-469)||(25431033-25431105)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (12-565)||(39950845-39951398)
chr7 (12-565)||(26219579-26220132)
chr7 (323-493)||(35941619-35941789)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-565)||(22363663-22364213)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (397-493)||(49212876-49212972)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 565
Target Start/End: Original strand, 30047778 - 30048331
Alignment:
Q  12 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047778 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 30047877  T
Q  112 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047878 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 30047977  T
Q  212 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047978 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 30048077  T
Q  312 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048078 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 30048177  T
Q  412 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048178 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 30048277  T
Q  512 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048278 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 30048331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 565
Target Start/End: Original strand, 7160137 - 7160688
Alignment:
Q  14 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160137 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattggaaaaatgatgaggttcaaagaagtacagaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 7160236  T
Q  114 cacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 213  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160237 gacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 7160336  T
Q  214 agaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatggga 313  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7160337 tgaattaaccttctagttttgaagaagcttcattaataacataatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgaga 7160436  T
Q  314 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160437 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacaaaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 7160536  T
Q  414 cttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160537 cttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcatcggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctat 7160636  T
Q  514 cagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160637 cagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 7160688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 443 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 17604215 - 17604178
Alignment:
Q  443 tggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgcta 480  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  17604215 tggaattgattatgatgagacatttgcaccggttgcta 17604178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 198237 - 197684
Alignment:
Q  12 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198237 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 198138  T
Q  112 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198137 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 198038  T
Q  212 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198037 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 197938  T
Q  312 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197937 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 197838  T
Q  412 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197837 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 197738  T
Q  512 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197737 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 197684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 397 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 20331750 - 20331654
Alignment:
Q  397 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 493  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  20331750 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 20331654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 565
Target Start/End: Original strand, 3944032 - 3944585
Alignment:
Q  12 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944032 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 3944131  T
Q  112 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944132 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccctaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 3944231  T
Q  212 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944232 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 3944331  T
Q  312 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944332 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 3944431  T
Q  412 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944432 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 3944531  T
Q  512 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944532 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 3944585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 397 - 469
Target Start/End: Original strand, 25431033 - 25431105
Alignment:
Q  397 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgc 469  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||   |||||||||||||  |||||| |||||    
T  25431033 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattatcagatatttggaattgattattctgatacttttgc 25431105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 39951398 - 39950845
Alignment:
Q  12 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951398 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaattatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 39951299  T
Q  112 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951298 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 39951199  T
Q  212 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 311  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951198 tgtgaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 39951099  T
Q  312 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951098 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 39950999  T
Q  412 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950998 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctct 39950899  T
Q  512 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950898 atcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 39950845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 26220132 - 26219579
Alignment:
Q  12 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26220132 agcagagatattaatgttgatgaaaatgcatattcggattgagaaaatgatgaggtttaaattagtacaaaatctgctgaaattgctcctgacaaacaag 26220033  T
Q  112 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaa-ttgcaattttg 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  26220032 agcacataacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatttgattccccaattctaaggagcaaatctctggctgaagtttatgaaaaattgcaattttg 26219933  T
Q  211 ttgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatg 310  Q
    ||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||    
T  26219932 ttgtgaataagccttctagttt-gaagaagtttcattgctaacagaatggaaagatgaaatgaaggaggagctactaactattaataaaaatggtacttg 26219834  T
Q  311 ggaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagca 410  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26219833 ggaactcacttcaagacccaatgataaaaatgtaatagatgttaaatgggtttatagaaccaagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagca 26219734  T
Q  411 aggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctc 510  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26219733 aggcttgctgtgaaaggatattctcaaatgactggaattgattatgatgatacatttgcaccgattgctaggcatgaaacaattcggttgattgtagctc 26219634  T
Q  511 tatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26219633 tatcaacacaatgtggttgagagatctttcatttggatgtccaatcggcattctt 26219579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 493
Target Start/End: Original strand, 35941619 - 35941789
Alignment:
Q  323 aagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtg 422  Q
    ||||||| | |||| ||| || || ||||| ||||||||||  ||||| || || || || ||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  35941619 aagacctcatgatagaaaggtcattggagtgaaatgggtttttagaacaaaattcaaccccgatggttctataaacaagcacaaagcaaggcttgttgtg 35941718  T
Q  423 aaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 493  Q
    || || |||| ||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  35941719 aagggttattatcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 35941789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 565
Target Start/End: Original strand, 22363663 - 22364213
Alignment:
Q  15 agagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22363663 agagacattgatgttgatgaaaatgtatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 22363762  T
Q  115 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttga 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22363763 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgt 22363862  T
Q  215 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22363863 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggcacatgggaa 22363962  T
Q  315 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  22363963 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggc 22364062  T
Q  415 ttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364063 ttgttgtgaaaggatattctcaaatggctagaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatc 22364162  T
Q  515 agcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 565  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364163 agcacaatgtggacgggagatctttcatttggatgtcaaatcggcattctt 22364213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 397 - 493
Target Start/End: Original strand, 49212876 - 49212972
Alignment:
Q  397 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 493  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  49212876 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcatatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 49212972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University