View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16213_high_2 (Length: 754)

Name: NF16213_high_2
Description: NF16213
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16213_high_2
NF16213_high_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-744)||(27838543-27839270)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 744
Target Start/End: Original strand, 27838543 - 27839270
Alignment:
Q  17 ctaccatccctgacttggtacatttcaggcacacnnnnnnnggaatgctaaaagaggtaactatatatcataatgacatttaaaggagtacatttaattg 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27838543 ctaccatgcctgacttggtacatttcaggcacacaaaaaaaggaatgctaaaagaggtaactatatatcataatgacatttaaaggagtacatttaattg 27838642  T
Q  117 gctgaagcaaacattatttaaacacttgtttattattgttttatcctcaacaagaactgtgtaataaaacatttaaaaagattatggagttcttagtaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27838643 gctgaagcaaacattatttaaacacttgtttattattgttttatcctcaacaagaactgtgtaataaaacatttaaaaagattatggagttcttagtaca 27838742  T
Q  217 aaataaaatgatttttatcaaagcataaaaggatatagaatcagttaagttgatttcaacagaagcgctaaggtcttccaaataaaagtgtccaccctcc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27838743 aaataaaatgatttttatcaaagcataaaaggatatagcatcagttaagttgatttcaacagaagcgctaaggtcttccaaataaaagtgtccatcctcc 27838842  T
Q  317 agctgagatattactcccattacccatcttctaccttttcgcccaaccagggattgaataggagatatctgacataaacagcatggcaaaatattacata 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27838843 agctgagatattactcccattacccatcttctaccttttcgcccaaccagggattgaataggagatatctgacataaacagcatggcaaaatattacata 27838942  T
Q  417 aatcatcctcaaaacatcaactagaacatatgcattgaacacatggttctaaacattaggcaacattatttgaaattcaaagtcaattggagaatccagc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27838943 aatcatcctcaaaacatcaactagaacatatgcattgaacacatggttctaaacattaggcaacattatttgaaattcaaagtcaattggagaatccagc 27839042  T
Q  517 agtacctcacagctccggaattgtgaaagttcggactcaaaagccggccttgaaaaatcctgatggcgagaaagcctttgggacaacaacaaaaatctat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27839043 agtacctcacagctccggaattgtgaaagttcggactcaaaagccggccttgaaaaatcctgatggcgagaaagcctttgggacaacaacaaaaatctat 27839142  T
Q  617 ctctatacagagcagattttgctggtgggtccccaagacgaggtaagcttcctgggtgtctggaataaaaacacaaaaattaacatggtccgaagttaac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27839143 ctctatacagagcagattttgctggtgggtccccaagacgaggtaagcttcctgggtgtctggaataaaaacacaaaaattaacatggttcgaagttaac 27839242  T
Q  717 accatatgataaaacaatccaagtataa 744  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27839243 accatatgataaaacaatccaagtataa 27839270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University