View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16203_low_1 (Length: 616)

Name: NF16203_low_1
Description: NF16203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16203_low_1
NF16203_low_1
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (18-608)||(13130901-13131492)
chr1 (25-400)||(13162601-13162976)
chr1 (18-402)||(13095472-13095856)
chr1 (49-400)||(13205560-13205909)
chr1 (49-380)||(13008289-13008622)
chr1 (49-288)||(13214577-13214816)
chr1 (254-400)||(13102456-13102602)
chr1 (259-389)||(13136339-13136469)
chr1 (51-273)||(13069055-13069277)
chr1 (49-256)||(13102089-13102296)
chr1 (18-378)||(30366868-30367224)
chr1 (293-371)||(13215518-13215596)
chr1 (48-182)||(13005922-13006056)
chr1 (251-380)||(30365027-30365154)
chr1 (333-380)||(13067020-13067067)
chr1 (430-493)||(13136260-13136323)
chr1 (200-272)||(13071507-13071579)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (220-369)||(31376770-31376917)
chr6 (312-380)||(31385060-31385128)
chr6 (48-91)||(31376601-31376644)
chr6 (47-75)||(31385340-31385368)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (568-607)||(17981185-17981224)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 608
Target Start/End: Original strand, 13130901 - 13131492
Alignment:
Q  18 atgtagttcacgttcatttgatcagctagagcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13130901 atgtagttcacgttcatttgatcagctagagcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgacaagttcctccataacgcttcaaaacaa 13131000  T
Q  118 tggttgaataatcatggtaatcggagagataacacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13131001 tggttgaataatcatggtaatcggagagatgacacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtaaaagttcatctctattgcgtct 13131100  T
Q  218 cgaatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13131101 cgaatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaattattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgc 13131200  T
Q  318 atgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccacttcccactgtggagactgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13131201 atgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatggtttacacttatatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccacttcccactgtggagactgt 13131300  T
Q  418 tagctgca--tgacattaatttaagtggttgattcaaagttaatatgcaggtggttctagtctgtgaaaggaccataccatgcattatgagctggtggga 515  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13131301 tagctgcatgtgaaattaatttaagtggttgattcaaagttaatatgcaggtggttcttgtctgtgaaaggacgataccatgcattatgagttggtggga 13131400  T
Q  516 agaaaaagtgatgtgccttcatgacttgatttcctcatttgaaatttggggcttcttcaacaaagttttctcatcttgttctttcttcttctc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13131401 agaaaaagtgatgtgccttcatgacttgatctcctcatttgaaagttgagg-ttcttcaacaaagttttctcatcttgttctttcttcttctc 13131492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 25 - 400
Target Start/End: Original strand, 13162601 - 13162976
Alignment:
Q  25 tcacgttcatttgatcagctagagcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttga 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  13162601 tcacgttcattggatcagctagaccgacaaagcttgtgtttgtgaaccagggtccttgaaatcgataagttcctccattacgcttcaaaacaatggttgc 13162700  T
Q  125 ataatcatggtaatcggagagataacacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatag 224  Q
    |||||||||| |||||||||||| |  ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  13162701 ataatcatggaaatcggagagatgatgcaaaaatgttggtagcataccaattattggccaattaattggtacaaattcatctctattgcgtctccaatag 13162800  T
Q  225 tagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtc 324  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  13162801 taaatgtataggaagattaggatggctacaaatcctccaatacactgaattattgacattatagatttactaaagtgtgtgttttcaaattgcatgtgtt 13162900  T
Q  325 tttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccactt 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  13162901 tttcatgcatgcttttaaaatgtgtacatgctttacacttatatagcctttagtgcgtgaagaaaaataaccactt 13162976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Original strand, 13095472 - 13095856
Alignment:
Q  18 atgtagttcacgttcatttgatcagctagagcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaa 117  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||| || | |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  13095472 atgtagtccacgttcattggatcagctagaccgataaagcttatgtcagtgaaccagggccctttaattagaaaagttcctccatggcgcttcaaaacaa 13095571  T
Q  118 tggttgaataatcatggtaatcggagagataacacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtct 217  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13095572 tggttgcataatcatggaaatcggagagatgatgcaaaaatgccggtagcataccaattattggccaattaattggtacaaattcatctctattgcgtct 13095671  T
Q  218 cgaatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgc 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  13095672 ccaatagtagatgtataggaagattaggatggttagaaaccctccaatacactgaattattgacattgtagttttattacagtgtatgtttgcaaattgc 13095771  T
Q  318 atgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccacttcc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| |||| | |  |||| |||||||||||    
T  13095772 atgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacaagcattacccttatatagcctttggtgcattaacaaaactaaccacttcc 13095856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 49 - 400
Target Start/End: Original strand, 13205560 - 13205909
Alignment:
Q  49 cgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagata 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||  | ||||  |||||||||| | | | | |  |     
T  13205560 cgataaagcttgtgtttgtgaaccaggctccttcaaatcgaaatgttcctccattacgtttcaaaattaaggttagataatcatggaatttgaataagtg 13205659  T
Q  149 acacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatg 248  Q
    || |||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |  | ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  13205660 acgcaaaagcgacggtagcataccaattattggcaaattaattggtaaacttccatatctattgcgtctccagtagtagatgtataggaagattagaatg 13205759  T
Q  249 gttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtg 348  Q
    | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13205760 gctagtaatcctccaatacactgaattattgacattgtagatttactaaagtg--tgttttcaaattgcatgtgtttttcatgcatgcttataaaatgtg 13205857  T
Q  349 tacatgctttacacttgtatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccactt 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  13205858 tacatgctttacacttatatagcctttagtgcgtgaagaaaagtaaccactt 13205909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 49 - 380
Target Start/End: Original strand, 13008289 - 13008622
Alignment:
Q  49 cgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagata 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||| |||||||||| | | |||||||  | ||||| || ||||||| ||| ||| || |     
T  13008289 cgataaagcttgtgtttgtgaaccaagctccttcaaatcgaaatgttcctccatgatgtttcaaaaataaggttgtatgatcatggaaattggacaggtg 13008388  T
Q  149 acacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatg 248  Q
    |  |||||     ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008389 atgcaaaatcccaggtagcataccaattattggccaattaattggtgcaaattcatctctattgcgtctccaatagtagatgtataggaagattaggatg 13008488  T
Q  249 gttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtg 348  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  13008489 gctacaaatcctccaatacactgaattatggacattgtagatttactaaagtatgtgttttcaaattgcatgtgtctttgatgcatgcatataaattgtg 13008588  T
Q  349 tac--atgctttacacttgtatagcctttagtgc 380  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13008589 tacatatgctttacacttatatagcctttagtgc 13008622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 13214577 - 13214816
Alignment:
Q  49 cgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagata 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||||  ||||||||| | | |||||||| | ||||| |||||||||| ||| ||| ||       
T  13214577 cgataaagcttgtgtttgtgaaccaggctcactcaaatcgaaacattcctccatgatgtttcaaaactaaggttgtataatcatggaaattggacagggg 13214676  T
Q  149 acacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatg 248  Q
    || |||||  | |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||     
T  13214677 acgcaaaatcgtcggtagcataccaattattggccaattgattggtacaatttcatctctattgcatctccaatagtggatgtatagcaagattaggatt 13214776  T
Q  249 gttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtag 288  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13214777 gctagaaatcctccaatacactgaattattgacattgtag 13214816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 254 - 400
Target Start/End: Original strand, 13102456 - 13102602
Alignment:
Q  254 aaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacat 353  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13102456 aaatcctccaatacactgaattatagacattgaagatttactaaagggtatgtttataaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacat 13102555  T
Q  354 gctttacacttgtatagcctttagtgcttgatgaaaagtaaccactt 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||    
T  13102556 gctttacacttatatagcctttactgcgtgaagaaacgtaaccactt 13102602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 259 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 13136469 - 13136339
Alignment:
Q  259 ctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgcttt 358  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13136469 ctccaagacactgaattattgacattgtagatttactaaagtgtgtgttttcaaattgaatgtgtttttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgcttt 13136370  T
Q  359 acacttgtatagcctttagtgcttgatgaaa 389  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  13136369 acacttatatagcctttagtgcgtgaagaaa 13136339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 13069277 - 13069055
Alignment:
Q  51 ataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagataac 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| ||| |||||||||| | | |||||||  | ||||| |  ||||||| ||| ||| || | ||    
T  13069277 ataaagcttgtgtttgtgaaccaggctcctccaaatctaaacgttcctccatgatgtttcaaaattaaggttgcacgatcatggaaattggacaggttac 13069178  T
Q  151 acaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatggt 250  Q
    ||| ||  | | |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  13069177 acataagcgccagtagcataccaaatattggccaattaattggtacaaattcatctctattgcgtctccaatagtggatgtataagaagattaggatggc 13069078  T
Q  251 tacaaatcctccaatacactgaa 273  Q
    | | |||||||||| ||||||||    
T  13069077 tgccaatcctccaacacactgaa 13069055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 256
Target Start/End: Original strand, 13102089 - 13102296
Alignment:
Q  49 cgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagata 148  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| | | || ||||| | ||||| || ||||||| ||| ||| || |     
T  13102089 cgataaagccagtgtttgtgaaccaggctccttcaaatcgaaacgttcctccatgatgttttaaaactaaggttgtatgatcatggaaattggacaggtg 13102188  T
Q  149 acacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatg 248  Q
    || |||||  |  ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13102189 acgcaaaagcgctggtagcataccaattattggccaattgattggtaaaatttcatctctattacgtctccgacagtagatgtataggaagattaggatg 13102288  T
Q  249 gttacaaa 256  Q
    | ||||||    
T  13102289 gctacaaa 13102296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 30367224 - 30366868
Alignment:
Q  18 atgtagttcacgttcatttgatcagctagagcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaa 117  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||  |||||||| |    
T  30367224 atgtggttaacgttcattggatcagcagtagcgataaagcttgtgtttgtgaatcagggtccttcaaatcgaaacgttcctccatgacatttcaaaacta 30367125  T
Q  118 tggttgaataatcatggtaatcggagagataacacaaaaatgacggtagtataccaattattggccaattaattagtacaagttcatctctattgcgtct 217  Q
     |||  |||  |||| | |||  || |||| || ||| |  |||  ||| ||||||| ||||||||||||     | | ||  ||| | | |||| |||     
T  30367124 aggtgaaatggtcattgaaatttgacagatgacgcaacaccgacaatagcataccaactattggccaattcg---gcataatctcaccgccattgtgtcg 30367028  T
Q  218 cgaatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgc 317  Q
    |  |||||||||||| | |||||  ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||| ||||||  || || ||||| ||||||||    
T  30367027 cctatagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttag-gtgtgttt-caaattgc 30366930  T
Q  318 atgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgc-tttacacttgtatagcctttagt 378  Q
    |||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30366929 atgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcctttagt 30366868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 293 - 371
Target Start/End: Original strand, 13215518 - 13215596
Alignment:
Q  293 actaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagc 371  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13215518 actaaagtgtatgtttataaattacatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttgcacttatatagc 13215596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 182
Target Start/End: Original strand, 13005922 - 13006056
Alignment:
Q  48 gcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaaagttcctccataacgcttcaaaacaatggttgaataatcatggtaatcggagagat 147  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||| ||| ||||    
T  13005922 gcgataaagcttgtatttgtgtatcagggcccttcgaatcgaaaagttcctccatgatgctttaaaacaaaggttgcataatcatgtaaattggatagat 13006021  T
Q  148 aacacaaaaatgacggtagtataccaattattggc 182  Q
     || ||||||   |||||| |||||| ||| ||||    
T  13006022 gactcaaaaacctcggtagcataccatttactggc 13006056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 251 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 30365154 - 30365027
Alignment:
Q  251 tacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgta 350  Q
    ||||||| |||||||||| ||||  ||  ||||||||| |||| |  || |||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  30365154 tacaaattctccaatacattgaatcatgcacattgtagatttaatttag-gtatgttt-cgaattgcatgtgtttttaatgtatgcttataaaatgtgta 30365057  T
Q  351 catgctttacacttgtatagcctttagtgc 380  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  30365056 catactttacacttttatagtctttagtgc 30365027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 333 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 13067067 - 13067020
Alignment:
Q  333 atgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagcctttagtgc 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  13067067 atgcttataaaatgtgtacatgctttacaattttatatcctttagtgc 13067020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 430 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 13136323 - 13136260
Alignment:
Q  430 attaatttaagtggttgattcaaagttaatatgcaggtggttctagtctgtgaaaggaccatac 493  Q
    |||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13136323 attaatataagttgttggttcaaaattaatatacaggtggttctcgtcggtgaaaggacaatac 13136260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 200 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 13071579 - 13071507
Alignment:
Q  200 ttcatctctattgcgtctcgaatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactga 272  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||  ||||  ||||||  || |||||||||||||||||||    
T  13071579 ttcatccctatttcgtctccaatagtggatgtatatcaagaagaggatgcctaaaaatcctccaatacactga 13071507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 369
Target Start/End: Original strand, 31376770 - 31376917
Alignment:
Q  220 aatagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaaatattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcat 319  Q
    ||||||||||||| | || ||  ||||| | | |||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||| ||||||  || |||||||| ||||||||||    
T  31376770 aatagtagatgtaaatgacgaagaggatagctgcaaatcctccaatacattgaatcataaacattgtagatttactttag-gtatgttt-caaattgcat 31376867  T
Q  320 gtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtata 369  Q
    |||| ||  ||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31376868 gtgttttaaatttatgcttatgaaatgtgtaaatgctttacacttttata 31376917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 31385128 - 31385060
Alignment:
Q  312 aattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgctttacacttgtatagcctttagtgc 380  Q
    |||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  31385128 aattgcatgtttgtttgatgtatgcttataaaatatgtacatgctttatacttttatagtctttagtgc 31385060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 91
Target Start/End: Original strand, 31376601 - 31376644
Alignment:
Q  48 gcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggcccttgaaatcgaaa 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31376601 gcgataaagcttgtgtttgtgaaccagggtccttcaaatcgaaa 31376644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 47 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 31385368 - 31385340
Alignment:
Q  47 agcgataaagcttgtgtttgtgaaccagg 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31385368 agcgataaagcttgtgtttgtgaaccagg 31385340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 568 - 607
Target Start/End: Original strand, 17981185 - 17981224
Alignment:
Q  568 ttcttcaacaaagttttctcatcttgttctttcttcttct 607  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17981185 ttcttcaacaaagttttctcgtcttgttctttctttttct 17981224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University