View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1622_high_1 (Length: 723)

Name: NF1622_high_1
Description: NF1622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1622_high_1
NF1622_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-708)||(29134291-29134989)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 29134989 - 29134291
Alignment:
Q  10 gacatcatcacccaaactgaatggaaatgcagcatgcaataatgcaactcaaataatggcatgttgtaggacccattcttctttttaaagnnnnnnncaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  29134989 gacatcaacacccaaactgaatggaaatgcagcatgcaataatgcaactcaaataatggcatgttgtaggacccattcttctttttaaagaaaaaaacaa 29134890  T
Q  110 acattggagagggactttggtttagtggatgagacggagaagtttaatatgataaaaagattgagagttcaatctacactcaaatatttgtgtatggacc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29134889 acattggagagggactttggtttagtggatgagacggagaagtttaatatgataaaaagattgagagttcaatctacactcaaatatttgtgtatggacc 29134790  T
Q  210 cccttatggaggatctaacaccatcccaaatgtagggatgtttagctccataaggcttaatattaaatatgtatttttattggtggagaaaaagtgagtg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29134789 cccttatggaggatctaacaccatcccaaatgtagggatgtttagctccataaggcttaatattaaatatgtatttttattgg-ggagaaaaagtgagtg 29134691  T
Q  310 atgtttgtggagtagaagagctaatttactttcaagggtaaatagtgaggcaaagtggtggtgatagaaataccaatttttggttgggtataagtgactt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  29134690 atgtttgtggagtagaagagctaatttactttcaagggtaaatagtgtggcaaagtggtggtggtagaaataccaatttttggttgcgtataagtggctt 29134591  T
Q  410 atgtatcatgtagagtttctcggattaacttttcaaaatcacattgacatcactctttttgtaagagatactttgaattaaaatggagagtgagatgtga 509  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29134590 atgtataatgtagagtttatcggattaacttttcaaaatcacattgacatcactctttttgtaagagatactttgaatcaaaatggggagtgagatgtga 29134491  T
Q  510 gattcctgagtgaaaaccttcctaatgtcatcgtgaatcaagtgattgcactttcggcttctaaagatattgacaatattttcggatgggaa-ggaatca 608  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  29134490 gattcatgagtgagaaccttcctaatgccatcgtgaatcaagtgattgcactttcggcttctaaagatattcacaatattttcggatgggaagggaatca 29134391  T
Q  609 tcacccacatgtttactctttaccgttcaaagtgcttataccttacatgatcatattacttctaggccttatgcagttgagggtgattggaagactttat 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29134390 tcacccacatgtttactctttaccgttcaaagtgcttataccttacatgatcatattacttctaggccttatgcagttgagggtgattggaagactttat 29134291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University