View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16216_low_3 (Length: 699)

Name: NF16216_low_3
Description: NF16216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16216_low_3
NF16216_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-691)||(3246326-3246995)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 691
Target Start/End: Original strand, 3246326 - 3246995
Alignment:
Q  19 tgaggatcaatgtaataccgacacttttgatcaaaatatccatggtggccaacacgcgtggcactggtacatatgattatatctaataaattttatcata 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246326 tgaggatcaatgtaatactgacacttttgatcaaaagatgcatggtggccaatacgcgtgacactgatacatatgattatatctaataaattttatcata 3246425  T
Q  119 tcaaattattgtatgagtgtttttatcgtgtttggtattttggtcatgtttcataagtgaaggtcaaacaaagttttaaatctaaatccttaatatcgta 218  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246426 tcaaattattgt--gagtgtttttatggtgtttggtattttggtcatgtttcataagtgaaggtcgaacaaagttttaaatctaaatccttaatatcgta 3246523  T
Q  219 aagaatagcggagaattatgtttaaatgggcacgatgcagcccaaattgcaatcaaatggttgcacatcaaacattttaacgctgcgatctagatcacac 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3246524 aagaatagtggagaattatgtttaaatgggcacgatgcagcccaaactgcaatcaaatggttgcacatcaaacattttaacgccgcgatctagatcacac 3246623  T
Q  319 tagtggaccttggtagaaaacatctagagcacgaggttcgtagaattaggataaaaagacacaattgttttctagtttaattagatgtctcgagtttgtg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246624 tagtggaccttggtagaaaacatctagagcacgaggttcgtagaattaggataaaattacacaattgttt-ctagtttaattagatgtctcgagtttgtg 3246722  T
Q  419 ttttgaaaatgcaacaaggttggaatgtttcgagggtcgtgataccttatttatatagaaaaagatatttgtcacatcttagatatattttgatattaca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3246723 ttttgaaaatgcaacaaggttggaatatttcgagggtcgtgataccttatttatatagaaaaagatatttatcacatcttagatagattttgatattaca 3246822  T
Q  519 ttatcattcaactcgatctaaaagctagctcatgggtccgggttacccccgcttgtaagggactctcaacatgatctagctttatttgataaatggtgta 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246823 ttatcattcaactcgatctaaaagctagctcatgggacagggttacccccgcttgtaagggactctcaacgtgatctagctttatttgataaatggtgta 3246922  T
Q  619 agaaaattgcaactttcacatttgttttttagtttggggtgaaaaataaaacatgatttgttatatgatgatg 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246923 agaaaattgcaactttcacatttgttttttagtttggggtgaaaaataaaacatgatttgttatatgatgatg 3246995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University