View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16226_low_1 (Length: 1132)

Name: NF16226_low_1
Description: NF16226
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16226_low_1
NF16226_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (16-1122)||(45253943-45255052)
chr7 (168-1122)||(44260730-44261696)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1027; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1027; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1122
Target Start/End: Complemental strand, 45255052 - 45253943
Alignment:
Q  16 tcaacaatttgtgtatgtgagttttgtcgttatgcttgttagaataaatttatatatctttcaaaagagacattcatatttagagtctaaggattcaagt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45255052 tcaacaatttgtgtatgtgagtttcgtcgttatgcttgttagaataaatttatatatctttcaaaagagacattcatatttagagtctaaggattcaagt 45254953  T
Q  116 aaatttgtctctaataaaaggacacatgtaggttcaaccnnnnnnnnnnnn--gaattaaagtctagcttaactgcagggaaaaagatttgagattgaag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254952 aaatttgtctctaataaaaggacacatgtaggttcaaccaaaaaaaaaaaaaagaattaaagtctagcttaactgcagggaaaaagatttgagattgaag 45254853  T
Q  214 agaattccccaacatataaaggcaggtcaatgttgcactcattttctataccatcaaaaaatccaccggtaagcagatggaaatgtacaaaaagttatat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254852 agaattccccaacatataaaggcaggtcaatgttgcactcattttctataccatcaaaaaatccaccagtaagcagatggaaatgtacaaaaagttatat 45254753  T
Q  314 atcttctataccaacaaaaagtccc-accagtaagcagatgggaatgtagaaaaggtatatgacttgaaactattcatgattcaaagaattgccatgaat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254752 atcttctataccaacaaaaagtccccaccagtaagcagatgggaatgtagaaaaggtatatgacttgaagctattcatgattcaaagaattgccatgaat 45254653  T
Q  413 ttctctacatatccctaactatggaaaagctcatatccatttcaaacttcacattgatttgctatattaagaccagaaatactatctgtatcatcaacta 512  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254652 ttctctgcatatccctaactatggaaaagctcatatccatttcaaacttcacattgatttgctatattaagaccagaaatactatctgtatcatcaacta 45254553  T
Q  513 tcatcattagtctctgtaagtgaaatgataaccggctgccatctagaatgataaggtataatccatttcttgattgtgattataatctccaaaatcttaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254552 tcatcattagtctctgtaagtgaaatggtaatcggctgccatctagaatgataaggtataatccatttcttgattgtgattataatctccaaaatcttaa 45254453  T
Q  613 gtacatcacccaacacaagctcttcaagacacaatttctttagaattaatgaagcttcatatctaataaaacacaaaaggtgattacatcagtaacttaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254452 gtacatcacccaacacaagctcttcaagacacaatttctttagaattaatgaagcttcatatctaataaaacacaaaaggtgattacatcagtaacttaa 45254353  T
Q  713 caagtaataaaagcttcaaggagctaagaaaaacaatataattttacctgttacaagacgccaaaatcgctgatcttcctgaagatgaagcaagaaattt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254352 caagtaataaaagcttcaaggagctaagaaaaacaatataattttacctgttacaagacgccaaaatcgctgatcttcctgaagatgaagcaagaaattt 45254253  T
Q  813 ctcaatcctaacccagattgcatctgggaaatgactgggcaaaccacgtaaagggttgacacacttccatagattctcatttgcaacaatatacaaacgc 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254252 ctcaatcctaacccagattgcatctgggaaatgactgggcaaaccacgtaaagggttgacacacttccatagattctcatttgcaacaatatacaaacgc 45254153  T
Q  913 aatgtgccaaatactcgtttaaccaccttctgttgctcaattgcacaatgcaaacctttcctaatatcaagtgtctcatatttgggatcaccataacgaa 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254152 aatgtgccaaatactcgtttaaccaccttctgttgctcaattgcacaatgcaaacctttcctaatatcaagtgtctcatatttgggatcaccataacgaa 45254053  T
Q  1013 tgcaatcaattatatttccttcagtaggaaaaaccatttcattcatcagtgtattcaaagtgactagaataacatccacaagtccttgcaaattctcata 1112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45254052 tgcaatgaattatatttccttcagtaggaaaaaccatttcattcatcagtgtattcaaagtgactagaataacatccacaagtccttgcaaattctcata 45253953  T
Q  1113 agttgatatt 1122  Q
    ||||||||||    
T  45253952 agttgatatt 45253943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 168 - 1122
Target Start/End: Original strand, 44260730 - 44261696
Alignment:
Q  168 aattaaagtctagcttaactgcagggaaaaagatttgagattgaagagaattccccaacatataaaggcaggtcaatgttgcactcattttctataccat 267  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  44260730 aattaaagtctagtttaactgcaggaaaaaagatttgagattgaagagaattccacaacatataaaggcagatcaatgtttgactcattttctataccat 44260829  T
Q  268 caaaaaatccaccggtaagcagatggaaatgtacaaaaagttatatatcttctataccaacaaaaagt-cccaccagtaagcagatgggaatgtagaaaa 366  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  44260830 caaaatatccaccagtaagcagatggaaatgtacaaaaagttatatatcttcaataccaacaaaaagtccccaccagtaagcagatgagaatgtacaaaa 44260929  T
Q  367 ggtatatgacttgaaactattcatgattcaaagaattgccatgaatttctctacatatccctaactatggaaaagctcatatccatttcaaacttcacat 466  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||   ||||||    
T  44260930 ggtatatgacttgaagctattcatcattcaaagaattgccatgaattcctctacatatctctaactacgaaaaagctcatatccatgtcaatgctcacat 44261029  T
Q  467 tgatttgctatat------------taagaccagaaatactatctgtatcatcaactatcatcattagtctctgtaagtgaaatgataaccggctgccat 554  Q
     | ||||||||||            ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44261030 agttttgctatattttgatgtatactaagaccagaattactatctgtgtcatcaattatcatctttagcctctgtaagtgaaatggtaatcggctgccat 44261129  T
Q  555 ctagaatgataaggtataatccatttcttgattgtgattataatctccaaaatcttaagtacatcacccaacacaagctcttcaagacacaatttcttta 654  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  44261130 ctcgaatgacaaggtataatccatttcttgattgtgattataatctccaaaatcttaagtacatcacccaacacaagctctccaagacacaatctcttta 44261229  T
Q  655 gaattaatgaagcttcatatc-------------taataaaacacaaaaggtgattacatcagtaacttaacaagtaataaaagcttcaaggagctaaga 741  Q
    |||||||| ||| ||||||||             |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  44261230 gaattaataaagtttcatatctaataaaaacatataataaaagacaaaaggtgatcacatcagtaacttaacaagtaat-aaagctccaaggaactaaga 44261328  T
Q  742 aaaacaatataattttacctgttacaagacgccaaaatcgctgatcttcctgaagatgaagcaagaaatttctcaatcctaacccagattgcatctggga 841  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  44261329 aaaacaatatggttttacctgttacaggacgccaaaatcgccgatcttcctgaagatgaagcaaggaattgctctatcctaacccagattgcgtctggga 44261428  T
Q  842 aatgactgggcaaaccacgtaa---agggttgacacacttccatagattctcatttgcaacaatatacaaacgcaatgtgccaaatactcgtttaaccac 938  Q
    ||||||| ||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||                |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  44261429 aatgacttggcaaaccacgtaagggggggttcacacacttccatagattct----------------caaacgtaatgtgccaaagactcatttaaccac 44261512  T
Q  939 cttctgttgctcaattgcacaatgcaaacctttcctaatatcaagtgtctcatatttgggatcaccataacgaatgcaatcaattatatttccttcagta 1038  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  44261513 cttctgttgctcaattgcacaatgtaaacccttcctaatatcaactgtctcatatttgggatcaccataacgaatgcaatcaattatatttccttcgata 44261612  T
Q  1039 ggaaaaaccatttcattcatcagtgtattcaaagtgactagaataacatccacaagtccttgcaaattctcataagttgatatt 1122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44261613 ggaaaaaccatttcattcatcagtgtattcaaagtgactagaataatatccacaagtccttgcaaattctcataagttgatatt 44261696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University