View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16231_high_2 (Length: 739)

Name: NF16231_high_2
Description: NF16231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16231_high_2
NF16231_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-723)||(36068047-36068759)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 723
Target Start/End: Original strand, 36068047 - 36068759
Alignment:
Q  11 cacagattagtgttaacatcaatttacttgaaataaatgaaacaactatctcatagagtgcaaaatgttaaaaatttaaacctattggttgttcgaaaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36068047 cacagattagtgttaacatcaatttacttgaaataaatgaaacaactatctcatagagtgcaaaatgttaaaaatttaaacctattggttgttcgaaata 36068146  T
Q  111 tggataaggatcatatctaacaacacaacttggatagaaaacacttcctctaatctttcctttagcacacgaggtttgcagataatttatagcatcattt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068147 tggataaggatcatatctaacaacacaacttggatataaaacacttcctctaatctttcctttagcacacgaggtttgcagataatttatagcatcattt 36068246  T
Q  211 aaacacttcatgcaattatcattagagagattcagtatgcattgagcaaggccatacaagaatttgtcctcaaagaaaattgctctcttgagaacaaatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068247 aaacacttcatgcaattatcattagagagatttggtatgcattgagcaaggccatacaagaatttgtcctcaaagaaaattgctctcttgagaacaaatt 36068346  T
Q  311 tgatagaatttcccgttgaagttttaatagcttgagttacaggcttcttcaacaaagaaattgcttcagttacaagatccagcatcaaagaatttagcat 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068347 tgatagaatttcccgttgaagttttaatagcttgagttacaggcttcttcaacaaagaaattgcttgagttacaagatccagcatcaaagaatttagcat 36068446  T
Q  411 tttgttgaatcctttcaatggaccttcataatccattgagcccttcacacaccatgatggagattcttccaaagtgccaaagaaagatcgatcagaataa 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068447 tttgttgaatcctttcaatggaccttcataatccattgagcccttcacacaccatgatggagattcttccaaagtgccaaagaaagatcgatcagaataa 36068546  T
Q  511 cgcaccaagcattcatcagaccaaattatagcttctttatttaagttacacattgaggtaagtattttggtagagttttgaacacattctccacagttac 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068547 cgcaccaagcattcatcagaccaaattatagcttctttatttaagttacacattgaggtaagtattttggtagagttttgaacacattctccacagttac 36068646  T
Q  611 ttgtgtatcctatacacatgaagagaccatagatagtgtcttctttttcatcgattgtactaatactagtgttgtagtagccatggttgagtgctttgga 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36068647 ttgtgtatcctatacacatgaagagaccatagatagtgtcttctttttcatcgattgtactaatactagtgttgtagtagccatggttgagtgctttgga 36068746  T
Q  711 tgaaagtgttgat 723  Q
    |||||||||||||    
T  36068747 tgaaagtgttgat 36068759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University