View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16217_low_4 (Length: 747)

Name: NF16217_low_4
Description: NF16217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16217_low_4
NF16217_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-737)||(3153388-3154107)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 737
Target Start/End: Original strand, 3153388 - 3154107
Alignment:
Q  18 caagagagattgaatcccgagaatacagataaatttgatgcatatataactaaaatgtactcaagggaaatatcaaagaggtactattttaatataaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153388 caagagagattgaatcccgagaatacagataaatttgatgcatatataactaaaatgtactcaagggaaatatcaaagaggtactattttaatataaaca 3153487  T
Q  118 acaacaaactgattagccattctatggttctgcttaacaaaaagaacaatacaaacacgagtagcaaaaatataaaggtgtttccttccttacatatttc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153488 acaacaaactgattagccattctatggttctgcttaacaaaaagaacaatacaaacacgagtagcaaaa-tataaaggtgtttccttccttacatatttc 3153586  T
Q  218 acgtttcgtatggtatttggatatatgctgcatcacagacaaaagggatatccgcatacataccagtaagggcacacctaacgcactctatggaagtaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153587 acgtttcgtatggtatttggatatatgctgcatcacagacaaaagggatatccgcatacataccagtaagggcacacctaacgcactctatggaagtaaa 3153686  T
Q  318 gagataaaggaaaaatgcagtggtccagaaatgcattccaactttaccccaatagaacgccggtggcatccaacggctcacaagcccggtaacttgcaag 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153687 gagataaaggaaaaatgcagtggtccagaaatgcattccaagactaccccaatagaatgccggtggcatccaacggctcacaagcccggtaacttgcaag 3153786  T
Q  418 gctatctcgattaacattccgacggcaacgtgaaatctgaagaaatgaggccattcttttctcctcacaatggtaatatacgcaatcaagaagtatgcta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153787 gctatctcgattaacattccgacggcaacgtgaaatctgaagaaatgaggccattcttttctcctcacaatggtaatatacgcaatcaagaagtatgcta 3153886  T
Q  518 tgagagaccatctaggtagactgccaattgacat-aaaaaagggtacgttaagaactcgaatgcctcgataaacgggtgaagattgtatgctgtcttagc 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153887 tgagagaccatctaggtagactgccaattgacataaaaaaagggtacgttatgaactcgaatgcctcgataaacgggtgaagattgtatgctgtcttagc 3153986  T
Q  617 atacatccacacctgatggataggcaagagataagggatgcatgctaatgttctccaccaccatcttggttttctggtcatcggaggaaacttaaagcca 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3153987 atacatccacacctgatggataggcaagagataagggatgcatgctaatgttctccaccaccatcttggttttctggtcatcggaggaaacttaaagcca 3154086  T
Q  717 gcagatgagccttccttcatt 737  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3154087 gcagatgagccttccttcatt 3154107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University